Tout test de diagnostic digne de ce nom a la précision de son côté. Il peut repérer la présence de cette état, mais pas cette une; il peut, lorsqu'il est utilisé pour une maladie infectieuse, faire la distinction entre des microbes qui se ressemblent beaucoup.

Pendant la majeure partie de la pandémie, cette précision a été un atout majeur pour les centaines de tests qui détectent le SRAS-CoV-2. Mais la nature perspicace de la plupart des tests a également ouvert un point faible à exploiter par le coronavirus. Avec la mutation du virus en variantes nouvelles et inquiétantes, quelques-uns des tests conçus pour reconnaître son itération d'origine sont maintenant dupés. Ce qui était autrefois une cible singulière s'est scindé en de nombreux, nombreux yeux de bœuf, chacun un peu différent l'un de l'autre, et nous avons du mal à viser.

Les tests de coronavirus ne seront jamais à l'épreuve des variantes

Ce n'est pas encore une crise, et peut-être qu'elle ne le sera jamais. Les plus les tests fonctionnent toujours très bien contre toutes les versions connues du coronavirus, et les chercheurs ont des solutions de contournement qui renforceront les autres contre le changement de forme du virus. Mais garder un œil sur les performances des tests est crucial, surtout alors que la pandémie fait rage dans de nombreuses régions du monde. « D'un point de vue mondial, il est absolument nécessaire de faire tout notre possible pour nous assurer que nous avons une bonne emprise sur le virus et ses mutations », Neha Agarwal, directrice associée du PATH Diagnostics Program, une organisation qui suit le SRAS- Tests CoV-2, m'a dit. Tant qu'il aura des hôtes à infecter, le coronavirus continuera de réorganiser ses gènes, ce qui signifie que les fabricants de tests devront suivre de près les mouvements du virus et adapter leurs produits pour le suivre. Plus d'un an après le moment où les experts ont découvert le virus pour la première fois, les tests ont besoin d'une retouche.

La plupart des tests de coronavirus déployés aux États-Unis détectent des tronçons spécifiques d'ARN, le matériel génétique du génome du virus, généralement choisis parce qu'ils sont uniques au SRAS-CoV-2 (ou du moins à la famille de virus dans laquelle il appartient). Lorsque les tests échouent, c'est parce qu'ils sont pointilleux. Ces tests moléculaires recherchent le manuscrit génomique avec à peu près autant de précision que la fonction Ctrl+F sur un ordinateur, ce qui signifie que même les fautes de frappe d'une seule lettre, c'est-à-dire de simples mutations d'ARN, peuvent les désarticuler.

Selon la FDA, presque aucun de ces tests ne renvoie réellement à des variantes faux négatifs, à l'exception peut-être de l'Acaccula, fabriqué par Mesa Biotech. Un document de la société indique que le test peut parfois être bloqué lorsqu'il rencontre des mutations dans un gène appelé N (qui produit la protéine de la nucléocapside), ce qui l'amène à dire à tort qu'aucun virus n'est présent. Mais c'est un cas extrême. Trois autres tests moléculaires identifiés par la FDA comme étant affectés par des mutations sont encore capables d'enregistrer au moins partiellement le pathogène. (Au moins deux plus récemment identifiés par les chercheurs pourraient bientôt rejoindre la liste des tests dont les pouvoirs de détective sont affaiblis, mais pas oblitérés, par des variantes.)

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Un test sur la liste de la FDA, le TaqPath de Thermo Fisher Scientific, cible un segment du gène du coronavirus S (qui code la protéine de pointe). Un extrait de ce segment est absent de plusieurs variantes préoccupantes, y compris l'Alpha très contagieux (B.1.1.7), la forme dominante du coronavirus aux États-Unis, rendant S effectivement invisible pour le TaqPath. Mais la plupart des tests moléculaires, y compris le TaqPath, ont une police d'assurance de facto : ils scannent généralement le génome pour plusieurs Segments d'ARN à la fois - deux, trois, parfois plus -, ce qui rend presque impossible pour le virus d'échapper entièrement à l'examen du test. Le TaqPath, par exemple, détecte deux segments de gènes supplémentaires en dehors de S, tous deux intacts dans Alpha, et crachera toujours un résultat positif.

