Débutant l'été dernier et réapparaissant en janvier, les sceptiques ont affirmé que les tests COVID-19 utilisent trop de cycles de soi-disant cycles d'amplification lors de la recherche de virus.
Ils le comparent à un processus de raclage du baril à la recherche de signes de maladie, un examen excessif qui peut finalement identifier à tort les particules restantes inoffensives d'une maladie antérieure ou d'une exposition comme des infections actives.
L'argument a été déployé pour suggérer que moins de personnes contractent le COVID-19 qu'on ne le dit au public, que le décompte officiel des cas est alarmiste et que le public reçoit une histoire exagérée sur la pandémie.
Le même message a pris une connotation politique plus tôt cette année lorsqu'une lettre de l'Organisation mondiale de la santé concernant la nécessité de respecter scrupuleusement les protocoles de PCR a été publiée, puis mal interprétée dans des publications Facebook largement partagées critiquant les soi-disant valeurs de seuil de cycle.
Certaines publications impliquaient que la lettre de l'OMS était chronométrée afin qu'un nouveau président américain puisse hériter de moins de cas.
La méthode de laboratoire standard pour déterminer l'infection au COVID-19 utilise jusqu'à 40 cycles d'amplification génétique, selon le Dr Matt Binnicker, directeur de la virologie clinique pour Mayo Clinic Laboratories, qui s'est récemment entretenu avec les médias dans le cadre d'une mise à jour périodique de la Mayo Clinic Laboratoires.
Binnicker était l'un des nombreux experts consultés par factcheck.org plus tôt cette année pour réfuter les allégations sur la sensibilité excessive des tests PCR.
Dr Matthew Binnicker, directeur de la virologie clinique pour Mayo Clinic Laboratories. Photo soumise.
Binnicker dit que les cas positifs déterminés après un nombre plus élevé de cycles ne peuvent en effet ramasser que de petites quantités de virus, mais que ce processus est nécessaire pour détecter les infections actives indépendamment des effets d'échantillons mal collectés et d'une foule d'autres variables qui dégradent le virus.
«C'est essentiellement à quel moment pendant le test est-il dit que ce (spécimen) est positif pour le virus», a déclaré Binnicker en expliquant les seuils de cycle. "Si la valeur du seuil de cycle est élevée, disons 35.. cela indiquerait qu'il y avait une quantité vraiment faible de virus dans l'échantillon."
"Si le seuil de cycle était bas, comme 10 à 15 cycles, cela signifierait qu'il y avait beaucoup de virus présents, et il n'a pas fallu très longtemps avant que l'instrument dise" il y a quelque chose ici. ""
Binnicker ajoute, cependant, que loin d'être la preuve d'un faux positif, une découverte positive de COVID-19 après un seuil de cycle élevé pourrait simplement refléter le moment de la collecte, par opposition à des niveaux faibles ou fragmentaires de virus.
"Pour une personne qui vient de commencer à développer des symptômes", dit-il, ". cela pourrait impliquer qu'ils sont au début de leur évolution de la maladie, et que si nous les testions un jour ou deux plus tard" l'échantillon reviendrait positif à un niveau de cycles inférieur.
Binnicker a déclaré que d'autres variables expliquant un seuil de cycle élevé comprennent, si l'infirmière ou le médecin "a vraiment fait un très bon travail de collecte de l'échantillon", comment l'échantillon a été collecté et lequel parmi les dix tests utilisés à Mayo a été effectué.
«Nous ne pouvons pas nécessairement supposer qu'une personne ayant un seuil de cycle élevé n'est pas contagieuse», a fait écho le Dr Bobbi Pritt, président de la division de microbiologie clinique de la Mayo Clinic.
Pritt a déclaré que le seuil de cycle nécessaire pour détecter une infection pouvait varier en fonction du fait qu'un échantillon a été collecté dans la gorge, via un écouvillon nasopharyngé, ainsi que du milieu de transport utilisé, de la quantité d'échantillon collecté et de la durée à partir du moment du prélèvement.
Pritt a décrit un article qu'elle a co-écrit l'été dernier pour le College of American Pathologists dans lequel des quantités connues d'échantillons viraux identiques ont été envoyées à plus de 700 laboratoires différents à travers les États-Unis, renvoyant «une différence dans les valeurs de seuil de cycle de plus de 12 cycles», elle a dit.
Dr Bobbi Prittphoto gracieuseté de Mayo Clinic
"Certaines publications ont proposé un seuil de cycle devrait être utilisé - disons, 31. Mais si ce même spécimen était envoyé à différents laboratoires, 31 pourraient devenir 41, ou il pourrait revenir 21."
Les tests PCR peuvent-ils déterminer l'infectiosité?
Une question distincte relative aux cycles de PCR, dit Binnicker, est de savoir si un résultat positif déclenché par un faible nombre de cycles peut être utilisé pour distinguer ceux qui sont plus infectieux que d'autres. Si tel est le cas, cela pourrait être utilisé pour identifier les soi-disant «super-épandeurs».
Binnicker dit qu'il s'oppose à ce que l'utilisation des tests pour la même raison que les seuils élevés du cycle de PCR ne puissent pas être considérés comme déterminants du surdiagnostic - l'interférence d'autres variables de collecte.
Depuis le développement de l'un des premiers tests diagnostiques COVID-19 après le test des Centers for Disease Control and Prevention en mars 2020, la Mayo Clinic a effectué plus de 560000 tests diagnostiques COVID-19 pour des patients dans le sud-est du Minnesota, identifiant plus de 35000 cas dans le processus.
Les zones des laboratoires de la clinique Mayo habituellement utilisées pour le dépistage du VIH et de l'hépatite ont été réaffectées pour le dépistage du COVID-19 au cours des premières semaines de la pandémie et "sont passées de 22 à plus de 200 employés", pratiquement du jour au lendemain, selon Pritt. Un laboratoire qui fonctionnait auparavant pendant les heures de bureau n'est devenu qu'un test en cours d'exécution sur des échantillons de COVID-19 24 heures par jour, sept jours par semaine.
La clinique développe actuellement une gamme de tests de séquençage de gènes pour déterminer la variante spécifique du COVID-19 contractée, à des fins de surveillance de la santé publique ainsi que pour les soins aux patients, bien que les tests actuels puissent détecter chaque variante. Un problème de test qui reste à l'horizon est la possibilité que les tests d'anticorps soient un jour utilisés comme preuve de sécurité pour les voyages.
Actuellement, la preuve de vaccination est le mécanisme dominant envisagé comme un «passeport» COVID-19. Cela dit, les tests sérologiques peuvent définitivement montrer si une personne est immunisée contre la maladie.
Binnicker dit que certains tests sérologiques peuvent fournir une preuve de vaccination, tandis que d'autres tests sérologiques peuvent fournir la preuve d'une maladie antérieure
«C'est une couche d'informations dont certains pays peuvent avoir besoin (pour voyager)», dit-il. «Mon opinion personnelle est que les résultats des tests sérologiques sont parfois difficiles à interpréter», ajoute-t-il.
"Si quelqu'un est négatif pour les anticorps, cela ne signifie pas qu'il n'est pas protégé contre le COVID-19, car il existe d'autres réponses immunitaires en plus des anticorps qui peuvent signifier que quelqu'un est protégé, comme les cellules T."
Cela dit, Binnicker pense que la PCR et les tests moléculaires négatifs - ainsi que le statut vaccinal - deviendront tous plus pertinents à mesure que les pays commenceront à s'efforcer de rouvrir les voyages.
