Les chercheurs ont des pistes qui soutiennent une origine naturelle. Les chauves-souris sont des porteurs connus de coronavirus, et les scientifiques ont déterminé que le génome du SRAS-CoV-2 est le plus similaire à celui de RATG13, un coronavirus qui a été trouvé pour la première fois dans une chauve-souris en fer à cheval (Rhinolophe affinis) dans la province du Yunnan, dans le sud de la Chine, en 20133. Mais le génome de RATG13 n'est identique qu'à 96 % à celui du SRAS-CoV-2, ce qui suggère qu'un parent plus proche du virus – celui transmis à l'homme – reste inconnu.
Pourtant, la possibilité demeure que le SARS-CoV-2 se soit échappé d'un laboratoire. Bien que les fuites de laboratoire n'aient jamais provoqué d'épidémie, elles ont entraîné de petites épidémies impliquant des virus bien documentés. Un exemple pertinent s'est produit en 2004, lorsque deux chercheurs ont été infectés indépendamment par le virus qui cause le SRAS dans un laboratoire de virologie à Pékin qui a étudié la maladie. Ils ont propagé l'infection à sept autres personnes avant que l'épidémie ne soit contenue.
Quels sont les principaux arguments en faveur d'une fuite de laboratoire ?
En théorie, COVID-19 pourrait provenir d'un laboratoire de plusieurs manières. Les chercheurs ont peut-être collecté le SRAS-CoV-2 sur un animal et l'ont conservé dans leur laboratoire pour l'étudier, ou ils l'ont peut-être créé en créant des génomes de coronavirus. Dans ces scénarios, une personne dans le laboratoire pourrait alors avoir été accidentellement ou délibérément infectée par le virus, puis le transmettre à d'autres – déclenchant la pandémie. Il n'y a actuellement aucune preuve claire pour soutenir ces scénarios, mais ils ne sont pas impossibles.
Les gens ont avancé un certain nombre d'arguments en faveur d'une origine de laboratoire pour le SRAS-CoV-2 qui sont actuellement des conjectures.
L'un d'eux soutient qu'il est suspect que, près d'un an et demi après le début de la pandémie, le parent le plus proche du SRAS-CoV-2 n'ait toujours pas été trouvé chez un animal. Un autre suggère que ce n'est pas un hasard si COVID-19 a été détecté pour la première fois à Wuhan, où se trouve un laboratoire de pointe étudiant les coronavirus, le WIV.
Certains partisans des fuites de laboratoire soutiennent que le virus contient des caractéristiques inhabituelles et des séquences génétiques indiquant qu'il a été conçu par l'homme. Et certains disent que le SARS-CoV-2 se propage si facilement parmi les gens qu'il doit avoir été créé avec cette intention. Un autre argument suggère que le SRAS-CoV-2 pourrait provenir de coronavirus trouvés dans une mine inutilisée où les chercheurs de WIV ont collecté des échantillons de chauves-souris entre 2012 et 2015.
Alors que disent les chercheurs en maladies infectieuses et les biologistes évolutionnistes à propos de ces arguments ?
Est-il suspect qu'aucun animal n'ait été identifié comme transmettant le virus à l'homme ?
Les enquêtes sur l'origine des épidémies prennent souvent des années et certains coupables restent inconnus. Il a fallu 14 ans pour déterminer l'origine de l'épidémie de SRAS, qui a commencé avec un virus chez les chauves-souris qui s'est propagé aux humains, très probablement par les civettes. À ce jour, un virus Ebola complet n'a jamais été isolé d'un animal dans la région où la plus grande épidémie au monde s'est produite entre 2013 et 2016.
Les enquêtes sur l'origine sont compliquées car les épidémies chez les animaux qui ne sont pas les principaux hôtes d'un virus particulier, comme les civettes dans le cas du SRAS, sont souvent sporadiques. Les chercheurs doivent trouver le bon animal avant qu'il ne meure ou n'élimine l'infection. Et, même si l'animal est positif, les virus trouvés dans la salive, les selles ou le sang sont souvent dégradés, ce qui rend difficile le séquençage du génome entier de l'agent pathogène.
Cependant, les scientifiques ont fait des progrès depuis le début de la pandémie. Par exemple, un rapport, publié sur le serveur de préimpression bioRxiv le 27 mai, suggère que RmYN02, un coronavirus chez les chauves-souris du sud de la Chine, pourrait être plus étroitement lié au SRAS-CoV-2 que RATG13 est4.
Quant à trouver un animal hôte intermédiaire, des chercheurs en Chine ont testé plus de 80 000 animaux sauvages et domestiqués ; aucun n'a été positif pour le SRAS-CoV-2. Mais ce nombre ne représente qu'une infime fraction des animaux du pays. Pour affiner la recherche, selon les chercheurs, des tests plus stratégiques sont nécessaires pour isoler les animaux les plus sensibles à l'infection et ceux qui entrent en contact étroit avec les humains. Ils suggèrent également d'utiliser des tests d'anticorps pour identifier les animaux qui ont déjà été infectés par le virus.
