Lorsque les premiers cas de la variante SARS-CoV-2 Delta ont été détectés au Royaume-Uni à la mi-avril, la nation s'apprêtait à s'ouvrir. Le nombre de cas de COVID-19, les hospitalisations et les décès étaient en chute libre, grâce à des mois de confinement et à l'un des programmes de vaccination les plus rapides au monde. Deux mois plus tard, la variante, qui a été détectée pour la première fois en Inde, a catalysé une troisième vague au Royaume-Uni et contraint le gouvernement à retarder la réouverture complète de la société qu'il avait initialement prévue pour le 21 juin.

Après avoir observé la montée étonnamment rapide de la variante Delta au Royaume-Uni, d'autres pays se préparent à l'impact de la variante – s'ils ne le ressentent pas déjà. Les pays disposant d'un large accès aux vaccins, comme ceux d'Europe et d'Amérique du Nord, espèrent que les injections pourront freiner la montée inévitable de Delta. Mais dans les pays sans grands stocks de vaccins, en particulier en Afrique, certains scientifiques craignent que la variante ne soit dévastatrice.

Variante du coronavirus delta : les scientifiques se préparent à l'impact

" Dans mon esprit, il sera vraiment difficile d'exclure cette variante ", déclare Tom Wenseleers, biologiste évolutionniste et biostatisticien à l'Université catholique de Louvain (KU Leuven) en Belgique. " Il est très probable qu’il prendra le relais à l’échelle mondiale. "

Delta, également connu sous le nom de B.1.617.2, appartient à une lignée virale identifiée pour la première fois en Inde lors d'une vague féroce d'infections en avril et mai. La lignée s'est développée rapidement dans certaines parties du pays et a montré des signes de résistance partielle aux vaccins. Mais il était difficile pour les chercheurs de démêler ces propriétés intrinsèques de la variante d'autres facteurs faisant passer les cas confirmés en Inde au-delà de 400 000 par jour, tels que les rassemblements de masse.

Données delta

La variante Delta a été liée à une résurgence de COVID-19 au Népal, en Asie du Sud-Est et ailleurs, mais sa propagation au Royaume-Uni a donné aux scientifiques une image claire de la menace qu'elle représente. Delta semble être environ 60% plus transmissible que le variant Alpha déjà très infectieux (également appelé B.1.1.7) identifié au Royaume-Uni fin 2020.

Delta est modérément résistant aux vaccins, en particulier chez les personnes qui n'ont reçu qu'une seule dose. Une étude de Public Health England publiée le 22 mai a révélé qu'une dose unique du vaccin d'AstraZeneca ou de Pfizer réduisait de 33 % le risque pour une personne de développer des symptômes du COVID-19 causés par la variante Delta, contre 50 % pour la variante Alpha. Une deuxième dose du vaccin AstraZeneca a renforcé la protection contre Delta à 60 % (contre 66 % contre Alpha), tandis que deux doses du vaccin Pfizer étaient efficaces à 88 % (contre 93 % contre Alpha).

Des preuves préliminaires en provenance d'Angleterre et d'Écosse suggèrent que les personnes infectées par Delta sont environ deux fois plus susceptibles de se retrouver à l'hôpital que celles infectées par Alpha.

"Les données provenant du Royaume-Uni sont si bonnes que nous avons une très bonne idée du comportement de la variante Delta", déclare Mads Albertsen, bioinformaticien à l'Université d'Aalborg au Danemark. "Cela m'a ouvert les yeux."

Le Danemark, qui, comme le Royaume-Uni, est un leader mondial de la surveillance génomique, a également connu une augmentation constante des cas causés par la variante Delta, bien que beaucoup moins que la plupart des autres pays européens. Ce n'est qu'une question de temps avant que la variante ne devienne dominante au Danemark, dit Albertsen, mais l'espoir est que son expansion puisse être ralentie par la vaccination, la surveillance et une meilleure recherche des contacts. "Ça va prendre le dessus", dit-il, mais "j'espère dans quelques mois et pas trop tôt".

