LONDRES (AP) - Le 4 mars 2020, alors qu'il n'y avait que 84 cas confirmés de COVID-19 au Royaume-Uni, le professeur Sharon Peacock a reconnu que le pays devait étendre sa capacité à analyser la composition génétique du virus.
Le microbiologiste de l'Université de Cambridge a compris que le séquençage génomique serait crucial pour suivre la maladie, contrôler les épidémies et développer des vaccins. Elle a donc commencé à travailler avec des collègues de tout le pays pour élaborer un plan. En un mois, le gouvernement avait fourni 20 millions de livres (28 millions de dollars) pour financer leurs travaux.
Cette initiative a contribué à faire de la Grande-Bretagne un leader mondial dans l'analyse rapide du matériel génétique d'un grand nombre d'infections au COVID-19, générant plus de 40% des séquences génomiques identifiées à ce jour. De nos jours, leur priorité absolue est de trouver de nouvelles variantes plus dangereuses ou plus résistantes aux vaccins, informations essentielles pour aider les chercheurs à modifier les vaccins ou à en développer de nouveaux pour lutter contre le virus en constante évolution.
«Ils ont montré au monde comment vous faites cela», a déclaré le Dr Eric Topol, président de la médecine innovante à Scripps Research à San Diego, en Californie.
Le séquençage génomique est essentiellement le processus de cartographie de la composition génétique unique des organismes individuels - dans ce cas, le virus qui cause le COVID-19. Alors que la technique est utilisée par les chercheurs pour étudier tout, du cancer aux épidémies d'intoxication alimentaire et au virus de la grippe, c'est la première fois que les autorités l'utilisent pour fournir une surveillance en temps réel d'une pandémie mondiale.
Peacock, 62 ans, dirige l'effort de séquençage de la Grande-Bretagne en tant que directrice exécutive et présidente du COVID-19 UK Genomics Consortium, connu sous le nom de COG-UK, le groupe qu'elle a aidé à créer il y a un an.
Au cours de la première semaine de ce mois, COG-UK a séquencé 13 171 virus, contre 260 au cours de ses 12 premiers jours de fonctionnement en mars de l'année dernière, selon des rapports hebdomadaires sur le site Web du groupe.
Derrière cette croissance se cache un système qui relie la science du séquençage génomique aux ressources du système national de santé britannique.
Les tests COVID-19 positifs des hôpitaux et des programmes de test communautaires à travers le pays sont envoyés à un réseau de 17 laboratoires où les scientifiques passent leurs journées à extraire le matériel génétique de chaque écouvillon et à l’analyser pour identifier le code génétique unique de ce virus. Les séquences sont ensuite croisées avec des données de santé publique pour mieux comprendre comment, où et pourquoi le COVID-19 se propage.
Lorsque les mutations du virus correspondent à une augmentation des cas autrement inexpliquée, c'est un indice qu'une nouvelle variante préoccupante circule dans la région.
L'importance du séquençage génomique est devenue évidente à la fin de l'année dernière alors que le nombre de nouvelles infections commençait à augmenter dans le sud-est de l'Angleterre. Lorsque les cas ont continué d'augmenter malgré les restrictions locales strictes, les responsables de la santé publique se sont mis au travail pour savoir pourquoi.
En combinant les données du séquençage du génome, les scientifiques ont identifié une nouvelle variante qui comprenait un certain nombre de mutations qui permettaient au virus de passer plus facilement d'une personne à une autre.
Fort de ces informations, le Premier ministre Boris Johnson a imposé un verrouillage national, abandonnant une stratégie de restrictions locales qui n'avait pas réussi à contenir la nouvelle variante.
La recherche scientifique est cruciale, mais c'est comme chercher une aiguille dans une botte de foin parce que les chercheurs doivent passer au crible les séquences génétiques de milliers de variantes inoffensives pour trouver les rares et dangereuses, a déclaré Peacock.
