Le séquençage génomique est l'une des meilleures défenses contre des variantes potentiellement plus mortelles ou plus transmissibles du coronavirus. Il est également coûteux, lent et actuellement presque inexistant aux États-Unis.

Ainsi, certains épidémiologistes préconisent un moyen plus simple, moins coûteux et plus rapide d'aider à suivre les trajectoires des variantes à travers le pays: une version améliorée des tests de diagnostic Covid-19 largement disponibles qui peuvent signaler les échantillons avec des modifications génétiques problématiques.

Les tests Covid améliorés pourraient-ils être notre raccourci pour suivre les variantes ?

L’idée est de compléter - et non de remplacer - la capacité de séquençage génomique à croissance lente des États-Unis, puisque le séquençage reste la référence en matière de surveillance virale. En Europe, le Royaume-Uni et le Danemark utilisent déjà ces tests dans le cadre de leurs systèmes nationaux de détection des virus. Plusieurs sociétés de tests diagnostiques, dont Bio-Rad, Agena et Roche, ont également développé leurs propres écrans spécifiques à des variantes au cours des derniers mois.

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«La réalité est qu'il y a des endroits qui ne sont tout simplement pas configurés pour le séquençage», a déclaré Chantal Vogels, épidémiologiste à la Yale School of Public Health. "Ces tests peuvent donner une réponse préliminaire à" Quelles variantes existe-t-il? ""

Mais certaines autorités de santé publique sont sceptiques quant à l’adoption généralisée d’une nouvelle technique de surveillance au cours des dernières étapes de la pandémie - surtout si elles ont déjà travaillé à accélérer le séquençage, a déclaré Kelly Wroblewski, directrice des maladies infectieuses à l’Association des laboratoires de santé publique. «Parfois, vous devez en quelque sorte choisir une direction», dit-elle. «La majorité des laboratoires qui ont exploré ou étudié l'idée ont décidé de ne pas la poursuivre.»

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À l'heure actuelle, même après des efforts concertés pour augmenter la capacité de séquençage, seuls 3% environ des échantillons positifs de Covid-19 du pays ont été séquencés début avril. Ce n’est pas simplement «inacceptable», mais «presque sans valeur», a déclaré Sam Scarpino, professeur adjoint de bioinformatique à l’Université Northeastern et directeur du laboratoire des épidémies émergentes de l’école.

Surtout, a ajouté Scarpino, compte tenu du biais géographique affectant le séquençage génomique national. Au cours des 30 derniers jours environ, les échantillons provenant à eux seuls de quatre États - New York, Californie, Floride et Washington - représentaient environ 30% des séquences du pays, selon les données du United States Mutation Report.

En ce qui concerne le suivi des variantes, Scarpino a déclaré : "Nous sommes en grande partie dans le noir."

En partie, ce décalage témoigne des exigences et de la complexité de l'établissement d'un solide programme national de surveillance génomique. Le séquençage du génome implique la lecture et l’analyse des 29 727 nucléotides du code génétique du SRAS-CoV-2. Cela peut prendre des jours et nécessite un équipement hautement spécialisé et des spécialistes formés.

Il y a un an, de nombreux laboratoires de santé publique n'étaient pas équipés pour effectuer de telles analyses génétiques à grain fin. Aujourd'hui, atteindre la référence du séquençage de 5% de tous les échantillons positifs de Covid-19 (de manière représentative) reste un objectif ambitieux, selon certains. «Nous n’avons aucun moyen d’avoir les ressources ou le temps», a déclaré Mara Aspinall, experte en diagnostic biomédical à l’Université d’État de l’Arizona.

D'autre part, les tests que nous utilisons pour diagnostiquer une personne atteinte de Covid-19 sont beaucoup plus simples et plus omniprésents. Le test Covid-19 standard implique une technique appelée réaction en chaîne par polymérase (PCR), qui recherche quelques gènes caractéristiques dans un échantillon donné.

La stratégie proposée d'utiliser des tests PCR ciblés pour la surveillance consiste à peaufiner ces tests de diagnostic afin qu'ils recherchent également des gènes spécifiques aux variantes connues. Un test PCR spécifique à B.1.1.7, par exemple, répondrait à deux questions: Cette personne a-t-elle le SRAS-CoV-2? Et semblent-ils avoir la souche B.1.1.7? «Il y aurait de nombreux avantages», a déclaré Thomas Denny, professeur de médecine à l'Université Duke.

Pour commencer, de nombreux laboratoires de santé publique sont déjà équipés de la technologie pour exécuter et lire les tests PCR, ce qui simplifierait la mise en œuvre de la stratégie.

«Ce n'est vraiment pas difficile. C'est en fait incroyablement simple », a déclaré Alan Wells, directeur médical des laboratoires cliniques du centre médical de l'Université de Pittsburgh.

