Le reportage COVID-19 de Science est soutenu par la Fondation Heising-Simons

Certaines personnes voudront peut-être connaître leur sensibilité au COVID-19 sévère avant de s'aventurer dans la foule.

Un test ADN pour prédire les risques de COVID-19 sévère attire un examen minutieux

APU GOMES//, l'argumentaire de vente peut être séduisant  : baver dans un tube pour fournir votre ADN et l'envoyer par la poste pour voir quelle est la probabilité que vous fassiez partie des 10 % à 15 % de personnes qui finiront à l'hôpital ou mourront d'une infection au SRAS-CoV-2. C'est la promesse d'un test à 175 $ qu'une entreprise australienne a lancé la semaine dernière aux États-Unis. Il combine des données génétiques avec l'âge, le sexe et les conditions médicales préexistantes d'une personne pour prédire son risque de devenir extrêmement malade à cause de COVID-19.

La firme a développé son test en utilisant des données sur des milliers de patients COVID-19 au Royaume-Uni. Cela peut être un précurseur de tests de risque similaires : une équipe universitaire a récemment détaillé un test génétique plus simple pour aider à déterminer avec quelle agressivité certaines personnes infectées par le SRAS-CoV-2 doivent être traitées.

Pourtant, plusieurs experts en génétique avertissent que la façon dont les gènes d'une personne influencent l'évolution de COVID-19 reste trop trouble pour déployer de telles évaluations des risques. " Je pense qu'il est prématuré d'utiliser un test génétique pour prédire la gravité probable du COVID-19 d'une personne. Nous ne comprenons pas exactement ce que signifient ces variantes génétiques ou comment elles affectent la maladie ", explique l'épidémiologiste génétique Priya Duggal de l'Université Johns Hopkins.

Duggal et d'autres suggèrent également que le test de l'entreprise pourrait être inutile à un moment où la plupart des gens aux États-Unis peuvent obtenir un vaccin COVID-19 très efficace et pourrait même être dissuasif de se faire vacciner. Les gens devraient se faire vacciner, souligne Richard Allman, directeur scientifique de Genetic Technologies, basé à Melbourne, développeur du test. Mais il dit que le test pourrait être utile avant que l'immunité ne se développe et plus tard, après son déclin.

La société s'est appuyée sur des études combinant les génomes de milliers de patients COVID-19 pour les différences de bases d'ADN communes appelées polymorphismes nucléotidiques simples (SNP). Les variantes génétiques peuvent influencer la résistance d'une personne au virus, par exemple, ou sa susceptibilité à une réaction immunitaire excessive et mortelle. Un effort mondial de mise en commun des données appelé COVID-19 Host Genetics Initiative a trouvé des liens provisoires entre des dizaines de SNP et un risque plus élevé qu'une personne infectée développe un COVID-19 sévère - d'un doublement à de petites augmentations, disons à partir de 15% de risque à 16%.

Genetic Technologies a incorporé sept des SNP dans un test après avoir évalué les marqueurs candidats à l'aide de la UK Biobank, une base de données de recherche composée principalement de résidents britanniques blancs âgés de 50 à 84 ans. La société a comparé environ 2 200 des participants de la biobanque qui avaient été hospitalisés pour COVID-19 avec 5400 qui se sont retrouvés avec des symptômes bénins ou aucune maladie après une infection. Le test prend également en compte les facteurs de risque de COVID-19 tels que le fait d'être âgé, de sexe masculin, obèse ou diabétique.

Le résultat basé sur le SNP est une "amélioration substantielle" du pouvoir prédictif par rapport à l'utilisation uniquement de l'âge et du sexe, a conclu la société dans une prépublication en mars. Alors que le risque moyen de maladie grave due au coronavirus pour une personne de 50 ans ou plus est de 27%, il est aussi bas que 4% pour certaines personnes de plus de 50 ans, suggère le modèle de l'entreprise. Pour d'autres, dit la biostatisticienne de Genetic Technologies Gillian Dite, le risque est " vraiment, vraiment élevé " – jusqu'à 98%, ce qui signifie qu'une personne non vaccinée infectée par le SRAS-CoV-2 est presque garantie de développer un COVID-19 sévère. La société australienne et son partenaire américain, Infinity BiologiX (IBX), n'ont pas demandé l'approbation de la Food and Drug Administration des États-Unis pour la validité car, selon Allman, le test n'est pas un produit destiné directement au consommateur qui nécessite l'examen de l'agence. Une fois qu'un client a reçu les résultats des laboratoires approuvés par le gouvernement fédéral d'IBX, il peut consulter un médecin de " télésanté ".

Plusieurs généticiens qui ont examiné la préimpression de la société mettent en garde le test devant être vérifié dans d'autres populations plus diverses, et peut-être pour de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2. "C'est un bon début, mais il n'est en aucun cas suffisamment calibré ou validé pour dire que c'est un test que je passerais ou que ma femme devrait passer", déclare le généticien du cancer Stephen Chanock du National Cancer Institute des États-Unis.

Dite dit qu'il a été difficile de trouver de grands ensembles de données avec des informations cliniques sur les patients COVID-19 pour une validation supplémentaire, et la société est allée de l'avant "en raison de l'importance d'une réponse rapide à la pandémie". Le test demande si quelqu'un est d'ascendance non européenne, ce qui semble augmenter le risque de COVID-19 sévère, elle pense donc que cela est pertinent pour les minorités américaines.

Les membres de la COVID-19 Host Genetics Initiative ont proposé d'utiliser un seul SNP sur le chromosome 3 pour prédire le risque de maladie grave chez les personnes infectées de moins de 60 ans qui demandent des soins médicaux ; avoir une copie de ce SNP augmente le risque d'une personne de 2,6 fois, a rapporté le groupe dans une préimpression en mars.

Même ce test à SNP unique peut ne pas trouver rapidement une utilité médicale, explique le médecin-chercheur du Massachusetts General Hospital, Amit Khera. "Il n'y a presque aucun exemple" de médecins ou de personnel des urgences donnant aux patients un test génétique rapide pour guider le traitement, note-t-il.

Pourtant, de nombreux généticiens, dont Chanock, qui recherche lui-même des facteurs de risque génétiques pour COVID-19, pensent que de tels outils méritent d'être développés. Mais, note-t-il : "Comment et de quelle manière un test comme celui-ci va être utile est toujours une question ouverte."