Parce que le code génétique du coronavirus change constamment, les responsables de la santé américains ont trouvé ce printemps un moyen de classer les variantes émergentes en fonction de leur menace.
Jusqu'à présent, le monde n'a pas connu de « variantes aux conséquences graves » – celles qui pourraient défier les tests de diagnostic, les médicaments et les vaccins, tout en se propageant et en tuant plus facilement.
Mais la liste des « variantes intéressantes » et des « variantes préoccupantes » ne cesse de s'allonger. Ceux-ci ont une ou plusieurs mutations inquiétantes qui sont soupçonnées, ou connues, d'augmenter la transmission et la gravité de la maladie. Certains réduisent également l'efficacité des thérapies par anticorps et des vaccins.
Dans la grande région de Philadelphie – où la vaccination a entraîné une forte baisse des cas de COVID-19 depuis le pic de janvier – le séquençage génétique suggère que les nouvelles infections sont « toutes des variantes maintenant », a déclaré mardi le microbiologiste de l'Université de Pennsylvanie, Frederic Bushman.
L'inquiétante variante Delta, qui devrait devenir dominante aux États-Unis d'ici quelques mois, n'a été identifiée que quatre fois parmi les 1 651 échantillons respiratoires que l'équipe de Bushman a séquencés depuis janvier. Les échantillons proviennent de personnes testées positives pour COVID-19 en Pennsylvanie et dans le sud de Jersey, pour la plupart des patients du système de santé de l'Université de Pennsylvanie.
"Nous commençons tout juste à voir la souche Delta", a déclaré Bushman. « Donc, c’est définitivement ici. Je dois supposer qu'il est largement ensemencé.
La souche Delta est plus transmissible et s'est propagée à travers l'Inde l'année dernière. Mais les données montrent que les vaccins Pfizer et Moderna offrent une bonne protection contre la variante – après la deuxième dose.
Bushman a déclaré que son équipe n'avait jamais séquencé un cas local causé par une infection par la souche d'origine qui a déclenché la pandémie à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Mais cela signifie que le virus évolue rapidement.
"Nous avons vu plusieurs vagues de variantes remplacer des souches plus anciennes", a déclaré Bushman. « Maintenant, la souche du Royaume-Uni est dominante dans notre région et la variante de New York est la deuxième plus abondante. »
La souche britannique, également connue sous le nom d'Alpha, est classée comme « préoccupante », tandis que la variante new-yorkaise, également connue sous le nom d'Iota, est « intéressante » car sa nocivité est toujours en cours d'évaluation.
L'utilisation de l'alphabet grec pour étiqueter les variantes est un changement récent proposé par l'Organisation mondiale de la santé. L'OMS a reconnu que faire référence aux variantes par le lieu d'origine peut être stigmatisant, mais le public et les médias ont été déconcertés par les étiquettes scientifiques obscures, telles que B.1.1.7 pour la variante britannique.
Bien que les efforts mondiaux de surveillance des coronavirus se soient intensifiés, il n'existe pas de système complet pour détecter les changements significatifs dans le code génétique du coronavirus. Le microbe fait souvent des erreurs dans ce code lorsqu'il se réplique à l'intérieur des cellules.
La plupart des mutations sont sans conséquence ou néfastes pour le virus, mais avec des milliards de personnes dans le monde offrant des opportunités de fautes de frappe génétiques, le virus a des chances presque incalculables d'évoluer de manière à lui donner un avantage. Et tandis que les voyages internationaux contribuent à propager des variantes dangereuses, celles-ci peuvent également apparaître de manière répétée, spontanée et indépendante dans le monde entier – un phénomène appelé « évolution convergente ».
De nombreuses données sont nécessaires pour déterminer si une variante a des propriétés pires que ses prédécesseurs, et les autorités sanitaires peuvent ne pas être d'accord. Par exemple, le ministère indien de la Santé affirme que des études montrent qu'un nouveau descendant de la variante Delta - la variante Delta plus - se propage plus facilement et se lie plus facilement aux cellules pulmonaires, mais d'autres experts disent qu'il est trop tôt pour le dire.
Dans tous les cas, les experts considèrent la vaccination comme le seul espoir de maîtriser la pandémie, mais la résistance à la vaccination s'avère étonnamment forte, même dans les pays en développement comme l'Inde où les vaccins sont rares.
Aux États-Unis, où les vaccins sont facilement disponibles, le ralentissement de la vaccination est attribué à l'hésitation à la vaccination et aux disparités socio-économiques.
Comme l'a rapporté The Inquirer la semaine dernière, plus de la moitié des Philadelphiens, soit près de 853 000 personnes, ont reçu au moins une dose de vaccin, dont 66% des personnes âgées de 18 ans et plus, selon les données des Centers for Disease Control and Prevention.
Mais de moins en moins de personnes retroussent leurs manches et les taux de vaccination et d'infection varient considérablement selon le code postal. Par exemple, Center City West, où 61 % des résidents ont été entièrement vaccinés, a enregistré moins d'un cas de COVID-19 pour 10 000 résidents au cours des deux premières semaines de juin. Le nord de Philadelphie, où moins d'un tiers des habitants étaient complètement vaccinés, comptait cinq cas pour 10 000 habitants.
Bushman a noté que les quatre coronavirus saisonniers, qui provoquent des infections respiratoires bénignes, disparaissent par temps chaud et augmentent en hiver. Le virus pandémique est plus compliqué et imprévisible. Les effets saisonniers possibles, l'immunité contre une infection ou une vaccination passée, les variantes et l'hésitation à la vaccination façonneront les futures épidémies.
"Je suppose que cela reviendra à l'automne dans les "déserts" vaccinaux", a déclaré Bushman.
