Le nombre de nouveaux cas de coronavirus à New York est resté alarmant et obstinément élevé pendant des semaines, alors même que des dizaines de milliers de personnes sont vaccinées quotidiennement.
Une raison probable est que des variantes plus contagieuses ont remplacé les formes originales du virus, ont déclaré des responsables de la santé publique, représentant plus de 75% des nouveaux cas, selon une analyse récente.
Chaque semaine, le département de la santé publie les résultats d'un échantillonnage de jusqu'à 1 500 cas séquencés, fournissant un instantané à l'échelle de la ville des variantes à la hausse.
Jusqu'à cette semaine, la ville n'avait pas précisé quelles variantes étaient les plus courantes dans quels quartiers. Mais les données nouvellement disponibles au niveau du code postal fournissent un aperçu du mélange de variantes circulant dans la région.
Ces informations nous rappellent vivement que la dynamique de l’épidémie à New York a changé au cours des derniers mois et que les formes originales du virus sont de plus en plus inhabituelles dans toute la ville.
«Cela rend quelque chose d'assez abstrait et peut-être moins accessible que beaucoup plus tangible pour les gens», a déclaré le Dr Denis Nash, épidémiologiste à la CUNY Graduate School of Public Health and Health Policy, à propos des données. «Le paysage change rapidement.»
Les variantes se répandent
Une variante découverte pour la première fois à New York, B.1.526, s'est répandue plus largement dans la ville que toutes les autres jusqu'à présent. Il y a également eu une augmentation significative des cas liés à la variante B.1.1.7, qui a été détectée pour la première fois en Grande-Bretagne l'année dernière et représente désormais près de 30% des nouveaux cas séquencés à New York.
La variante B.1.1.7 a provoqué de nouvelles poussées de maladie de la Pologne au Michigan. On estime qu'il est 60% plus contagieux et deux tiers plus mortel que la forme originale du virus. Cette variante est désormais la principale source de nouvelles infections aux États-Unis et en Europe.
Mais pas à New York, où le B.1.526 reste la variante la plus répandue, comprenant environ 45% des cas séquencés à partir de la quatrième semaine de mars.
De nombreuses questions sur le B.1.526, par exemple s'il provoque une maladie plus grave ou s'il peut échapper à la protection accordée par les vaccins, restent sans réponse.
Quant à savoir lequel est le plus contagieux - B.1.1.7 ou B.1.526 - les responsables de la santé ne sont pas encore sûrs. «Nous n’avons pas suffisamment d’informations pour le discerner en ce moment», a déclaré le commissaire à la santé de la ville, le Dr Dave Chokshi.
Dans le Queens, Manhattan et Brooklyn, la variante B.1.526 représentait plus de 50 pour cent de tous les cas séquencés entre le 16 mars et le 1er avril. Dans le Bronx, la part de B.1.526 était de 61 pour cent.
L'un des rares endroits où B.1.1.7 semble être responsable de la majorité des cas était le long de la pointe sud de Staten Island, qui a lutté avec des charges de cas élevées pendant des mois et a actuellement certains des taux de positivité les plus élevés de la ville.
À travers Staten Island, B.1.1.7 représentait 40% des nouveaux cas séquencés entre le 16 mars et le 1er avril. Dans le Queens, Brooklyn et Manhattan, B.1.1.7 représentait une part plus petite, représentant 26 à 29% dans ces arrondissements. Dans le Bronx, B.1.1.7 ne représentait que 23% des cas séquencés.
Malgré la prédominance des variantes, les hospitalisations n'ont pas augmenté dans la ville ces dernières semaines, et sont en fait en légère baisse. Et les cas sont stables, bien qu'à un niveau élevé. «Pour moi, c’est rassurant», a déclaré le Dr Wafaa El-Sadr, épidémiologiste à la Mailman School of Public Health de l’Université Columbia. «Nous assistons peut-être aux débuts d'un effet vaccinal.»
Mise à jour 13 avril 2021, 17 h 17 ET
Les données ont des limites
Au cours d'une semaine donnée, environ un à deux mille cas de coronavirus positifs à New York sont séquencés - c'est-à-dire que le matériel génétique du virus est examiné pour des mutations. Cela représente environ entre quatre et huit pour cent des nouveaux cas de la ville de New York. La majorité de ces cas sont séquencés dans un laboratoire de Long Island City exploité par Opentrons, une société de robotique.
À la demande du Times, le directeur général de la société, Jonathan Brennan-Badal, a partagé des données au niveau du code postal pour environ 7500 cas séquencés, expliquant que ces informations pourraient aider à identifier où le besoin de plus de ressources - y compris des tests et des vaccinations - était le plus grand..
Le service de santé de la ville utilise les séquences de ce laboratoire, connu sous le nom de laboratoire d'intervention en cas de pandémie, comme base pour son échantillon hebdomadaire mesurant la prévalence de chaque variante.
Mais même avec des milliers d'échantillons séquencés, les données ont encore des limites importantes. La plupart de ses échantillons de coronavirus proviennent du système hospitalier public de la ville et des sites de test parrainés par la ville. Il reçoit beaucoup d'échantillons de certains quartiers, mais peu d'autres.
«Le nombre limité de variantes séquencées jusqu'à présent rend difficile de parvenir à des conclusions quant à savoir si certains quartiers sont plus gravement touchés que d'autres», a déclaré le Dr El-Sadr.
