Les chercheurs de la Cleveland Clinic ont identifié 484 mutations uniques parmi six souches d'isolats de SRAS-CoV-2 au début de la pandémie de COVID-19, constatant que les premières variantes étaient plus mortelles que les souches suivantes et suggérant que la surveillance des souches en circulation peut aider à prédire les résultats pour les patients.
Leur étude, publiée hier dans JAMA Network Open, impliquait le séquençage des génomes viraux à partir d'échantillons obtenus auprès de 302 patients COVID-19 à la Cleveland Clinic du 11 mars au 22 avril 2020, et les comparant avec ceux de la souche SARS-CoV-2 d'origine. de Wuhan, Chine.
L'infection par des sous-groupes viraux précoces, ou clades, était associée à des taux de mortalité plus élevés que les souches plus récentes (21,4% vs 5,6%). "Ces résultats aident à expliquer l'hospitalisation persistante et la mortalité décroissante à mesure que la pandémie progresse", ont écrit les auteurs. «L'attribution du clade SRAS-CoV-2 est un facteur important qui peut aider à estimer les résultats pour les patients.
Moins de diversité, moins de conséquences graves
Les chercheurs ont identifié six clades de coronavirus (G, GR et GH, qui contiennent le variant D614G, et V, S et Wuhan). «Une telle diversité précoce est cohérente avec l'interprétation selon laquelle de multiples événements d'infection par le SRAS-CoV-2 se sont produits dans cette communauté par l'introduction répétée de virus d'Asie, d'Europe et d'ailleurs aux États-Unis», ont noté les auteurs.
Mais les souches sont rapidement devenues moins diversifiées et les variantes autrefois dominantes ont été devancées par les variantes plus transmissibles telles que D614G, qui étaient liées à une amélioration de la survie des patients hospitalisés (86,5% contre 58,8%). À cette époque, les clades G, GR et GH constituaient 84,4% des isolats, tandis que les clades V, S et Wuhan constituaient le reste.
Les premières mesures d'atténuation de la santé publique ont probablement empêché plus de souches d'entrer dans la communauté, entraînant une réduction rapide de la diversité des souches virales et abaissant le taux de mortalité global, ont noté les chercheurs.
"Nos résultats démontrent que l'évolution continue du SRAS-CoV-2 conduit à moins de virulence", ont déclaré les chercheurs. "Étant donné que notre période d'étude se situait au cours des premières semaines de la pandémie, il est peu probable que les différences de survie soient dues à des différences dans les protocoles de soins aux patients, à des limitations de fournitures ou d'équipement, [intensive care unit] la disponibilité des lits ou l'utilisation de médicaments antiviraux. "
Sur les 484 mutations uniques identifiées dans les échantillons, 53,1% étaient des variantes faux-sens (une substitution de paires de bases qui produit un acide aminé différent), et 32,4% étaient des variantes «silencieuses», ce qui signifie aucun changement d'acide aminé. En moyenne, cinq variantes ont été trouvées dans chaque échantillon.
Sur les 302 patients, 30,1% ont dû être hospitalisés, 11,6% ont nécessité des soins intensifs et 5,6% sont décédés. Les charges virales étaient similaires quelle que soit la souche. L'âge moyen des patients était de 52,6 ans, 41,7% étaient des hommes, 64,6% étaient blancs et 42,4% étaient des travailleurs de la santé.
Les patients de différents clades étaient d'âges différents, le clade de Wuhan étant associé aux patients les plus âgés (âge médian, 67,8 ans) et le clade GR aux plus jeunes (médiane, 40,8 ans). Aucune différence raciale ou sexuelle n'a été observée entre les groupes clades ou au sein des clades individuels.
Séquençage viral, surveillance génomique
Dans un communiqué de presse de la Cleveland Clinic, le co-auteur principal Brian Rubin, MD, a déclaré que l'étude mettait en évidence la façon dont les différentes souches de coronavirus ont évolué et ont concouru après leur arrivée à Cleveland. «Le lien entre les clades viraux et les résultats est assez important et souligne l’importance du séquençage du génome viral pour mieux comprendre les nouvelles maladies», a-t-il déclaré.
Le co-auteur principal Jing Li, PhD, de l'Université Case Western a souligné le rôle de la surveillance génomique. "Cette étude confirme en outre l'importance d'étudier les variantes génomiques du virus tout au long de la pandémie", a-t-il déclaré.
Les chercheurs ont également exhorté les Américains - même s'ils sont entièrement vaccinés contre le COVID-19 - à continuer à porter des couvre-chefs, à se tenir à distance, à se laver les mains souvent et à éviter les foules jusqu'à ce que l'immunité du troupeau soit atteinte.
On estime que l'immunité du troupeau se produit lorsque environ 70 à 80% de la population est complètement vaccinée. Actuellement, 42,5% de la population américaine a reçu au moins une dose de vaccin, dont 28,9% entièrement vaccinés, selon le COVID Data Tracker des Centers for Disease Control and Prevention (CDC).