«Il est vital pour que nous puissions comprendre quelles variantes circulent, à la fois au Royaume-Uni et dans le monde, et donc les implications de cela sur le développement de vaccins et la manière dont nous pourrions avoir à adapter les vaccins», a-t-elle déclaré.
L'effort est une collaboration mondiale, avec plus de 120 pays soumettant des séquences à GISAID, un centre de partage de données créé à l'origine pour suivre les virus grippaux.
L'Islande, l'Australie, la Nouvelle-Zélande et le Danemark séquencent en fait un pourcentage plus élevé de leurs cas de COVID-19 que la Grande-Bretagne, et le Danemark fait le travail plus rapidement. Mais le travail de COG-UK, combiné à la taille de la Grande-Bretagne et au nombre élevé de cas, en a fait le leader mondial du séquençage du COVID-19. Le Royaume-Uni a soumis 379 294 des près de 898 000 séquences de la base de données GISAID.
Ce travail porte ses fruits, même pour des pays avancés comme le Danemark, où les scientifiques utilisent des outils développés en Grande-Bretagne pour analyser leurs propres données, a déclaré Mads Albertsen, professeur à l’université danoise d’Aalborg qui participe aux efforts de séquençage génomique du pays.
"Ce que le Royaume-Uni vient de faire de loin le mieux, c'est l'ensemble de la configuration", a déclaré Albertsen. "Ils ont donc beaucoup plus de chercheurs et une structure beaucoup plus professionnelle sur la façon d'utiliser les données."
Les États-Unis essaient également d'apprendre de la Grande-Bretagne alors que l'administration Biden renverse les politiques anti-scientifiques de son prédécesseur qui ont ralenti les efforts de séquençage du pays, a déclaré Topol de Scripps Research. Des représentants de COG-UK ont participé à un récent appel avec des chercheurs américains et la Fondation Rockefeller visant à renforcer les capacités aux États-Unis.
«Au crédit de Peacock et de l’équipage, ils ne se sont pas arrêtés à la séquence», a déclaré Topol. «Ils ont organisé des laboratoires pour faire cet autre travail, qui est en fait une évaluation de laboratoire très intensive. Et puis il y a aussi l’évaluation épidémiologique. Donc, tout doit tirer sur chaque cylindre, vous savez. C’est comme une voiture à 12 cylindres. Ils doivent tous tirer pour bouger.
Le succès du séquençage du Royaume-Uni a été construit sur la base d'une science génétique révolutionnaire en Grande-Bretagne, qui remonte aux travaux de James Watson, Francis Crick et Rosalind Franklin, à qui on attribue la découverte de la structure chimique de l'ADN. D'autres scientifiques britanniques ont développé des techniques de séquençage précoces et plus tard une nouvelle technologie qui a réduit le temps et le coût du séquençage.
Ce succès a attiré des investissements, comme la décision du Wellcome Trust en 1992 de créer le Sanger Center pour aider à cartographier le génome humain, élargissant ainsi le bassin d’expertise en Grande-Bretagne. Et le National Health Service britannique a fourni une mine de données aux chercheurs à étudier.
Pourtant, des collègues disent que Peacock mérite personnellement une grande partie du crédit pour le succès de COG-UK, bien qu'elle préfère mettre en évidence le travail des autres.
Férocement bonne organisatrice, elle a collé les détectives ADN de la nation par le biais de la bonne volonté et des forums de discussion. Une partie de l'astuce consistait à persuader d'éminents scientifiques de mettre de côté leur ego et leurs rivalités académiques pour travailler ensemble pour aider à lutter contre la pandémie, a déclaré Andrew Page, un expert en analyse informatique de la génomique des pathogènes qui travaille avec COG-UK.
Le travail de Peacock sur le projet lui a valu la notoriété et le surnom de chasseur de variantes en chef. Mais elle préfère un terme plus simple.
«Je me considère avant tout comme un scientifique qui fait de son mieux pour essayer d’aider à la fois la population du Royaume-Uni et d’ailleurs à contrôler la pandémie», a-t-elle déclaré. "Il y a peut-être une meilleure phrase pour cela, mais le scientifique le fera."
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