Chaque point sur les cartes de densité ci-dessus est placé dans le code postal d'un New Yorker dont l'échantillon de coronavirus a été séquencé au laboratoire d'Opentrons. Mais les quartiers avec beaucoup de points ne correspondent pas nécessairement aux points chauds du coronavirus. La densité des points s'explique souvent par la présence d'un centre de test de la ville à proximité.
En revanche, les quartiers avec peu de points ne sont pas forcément exempts de variantes. Cela signifie simplement que peu d'échantillons de coronavirus à partir de là ont atteint le laboratoire.
Il y a des angles morts à travers le Bronx, le Queens et la moitié sud de Manhattan. Dans certains codes postaux, trop peu d'échantillons ont été séquencés pour tirer des conclusions solides. À Roosevelt Island, par exemple, un seul cas a été séquencé.
Lundi, la ville a publié séparément un rapport basé sur les données au niveau du code postal du laboratoire d'intervention en cas de pandémie, ainsi que du laboratoire de la ville. Il a également montré que la proportion de cas B.1.1.7 et B.1.526 augmentait rapidement.
Le rapport indique que des cas de B.1.526 ont été détectés dans les cinq arrondissements, mais qu'ils étaient légèrement plus fréquents dans le Bronx et certaines parties du Queens. Des cas de B.1.1.7 ont également été trouvés dans toute la ville, mais étaient légèrement plus fréquents dans le sud de Brooklyn, dans l'est du Queens et à Staten Island.
Comment cette information est-elle utile?
Les responsables de la ville ont déclaré que les cartes montraient une transmission généralisée des variantes et qu'elles étaient un rappel important pour les gens de ne laisser tomber leurs gardes dans aucun quartier.
«La meilleure façon de lutter contre cette menace est de vacciner tout le monde le plus rapidement possible», a déclaré le Dr Jay Varma, conseiller principal en santé publique au bureau du maire. "La réalité est que vous courez le risque de l'un de ces problèmes, où que vous soyez."
Le Dr Chokshi a déclaré que la répartition géographique des variantes illustrait l'endroit où les variantes avaient été détectées et leur étendue dans la ville, des questions que les responsables de la santé se posaient depuis des semaines.
La surveillance des grappes dans certains quartiers pourrait conduire à des aperçus sur des variantes qui jusqu'à présent sont restées un peu un mystère pour les responsables de la santé.
Étant donné que le B.1.526 semble avoir émergé localement à New York, le Dr Nash a dit qu'il s'attendrait à ce qu'il circule davantage dans les zones à haut niveau de transmission communautaire.
Tout au long de la pandémie, ceux-ci ont eu tendance à être des parties les plus pauvres de la ville, où les conditions de vie sont plus encombrées et où les emplois ont dû se présenter en personne. La carte le confirme en grande partie.
Dans les codes postaux où plus de 20 pour cent de la population vit dans la pauvreté, il y avait environ trois fois plus de cas B.1.526 séquencés que de cas B.1.1.7 entre le 1er mars et le 1er avril. Dans les codes postaux avec moins de pauvreté, B. 1.526 cas étaient juste deux fois plus nombreux que B.1.1.7.
Dans un effet inverse, les taux de vaccination ont également tendance à être plus faibles dans les quartiers les plus durement touchés qui ont eu plus de transmission communautaire pendant la pandémie. Une partie de cela est due à l'hésitation à la vaccination, et d'autres à des problèmes d'accès. La ville a essayé de résoudre ce problème avec des campagnes de vaccination ciblées.
«La rareté est l'ennemi de l'équité», a déclaré le Dr Tom Frieden, ancien commissaire à la santé de la ville.
Toutes les variantes ne sont pas identiques
L'abondance de variantes détectées dans la ville a créé un défi complexe pour les responsables de la santé.
Certaines variantes - telles que celles trouvées pour la première fois au Brésil, P.1, et en Afrique du Sud, B.1.351, qui apparaissent maintenant en petit nombre à New York - portent une mutation qui semble permettre au virus d'échapper partiellement aux anticorps de infection antérieure. La variante trouvée pour la première fois en Afrique du Sud semble également rendre les vaccins moins efficaces.
Le variant détecté pour la première fois à New York, B.1.526, semble s'accompagner de deux formes de mutation.
Plus de la moitié du B.1.526 circulant à New York porte désormais une mutation similaire à celles portées par les variants découverts en Afrique du Sud et au Brésil, selon le département de la santé de la ville de New York.
Selon les chercheurs, une autre version de la variante contient une mutation différente, ce qui peut aider le virus à se lier plus étroitement aux cellules humaines et peut le rendre plus contagieux. Cependant, il n'y a pas encore de preuves concrètes que le B.1.526 entraîne une infection plus grave, ou soit plus susceptible d'échapper aux anticorps d'infections ou de vaccins antérieurs, bien qu'il soit à l'étude, ont déclaré des responsables de la ville.
La variante P.1, qui a été liée à une flambée de cas au Brésil, a été détectée une vingtaine de fois à New York entre le 16 mars et le 1er avril, principalement dans le Queens. Une poignée de cas de B.1.351 ont été trouvés pour la plupart sur Staten Island ces dernières semaines.
"C'est juste un rappel que non seulement nous sommes interconnectés dans la ville, mais que nous sommes interconnectés dans le monde entier", a déclaré le Dr Nash, "et que ce qui se passe là-bas peut également se produire ici, si nous ne faisons pas attention."
Lauren Leatherby a contribué à la recherche.