Pendant ce temps, le gouvernement danois assouplit les restrictions, ne les réimpose pas : les restaurants et les bars sont ouverts depuis des mois aux personnes qui ont été vaccinées ou ont reçu un test négatif récent, et, depuis le 14 juin, les masques ne sont plus requis dans la plupart des réglages intérieurs. " Tout se passe bien maintenant au Danemark et nous surveillons de près la variante Delta ", déclare Albertsen. " Cela peut changer assez rapidement, comme cela a été le cas au Royaume-Uni. "

Les cas de la variante Delta au Royaume-Uni doublent environ tous les 11 jours. Mais les pays disposant d'importants stocks de vaccins devraient être rassurés par la hausse plus lente des admissions à l'hôpital, déclare Wenseleers. Une étude récente de Public Health England1 a révélé que les personnes qui ont reçu une dose de vaccin sont 75 % moins susceptibles d'être hospitalisées que les personnes non vaccinées, et que celles qui sont pleinement protégées ont 94 % moins de chances d'être hospitalisées.

propagation américaine

Delta est également en hausse aux États-Unis, en particulier dans le Midwest et le sud-est. Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont déclaré qu'il s'agissait d'une variante préoccupante le 15 juin. Mais une surveillance inégale signifie que l'image y est moins claire. Selon un échantillonnage national réalisé par la société de génomique Helix à San Mateo, en Californie, Delta augmente rapidement. À l'aide d'un test de génotypage rapide, la société a constaté que la proportion de cas causés par Alpha est passée de plus de 70 % fin avril à environ 42 % à la mi-juin, l'augmentation de Delta entraînant une grande partie du changement2.

Jeremy Kamil, virologue à la Louisiana State University Health à Shreveport, s'attend à ce que Delta devienne finalement dominant aux États-Unis, "mais qu'il soit quelque peu émoussé par la vaccination". Cependant, de vastes disparités dans les taux de vaccination pourraient entraîner des variations régionales et locales des cas et des hospitalisations causées par Delta, explique Jennifer Surtees, biochimiste à l'Université de Buffalo, New York, qui mène une surveillance régionale.

Elle note que 70% des New-Yorkais éligibles ont reçu au moins une dose de vaccin – une étape qui a déclenché la levée de la plupart des restrictions COVID-19 la semaine dernière – mais ce chiffre est inférieur à 40% dans certaines parties de l'État. Les communautés avec des proportions élevées d'individus afro-américains et hispaniques, où les taux de vaccination ont tendance à être faibles, pourraient être particulièrement touchées par Delta. "Ce sont des populations qui sont vraiment à risque d'une épidémie localisée de Delta, donc je pense qu'il est vraiment important de continuer à suivre et à surveiller autant que possible", a déclaré Surtees.

Les données d'Helix2 sur près de 20 000 échantillons séquencés depuis avril suggèrent que la variante Delta se propage plus rapidement dans les comtés américains où moins de 30% des résidents ont été entièrement vaccinés, par rapport aux comtés avec des taux de vaccination supérieurs à ce seuil.

L'Afrique en danger

Selon les scientifiques, Delta représente le plus grand risque pour les pays qui ont un accès limité aux vaccins, en particulier ceux d'Afrique, où la plupart des pays ont vacciné moins de 5% de leur population. " Les vaccins ne viendront jamais à temps ", déclare Wenseleers. " Si ce genre de nouvelle variante arrive, cela peut être très dévastateur. "

La surveillance dans les pays africains est extrêmement limitée, mais il y a des indices que la variante y provoque déjà une augmentation des cas. Plusieurs séquences de la variante ont été signalées en République démocratique du Congo, où une épidémie dans la capitale Kinshasa a rempli les hôpitaux. La variante a également été détectée au Malawi, en Ouganda et en Afrique du Sud.

Les pays qui ont des liens économiques étroits avec l'Inde, comme ceux d'Afrique de l'Est, sont probablement les plus à risque de voir une augmentation des cas causés par Delta, explique Tulio de Oliveira, bioinformaticien et directeur du KwaZulu-Natal Research and Innovation Sequencing. Plateforme à Durban, Afrique du Sud. Dans son pays, tous les cas de Delta ont été détectés chez les équipages de navires dans les ports commerciaux, sans aucun signe de propagation dans la communauté en général.

De Oliveira s'attend à ce que cela reste ainsi. L'Afrique du Sud est au milieu d'une troisième vague d'infections causées par la variante bêta (également connue sous le nom de B.1.351) identifiée l'année dernière. Ceci, combiné à un manque de voyages en provenance des pays touchés par Delta, devrait rendre plus difficile l'implantation d'une nouvelle variante.

Des facteurs similaires pourraient tenir Delta à distance au Brésil, qui lutte contre une autre variante immunitaire appelée P.1, ou Gamma, explique Gonzalo Bello, virologue à l'Institut Oswaldo Cruz de Rio de Janeiro, qui fait partie d'une équipe menant veille nationale. Jusqu'à présent, le Brésil n'a séquencé que quatre cas de la variante Delta dans le pays.

Alors que les pays se ceignent contre la variante Delta – ou espèrent qu'elle les ignore – les chercheurs disent que nous devons surveiller les menaces encore plus grandes. "Ce qui inquiète la plupart des gens, ce sont les prochaines variantes - si nous commençons à voir des variantes qui peuvent vraiment défier les vaccins", explique Albertsen.