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Test du COVID-19 à l'aéroport de Johannesburg en janvier. Une variante de préoccupation qui a surgi en Afrique du Sud s'est répandue dans le monde entier.
PHOTO : GUILLEM SARTORIO / BLOOMBERG / GETTY IMAGESLe mois dernier, Gytis Dudas suivait une nouvelle variante de coronavirus inquiétante qui avait déclenché une épidémie de COVID-19 dans sa Lituanie natale et est apparue sporadiquement ailleurs en Europe et aux États-Unis. En explorant une base de données internationale des génomes de coronavirus, Dudas a trouvé un indice crucial : un échantillon du nouveau variant du SRAS-CoV-2 provenait d'une personne qui avait récemment volé en France depuis le Cameroun. Un collaborateur, Guy Baele de la KU Leuven, a rapidement identifié six autres séquences virales de personnes en Europe qui avaient voyagé là-bas depuis le Cameroun. Mais ensuite, leur quête pour identifier les origines de la variante s'est heurtée à un mur : le Cameroun n'avait téléchargé que 48 génomes viraux dans le référentiel mondial de séquences appelé GISAID. Aucun n'incluait la variante.
Avec un travail acharné, Baele et Dudas, biologiste évolutionniste au Centre mondial de la biodiversité de Göteborg, ont appris qu'une autre équipe avait rassemblé des séquences non encore publiées d'une épidémie de COVID-19 parmi le personnel d'un programme de grands singes en République centrafricaine, Frontière camerounaise. Six personnes portaient la nouvelle variante.
Baele, Dudas et leurs collègues ont reconstitué l'arbre évolutif et la répartition géographique de la variante, et ont conclu qu'il était probablement apparu au Cameroun, comme ils l'ont rapporté dans un pré-imprimé du 8 mai. Ils notent que la variante porte une suite de mutations observées dans d'autres «variantes préoccupantes» qui sont plus infectieuses ou dangereuses.
«Cela ressemblait à la chose typique qui devrait soulever tous les drapeaux rouges», explique Sébastien Calvignac-Spencer, un biologiste évolutionniste à l'Institut Robert Koch dont l'équipe a séquencé des échantillons de la station de singes. Mais le Cameroun et les pays voisins, où l'équipe a déduit que la variante était peut-être déjà répandue, en avaient été aveugles.
Les chercheurs affirment que l'histoire de cette variante, désignée B.1.620, est un avertissement pour le monde : «L'effort de séquençage au Cameroun et dans d'autres pays africains ne suffit pas», déclare le co-auteur Ahidjo Ayouba, biologiste à la Recherche nationale française. Institut du développement durable de l'Université de Montpellier. Il se rendra dans son Cameroun natal le mois prochain pour installer le premier séquenceur de nouvelle génération du pays. L'émergence de nouvelles variantes avec des mutations délétères dans des pays sans séquençage régulier «peut devenir une norme alarmante», mettent en garde les chercheurs dans leur pré-impression.
Ce n’est pas seulement l’Afrique. Sur 152 pays pour lesquels des données étaient disponibles au 10 mai, 100 avaient téléchargé des données de séquence vers le GISAID pour moins de 1% de leurs cas signalés (voir carte, p. 774). Parmi ceux-ci, 51 pays, dont de grandes nations comme l'Inde, l'Indonésie, la Russie et le Brésil, avaient téléchargé des séquences pour moins de 0,1% des cas. Dix pays riches représentaient 82% des plus de 1,4 million de séquences de la base de données du GISAID. «Nous travaillons pour changer cela», déclare Frank Konings, chef du groupe de travail sur l'évolution des virus de l'Organisation mondiale de la santé (OMS).
La plupart des pays où le séquençage est limité ont également actuellement peu ou pas d'accès aux vaccins, et certains connaissent de graves flambées. Au fur et à mesure que le virus se réplique sans contrôle, ces régions peuvent devenir des terrains de reproduction pour de nouveaux mutants, qui peuvent ensuite se propager dans le monde entier. L'Inde, par exemple, fait face à une flambée de cas de premier plan dans le monde. Le 11 mai, l'OMS a étiqueté la nouvelle variante B.1.617, qui est apparue en Inde et s'est répandue dans des dizaines de pays, une variante préoccupante. «Là où la pandémie n'est actuellement pas contrôlée, c'est là où nous pouvons nous attendre à ce que les variantes soient à la hausse», dit Dudas. «Il serait beaucoup plus intéressant de séquencer les 1 000 derniers cas en République centrafricaine que les 100 000 suivants en Allemagne.»
