Contributeurs clés à la plate-forme de diagnostic COVID-19 de PATH, de gauche à droite : Lorraine Lillis, chargée de programme scientifique pour le diagnostic; Neha Agarwal, directrice associée pour le diagnostic, et Olivia Halas, coordonnatrice du programme pour le diagnostic. (Photos PATH)
Alors que tous les yeux sont rivés sur le vaccin COVID-19, les variantes les plus dangereuses du virus deviennent de plus en plus dominantes.
Dans l'État de Washington, la variante du Royaume-Uni, ou B.1.1.7, et deux variantes étroitement apparentées identifiées pour la première fois en Californie ont rapidement dépassé d'autres souches. Alors que l'État n'a que des estimations approximatives de la part relative de chaque variante, les variantes du Royaume-Uni et de la Californie représentent chacune environ un tiers des infections. Le virus d'origine et d'autres variantes constituent le tiers restant. D'autres États connaissent également des tendances similaires.
Au fur et à mesure que les chiffres augmentent, un effort de PATH, une organisation mondiale de santé à but non lucratif, aide à s'assurer que les variantes les plus inquiétantes ne peuvent pas éviter la détection.
L'organisation basée à Seattle a récemment publié un outil qui rassemble des informations sur la capacité des tests COVID à identifier les infections quelle que soit la souche contractée par une personne. Les chercheurs de PATH ont collecté manuellement des données sur des centaines de tests auprès de dizaines de fabricants, ce qui permet aux utilisateurs d'évaluer plus facilement les outils de diagnostic disponibles. Pour la majorité des tests, des informations très limitées sont disponibles sur leurs performances par rapport aux variantes.
Le tableau de bord de PATH montre les implications des variantes sur la détection du test moléculaire COVID-19.
La base de données axée sur les variantes fait partie d'une plate-forme de diagnostic COVID plus large développée par PATH, avec le soutien de la société de visualisation de données Tableau. Il comprend des informations sur les performances d'un test, où il a été réalisé et approuvé pour son utilisation, et s'il est disponible dans le commerce.
PATH, une organisation travaillant sur les questions d'équité en santé dans le monde, a développé la plate-forme principalement à l'usage des gouvernements et des décideurs, et en particulier ceux des pays à faible revenu.
Alors qu'une grande partie de l'attention aux États-Unis a été dirigée vers les taux d'infection et de vaccination américains, les experts de la santé rappellent aux gens que le COVID est une préoccupation mondiale. Le virus d'origine et bon nombre des variantes les plus problématiques sont apparus en dehors des frontières américaines. Il est essentiel que d’autres pays soient en mesure de suivre et de se protéger contre la maladie dans l’intérêt de leurs propres résidents et pour le contrôle du COVID dans le monde entier.
«COVID ne s'en va pas. On soupçonne fortement que cela va devenir un virus endémique similaire à la grippe », a déclaré Lorraine Lillis, responsable du programme scientifique de PATH pour le diagnostic. "Nous allons donc avoir besoin de diagnostics pour surveiller, diagnostiquer et voir en permanence ce que cela fait."
Les chercheurs de PATH espèrent que leurs travaux aideront à mettre en évidence les fabricants de diagnostics plus petits et moins connus pour apporter de la diversité sur le marché, et qu'ils encourageront les fabricants de tests à partager des données sur leurs performances par rapport aux variantes.
Il existe deux approches pour tester le COVID : des tests antigéniques rapides qui effectuent quelque chose comme un test de grossesse, à la recherche de morceaux de virus; et des tests moléculaires qui utilisent la PCR (réaction en chaîne par polymérase) pour détecter même de petites quantités de matériel génétique du virus.
À la fin du mois de mars, la Food and Drug Administration des États-Unis avait identifié quatre tests moléculaires «dont les performances pourraient être affectées» par des mutations trouvées dans certaines des variantes préoccupantes. Les tests contiennent plusieurs cibles pour se prémunir contre ce type de problème, ils devraient donc toujours détecter les cas positifs. Mais avec autant de tests disponibles et d'autres à venir sur le marché, il peut être difficile de savoir lesquels fonctionnent le mieux.
Auparavant: PATH publie un nouveau tableau de bord pour aider les responsables de la santé à comprendre les tests de diagnostic COVID-19
«Il y a juste beaucoup de confusion à ce sujet», a déclaré Neha Agarwal, directrice associée de PATH pour les diagnostics. «Nous n'avons vu aucun type d'agrégateur de données créé, et nous avons donc simplement ressenti le besoin de combler cette lacune.»
En plus des tests de diagnostic, les chercheurs prennent également un sous-ensemble d'échantillons COVID positifs et séquencent l'intégralité du code génétique du virus, ce qui leur permet d'identifier le variant présent et d'identifier de nouvelles mutations.
L'État de Washington est un chef de file dans le séquençage, examinant près de 11% des échantillons positifs au COVID en mars. Bien que les échantillons choisis pour le séquençage ne soient pas censés représenter parfaitement le mélange de variantes dans l'état, il est toujours facile de voir que les variantes se développent au fil du temps. La variante B.1.1.7, par exemple, n'était présente que dans 3,5% des cas échantillonnés du début à la mi-février. Fin mars, il était responsable de 35,5% des infections séquencées.
Par rapport au virus COVID d'origine, B.1.1.7 est environ 50% plus transmissible et susceptible de provoquer des infections plus graves. Les premières recherches suggèrent que les vaccins devraient encore bien fonctionner contre lui.
«Les tests répondent à ce jour à la préoccupation des variantes, [but] c'est toujours quelque chose avec lequel vous devez être vigilant », a déclaré Lillis. «Ces virus peuvent muter si facilement. Chaque fois que vous développez un test, vous voulez être en mesure de détecter autant de variantes que possible. »
