La Food and Drug Administration des États-Unis alerte les responsables de laboratoire que plusieurs tests COVID-19, dont un utilisé dans les tests publics gratuits du Minnesota, présentent un léger risque de renvoyer des résultats inexacts en raison de mutations génétiques récentes dans le virus.

Le test COVID utilisé dans tous les États peut offrir des indices sur une nouvelle souche

Mais il y a un avantage. Thermo Fisher Scientific, qui utilise le test TaqPath COVID sur les sites de test communautaires à travers l'État, affirme que le test reste non seulement précis, mais qu'il peut offrir un indice important qu'une souche COVID plus infectieuse est présente.

Et la technique a déjà fonctionné au Minnesota.

Les responsables du ministère de la Santé disent que trois des premiers cas confirmés du Minnesota d'une variante plus infectieuse du COVID-19, annoncés le 9 janvier, ont été trouvés après avoir analysé des échantillons qui ont renvoyé un résultat de test spécifique dans le laboratoire appelé "abandon du gène S".

Ensuite, les épidémiologistes de l'État ont vu que l'une des trois personnes qui avaient la nouvelle variante plus infectieuse partageait une adresse dans le Minnesota avec quelqu'un d'autre qui avait récemment été testé positif au COVID régulier dans un autre laboratoire.

Les responsables ont donc prélevé cet échantillon et ont accéléré une analyse plus approfondie, concluant finalement qu'il contenait également la souche la plus infectieuse dont la propagation au Royaume-Uni et en Europe a entraîné des restrictions de voyage en Europe à la fin de l'année dernière.

"Cette [fourth case]n'était pas un test TaqPath, il n'y avait donc aucune raison pour que le laboratoire le remette même en question. Il s'est révélé positif comme n'importe quel autre test ", a déclaré Sara Vetter, directrice adjointe par intérim du laboratoire de santé publique de Saint-Paul.

En d'autres termes, un examen attentif des abandons du gène S a permis aux traceurs de contact de détecter une transmission de la version la plus infectieuse du virus dans le Minnesota qui aurait été manquée autrement.

Vetter et le Dr Andrew Brooks - directeur général d'Infinity Biologix, qui exploite le laboratoire privé de traitement des tests de salive du Minnesota à Oakdale - ont déclaré que la technique n'était inscrite dans aucun processus formel. Mais les employés du laboratoire continueront de le faire.

Tous les virus développent des mutations génétiques à mesure qu'ils se reproduisent au fil du temps, ce qui est l'une des principales raisons pour lesquelles les tests moléculaires du SRAS-CoV-2 et d'autres virus sont conçus pour détecter plusieurs cibles différentes dans le pathogène.

Comme les autres tests COVID, le test TaqPath réagit à de petits fragments de trois gènes du virus. Seuls deux sur trois sont nécessaires pour un diagnostic, de sorte que les tests fonctionnent même si une mutation rend impossible la détection du troisième gène. Le gène qui disparaît est appelé "abandon" ou "échec de la cible".

"Si vous avez trois tirs au but sous des angles différents, vous êtes plus susceptible de vous assurer qu'au moins l'un des tirs entre, pour utiliser une analogie avec le hockey", a déclaré le Dr Tim Stenzel, directeur du bureau des diagnostics in vitro de la FDA. et santé radiologique.

Le suivi des variantes du virus SRAS-CoV-2 sera important au fil du temps, selon les responsables de la santé publique.

Alors que de nombreux changements génétiques rendront le virus moins efficace, certains l'aideront, comme les mutations découvertes l'année dernière au Royaume-Uni.Le CDC suit également des variantes qui ont été trouvées en Afrique du Sud et au Brésil.

Le commissaire à la santé de l'État, Jan Malcolm, a déclaré que la confirmation de la variante britannique au Minnesota était un signe clair que les précautions telles que l'éloignement, le masquage et le maintien à la maison en cas de maladie restaient importantes, malgré la baisse du nombre de cas ici.

"Bien que nos tendances se soient stabilisées, nous sommes toujours dans une situation à haut risque et la variante est une nouvelle inconnue majeure", a déclaré Malcolm la semaine dernière.