Un ensemble de problèmes légèrement différent se joue maintenant avec les tests d'antigène – un type de test rapide qui peut généralement être effectué en dehors d'un laboratoire – qui détectent le coronavirus protéines. Alors que les tests moléculaires scannent essentiellement les génomes lettre par lettre pour une orthographe précise, les tests qui recherchent des protéines fonctionnent davantage comme un lecteur écrasant les mots pour leur sens global. Les fautes de frappe peuvent passer inaperçues, ce qui rend les tests d'antigène plus difficiles à détecter avec des mutations mineures. Cependant, alors que les tests moléculaires ont généralement plusieurs cibles, les tests antigéniques ont tendance à n'en avoir qu'une, généralement la protéine de la nucléocapside, ce qui les rend plus «fragiles», explique Alex Greninger, directeur adjoint des laboratoires de virologie clinique de l'Université de Washington. Centre.

Dans un article récent, non encore publié dans une revue scientifique, Greninger et ses collègues ont découvert qu'un test commun d'antigène de chasse aux nucléocapsides appelé Sofia, fabriqué par Quidel, pourrait ne pas reconnaître une très petite fraction de variants de coronavirus, marquant à tort les échantillons infectés comme à l'abri du virus. Greninger m'a dit que la mutation confondante du test est présente dans moins de 0,5% des génomes du SRAS-CoV-2 catalogués à ce jour, donc le test lui-même est bon pour le moment. Mais l'erreur qu'il commet n'est pas nécessairement une anomalie. Une autre étude récente, également pas encore évaluée par des pairs, fait état d'un problème similaire avec un test appelé PanBio, réalisé par Abbott. Le PanBio n'est pas disponible aux États-Unis, mais il est similaire à un autre test réalisé par Abbott, le BinaxNOW, qui a été autorisé par la FDA.

(J'ai contacté les fabricants à l'origine de plusieurs des tests concernés. Quidel et Mesa Biotech n'ont pas répondu aux demandes répétées de commentaires. Manoj Gandhi, directeur médical principal de Thermo Fisher pour les solutions de tests génétiques, a déclaré que la société était au courant du problème, mais m'a dit que le TaqPath n'aurait pas besoin d'être modifié, en raison de sa "redondance intégrée". variantes, et nous sommes convaincus que nos tests restent efficaces pour détecter ces souches. »)

Même s'ils sont rares, les faux négatifs dus à des variantes peuvent avoir un effet d'entraînement sur notre capacité à contenir le virus. Les tests antigéniques ont déjà suscité la controverse car ils ne sont pas aussi efficaces que les tests moléculaires pour identifier les infections, en particulier chez les personnes qui ne présentent pas de symptômes ou chez qui le virus est quelque peu rare. Les faux négatifs pourraient mettre en danger les personnes qui passent ces tests, et leur entourage, en les rassurant à tort qu'elles sont exemptes d'infection. Ils peuvent également aider les variantes à passer inaperçues, faussant notre idée des versions du virus qui se propagent dans une communauté donnée. Un test d'antigène positif signifie généralement que le coronavirus est présent, mais les négatifs ont de plus en plus de mal à dire quoi que ce soit.

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Pour cette raison, de nombreux experts avec qui j'ai parlé placent leurs espoirs dans l'approche moléculaire pour poursuivre les tests alors que le coronavirus continue de se diviser en de nouvelles lignées. Maintenant que les scientifiques sont au courant des nombreux modèles distinctifs que certaines variantes produisent sur les tests moléculaires, ils les utilisent comme écrans préliminaires rapides pour distinguer différentes versions du virus. Lorsque le TaqPath détecte deux gènes familiers mais ne parvient pas à détecter S, par exemple, les chercheurs peuvent signaler le spécimen comme Alpha candidat. Ce qui était initialement considéré comme un échappatoire diagnostique est devenu un test décisif pour la mutation. "Nous avons profité de l'échec", m'a dit Esther Babady, directrice médicale du service de microbiologie du Memorial Sloan Kettering Cancer Center. D'autres chercheurs, dont Chantal Vogels de Yale, ont utilisé des stratégies similaires pour développer des tests qui peuvent dire à Alpha de la bêta (B.1.351) et Gamma (P.1). Quelques entreprises, dont Thermo Fisher, commercialisent des produits qui peuvent faire de même.

