MIAMI - En mars, lorsqu'il est devenu clair que les États-Unis étaient confrontés à une pandémie sans précédent, le comté de Miami-Dade a commencé à échantillonner ses eaux usées en tant qu'outil potentiel pour mesurer l'étendue des infections au COVID-19. L’espoir était que le test du caca du comté pour le coronavirus pourrait servir d’indicateur d’alerte rapide d’une deuxième vague redoutée prévue à l’automne.

Maintenant, alors que les cas augmentent dans tout le pays et que la Floride connaît une augmentation constante à des niveaux jamais vus depuis août, que disent les eaux usées ?

Tester la merde pour prédire les tendances du COVID-19 à Miami ? Jusqu'à présent, le processus a été compliqué

La réponse courte: pas beaucoup, du moins pas encore. Le processus a démarré lentement et de manière désordonnée, mais ils ont nettoyé les données et il y a encore des promesses que cela fonctionnera.

Depuis des mois, le comté paie 3600 dollars par semaine pour voir si les tests des eaux usées pourraient aider à estimer les tendances des infections à coronavirus dans la population. Le service des eaux et des égouts de Miami-Dade envoie des échantillons de ses trois usines de traitement des eaux usées à un laboratoire spécialisé à Boston appelé Biobot.

Les résultats visaient à aider l'ancien maire Carlos Gimenez et les experts de la santé publique à devancer le virus et potentiellement sauver des vies en préparant mieux les infrastructures hospitalières aux surtensions. Après tout, tout le monde fait caca et les eaux usées reflètent tous les individus d'une communauté, qu'ils aient des symptômes du COVID-19 et qu'ils aient accès aux tests ou non.

Parce que le coronavirus apparaît dans les déchets humains juste un jour ou deux après l'infection, l'extraction des eaux usées pour les données COVID-19 est devenue une autre jauge COVID-19. Utilisé conjointement avec d'autres données, il pourrait aider à donner une idée de la direction que pourrait prendre la courbe COVID.

Mais alors que des villes comme Paris et Boston ont intégré les résultats des tests d'eaux usées dans leurs stratégies de lutte contre le COVID-19, WASD affirme que le délai d'exécution des résultats des tests n'est pas encore assez rapide pour en faire un outil de planification à Miami-Dade.

"Nous devons avoir plus confiance dans les données. Les résultats à ce stade imitent les données de test qui nous parviennent de l’État ", a déclaré le directeur de WASD, Kevin Lynskey.

Miami-Dade Water and Sewer prélève chaque semaine des échantillons de son usine de traitement des eaux usées à Virginia Key dans le cadre d'un programme de test COVID-19.

Lynskey a déclaré que les données Biobot sont encore principalement un regard en arrière sur la courbe COVID, plutôt que vers l'avant pour une indication de tendance. Par exemple, une récente analyse Biobot des eaux usées de Dade montre que les estimations du nombre de cas ont commencé à augmenter vers la mi-octobre, mais il n'y a pas encore de données disponibles après le 27 octobre en raison de retards d'échantillonnage par le comté, a déclaré Lynskey.

Des problèmes sont survenus aux deux extrémités du processus - les collectes d’échantillons des trois principales stations d’épuration du comté et leur analyse par Biobot.

Lorsque l'échantillonnage a commencé en mars, les résultats n'étaient pas fiables, avec des pics et des baisses qui n'avaient aucun sens lorsqu'ils étaient analysés par rapport aux données cliniques et de test des patients COVID-19 suivis par le ministère de la Santé de Floride, a déclaré Lynskey. Biobot admet que ses méthodes devaient être améliorées après le lancement du programme de test en mars.

Jusqu'en août, l'algorithme de Biobot estimait la prévalence du virus ou l'étendue de la maladie dans la population. Parce que le laboratoire perfectionnait encore sa technologie, les résultats prenaient jusqu'à deux semaines pour revenir, et le programme de test était considéré comme un travail en cours, a déclaré Lynskey.

Puis en août, Biobot a révisé son modèle. Il a inclus plus d'informations dans son analyse, y compris de nouvelles recherches sur le comportement du virus dans les eaux usées, et a commencé à produire des résultats montrant la survenue de nouveaux cas, ce qui pourrait indiquer des tendances, plutôt que simplement la proportion de cas dans la population à un certain niveau. moment. Et l'entreprise a également commencé à traiter les données beaucoup plus rapidement, effectuant des tests en quelques jours seulement.

"Nous travaillons avec des centaines de communautés depuis plusieurs mois, nous sommes donc dans un endroit très différent aujourd'hui en termes de compréhension des méthodologies de laboratoire, des pipelines d'analyse des données du virus uniquement en raison de l'ensemble de données que nous avons amassé. " président et co-fondateur de Biobot. "Nos niveaux de sensibilité ont changé et se sont améliorés."

