AUSTIN, Texas - Une variante hautement contagieuse du SRAS-CoV-2 se propageait sans le savoir pendant des mois aux États-Unis en octobre 2020, selon une nouvelle étude menée par des chercheurs de l'Université du Texas à Austin COVID-19 Modeling Consortium. Les scientifiques l'ont découvert pour la première fois au début de décembre au Royaume-Uni, où la variante hautement contagieuse et la plus mortelle serait originaire. La revue Emerging Infectious Diseases, qui a publié une version à diffusion précoce de l'étude, fournit des preuves que la variante de coronavirus B117 (501Y) s'était propagée à travers le monde sans être détectée pendant des mois lorsque les scientifiques l'ont découverte.
«Au moment où nous avons appris l'existence de la variante britannique en décembre, elle se propageait déjà silencieusement à travers le monde», a déclaré Lauren Ancel Meyers, directrice du COVID-19 Modeling Consortium à l'Université du Texas à Austin et professeur de biologie intégrative.. «Nous estimons que la variante B117 est probablement arrivée aux États-Unis en octobre 2020, deux mois avant de savoir qu'elle existait.»
En analysant les données de 15 pays, les chercheurs ont estimé la probabilité que les voyageurs du Royaume-Uni aient introduit la variante dans 15 pays entre le 22 septembre et le 7 décembre 2020. Ils ont constaté que la variante du virus était presque certainement arrivée dans les 15 pays à la mi-novembre.. Aux États-Unis, la variante était probablement arrivée à la mi-octobre.
Les chercheurs ont découvert qu'en Europe, aux États-Unis et en Inde, une variante du virus originaire du Royaume-Uni était probablement présente en octobre 2020."Cette étude met en évidence l'importance de la surveillance en laboratoire", a déclaré Meyers. «Un séquençage rapide et extensif des échantillons de virus est essentiel pour la détection précoce et le suivi des nouvelles variantes préoccupantes.»
Parallèlement à la publication du document, les membres du consortium ont développé un nouvel outil que les décideurs de partout aux États-Unis peuvent utiliser pour planifier le séquençage génétique qui aide à détecter la présence de variantes. Pour aider les États-Unis à étendre la surveillance nationale des variantes, le nouveau calculateur en ligne indique le nombre d'échantillons de virus qui doivent être séquencés afin de détecter les nouvelles variantes lorsqu'elles émergent pour la première fois. Par exemple, si l'objectif est de détecter une variante émergente au moment où elle provoque 1 nouvelle infection au COVID-19 sur 1000, environ 3000 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 par semaine doivent être séquencés.
«Les responsables de la santé recherchent de meilleurs moyens de gérer l'imprévisibilité de ce virus et de ses futures variantes», a déclaré Spencer Woody, stagiaire postdoctoral au UT COVID-19 Modeling Consortium. «Notre nouveau calculateur détermine combien de spécimens positifs de SRAS-CoV-2 doivent être séquencés pour garantir que les nouvelles menaces sont identifiées dès qu’elles commencent à se propager.»
Il a expliqué que la calculatrice a une deuxième fonctionnalité. «Cela aide également les laboratoires à déterminer à quelle vitesse ils détecteront de nouvelles variantes, compte tenu de leur capacité de séquençage actuelle.»
«Nous avons créé cet outil pour aider les responsables de la santé fédéraux, étatiques et locaux à construire des systèmes d'alerte précoce crédibles pour cette menace de pandémie et les futures», a déclaré Meyers.
Des informations plus détaillées sur la calculatrice sont disponibles ici.
Outre Meyers, les auteurs de l'article sur les maladies infectieuses émergentes sont Zhanwei Du, Bingyi Yang, Sheikh Taslim Ali, Tim K. Tsang, Songwei Shan, Peng Wu, Eric H.Y. Lau et Benjamin J. Cowling du Centre collaborateur de l'OMS pour l'épidémiologie et le contrôle des maladies infectieuses à Hong Kong et Lin Wang de l'Université de Cambridge.
La recherche a été financée par le Fonds de recherche médicale et sanitaire de Hong Kong, les National Institutes of Health et les Centers for Disease Control and Prevention.
Meyers est titulaire de la chaire du centenaire Denton A. Cooley de l'Université du Texas à Austin.
