COVID semble être en retrait aux États-Unis et dans d’autres pays qui ont un accès généralisé aux vaccins. Mais certains pays en développement avec des taux d'infection élevés sont devenus des points chauds pour les variantes virales qui peuvent être plus transmissibles ou résistantes aux vaccins - et ces variantes peuvent rapidement traverser les frontières nationales. Par exemple, la variante B.1.167.2 (maintenant surnommée Delta) qui a été détectée pour la première fois en Inde s'est propagée dans plus de 70 pays et régions, dont les États-Unis.
Une grande partie du monde en développement n'a pas la capacité de surveillance virale, c'est-à-dire les efforts pour surveiller la propagation et l'évolution de nouvelles variantes. Ce processus nécessite une technologie de séquençage génomique coûteuse et une main-d'œuvre qualifiée que de nombreux pays ne disposent pas. Le Népal, par exemple, n'a séquencé que 0,01 % des plus de 600 000 cas signalés dans le pays jusqu'à présent. De nouvelles variantes pourraient annuler les progrès durement gagnés dans la lutte contre la pandémie, selon Alina Chan, boursière postdoctorale spécialisée en thérapie génique et en ingénierie cellulaire au Broad Institute du Massachusetts Institute of Technology et à l'Université Harvard. "Les variantes qui évoluent pour pouvoir réinfecter les personnes précédemment infectées sont susceptibles de réduire également l'efficacité des vaccins", dit-elle.
Des scientifiques et des organisations du monde entier s'efforcent désormais de renforcer les capacités de recherche de variantes dans les pays en développement. Ils se mobilisent pour fournir des fonds, une formation et des équipements là où ces ressources sont le plus nécessaires, avec l'ambition de créer une infrastructure de surveillance virale durable. « COVID est le catalyseur », déclare Jairo Mendez-Rico, microbiologiste et conseiller sur les maladies virales à l'Organisation panaméricaine de la santé (OPS), dont le siège est à Washington, DC « Mais nous devons également rechercher d'autres agents pathogènes qui viendront à coup sûr à l'avenir."
En Inde, 27 laboratoires se sont désormais regroupés pour créer l'Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium (INSACOG). Le groupe prévoit de séquencer 5% de tous les cas positifs de COVID dans le pays (le taux actuel n'est que de 0,09%). Shahid Jameel, virologue et directeur de la Trivedi School of Biosciences de l'Université indienne d'Ashoka, a déclaré que le regroupement des capacités de surveillance existantes sous un même toit pourrait, en principe, en faire un objectif réalisable. Mais il n'y a pas assez de travailleurs de terrain formés, dit-il, et les laboratoires manquent cruellement de réactifs chimiques nécessaires pour les analyses génomiques.
Des experts internationaux interviennent désormais. Récemment, un groupe de bénévoles à but non lucratif appelé INDIA COVID SOS s'est formé pour aider à la réponse à la pandémie dans le pays. Il vise à étendre la surveillance génomique à travers l'Inde, ainsi que parmi les pays voisins d'Asie du Sud. Aditi Hazra, épidémiologiste à la Harvard Medical School, co-dirige l'équipe de séquençage du groupe, qui se réunit régulièrement par vidéoconférence avec les directeurs du consortium indien de séquençage. Elle dit qu'un objectif clé est d'étendre la surveillance virale à plus de personnes dans les zones rurales, où vit une grande partie de la population.
La surveillance rurale est également une priorité en Afrique. Des millions de personnes sur le continent vivent dans des zones reculées qui «sont également des points chauds pour les épidémies», explique Akaninyene Otu, médecin et maître de conférences à l'Université de Calabar au Nigeria. Plusieurs nouveaux partenariats visent à dynamiser le séquençage dans les pays africains. L'Otu met l'accent sur l'Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI), qui a été lancée l'année dernière avec le soutien d'organisations donatrices internationales et d'entreprises privées. La plupart des capacités de séquençage en Afrique sont concentrées en Afrique du Sud, au Kenya, au Nigéria, au Maroc et en Égypte. L'Africa PGI, qui est dirigé par les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies, s'apprête à créer un réseau panafricain de centres de séquençage pour desservir les 54 pays du continent.
