Les écouvillons colorés en bleu provenant des tests corona sont préparés pour analyse dans un dispositif de séquençage à l'aide d'un robot de laboratoire. Crédit : Felix Heyder / Hôpital universitaire de Bonn
Un nouveau test de coronavirus développé à l'hôpital universitaire de Bonn peut analyser un grand nombre d'écouvillons simultanément à l'aide de la technologie de séquençage et a une sensibilité comparable au test qPCR commun. La méthode innovante offre un grand potentiel, notamment pour des tests systématiques dans les crèches, les écoles ou les entreprises. Aujourd'hui, les résultats de l'étude sur le nouveau test de coronavirus ont été publiés dans la célèbre revue Biotechnologie naturelle.
En plus de la vaccination, le dépistage systématique de la population reste d'une importance centrale afin de surveiller et de contenir efficacement la propagation des infections pendant la pandémie de coronavirus. Ce n'est qu'ainsi que la propagation du virus pourra être efficacement surveillée et contenue grâce à des mesures ciblées.
Le test de coronavirus innovant « LAMP-Seq », qui a été développé à l'hôpital universitaire de Bonn (UKB), offre la possibilité de tester régulièrement de nombreuses personnes pour le virus SARS-CoV-2. De cette façon, les infections peuvent être détectées à un stade précoce et les chaînes d'infection correspondantes peuvent être interrompues rapidement. "Notre test de coronavirus 'LAMP-Seq' peut détecter des quantités de virus environ 100 fois inférieures aux tests rapides d'antigène actuels et est presque aussi sensible et spécifique que le test qPCR commun" décrit le professeur Jonathan Schmid-Burgk de l'Institute of Clinical Chimie et pharmacologie clinique de l'UKB les caractéristiques de la procédure de test, qui a été développée avec d'autres chercheurs de l'UKB.
"A cela s'ajoute la grande évolutivité du test. En utilisant des machines de séquençage, des milliers d'échantillons peuvent être analysés simultanément", a déclaré Schmid-Burgk, qui a été nommé à l'Université de Bonn du Broad Institute du MIT et de Harvard début 2020 La méthode LAMP-Seq détecte non seulement les infections à coronavirus par le virus SARS-CoV-2 d'origine, mais également les nouvelles variantes préoccupantes alpha à delta.
Un récipient de microréaction (souvent appelé "eppi") rempli de 1 millilitre de liquide contient le matériau d'écouvillon amplifié provenant de jusqu'à 10 000 tests corona, qui sont analysés avec un séquenceur. Crédit : Felix Heyder / Hôpital universitaire de Bonn
Les membres du pôle d'excellence ImmunoSensation2, l'Institut d'hygiène et de santé publique, Life&Brain GmbH et l'hôpital central de la Bundeswehr de Koblenz faisaient partie des personnes impliquées dans le projet.
Pour le test "LAMP-Seq", les scientifiques de Bonn ont adapté la méthode LAMP déjà établie ("Loop-mediated Isothermal Amplification" - propagation du génome viral à température constante) et l'ont rendue compatible avec les machines de séquençage utilisées pour la recherche biomédicale. En conséquence, de nombreux échantillons peuvent être analysés simultanément dans une procédure à haut débit. Avant que des milliers d'échantillons soient analysés ensemble dans un cycle de séquençage, chaque échantillon individuel est lié à un code-barres moléculaire. Ce code-barres garantit que chaque échantillon peut être attribué sans aucun doute, même après que des milliers d'échantillons aient été regroupés. « Il n'est donc plus nécessaire de retester l'ensemble du pool en cas de résultat de test positif », explique le Dr Kerstin Ludwig, chef de groupe Emmy-Noether à l'Institute of Human Genetics. Cette technologie réduit considérablement le coût par test par rapport au test qPCR et fait de la procédure « LAMP-Seq » un test de masse évolutif.
"Avec son haut débit et sa sensibilité, le test 'LAMP-Seq' peut apporter une contribution significative au dépistage des infections non détectées. Surtout dans les écoles ou les entreprises, où de nombreuses personnes se rencontrent régulièrement, le test coronavirus est idéal pour surveiller systématiquement et préventivement le occurrence d'infections" décrit Ludwig, le co-développeur de la procédure de test, les scénarios d'application possibles du test 'LAMP-Seq'.
Le professeur Wolfgang Holzgreve, directeur médical et PDG de l'UKB, explique les avantages du nouveau test de surveillance des coronavirus comme suit : « Afin de contenir efficacement une pandémie, les personnes infectées doivent être trouvées avant qu'elles n'infectent les autres. Pour atteindre cet objectif, nous avons besoin de dépistages de masse avec la sensibilité la plus élevée qui puisse nous donner une image détaillée des chaînes d'infection existantes. C'est exactement ce à quoi le test de coronavirus 'LAMP-Seq' développé à l'UKB est adapté. "
Le professeur Dr. Jonathan Schmid-Burgk pipette dans un laboratoire du campus de l'hôpital universitaire de Bonn. Crédit : Felix Heyder / Hôpital universitaire de Bonn
Des modèles encore plus petits des machines de séquençage utilisées sont capables d'analyser environ 10 000 échantillons en un seul passage (durée : environ dix à douze heures). Cela élimine pratiquement la capacité du laboratoire en tant que facteur limitant dans les tests.
Dans plusieurs grandes études (y compris les tests des écoles et des employés) avec un total d'environ 20 000 tests, les scientifiques de Bonn ont largement testé, optimisé et validé avec succès l'ensemble de la logistique en amont et en aval, de la collecte d'échantillons par écouvillonnage de gorge au retour entièrement numérique du test résultats. La documentation des résultats de l'étude a récemment passé un processus d'examen par les pairs indépendant et a été publiée aujourd'hui dans la célèbre revue Biotechnologie naturelle.
Alors que les scientifiques de Bonn ont actuellement concentré leur méthode innovante entièrement sur le test du SRAS-CoV-2, « LAMP-Seq » peut également être utilisé à l'avenir pour des diagnostics différentiels dans le test d'autres virus tels que la grippe A et peut également être rapidement adapté à autres virus.
Les scientifiques travaillent actuellement sur la certification CE afin de rendre le test 'LAMP-Seq' disponible à l'international dans un avenir proche. Jusqu'à ce que cette approbation soit obtenue, la méthode "LAMP-Seq" entièrement validée sur le plan technique et scientifique continuera d'être utilisée pour les essais pilotes.
Une méthode rapide et peu coûteuse pour détecter l'infection au COVID-19 à partir d'un pool d'échantillons
Plus d'information :
Kerstin U. Ludwig et al, LAMP-Seq permet des diagnostics COVID-19 sensibles et multiplexés à l'aide de codes-barres moléculaires, Biotechnologie naturelle (2021). DOI : 10.1038/s41587-021-00966-9
Fourni par
Hôpital universitaire de Bonn
Citation :
Nouveau test de masse de coronavirus jusqu'à 100 fois plus sensible que les tests rapides d'antigène (2021, 29 juin)
récupéré le 29 juin 2021
de https://phys.org//2021-06-coronavirus-mass-sensitive-rapid-antigen.html
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