Est-il suspect que le WIV soit à Wuhan ?
Les laboratoires de virologie ont tendance à se spécialiser dans les virus qui les entourent, explique Vincent Munster, virologue aux Rocky Mountain Laboratories, une division des National Institutes of Health, à Hamilton, Montana. Le WIV est spécialisé dans les coronavirus car beaucoup ont été trouvés en Chine et dans ses environs. Munster cite d'autres laboratoires qui se concentrent sur les maladies virales endémiques : les laboratoires de la grippe en Asie, les laboratoires de la fièvre hémorragique en Afrique et les laboratoires de la dengue en Amérique latine, par exemple. « Neuf fois sur dix, lorsqu'il y a une nouvelle épidémie, vous trouverez un laboratoire qui travaillera sur ces types de virus à proximité », explique Munster.
Les chercheurs notent qu'une épidémie de coronavirus à Wuhan n'est pas surprenante, car c'est une ville de 11 millions d'habitants dans une région plus large où des coronavirus ont été trouvés. Il contient un aéroport, des gares et des marchés vendant des marchandises et des animaux sauvages transportés de toute la région5, ce qui signifie qu'un virus pourrait entrer dans la ville et se propager rapidement.
Le virus a-t-il des caractéristiques qui suggèrent qu'il a été créé dans un laboratoire ?
Plusieurs chercheurs ont cherché à savoir si les caractéristiques du SARS-CoV-2 signalaient qu'il était issu de la bio-ingénierie. L'une des premières équipes à le faire, dirigée par Kristian Andersen, virologue à Scripps Research à La Jolla, en Californie, a déterminé que cela était « improbable » pour plusieurs raisons, notamment un manque de signatures de manipulation génétique6. Depuis lors, d'autres ont demandé si le site de clivage de la furine du virus – une caractéristique qui l'aide à entrer dans les cellules – était une preuve d'ingénierie, car le SRAS-CoV-2 possède ces sites mais pas ses plus proches parents. Le site de clivage de la furine est important car il se trouve dans la protéine de pointe du virus, et le clivage de la protéine à ce site est nécessaire pour que le virus infecte les cellules.
Mais de nombreux autres coronavirus ont des sites de clivage de la furine, tels que les coronavirus qui provoquent le rhume7. Étant donné que les virus contenant le site sont dispersés dans l'arbre généalogique des coronavirus, plutôt que confinés à un groupe de virus étroitement apparentés, Stephen Goldstein, virologue à l'Université de l'Utah à Salt Lake City, affirme que le site a probablement évolué plusieurs fois car il fournit un avantage évolutif. L'évolution convergente - le processus par lequel des organismes qui ne sont pas étroitement liés développent indépendamment des traits similaires en s'adaptant à des environnements similaires - est incroyablement courant.
Une autre caractéristique du SRAS-CoV-2 qui a attiré l'attention est une combinaison de nucléotides qui sous-tend un segment du site de clivage de la furine : CGG (ceux-ci codent pour l'acide aminé arginine). UNE Moyen article qui spécule sur une origine de laboratoire pour le SRAS-CoV-2 cite David Baltimore, lauréat du prix Nobel et professeur émérite au California Institute of Technology de Pasadena, disant que les virus n'ont généralement pas ce code particulier pour l'arginine, mais les humains souvent do – une « arme fumante », laissant entendre que les chercheurs pourraient avoir falsifié le génome du SRAS-CoV-2.
Andersen dit que Baltimore avait tort sur ce détail, cependant. Dans le SRAS-CoV-2, environ 3% des nucléotides codant pour l'arginine sont des CGG, dit-il. Et il souligne qu'environ 5% de ceux qui codent l'arginine dans le virus qui a causé l'épidémie de SRAS d'origine sont également CGG. Dans un e-mail à Nature, Baltimore dit qu'Andersen a peut-être raison de dire que l'évolution a produit le SRAS-CoV-2, mais ajoute qu'"il existe d'autres possibilités et elles nécessitent un examen attentif, c'est tout ce que je voulais dire".
Est-il vrai que le SARS-CoV-2 doit avoir été conçu, car il est parfait pour provoquer une pandémie ?
De nombreux scientifiques disent non. Ce n'est pas parce que le virus se propage parmi les humains qu'il a été conçu pour le faire. Il fleurit également parmi les visons et infecte une multitude de mammifères carnivores. Et il n'a pas été transmissible de manière optimale entre les humains pendant la majeure partie de l'année dernière. Au contraire, de nouvelles variantes plus efficaces ont évolué dans le monde entier. Pour ne citer qu'un exemple, la variante hautement transmissible du SRAS-CoV-2 signalée pour la première fois en Inde (B.1.617.2 ou Delta) présente des mutations dans les nucléotides codant pour son site de clivage de la furine qui semblent rendre le virus plus apte à infecter les cellules8.
