À quelle heure le nouveau coronavirus a-t-il circulé ?

Fin décembre 2019, la Commission municipale de la santé de Wuhan a signalé des cas de pneumonie virale non identifiée, qui, avec d'autres rapports, ont alerté l'Organisation mondiale de la santé (OMS) d'une nouvelle menace potentielle pour la santé qui a été identifiée comme un coronavirus en janvier 2020 et a été plus tard nommé SARS-CoV-2.

© Fourni par Live Science
Cette illustration montre une particule de coronavirus dans le plasma sanguin montrant les anticorps d'immunoglobuline G en forme de Y (IgG, bleu clair) liés aux protéines de pointe du coronavirus (rouge). Les anticorps IgG sont des protéines en forme de Y produites par les globules blancs des lymphocytes B dans le cadre d'une réponse immunitaire.

Les anticorps d'immunoglobuline M (IgM) sont également indiqués en bleu clair.

Mais il est devenu clair que le virus est apparu avant la fin décembre 2019, peut-être même des mois avant. Une étude conjointe de l'OMS menée par des chercheurs chinois et internationaux a identifié 174 infections au SRAS-CoV-2 en décembre, la première remontant au 8 décembre.

Bien que la plupart des chercheurs pensent que le virus est apparu à l'automne ou à l'hiver 2019, l'heure exacte est difficile à cerner sans plus de données. Découvrir quand le SRAS-CoV-2 a commencé à se propager parmi les humains pourrait aider à prévenir ou à lutter contre les futures épidémies et pandémies en donnant un aperçu du type de surveillance de la maladie qui aurait été nécessaire pour prévenir celle-ci, selon les experts.

Au moment où le virus a été identifié, il s'était déjà propagé de manière significative et était plus difficile à contenir, a déclaré Sergei Pond, professeur de biologie à l'Université Temple de Philadelphie.

"Vous ne voulez pas attendre huit semaines jusqu'à ce que vous ayez un groupe de cas avec une pneumonie inhabituelle", a déclaré Pond. "Vous voulez en quelque sorte avoir un système de surveillance où vous le récupérez très tôt."
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Le premier cas de COVID-19 qui a été confirmé par un test de laboratoire était chez un homme qui a commencé à ressentir des symptômes le 8 décembre 2019, a rapporté le Washington Post.

Bien qu'il y ait eu des rapports antérieurs suggérant que le premier cas pourrait être retracé au 1er décembre ou au 17 novembre, comme Live Science l'a signalé précédemment, ces rapports n'ont pas été confirmés par l'étude conjointe OMS-Chine, a déclaré Joel Wertheim, professeur agrégé de médecine. à l'Université de Californie, San Diego. Wertheim et ses collègues ont analysé les informations génétiques du virus et effectué des simulations informatiques épidémiologiques, qui situent la date d'origine du virus entre la mi-octobre et la mi-novembre 2019, ont-ils rapporté en avril dans la revue Science.

Pour tirer cette conclusion, les chercheurs ont analysé les génomes du SRAS-CoV-2 de la première vague de la pandémie en Chine. Étant donné que les virus accumulent des modifications génétiques au fil du temps, les chercheurs ont pu identifier un taux fixe de mutation génétique, puis travailler en arrière jusqu'à ce qu'ils trouvent le moment où la première personne avec une forme relativement inchangée du virus aurait pu commencer à le propager parmi les gens. Les chercheurs ont estimé que pour le SRAS-CoV-2, cette date se situait entre le 17 novembre et le 20 décembre 2019.

Mais c'est juste à ce moment-là que le virus a probablement commencé à se propager parmi les gens. Étant donné que le SRAS-CoV-2 est originaire d'un animal et a été transmis à l'homme, le coronavirus animal qui a infecté à l'origine la première personne pourrait avoir des différences génétiques par rapport au virus actuel. Cette version a peut-être mis un certain temps à devenir génétiquement reconnaissable sous le nom de SRAS-CoV-2, ce qui signifie que le virus a peut-être commencé à se propager encore plus tôt, ont déclaré les chercheurs.

Pour voir combien de temps il a fallu au virus pour accumuler ce genre de changements, les chercheurs ont utilisé une simulation informatique de la propagation du virus. Ils ont conclu que le processus aurait probablement pris de zéro à 41 jours, bien que le résultat le plus courant ait été de huit jours. Ce processus, ont-ils dit, aurait pu repousser la propagation initiale du virus à la mi-octobre.

Wertheim a souligné que l'objectif de l'étude était d'établir à quelle distance le virus aurait pu commencer à se propager, pas nécessairement à quel moment il s'était propagé. "C'est tout ce que vous pouvez faire, et même alors, il y a beaucoup d'hypothèses pour remonter aussi loin", a-t-il déclaré.
De nombreux chercheurs, dont Pond, seraient d'accord avec le fait que, sur la base des données actuelles, le calendrier proposé par Wertheim et ses collègues dans l'étude est probable, a déclaré Pond, qui a co-écrit une étude distincte examinant l'histoire évolutive précoce du SRAS-CoV-2.