À l'échelle mondiale, les obstacles à la surveillance systématique sont de taille. Les séquenceurs ultramodernes coûtent 335 000 dollars et les scientifiques locaux doivent être formés à leur utilisation. De nombreuses zones ne disposent pas des routes, des avions et de la réfrigération nécessaires pour transporter rapidement les échantillons. En Inde, «le problème est l'échantillonnage : quelqu'un doit collecter et expédier les échantillons et fournir les données cliniques. Cela prend du temps », déclare Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative du Conseil de la recherche scientifique et industrielle à New Delhi. Et les réactifs de séquençage coûteux doivent être importés en permanence et peuvent ne pas être toujours disponibles.
«Nous avons commandé… des réactifs [from a U.S. company] en novembre [2020]. Ils arrivent maintenant ! dit Senjuti Saha, microbiologiste à la Child Health Research Foundation à Dhaka, au Bangladesh. "Ce n'est pas une exception, c'est plutôt la règle."
CRÉDITS : (CARTE) K. FRANKLIN / SCIENCE; (DONNÉES) GISAID, PRÉPARÉ PAR C. ROEMER; NOTRE MONDE DANS LE DÉPÔT DE DONNÉES VIA JOHNS HOPKINS CENTER FOR SYSTEMS SCIENCE AND ENGINEERING
Saha est néanmoins satisfait d'un effort multi-laboratoires qui a permis au pays d'augmenter le séquençage à 0,2% des 780 000 cas confirmés de COVID-19. «Je ne pense pas [that number is] super », dit-elle. «Mais c'était zéro avant. Et nous n’avons jamais fait cela auparavant. »
L'effort porte déjà ses fruits, le 8 mai dernier, lorsque deux patients bangladais récemment revenus d'Inde se sont avérés porteurs du B.1.617. Deux jours plus tard, après une longue réunion avec des scientifiques, les autorités bangladaises ont renforcé la quarantaine à la frontière.
D'autres pays sont confrontés à des défis géographiques. En décembre 2020, des scientifiques brésiliens ont identifié P.1, désormais une variante préoccupante au niveau mondial, lors d'une épidémie massive à Manaus, la capitale de l'État d'Amazonas. Mais la couverture de séquençage est médiocre dans des endroits comme l'État voisin de la forêt tropicale d'Acre et dans le nord-est du Brésil, explique Ana Vasconcelos, biologiste informatique au Laboratoire national de calcul scientifique de Petrópolis. Elle dit que seulement 25 génomes ont été téléchargés d'Acre. Elle a enrôlé des collègues là-bas pour fournir 100 échantillons, puis a constaté qu'il n'y avait pas de neige carbonique, nécessaire pour le transport. Elle a finalement reçu les échantillons la semaine dernière, avec l'aide d'une organisation non gouvernementale française, la Fondation Mérieux.
Certains experts ont suggéré que les pays visent à séquencer le virus à partir de 5% des cas, mais d'autres disent que de tels objectifs sont mal dirigés. «Le monde devient trop obsédé par les chiffres», déclare Tulio de Oliveira, biologiste informatique et directeur de la plateforme de séquençage de recherche et d'innovation du KwaZulu-Natal à l'Université du KwaZulu-Natal, à Durban. Par exemple, lui et ses collègues sud-africains ont identifié la variante préoccupante qui est née en Afrique du Sud peu de temps après son apparition en échantillonnant stratégiquement les régions qui avaient des flambées.
De Oliveira et une énorme équipe d'autres scientifiques africains ont maintenant transformé les données de séquence rares en Afrique en une vue d'ensemble de la façon dont le virus a évolué sur le continent. Dans une pré-impression publiée le 13 mai, basée sur près de 9000 génomes collectés dans 33 pays africains, ils ont constaté que le SRAS-CoV-2 est arrivé dans les pays africains avec des voyageurs, principalement d'Europe. Au fur et à mesure que les gens voyageaient en Afrique, le virus s'est propagé puis a évolué en plusieurs variantes clés. «Bien que déformée par de faibles nombres d'échantillons et des angles morts», écrivent les auteurs, «les résultats soulignent que l'Afrique ne doit pas être laissée pour compte dans la riposte mondiale à la pandémie, sinon elle pourrait devenir un terrain fertile pour de nouvelles variantes.»
C'est vrai dans le monde entier, dit Calvignac-Spencer. «Il n'est pas vraiment possible que nous continuions à être aussi égoïstes avec la surveillance génomique, avec les vaccins», dit-il. «Il ne s'agit pas de comprendre nos propres intérêts.»
