Voici ce que l'on sait sur les variantes de coronavirus

Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont déclaré cette semaine qu'ils avaient désigné une variante de coronavirus vue pour la première fois en Inde comme une "variante d'intérêt", l'ajoutant à la collection croissante de variantes virales sur lesquelles il surveille.

Les fabricants de vaccins sont tellement inquiets de la chance que de nouvelles variantes échappent à la protection offerte par la vaccination qu'ils testent déjà des injections de rappel et peaufinent leurs formules de vaccins pour cibler spécifiquement certaines des variantes les plus inquiétantes.

Et les médecins du monde entier préviennent que de plus en plus de variantes apparaîtront à mesure que le virus continue d'évoluer à l'intérieur du corps des dizaines de millions de personnes qu'il infecte.

Le CDC a désigné trois niveaux de variantes: les variantes d'intérêt, qui ont le potentiel d'être dangereuses mais n'ont pas encore causé beaucoup de perturbations; les variantes préoccupantes, qui sont plus contagieuses, échappent à certains traitements, provoquent une maladie plus grave ou dépassent les tests de diagnostic; et des variantes à forte conséquence, qui échappent de manière significative aux effets des vaccins ou des traitements.

«Actuellement, il n'y a pas de variantes du SRAS-CoV-2 qui atteignent le niveau de conséquences élevées», dit le CDC.

Voici ce que l'on sait des variantes d'intérêt et des variantes préoccupantes:

Variantes d'intérêt

Dans les tests de laboratoire, toutes les variantes d'intérêt désignées par les CDC se sont révélées résistantes à l'attaque immunitaire dans le sang prélevé sur des personnes qui se sont rétablies de Covid-19, ainsi que sur des personnes qui ont été vaccinées.

B.1.526 - Vu pour la première fois à New York en novembre dernier, le B.1.526 a ce qu'on appelle une mutation 484. Pour comprendre les variantes, il est important de comprendre d'abord les mutations qui les caractérisent. La mutation E484K est un changement dans la partie du virus appelée protéine de pointe - c'est la structure noueuse qui dépasse de la surface du virus. Le changement, dans une région appelée domaine de liaison au récepteur, permet au virus de se fixer plus facilement aux cellules qu'il infecte et rend également le virus moins reconnaissable par le système immunitaire.

Les tests montrent qu'il peut en théorie résister aux effets du traitement combiné par anticorps monoclonaux d'Eli Lilly, bien qu'il ne soit pas clair si cela se traduit par un échec du traitement, selon le CDC. Le traitement cocktail d'anticorps de Regeneron pour Covid-19 semble fonctionner contre lui. Il a également été démontré qu'il résiste à l'attaque immunitaire dans le sang prélevé sur des personnes qui se sont rétablies de Covid-19, ainsi que sur des personnes qui ont été vaccinées. Il représentait un peu moins de 9% des échantillons séquencés aux États-Unis au 10 avril.

Une nouvelle recherche du CDC publiée cette semaine montre qu'elle n'est pas associée à une infection plus grave ou à un risque plus élevé de réinfection.

B.1.526.1 - Également vu pour la première fois à New York, B.1.526.1 a un schéma de mutations différent de celui de la souche originale séquencée en Chine, dont une appelée L452R qui semble aider le virus à infecter plus facilement les cellules tout en le faisant plus difficile pour les anticorps à attaquer.

B.1.617 - Vu pour la première fois en Inde en février, celui-ci est parfois appelé à tort un "double mutant" car il a à la fois une mutation L452R et une mutation 484 - bien que pas tout à fait la même mutation 484 vue dans d'autres variantes inquiétantes.

B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3 - Ceux-ci ont tous été vus pour la première fois en Inde et circulaient avant le B.1.617. Ils ont tous les mêmes mutations que B.1.617, plus quelques extras.

Bien que les responsables indiens aient déclaré que ces nouvelles variantes entraînaient la hausse des cas de coronavirus qui submerge actuellement les hôpitaux du pays, le directeur du Centre national indien de contrôle des maladies, Sujeet Singh, a déclaré cette semaine que les preuves manquaient. "Nous n'avons pas encore été en mesure d'établir complètement la corrélation épidémiologique et clinique", a déclaré Singh mercredi.

Les responsables britanniques de la santé ont toutefois transformé le B.1.617.2 en une variante préoccupante vendredi en raison de sa propagation rapide là-bas. "Il n'y a actuellement pas suffisamment de preuves pour indiquer que l'une des variantes récemment détectées en Inde provoque une maladie plus grave ou rend les vaccins actuellement déployés moins efficaces", a déclaré Public Health England dans un communiqué.

Le Dr Chris Whitty, médecin-chef pour l'Angleterre, a déclaré lors d'une webémission de la Royal Society jeudi que les variantes B.1.617 se situaient probablement au milieu en termes de danger entre B.1.1.7, qui semble presque entièrement sensible aux vaccins et aux traitements, et B.1.351, qui a été documenté pour infecter les personnes qui se sont rétablies d'une infection par des variantes antérieures du coronavirus, et aussi pour échapper en partie à la protection offerte par les vaccins.

B.1.525 - Vu pour la première fois au Royaume-Uni et au Nigeria, celui-ci porte la mutation E484K. Il a été trouvé dans moins de 1% des échantillons testés aux États-Unis. Cette surveillance est incomplète. Cette semaine, le directeur du CDC, le Dr Rochelle Walensky, a déclaré que les États-Unis séquençaient maintenant environ 8% des quelque 450 000 cas hebdomadaires de Covid-19 dans le pays.