C'est aussi plus rapide que le séquençage - une question d'heures par rapport à une question de jours - ce qui en fait une technique «plus réaliste» pour de nombreux laboratoires, a déclaré Vogels, qui a co-écrit plus tôt cette année un pré-impression présentant une conception possible pour une variante spécifique Tests PCR. «Avec le séquençage, nous avons environ deux semaines de retard. Avec la PCR, nous avons deux semaines d’avance », a-t-elle déclaré.

Les promoteurs ont suggéré de jumeler les deux technologies pour avoir une grille de surveillance à double couche : des tests PCR toujours actifs et généralisés combinés à un séquençage génomique complexe et plus ciblé. De cette façon, nous pourrions également tenir compte des variantes tout en les auditant.

«Nous avons besoin des deux : nous devons détecter et surveiller», a déclaré Scarpino. «Idéalement, ces deux systèmes sont couplés.»

En décembre, par exemple, le séquençage du Nevada n’a pas été aussi rapide que l’aurait souhaité Mark Pandori, directeur du laboratoire de santé publique de l’État. Ainsi, lui et ses collègues ont développé un test PCR «comme test de dépistage» qui était spécifique à B.1.1.7 afin de garder un œil plus opportun sur le variant. "Si vous vouliez juste faire un balayage", a déclaré Pandori, "vous pourriez tester beaucoup de spécimens très rapidement."

En utilisant des tests ciblés basés sur la PCR, National Jewish Health à Denver a surveillé que B.1.1.7 est passé de 19% des échantillons positifs de Covid-19 il y a trois semaines à 35% il y a deux semaines, puis à 73% la semaine dernière.

«Nous pouvons voir ce changement, et nous pouvons commencer à comprendre comment, localement, les choses changent», a déclaré Reeti Khare, directeur du laboratoire des maladies infectieuses du NJH. L'hôpital a également aidé les services de santé du Wyoming à utiliser la PCR augmentée comme dépistage initial des formes mutées du virus. "C'est rapide et c'est parfait pour suivre les variantes en temps relativement réel", a-t-elle déclaré. "Nous pensons que cela en vaut vraiment la peine."

La stratégie n'est pas sans inconvénients.

Contrairement au séquençage - qui permet aux scientifiques de lire le code génétique du virus en détail et d'identifier de nouvelles mutations préoccupantes - les tests PCR ne peuvent répondre qu'à des questions par oui ou par non sur la présence ou l'absence d'une mutation spécifique connue. En d’autres termes: il ne peut trouver que ce qu’il lui est demandé de rechercher.

"Nous recherchons simplement des mutations dont nous avons connaissance", a déclaré Khare.

Un nouvel ajout au test devrait être développé chaque fois qu'il y a une nouvelle variante que les experts veulent signaler avec la PCR. «Ce sera un coup de foudre constant», a déclaré Wroblewski de l’APHL. La question de savoir si c'est un jeu qui vaut la peine d'être joué dépendra des autorités sanitaires locales et nationales, a-t-elle déclaré.

Pendant ce temps, avec le déploiement du vaccin Covid-19 dans une course contre la hausse des cas, B.1.1.7 (qui est connu pour être plus transmissible et mortel) est passé de 3% de toutes les séquences analysées aux États-Unis en janvier à plus de 44 % fin mars, selon le CDC.

Pandori a déclaré que le Nevada envisageait actuellement de développer et de déployer le dépistage par PCR pour les deux autres souches préoccupantes - B.1.351 et P.1 - qui sont, pour l'instant, beaucoup moins répandues. «Ce sont des variantes effrayantes et elles existent à une fréquence relativement basse», a-t-il déclaré. «Vous avez encore là une opportunité de lancer un large filet. Nous en voyons la valeur. J'ai l'impression que les autres ne le reconnaissent peut-être pas.

Scarpino a déclaré qu'il craignait que, plus tard, nous pourrions vraiment avoir besoin d'un filet de sécurité pour le dépistage par PCR si, à l'automne, nous ne sommes pas près de l'immunité du troupeau. «Ensuite, l'outil dont nous disposons pour maintenir nos vies ensemble est la surveillance à haute résolution qui nous permet de réagir rapidement», a-t-il déclaré, en augmentant les vaccins vers toutes les variantes de points chauds détectées par PCR. «Nous devons être préparés à ce scénario.»

Après un an de santé publique à la poursuite de l’avance considérable du SRAS-CoV-2, certains disent que cette stratégie pourrait nous permettre d’être juste un pas derrière le virus. "S'il est facile à mettre en œuvre et que vous disposez des outils, pourquoi ne pas l'utiliser?" Dit Vogels. "Il ne sert qu'à être préparé à ce qui va arriver."