Les signatures que les variantes enregistrent sur les tests pourraient un jour permettre aux médecins de fournir régulièrement des diagnostics spécifiques aux variantes à leurs patients, au lieu des conversations binaires « coronavirus » ou « pas de coronavirus » que nous traitons actuellement. Ces données ont traditionnellement été canalisées directement dans les efforts de santé publique pour suivre le virus au niveau communautaire. Mais identifier certaines variantes qui pourraient échapper aux thérapies à base d'anticorps pourrait également aider à guider les traitements pour les patients individuels. Pourtant, les experts ont souligné que les tests de coronavirus standard ne sont pas un moyen fiable de contrôler complètement les variantes, ce qui ne peut être fait qu'en séquençant l'intégralité du génome de l'agent pathogène. Le séquençage est aussi la façon dont les chercheurs confirment l'existence Nouveau des variantes qui pourraient autrement être confondues avec d'autres ou échapper complètement à l'attention. Les tests et la surveillance du génome sont inextricablement liés  : nous ne pouvons pas trouver de variantes si nous ne les recherchons pas ; nous ne pouvons pas concevoir des tests compatibles avec des variantes dont nous ne sommes pas au courant.

La course aux armements entre le virus et le test n'est pas une nouvelle histoire. Les câpres mutationnelles du SRAS-CoV-2 sont en fait assez douces par rapport aux manèges sauvages que les agents pathogènes nous ont pris auparavant. La montée du virus de la grippe H1N1 en 2009 a embobiné plusieurs tests, laissant les chercheurs et les entreprises se démener pour rééquiper leurs produits, dont certains ont complètement échoué contre la souche. Dans l'ensemble, les experts avec lesquels j'ai parlé étaient optimistes quant à notre capacité à cibler les variantes du SRAS-CoV-2, en particulier compte tenu de la gamme vertigineuse de tests parmi lesquels les laboratoires américains doivent choisir. Même si quelques-uns finissent par devenir obsolètes, nous aurons beaucoup de sauvegardes ; les fabricants continueront de bricoler leurs tests pour qu'ils restent pertinents. "Tout est cool, honnêtement", a déclaré Greninger. « Dans un avenir prévisible, nous aurons une panoplie de diagnostics. »

D'autres tests sont déjà en cours et les fabricants de tests moléculaires et antigéniques ont l'intention de les concevoir pour qu'ils durent longtemps. D'une part, ils se concentrent sur des morceaux du génome du virus qui sont moins susceptibles de muter. Maintenant que des millions de génomes du SRAS-CoV-2 ont été séquencés, il devrait être plus facile d'identifier des régions d'ARN plus stables. L'approche de tag-teaming (recherche de plusieurs cibles à la fois) est également un tampon contre les mutations. "Plus il y a de cibles, plus le test est résistant aux changements", m'a dit Melissa Miller, directrice du laboratoire de microbiologie clinique de la faculté de médecine de l'Université de Caroline du Nord. Cela aide également les tests à détecter un seul agent pathogène à la fois, de la même manière que le fait de brancher plusieurs mots-clés super-spécifiques dans Google affinera une recherche. Cepheid, dont les tests Xpert à deux gènes figurent parmi ceux répertoriés par la FDA comme « impactés par les mutations du SRAS-CoV-2 », ajoute une troisième cible à son produit pour le rendre un peu plus résistant aux variantes, selon David Persing, le directeur médical et technologique de l'entreprise.

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Pourtant, il est difficile d'ignorer le jeu de taupe dans lequel nous nous sommes enfermés. Aucun test ne peut être complètement insensible aux dérives de l'évolution. Le coronavirus a infecté plus de 170 millions de personnes dans le monde et nous accompagnera encore un certain temps ; il a eu d'innombrables occasions de se transformer en de nouvelles formes, bien plus rapidement que n'importe quel test pourrait être préparé dans un laboratoire. La nature des tests, qui recherchent des agents pathogènes après ils ont envahi le corps - oblige leur conception à être réactionnaire. Le virus se déclenche ; les tests donnent la chasse.

Certains de ces mouvements mutationnels seront en zigzag et imprévisibles. Mais les experts m'ont assuré que les chercheurs et les entreprises surveillent de près, suivent les nombreuses modifications du virus et s'assurent que les tests sont toujours à la hauteur, comme ce qui se fait depuis des années avec la grippe. Les tests consistent essentiellement à garder le virus dans notre champ de vision, même à travers un changement de costume ou deux.