P.2 - En circulation au Brésil depuis l'année dernière, cette variante porte également la mutation inquiétante E484K et n'a pas été largement retrouvée dans le monde.

Variantes préoccupantes

Le CDC les définit comme des variantes pour lesquelles il existe des preuves qu'elles sont plus transmissibles, provoquent une maladie plus grave, ne répondent pas au traitement, échappent à la réponse immunitaire ou ne sont pas diagnostiquées par des tests standard.

B.1.1.7 - Il a été démontré que le variant B.1.1.7 vu pour la première fois au Royaume-Uni était au moins 50% plus transmissible et certaines preuves suggèrent qu'il peut provoquer une maladie plus grave, bien qu'au moins une étude n'en ait trouvé aucune preuve. Il porte 23 mutations, dont une appelée N501Y qui augmente la transmission.

Il représentait 60% de tous les échantillons testés aux États-Unis au 10 avril, selon le CDC. L'Institute for Health Metrics and Evaluation de l'Université de Washington estime qu'il représente désormais pratiquement toutes les nouvelles infections dans 23 États.

Il est entièrement sensible aux traitements par anticorps monoclonaux et aux vaccins.

"Nous sommes convaincus que les vaccins les moins disponibles actuellement au Royaume-Uni vont à l'encontre de cela, à des fins pratiques", a déclaré Whitty.

Une équipe de l'État du Golfe du Qatar a testé l'efficacité du vaccin Pfizer / BioNTech à une époque où le Qatar voyait circuler la variante B.1.351 vue pour la première fois en Afrique du Sud et la variante B. 1.1.7 vue pour la première fois au Royaume-Uni.

"L'efficacité estimée du vaccin contre toute infection documentée avec le variant B.1.1.7 était de 89,5% 14 jours ou plus après la deuxième dose. L'efficacité contre toute infection documentée avec le variant B.1.351 était de 75%", les chercheurs ont écrit dans une lettre au New England Journal of Medicine.

B.1.351 - Apparue pour la première fois en Afrique du Sud, cette variante a à la fois la mutation E484K qui est liée à la fuite immunitaire et la mutation N501Y soupçonnée de contribuer à rendre d'autres variantes plus contagieuses. Il a été démontré qu'il est 50% plus transmissible et échappe au double traitement par anticorps monoclonal de Lilly, mais pas aux autres. Les tests sanguins et l'utilisation réelle suggèrent tous deux qu'il peut infecter les personnes qui se sont rétablies d'un coronavirus ainsi que les personnes qui ont été vaccinées contre Covid-19.

Les fabricants de vaccins qui tentent de devancer les nouvelles variantes en développant des injections de rappel se sont concentrés sur B.1.351, car c'est la variante que les scientifiques craignent le plus d'échapper à la protection vaccinale. Moderna a déclaré mercredi qu'une injection de rappel de son vaccin augmentait la réponse immunitaire contre B.1.351 et une autre variante, P.1.

La bonne nouvelle est que cela ne semble pas provoquer une maladie plus grave, comme on le craignait initialement, a déclaré le Dr Salim Abdool Karim, directeur du Centre pour le programme de recherche sur le sida en Afrique du Sud.

"Il s'avère qu'en Afrique du Sud, les preuves dont nous disposons actuellement sont que ce n'est pas plus grave", a-t-il déclaré lors du briefing de la Royal Society. Cependant, il échappe de manière significative à la réponse immunitaire humaine. Il s'est propagé rapidement à travers l'Afrique du Sud, a rapporté Karim, représentant 11% des virus séquencés en octobre et 87% des échantillons séquencés en décembre.

"Si vous avez été infecté par le virus auparavant, vous n'êtes pas totalement protégé cette fois", a déclaré Karim. "Environ la moitié des personnes exposées ont été infectées à nouveau."

P.1 - Vu pour la première fois au Brésil, il présente également les mutations E484K et N501Y, avec plus de 30 autres. Il a été démontré qu'il évite les effets du traitement par anticorps monoclonal de Lilly, mais pas celui fabriqué par Regeneron. Les tests sanguins montrent qu'il pourrait échapper aux réponses immunitaires naturelles et induites par le vaccin.

B.1.427 - Vu pour la première fois en Californie, celui-ci porte la mutation L452R. Le CDC dit qu'il est environ 20% plus transmissible et qu'il pourrait en partie résister aux effets du traitement aux anticorps monoclonaux de Lilly. Des tests sanguins suggèrent qu'il pourrait être en mesure de réinfecter des personnes qui ont été vaccinées contre Covid ou qui se sont rétablies, mais cela n'a pas encore été démontré dans la vie réelle.

B.1.429 - Une autre variante dite californienne, celle-ci porte la mutation L452R avec d'autres et est similaire à B.1.427 par d'autres moyens. Il représentait 4% des échantillons séquencés à l'échelle nationale au 10 avril.

Le mois dernier, une équipe de l'Université de Californie à San Francisco a effectué un séquençage en profondeur de plus de 2000 échantillons provenant de personnes testées positives pour le coronavirus à travers la Californie. Ils ont trouvé que les variantes B.1.427 / B.1.429 sont passées de l'absence d'échantillons en septembre à la moitié de tous les échantillons prélevés en janvier.

Ils semblent mieux se répliquer dans le nez des personnes infectées, ce qui pourrait expliquer leur propagation plus rapide, a rapporté l'équipe de l'UCSF, dirigée par le Dr Charles Chiu, dans la revue Cell. Mais ils ne sont pas aussi transmissibles que la variante B.1.1.7.