En mars et avril, Biobot fournirait des données aux communautés deux semaines après l'échantillonnage, un résultat qui n'était pas du tout exploitable, a-t-elle déclaré. Désormais, Biobot peut tester des échantillons en une journée et renvoyer les résultats le lendemain.

Alors pourquoi Miami-Dade ne profite-t-il pas de ce redressement plus rapide ? Il y a eu des retards avec son propre échantillonnage au cours des trois dernières semaines, donc il n'y a pas eu de test via Biobot ou de données après le 27 octobre. WASD a déclaré qu'il y avait des retards dans la réception des kits de Biobot et qu'il travaillait à remettre le programme de test sur les rails.

À Boston, pendant ce temps, la société des eaux et des égouts met les données à disposition et encourage les fonctionnaires et le public à les utiliser conjointement avec d'autres informations pour prendre des décisions sur la pandémie.

En juillet, la Massachusetts Water Resources Authority a commencé à publier sur son site Web les résultats des tests COVID dans son usine de traitement de Deer Island. Les résultats sont partagés avec le personnel du département de la santé publique, du département de la protection de l'environnement, du bureau exécutif de la santé et des services sociaux et du bureau exécutif des affaires énergétiques et environnementales, selon MWRA.

"Il est important de noter qu'il s'agit d'un pilote d'une science en évolution", a déclaré le site Web. "Les résultats de cette étude seront utilisés par les responsables de la santé publique comme un outil supplémentaire pour le Commonwealth pour suivre l'évolution de la pandémie dans le Massachusetts, ainsi que des données provenant de tests cliniques, d'hospitalisations, etc."

Certains programmes d'échantillonnage des eaux usées sont également mis en œuvre par d'autres États. Depuis juillet, le Wisconsin State Laboratory of Hygiene, en partenariat avec l'Université du Wisconsin, Milwaukee et le département d'État des Ressources naturelles, teste une fois par semaine des échantillons de stations d'épuration des eaux usées dans environ 20 comtés comptant 75% de la population. Des universités telles que Yale et le Massachusetts Institute of Technology testent également leurs eaux usées pour suivre la pandémie de COVID dans leurs communautés. L'Université de Miami lance également son propre programme d'échantillonnage des eaux usées de différents points de collecte de ses campus.

On ne sait pas si la Floride travaille sur un programme financé par l’État car ni le ministère de la Santé ni le bureau du gouverneur Ron DeSantis n’ont répondu aux demandes de commentaires.

Au niveau national, les Centers for Disease Control and Prevention et le ministère américain de la Santé et des Services sociaux ont annoncé le mois dernier le lancement du système national de surveillance des eaux usées pour générer des données pour "aider les responsables de la santé publique à mieux comprendre l'étendue du COVID-19 infections dans les communautés. "

Le CDC développe actuellement un portail permettant aux services de santé des États, des tribus, des collectivités locales et territoriales de soumettre des données d'analyse des eaux usées dans une base de données nationale, à utiliser pour l'action de santé publique.

Les données issues des analyses des eaux usées ne sont pas destinées à remplacer les systèmes de surveillance COVID-19 existants, mais sont destinées à les compléter en fournissant des données aux communautés où les tests cliniques COVID-19 en temps opportun sont sous-utilisés ou indisponibles, a déclaré le CDC.

En attendant, Biobot utilise les données de caca des villes pour faire toutes sortes d'études épidémiologiques. Par exemple, le laboratoire a découvert que les personnes atteintes de COVID perdaient une charge virale plus importante dans leur caca dans les premiers jours de l'infection. Donc, si les échantillons d'eaux usées montrent une augmentation significative de la charge virale, cela signifie qu'une augmentation du nombre de cas pourrait survenir dans environ une semaine, a déclaré Ghaeli.

Statistiquement parlant, lorsque les personnes sont contaminées par le virus, elles présenteront probablement des symptômes le quatrième ou le cinquième jour. Ils voudront probablement se faire tester, et si le système n'est pas débordé, les résultats des tests seront probablement disponibles dans deux ou trois jours. Ainsi, le résultat du test suivrait le début de l'infection d'environ une semaine ou plus.

Si le test de caca est effectué efficacement, il pourrait fournir aux responsables de la santé publique un avertissement préalable sur les tendances.

Lynskey a déclaré que le comté pourrait décider de faire des analyses plus ciblées des eaux usées pour identifier les points chauds et obtenir une vue plus granulaire des tendances des infections.

"Nous avons pu tester des points de grille individuels dans notre système. Nous pouvons effectuer des prélèvements plus localisés plutôt que des prélèvements à l'usine de traitement ", a-t-il déclaré. "Nous pourrions les faire à partir de bassins plus ciblés et commencer à déterminer où les infections sont les plus problématiques."

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(c) Miami Herald 2020

Distribué par Tribune Content Agency, LLC

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