"Ce n'était pas un agent pathogène suprêmement adapté", explique Joel Wertheim, épidémiologiste moléculaire à l'Université de Californie à San Diego.
Les chercheurs ont-ils collecté le SARS-CoV-2 dans une mine ?
Des chercheurs du WIV ont collecté des centaines d'échantillons de chauves-souris se perchant dans une mine entre 2012 et 2015, après que plusieurs mineurs qui y travaillaient soient tombés malades d'une maladie respiratoire inconnue. (L'année dernière, des chercheurs ont signalé que des échantillons de sang prélevés sur les mineurs étaient négatifs pour les anticorps contre le SRAS-CoV-2, ce qui signifie que la maladie n'était probablement pas COVID-199.) De retour au laboratoire, les chercheurs du WIV ont détecté près de 300 coronavirus dans la chauve-souris échantillons, mais ils n'ont pu obtenir que des séquences génomiques entières ou partielles de moins d'une douzaine, et aucun de ceux qui ont été signalés n'était le SRAS-CoV-29,10. Au cours de l'enquête sur les origines dirigée par l'OMS plus tôt cette année, les chercheurs du WIV ont déclaré aux enquêteurs qu'ils n'avaient cultivé que trois coronavirus en laboratoire et qu'aucun n'était étroitement lié au SRAS-CoV-2.
Bien que les enquêteurs n'aient pas passé au crible les congélateurs du WIV pour confirmer cette information, le faible nombre de génomes et de cultures ne surprend pas les virologues. Munster dit qu'il est extrêmement difficile d'extraire des coronavirus intacts à partir d'échantillons de chauves-souris. Les niveaux de virus ont tendance à être faibles chez les animaux, et les virus sont souvent dégradés dans les fèces, la salive et les gouttelettes de sang. De plus, lorsque les chercheurs souhaitent étudier ou modifier génétiquement des virus, ils doivent les garder (ou les imiter synthétiquement) en vie, en trouvant les cellules animales vivantes appropriées pour les virus à habiter en laboratoire, ce qui peut être un défi.
Ainsi, pour que le SRAS-CoV-2 provienne de cette mine en Chine, les chercheurs du WIV auraient dû surmonter de sérieux défis techniques – et ils auraient gardé l'information secrète pendant un certain nombre d'années et induit les enquêteurs en erreur sur le projet dirigé par l'OMS. mission, soulignent les scientifiques. Il n'y a aucune preuve de cela, mais cela ne peut pas être exclu.
Quelle est la prochaine étape pour les enquêtes sur les fuites en laboratoire ?
Biden a demandé à la communauté du renseignement américaine de lui faire rapport dans 90 jours. Peut-être que cette enquête fera la lumière sur des informations américaines non divulguées rapportées par Le journal de Wall Street suggérant que trois membres du personnel du WIV étaient malades en novembre 2019, avant que les premiers cas de COVID-19 ne soient signalés en Chine. L'article affirme que les responsables américains ont des opinions différentes sur la qualité de ces informations. Et les chercheurs du WIV ont maintenu que le personnel de l'institut avait été testé négatif pour les anticorps qui indiqueraient une infection par le SRAS-CoV-2 avant janvier 2020.
La semaine dernière, Anthony Fauci, conseiller médical en chef de Biden, a demandé aux autorités chinoises de divulguer les dossiers hospitaliers des membres du personnel de WIV. D'autres ont demandé des échantillons de sang aux membres du personnel de WIV et l'accès à des échantillons de chauves-souris et de virus WIV, des cahiers de laboratoire et des disques durs. Mais on ne sait pas ce que de telles demandes donneront, car la Chine n'a pas cédé aux demandes d'enquête de laboratoire complète. Un porte-parole du ministère des Affaires étrangères de la République populaire de Chine, Zhao Lijian, a déclaré que les laboratoires américains devraient plutôt faire l'objet d'enquêtes et que certaines personnes aux États-Unis « ne se soucient pas des faits ou de la vérité et n'ont aucun intérêt pour un étude scientifique sérieuse des origines ».
Alors que l'enquête de Biden commence et que l'OMS envisage la prochaine phase de son étude sur l'origine, les experts en pandémie se préparent pour un long chemin à parcourir. "Nous voulons une réponse", déclare Jason Kindrachuk, virologue à l'Université du Manitoba à Winnipeg, au Canada. "Mais nous devrons peut-être continuer à rassembler des éléments de preuve au fur et à mesure que les semaines, les mois et les années avancent."
