˝Il y a tellement d'obstacles.˝ Des scientifiques indiens plaident auprès du gouvernement pour déverrouiller les données COVID-19

Par Priyanka PullaMay. 4, 2021 à 12h10

Le reportage de cette histoire a été financé par une bourse de journalisme de la Thakur Family Foundation, qui n'a pas influencé le contenu de ce rapport.

Les chercheurs indiens disent qu’ils ont un besoin urgent d’un meilleur accès aux données collectées par les agences gouvernementales pour les aider à comprendre et à combattre la deuxième vague de pandémie dévastatrice du pays. Une lettre ouverte publiée le 29 avril et qui compte à ce jour 740 signataires demande au gouvernement d'accéder aux bases de données sur les tests COVID-19 et le séquençage génomique et l'exhorte à supprimer les autres obstacles à la recherche.

«Il y a actuellement tellement d'obstacles et tellement de paperasse pour accéder à ces données», déclare Partha Pratim Majumder, épidémiologiste génétique à l'Institut national de génomique biomédicale du Bengale occidental et l'un des signataires de la lettre.

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Le Bureau du conseiller scientifique principal du gouvernement indien, K. VijayRaghavan, a publié le lendemain une note reconnaissant les problèmes et promettant d’améliorer l’accès. «Notre communauté de recherche élargie doit être beaucoup plus facilitée par nos agences de recherche», indique la lettre. Mais certains scientifiques doutent que la situation s'améliorera rapidement; la note était faible sur les détails et les demandes précédentes de données des agences gouvernementales sont souvent restées sans réponse, disent-ils. La raison pour laquelle le gouvernement indien est si réticent à partager des données n'est pas claire.

Le gouvernement a recueilli des données détaillées sur certains aspects de la pandémie. Par exemple, le Conseil indien de la recherche médicale (ICMR), la plus grande agence de recherche médicale du pays, saisit des détails démographiques tels que l'âge, l'emplacement et l'état de santé de toutes les personnes qui soumettent un échantillon pour un test COVID-19. Les données pourraient aider à répondre à des questions clés, telles que si les personnes atteintes de certaines maladies concomitantes sont plus susceptibles d'avoir de pires résultats et si les vaccins fonctionnent, dit Gagandeep Kang, microbiologiste en santé publique au Christian Medical College, Vellore, qui a également signé la lettre. . «Beaucoup de gens veulent savoir, par exemple, ce qu'est la mortalité selon le lieu et si elle diffère entre les zones rurales et urbaines», dit-elle. «Cela témoigne du type de soins que les gens reçoivent.»

Mais jusqu'à présent, disent les scientifiques, l'ICMR et d'autres agences gouvernementales ont tardé à répondre aux demandes d'accès. Cela a forcé plusieurs groupes qui construisent des modèles informatiques de l'épidémie à s'appuyer sur des données du domaine public, qui sont agrégées par État mais manquent de détails granulaires tels que des ventilations par district, âge ou sexe, explique LS Shashidhara, biologiste du développement à l'Institut indien de Enseignement et recherche scientifiques, Pune. Même les groupes de modélisation qui conseillent le gouvernement indien sur sa politique de réponse au COVID-19 ne disposent souvent pas de ces données, dit Shashidhara.

Les scientifiques souhaitent également avoir accès à davantage de séquences génomiques virales générées par le Consortium indien SARS-CoV-2 sur la génomique (INSACOG). Créé en décembre 2020, l’objectif déclaré du consortium est de séquencer 5% de tous les nouveaux cas de SRAS-CoV-2 dans le pays, ce qui est important pour suivre la propagation de nouvelles variantes de virus. L'INSACOG a connu un démarrage lent, avec un peu plus de 15 000 échantillons séquencés fin avril, sur environ 5,9 millions de nouveaux cas observés en Inde depuis janvier. Et seulement 6 200 séquences - moins de la moitié - ont été déposées dans GISAID, une base de données internationale, au cours de cette période.

En février, l'INSACOG a identifié une variante, baptisée plus tard B.1.617, dont la fréquence augmentait dans le Maharashtra à un moment où cet état connaissait une épidémie massive. B.1.617 s'est répandu dans plusieurs autres pays, dont le Royaume-Uni et les États-Unis. Mais l'INSACOG n'a pas encore partagé ses analyses sur la question de savoir si le variant est plus transmissible ou plus virulent. «Nous avons besoin de plusieurs paires d'yeux pour examiner ces données, au lieu d'une seule», explique Majumder.

Les auteurs demandent également au gouvernement de supprimer les obstacles qui empêchent l'INSACOG d'accélérer le rythme de séquençage. Les scientifiques de l'INSACOG doivent actuellement franchir plusieurs obstacles bureaucratiques pour importer des réactifs, des plastiques et d'autres matériaux clés. Les mesures, conçues pour protéger l'industrie indienne, sont peu judicieuses pendant la flambée des coronavirus, déclare Rakesh Mishra, génomicien au Centre de biologie cellulaire et moléculaire d'Hyderabad, l'un des 10 laboratoires INSACOG. «C’est comme enlever une couverture à une personne en hiver parce que la couverture est importée», dit-il.

La note publiée par le bureau de VijayRaghavan indique que les agences gouvernementales «mettront immédiatement en évidence les mécanismes d'accès à la recherche aux ensembles de données déjà disponibles et mettront en place l'accès aux nouveaux ensembles de données au fur et à mesure de leur formation». Il indique également que le gouvernement supprimera les goulots d'étranglement des importations et que l'INSACOG impliquera davantage d'équipes dans l'analyse des données, la bioinformatique et la prise de décision.

Bien que certains scientifiques aient accueilli favorablement la réponse rapide, d'autres disent que la lettre est trop petite, trop tard. «La note dit seulement que les agences gouvernementales faciliteront l'accès aux données», dit Majumder. «La question est: quand? Le temps presse. Et les promesses faites dans le passé par d'importants fonctionnaires du gouvernement n'ont souvent pas été tenues à temps. »