Selon les bases de données du génome, telles que nextstrain.org, il existe désormais plus de 1 000 variantes connues du virus SARS CoV-2.
Jusqu'à présent, les « variantes préoccupantes » ont été nommées d'après les lieux où elles ont été découvertes pour la première fois. Mais afin d'éviter de stigmatiser certains pays, l'Organisation mondiale de la santé a maintenant introduit un nouveau système de dénomination basé sur les lettres de l'alphabet grec. Les variantes UK/Kent, sud-africaine, brésilienne et indienne recevront désormais respectivement les lettres Alpha, Beta, Gamma et Delta. Mais les étiquettes ne remplaceront pas leurs noms scientifiques plus complexes.
La nouvelle variante découverte au Vietnam semble être un croisement entre Alpha (B.1.1.7) et Delta (B.1.617). Selon le ministre de la Santé Nguyen Thanh Long, la nouvelle souche se propage "rapidement par voie aérienne", ce qui pourrait expliquer l'augmentation rapide du nombre de nouvelles infections en mai.
Jusqu'à présent, le Vietnam s'était échappé relativement légèrement, enregistrant quelque 3 500 cas confirmés et 47 décès du début de la pandémie au début de mai 2021. Le gouvernement a réussi à contenir les épidémies de COVID en imposant un verrouillage bref mais strict et des restrictions de quarantaine complètes.
La réponse initiale du Vietnam à la pandémie a été très réussie, mais la nouvelle souche hybride a vu les chiffres de mai grimper en flèche
Mais depuis mai, le Vietnam a déjà enregistré plus de 3 000 nouveaux cas, surtout dans les provinces de Bac Ninh et Bac Giang, où des centaines de milliers de personnes travaillent dans d'immenses installations de production pour des entreprises technologiques internationales.
Déterminer le cours de la pandémie
On pourrait penser que ces chiffres sont encore relativement faibles, mais les nouvelles variantes en Asie et ailleurs devraient préoccuper tout le monde, où qu'ils vivent. Et ce n'est pas seulement parce que cela signifie que la pandémie continuera de causer plus de souffrances et de privations dans le monde.
A moyen terme, l'hémisphère Nord pourrait également être à nouveau touché malgré des programmes de vaccination d'envergure. Dans un monde globalisé, de telles variantes se répandent rapidement. Et si ces nouvelles souches s'adaptent de plus en plus à leurs hôtes humains, alors nos anticorps, formés soit par la vaccination, soit par l'infection, ne nous protégeront plus à un moment donné. Les tests d'antigène ou de PCR ne détecteraient plus les variantes et produiraient plutôt des faux négatifs. Et les vaccins disponibles cesseraient aussi progressivement de fonctionner.
Il est donc essentiel d'identifier les variantes le plus rapidement possible à l'aide du séquençage génétique et de s'assurer que des quantités suffisantes des bons types de vaccins sont disponibles dans le monde et pas seulement dans les pays riches.
Tous les pays ne disposent pas d'installations pour le séquençage génomique
Pourquoi le séquençage est-il si important ?
Aux côtés des quatre « variantes préoccupantes » apparemment les plus dangereuses, il existe des souches hybrides, comme celle du Vietnam. Certains existent depuis un certain temps. Pourtant, bon nombre de ces variantes ne sont détectées que par hasard, car de nombreux pays ne disposent tout simplement pas des installations de séquençage.
Pour pouvoir combattre le virus, nous devons pouvoir déverrouiller son code génétique, et cela n'est possible qu'avec le séquençage génomique. Les méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS) permettent aux scientifiques de décoder l'intégralité du génome viral base par base. Les chercheurs sont capables de détecter de minuscules changements dans la constitution génétique du virus en examinant des fragments d'ADN - et ainsi de déterminer l'origine et le schéma de propagation des variantes. Et c'est la seule façon de développer des vaccins appropriés.