Le nombre total de cas confirmés de COVID-19 dans le Minnesota a augmenté de 1333 dimanche, portant le total de l'État à plus de 446000. Le nombre moyen de nouveaux cas sur sept jours par jour est en baisse depuis le 8 janvier.

Le Minnesota a enregistré dimanche 40 décès supplémentaires dus à des complications du COVID-19, portant le total de l'État à 5927. Les nouveaux cas par jour et les nouveaux décès par jour ont culminé entre fin novembre et mi-décembre.

Près de 185 000 habitants du Minnesota ont reçu une première dose de vaccin COVID et près de 36 000 ont terminé la vaccination en recevant leur deuxième dose. Alors que les statistiques de l'État montrent que 43% des doses de l'État avaient été utilisées dimanche, des dizaines de milliers de doses sont conservées en réserve pour ceux qui ont besoin de leur deuxième injection.

Sur les 31 567 résultats de tests de diagnostic rapportés par le ministère de la Santé dimanche, environ 4% étaient positifs pour le virus responsable du COVID.

Alors que les hôpitaux et cliniques privés de l'État utilisent une variété de tests COVID, le laboratoire d'État de Saint-Paul et le laboratoire privé d'Oakdale qui traite les échantillons de salive de l'État utilisent tous deux le test Thermo Fisher TaqPath.

Il s'agissait de l'un des trois noms mentionnés dans l'alerte du 8 janvier de la FDA aux responsables de laboratoire avertissant d'un faible potentiel pour les tests de renvoyer à tort des résultats de test négatifs en raison de changements génétiques dans le virus au fil du temps.

L'alerte a noté que deux des tests - TaqPath, et un autre appelé le test Linea COVID-19 - peuvent produire une "signature" qui est une preuve de la variante britannique.

Au niveau moléculaire, le variant britannique a 17 mutations, dont l'une supprime les acides aminés de la séquence génétique qui indique au virus comment construire ses pics de surface de signature.

Les tests TaqPath et Linea sont conçus pour réagir spécifiquement à cette section du gène de pointe du virus, souvent appelé le gène S. C'est pourquoi un abandon de la cible du gène S, combiné à une détection positive pour les deux autres gènes, est un bon indice.

"Il y a une signature, un modèle, avec ces deux tests qui alerte les laboratoires sur le potentiel que cet échantillon pourrait avoir la variante britannique", a déclaré Stenzel de la FDA.

L'échec de la cible du gène S n'est pas une preuve définitive de la variante, mais cela peut être un signal pour effectuer une analyse plus approfondie avec une machine capable de lire le génome entier du virus.

Sur les deux douzaines d'échecs de cible du gène S que le laboratoire d'État a examinés début janvier, trois étaient positifs pour la variante britannique, a déclaré Vetter du ministère de la Santé. Le département a constaté que le test a une sensibilité analytique globale de 99% pour détecter le virus.

Le quatrième cas de la variante du Minnesota a été découvert grâce à la recherche des contacts, et un cinquième cas a été confirmé après que l'une des principales sociétés de laboratoire commercial ait alerté l'État, a déclaré Vetter.

Le Dr William Morice, président des Mayo Clinic Laboratories à Rochester, a déclaré que les chercheurs devraient s'attendre à une mutation continue - en particulier dans le gène de pointe, qui code la partie du virus nécessaire pour envahir une cellule hôte.

À ce jour, les responsables de la FDA n'ont pas vu un test COVID rendu totalement obsolète par des mutations virales - mais ils cherchent. Stenzel a déclaré que l'agence était vigilante en comparant les variantes connues avec les cibles génétiques des tests existants.

Si les tests moléculaires doivent un jour être recalibrés, cela ne prendra pas autant de temps que pour concevoir les premiers tests COVID l'année dernière, car on en sait beaucoup plus sur le virus aujourd'hui, a déclaré Ryan Langlois, professeur agrégé d'immunologie. à l'Université du Minnesota.

"Si le virus éludait les trois cibles du test TaqPath, je prédirais que les gens subiraient un nouveau test dans une à deux semaines", a déclaré Langlois.

Joe Carlson - 612 673-4779

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