, publié en mai dans la revue Molecular Biology and Evolution. Dans cette étude, Pond et ses collègues ont utilisé une sorte d'analyse génétique développée à l'origine pour reconstruire l'évolution des cellules cancéreuses humaines. Ils ont déterminé que la version du SRAS-CoV-2 qui s'est propagée en décembre 2019 prendrait six à huit semaines pour évoluer à partir de la souche humaine initiale du virus.

Bien que la méthode utilisée soit différente, ce délai repousserait également l'origine à peu près au même moment que l'autre étude - octobre 2019.
Mais Pond a déclaré qu'il existe également des moyens d'obtenir de nouvelles informations sur le moment où le virus est apparu. Par exemple, beaucoup pensaient que le virus avait émergé d'un animal au marché de gros de fruits de mer de Huanan à Wuhan, mais une analyse ultérieure a révélé des cas qui ne pouvaient pas être liés au marché, a précédemment rapporté Live Science.

En revanche, Wertheim a déclaré que le manque de confirmation de l'étude conjointe Chine-OMS pour les cas du 1er décembre et du 17 novembre que son étude a utilisés pourrait affecter l'estimation. Des échantillons de sang congelé provenant de cas potentiels précoces ou des enregistrements de séquences génétiques pourraient également fournir des informations supplémentaires, a déclaré Pond.
"Vous pouvez facilement imaginer un scénario où vous obtenez cinq ou 10 séquences supplémentaires en avance, et elles changent tout", a-t-il déclaré.

Quoi qu'il en soit, Pond pense qu'il est peu probable que le virus soit apparu avant l'automne 2019 ou, au plus tôt, à la fin de l'été 2019, car même les événements qui pourraient conduire à ce que le virus circule sans être détecté si tôt, comme il commence à se propager, s'éteint puis s'éteint réintroduits - sont très improbables et le deviennent de plus en plus à mesure que vous reculez.
Certaines recherches ont suggéré une date d'origine antérieure à octobre, mais les études n'ont pas été évaluées par des pairs ni publiées dans des revues scientifiques. Dans l'une de ces études, des chercheurs de l'Université Harvard ont analysé les recherches sur Internet à Wuhan, en Chine, à partir de 2019 et ont constaté une augmentation des recherches de « diarrhée » en août 2019 en corrélation avec une augmentation du trafic dans un parking de l'hôpital de Wuhan le même mois.

La diarrhée est plus fréquente avec COVID-19 qu'avec la grippe, les chercheurs ont donc suggéré que l'augmentation pourrait indiquer que le virus se propage en août.
Dans un commentaire en réponse à cette étude, cependant, d'autres chercheurs ont souligné que les auteurs utilisaient une traduction chinoise maladroite pour « diarrhée » et que le terme de recherche était de plus en plus utilisé dans toute la Chine, pas seulement à Wuhan. Une autre étude, qui a été publiée sur le serveur de préimpression medRxiv et n'a pas été évaluée par des pairs, a trouvé des traces de SRAS-CoV-2 dans les eaux usées à Barcelone, en Espagne, en mars 2019.

Cependant, les résultats n'avaient guère de sens sans aucune preuve de patients souffrant de symptômes de COVID-19 à Barcelone à l'époque.
Il y a des problèmes inhérents à essayer de trouver une date d'origine plus précise. Les analyses de Wertheim ont montré qu'au début, le nombre de cas était probablement si faible que le virus n'était pas détecté.

En fait, dans les simulations informatiques de l'étude qui a modélisé la propagation du SRAS-CoV-2 à partir d'un seul cas humain, le virus s'est éteint la plupart du temps, et quand ce n'était pas le cas, il s'appuyait parfois sur une seule personne. de le diffuser à nouveau plus largement. Bien sûr, dans une grande ville densément peuplée comme Wuhan, ce scénario ne présente pas de problème – il serait facile pour une seule personne de transmettre le virus à de nombreuses personnes.

Mais il est probable qu'au début, peu de personnes avaient le virus. Au milieu d'une saison grippale sévère, et puisque le SRAS-CoV-2 avait un taux de mortalité relativement faible par rapport à des virus comme le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), Wertheim a déclaré qu'il n'était pas surprenant que le virus n'ait pas été détecté. quand il a commencé à se répandre.

Wertheim espère que les systèmes permettant une détection plus précoce pourraient aider à prévenir ou à atténuer les effets de futures pandémies.
"Dans un monde idéal, nous aurions une sorte de moyen systématique et interconnecté de signaler toute maladie inattendue d'une manière qui puisse être vue au-delà des frontières", a-t-il déclaré. « Quelque chose comme ça nous aurait donné une longueur d’avance sur cette pandémie et aurait potentiellement pu l’arrêter dans son élan.

»
Publié à l'origine sur Live Science.

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