Différentes souches et les mauvais vaccins
Il existe de nombreuses indications que les variantes virales sont principalement responsables des épidémies actuelles dans diverses régions d'Asie. Au Sri Lanka et au Cambodge, la souche Alpha (B.1.1.7) est prédominante. D'après ce que nous savons actuellement, les vaccins à ARNm produits par BioNtech/Pfizer et Moderna sont une arme efficace contre cette variante. Et les vaccins à ARNm peuvent être adaptés relativement rapidement. Le vaccin AstraZeneca offre également une bonne protection.
En Inde et plus au nord-ouest au Népal, cependant, la variante Delta (B.1.617) s'est déjà largement répandue. En conséquence, le Népal a connu une forte augmentation du nombre de cas de COVID-19 enregistrés depuis la mi-avril. Le Népal a été plus touché que l'Inde en proportion de la taille de sa population.
Le séquençage génomique réalisé par l'Institut national indien de virologie a identifié huit mutations dans la protéine de pointe de la variante Delta (B.1.617). Deux d'entre eux ont été liés à des taux de transmission plus élevés et l'un d'entre eux, comme avec la variante Gamma, a même été associé à une évasion immunitaire, qui permet aux agents pathogènes d'échapper au système immunitaire humain.
La variante Delta a causé des centaines de milliers de morts en Inde et s'est maintenant propagée au Népal voisin
Selon l'Imperial College de Londres, la variante Delta est 20 à 80 % plus transmissible que la variante Alpha. De plus, le virus peut être capable d'échapper à l'immunité conférée par des infections ou une vaccination antérieures. Des études britanniques indiquent que les vaccins BioNtech/Pfizer et AstraZeneca existants ne sont pas aussi efficaces pour nous protéger de cette variante.
La variante découverte au Vietnam est un hybride des variantes Alpha (B.1.1.7) et Delta (B.1.617). Seul 1 million des 96 millions d'habitants de la population ont été vaccinés - avec AstraZeneca, qui protège bien contre la variante Alpha mais, comme mentionné ci-dessus, n'est probablement pas aussi efficace contre la variante Delta. Au second semestre, le Vietnam espère recevoir des vaccins à ARNm supplémentaires de Biontech/Pfizer et Moderna. Jusqu'à présent, cependant, il n'a pas été étudié comment les vaccins existants font face à la variante découverte au Vietnam.
Au Bangladesh, en revanche, la variante Beta (B.1.351) a provoqué une augmentation rapide des cas. AstraZeneca a été signalé comme offrant une protection "minimale" contre cette souche. C'est un gros problème, car le principal vaccin disponible au Bangladesh est Covishield, le nom de l'AstraZeneca fabriqué en Inde.
Distribution mondiale déloyale des vaccins
Alors que de nombreux pays industrialisés visent à vacciner la majorité de leur population adulte d'ici la fin de l'été, de nombreux pays plus pauvres d'Asie, d'Afrique ou d'Amérique latine n'ont même pas pu lancer leurs campagnes de vaccination.
Selon une étude récente publiée dans la revue médicale The Lancet, les pays les plus riches du monde ont obtenu quelque 70 % des approvisionnements des cinq principaux vaccins COVID malgré le fait qu'ils comptent moins de 16 % de la population mondiale. Selon l'OMS, seulement 0,2% de la population des pays les plus pauvres a été vaccinée contre le SRAS-COV2. The Economist estime que les vaccinations de masse ne commenceront pas avant 2024 au plus tôt, si les programmes se poursuivent à ce rythme.
Les doses de vaccins mises à disposition par COVAX sont loin d'être suffisantes
L'initiative COVAX, co-organisée par l'OMS, vise à œuvrer pour un accès plus équitable aux vaccins COVID-19. Mais dès le départ, les pays les plus riches ont signé des contrats bilatéraux simultanés avec plusieurs fabricants de vaccins et – à part quelques dons généreux – ont balayé le marché.
"La pandémie est loin d'être terminée", a prévenu le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus. Il a critiqué avec véhémence l'énorme inégalité dans la distribution des vaccins entre les pays pauvres et riches.
Mais si les variantes du coronavirus continuent de se propager aussi rapidement qu'elles le sont et de s'adapter à leurs hôtes humains, cette inégalité pourrait revenir chez les nations les plus riches.
