Dépistage pour détecter les infections antérieures à coronavirus lancées par Adaptive Biotech, avec l'aide de Microsoft

Adaptive Biotechnologies a lancé un test qui utilise la technologie d'apprentissage automatique de Microsoft pour détecter les infections antérieures à coronavirus, dans le but de combler une lacune importante laissée par le dépistage standard des anticorps.
Le dépistage, appelé T-Detect COVID, recherche les réponses des lymphocytes T contre la maladie, plutôt que les protéines immunitaires détectées par les tests conventionnels. Adaptive, basé à Seattle, affirme que son produit peut aider les personnes qui pensent avoir été infectées mais qui n'ont pas été testées positives grâce aux analyses actuellement disponibles. Cela inclut les longs courriers - des patients qui souffrent de symptômes persistants de COVID, souvent pendant des mois.
«Certaines de ces personnes n’ont jamais été diagnostiquées», a déclaré Lance Baldo, directeur médical d’Adaptive, lors d’une interview. «Parfois, leurs médecins se demandent, et - franchement, c'est là que ça devient moche - parfois leurs assureurs se demandent.
Les tests d'anticorps des laboratoires Abbott, de Roche Holding et d'autres fabricants sont peu coûteux et abondants, mais font face à des questions sur l'exactitude des infections anciennes. Pendant ce temps, des recherches au Royaume-Uni suggèrent qu'une réponse caractéristique des lymphocytes T reste dans le corps six mois après une infection au COVID-19, potentiellement plus longtemps que les anticorps.
Les réponses des lymphocytes T surviennent rapidement et «ont cette longue queue», a déclaré Baldo. «Ce sont ces propriétés biologiques des cellules T qui en font une très bonne cible pour essayer de suivre la maladie et pour un diagnostic.»
T-Detect COVID extrait et séquence l’ADN des lymphocytes T présents dans l’échantillon sanguin d’une personne. Il utilise un logiciel d'apprentissage automatique obtenu grâce à un partenariat avec Microsoft pour déterminer si la collection de lymphocytes T dans le corps est cohérente avec une infection antérieure à coronavirus.

Le test coûte 150 $, sans compter les prises de sang et la consultation d'un médecin, et n'a pas été approuvé par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis. Disponible en ligne sur ordonnance, il s'agit d'une nouvelle technologie pour Adaptive, dont le stock a plus que doublé au cours de la dernière année au milieu d'un regain d'intérêt pour les diagnostics au milieu de la pandémie.
L'entreprise a signé des partenariats avec des groupes médicaux de conciergerie qui souhaitent proposer le test à leurs patients. Les responsables de la santé publique et les employeurs sont également intéressés à l'utiliser pour examiner l'exposition au coronavirus parmi leurs populations, a déclaré Baldo.
«Quiconque a eu des symptômes de grippe ou pense avoir eu un COVID» pourrait être un client, a déclaré Mark Massaro, directeur général et analyste principal de la recherche sur les actions chez BTIG. «Nous parlons de millions de personnes.»
Parce que les réponses des lymphocytes T sont en corrélation avec la gravité de la maladie, T-Detect COVID peut éventuellement être utilisé pour prédire la vulnérabilité d'une personne au coronavirus, a déclaré Baldo.
«C’est probablement le Saint Graal», a déclaré Baldo.

Peu de recherches

Les réponses des lymphocytes T peuvent varier d'une personne à l'autre, ce qui rend difficile la définition de leur réponse à un agent pathogène spécifique, a déclaré Alessandro Sette, professeur à l'Institut La Jolla d'immunologie. La recherche sur le test adaptatif est rare et aucune n'a été évaluée par des pairs, a déclaré Sette, et une évaluation plus indépendante est nécessaire.

Les recherches de Sette et de sa collègue Daniela Weiskopf évaluant la réponse du système immunitaire au nouveau coronavirus suggèrent qu'il peut y avoir un chevauchement, ou une réactivité croisée, avec les réponses à d'autres coronavirus qui causent le rhume.
"Il est difficile de déterminer exactement quelle réponse vient d'où", a déclaré Sette.
T-Detect COVID n'a montré aucune preuve de réactivité croisée dans une étude soumise à la FDA pour une autorisation d'utilisation d'urgence, a déclaré Baldo dans un communiqué.

Partenariat Microsoft

T-Detect COVID est le premier produit issu du partenariat de la biotechnologie avec le géant du logiciel Microsoft. Les entreprises prévoient d’utiliser la plate-forme T-Detect pour d’autres conditions, notamment la maladie de Lyme et de Crohn.
Les entreprises se sont connectées il y a des années lorsque des collègues ont donné à Peter Lee, désormais vice-président de la recherche et des incubations chez Microsoft, une copie d'un article d'Adaptive, une spin-off du Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. L’étude a montré comment une simple analyse d’un petit fragment d’ADN des lymphocytes T pouvait prédire la cible de la cellule immunitaire.
La société a utilisé «l'apprentissage automatique au niveau collégial et a obtenu ces résultats étonnants», se souvient Lee.
Lee était intrigué par les types de résultats que l'entreprise pouvait obtenir en utilisant des techniques plus avancées et, en 2017, Microsoft a investi 45 millions de dollars dans Adaptive. Même si Adaptive a déjà étendu son travail à plusieurs maladies, Lee a déclaré qu'il craignait initialement de prendre le COVID-19 si tôt.
«Sur notre calendrier de recherche, il nous restait encore plus d'un an avant de pouvoir envisager de recibler l'apprentissage automatique», a-t-il déclaré. Produit par Chad Robins, PDG d'Adaptive, «nous l'avons essayé et putain, cela a fonctionné, en quelques semaines seulement.

Cette histoire a été publiée à l'origine sur bloomberg.com. Lisez-le ici.