Dans les pays d'Amérique latine, qui signalent actuellement certains des taux d'infection au COVID les plus élevés au monde, l'OPS dirige le réseau régional de surveillance génomique COVID-19. Certains pays de la région disposent déjà de capacités de séquençage assez solides, mais le réseau mène des efforts pour renforcer la capacité de surveillance là où elle n'existe pas du tout, ce qui est le cas dans une grande partie de l'Amérique centrale. Dans l'intervalle, deux grands laboratoires de référence – un au Brésil et un au Chili – procèdent au séquençage d'échantillons envoyés par d'autres pays « aux frais de l'OPS », dit Mendez-Rico.
En plus de créer des partenariats et des réseaux, les scientifiques explorent également des technologies de séquençage à faible coût qui pourraient être facilement déployées sur le terrain. Presque tous les cas de SRAS-CoV-2 séquencés jusqu'à présent se sont appuyés sur de gros instruments coûteux logés dans des laboratoires à température contrôlée. Comme alternative, INDIA COVID SOS encourage une utilisation plus large d'un dispositif de séquençage portable fabriqué par Oxford Nanopore Technologies en Angleterre. L'appareil, appelé MinION, peut fonctionner sur une batterie, traite 96 échantillons à la fois et utilise un logiciel pour générer des séquences génomiques entières qui peuvent être stockées sur un ordinateur portable. « Nous recherchons des technologies bon marché, efficaces, évolutives et portables, et c'est un exemple », déclare Hazra.
Keith Robison, biologiste informatique chez Ginkgo Bioworks, une société de biotechnologie basée à Boston, convient que le MinION est une option pratique pour les pays en développement, en particulier dans les zones rurales. La technologie portable a été largement utilisée lors des récentes épidémies d'Ebola en République démocratique du Congo et dans d'autres pays d'Afrique de l'Ouest. "Vous pouvez générer des séquences avec lui de n'importe où", dit-il. Le MinION a ses inconvénients : la qualité des données n'est pas aussi bonne que ce que fournissent les instruments de laboratoire, note Robison. "Cependant, cela peut également être corrigé par calcul si vous avez de nombreuses copies de la même séquence", dit-il.
Tue Sparholt Jørgensen, chercheur postdoctoral en microbiologie à l'Université technique du Danemark, soutient que les séquences du génome entier ne sont pas toujours nécessaires. Toutes les mutations importantes du SRAS-CoV-2 identifiées jusqu'à présent, dit-il, se trouvent sur le même tronçon de génome codant pour la protéine de pointe bien connue du microbe. Jørgensen dit que les scientifiques peuvent simplement cibler cette partie du géome viral avec une méthode alternative appelée séquençage de Sanger. Cette méthode, qui a été utilisée dans le cadre de l'effort qui a conduit au séquençage du génome humain complet en 2003, est toujours utilisée par des laboratoires du monde entier. Contrairement aux méthodes du génome entier qui séquencent des millions de fragments génétiques simultanément, la méthode Sanger séquence un fragment à la fois. « Sanger ne peut pas remplacer le séquençage du génome entier, mais vous pouvez l'utiliser pour des analyses ciblées à une fraction du coût », explique Jørgensen. « Les gens l'utilisent dans de petits laboratoires depuis des décennies. Je l'utiliserais pour surveiller les variantes connues, qualifier des échantillons pour le séquençage du génome entier et pour la recherche des contacts dans les hôpitaux.
Jørgensen et ses collègues travaillent maintenant avec des responsables de la santé au Rwanda sur des plans visant à étendre la surveillance COVID basée sur Sanger dans le pays. « Si une nouvelle variante émerge au Rwanda et commence à se répandre en Afrique, alors nous voulons le savoir », dit-il.