Surveillance accrue pour les menaces de variantes de coronavirus

Le Minnesota intensifie sa recherche de souches plus infectieuses du coronavirus qui cause le COVID-19, dans l'espoir d'identifier toute variante troublante qui pourrait inverser la forte baisse de l'activité pandémique au cours du mois dernier.

Quatre des cinq mesures pandémiques clés sont inférieures aux seuils de risque élevé du Minnesota pour la première fois depuis l'été dernier – le taux de positivité des tests de diagnostic tombant à un niveau record de 3,4% mercredi et le taux quotidien de nouvelles infections reculant en dessous de 10 pour 100 000 habitants pour la première fois depuis juillet dernier.

Le taux d'hospitalisation des patients atteints de COVID-19 au Minnesota est également revenu à un niveau observé pour la dernière fois en mars avant la dernière vague de transmission virale.

Les baisses présentent une chance idéale d'augmenter la surveillance grâce au séquençage génomique, qui peut fournir une alerte précoce si une variante provoque un taux d'infection plus élevé chez les personnes non vaccinées ou plus d'infections "percées" chez les personnes vaccinées, a déclaré Kenny Beckman, directeur de l'Université de Minnesota Genomics Center, qui a séquencé 3 000 échantillons de cas positifs de COVID-19 au Minnesota.

"Ce que vous voulez savoir le plus tôt possible, c'est s'il y a eu un changement dans le virus qui lui permet d'échapper au système immunitaire ? La seule façon de le faire est d'être proactif avec ces cas", a déclaré Beckman. "La surveillance n'est pas le genre de chose que vous attendez une fois que vous avez un problème."

Le Minnesota a été un leader national dans le séquençage, qui découvre les signatures uniques des virus qui peuvent identifier leur origine et s'ils sont plus infectieux ou susceptibles de provoquer une maladie grave.

L'État a séquencé 7 780 échantillons de cas positifs au cours de la période de quatre semaines se terminant le 8 mai, selon les Centers for Disease Control and Prevention. Seule la Floride a séquencé plus d'échantillons dans ce laps de temps.

Un nouveau contrat CDC annoncé mercredi augmente cette capacité – finançant l'analyse de 6 000 échantillons supplémentaires par le laboratoire de génomique U au cours de la prochaine année pour le Minnesota et huit autres États.

Selon les besoins, la capacité supplémentaire au-delà du séquençage financé par l'État pourrait permettre des contrôles ponctuels plus aléatoires des cas de COVID-19 pour rechercher des variantes, ou un séquençage détaillé de grappes entières.

Le séquençage génomique au Minnesota a cartographié les chaînes de transmission virale – reliant les infections du rallye de motos Sturgis dans le Dakota du Sud l'été dernier, et confirmant une épidémie alimentée par des variantes cet hiver qui était centrée sur les sports pour les jeunes dans la banlieue du comté de Carver.

Les principaux objectifs sont désormais d'utiliser le séquençage pour suivre l'émergence de variantes et de soutenir la recherche qui détermine pourquoi certaines personnes souffrent de maladies COVID-19 plus graves que d'autres, a déclaré Sean Wang, superviseur du séquençage et de la bioinformatique du ministère de la Santé du Minnesota.

"Il y a encore beaucoup d'inconnues sur le SARS-CoV-2, biologiquement", a-t-il déclaré.

Mercredi, l'État n'a signalé aucun décès supplémentaire lié au COVID-19 et seulement 128 nouvelles infections, ce qui porte son total pandémique à 7 427 décès et 601 645 infections connues.

Les responsables de la santé de l'État ont déclaré que la vaccination a limité la transmission du virus – avec près de 3 millions de Minnesotans de 12 ans et plus recevant au moins une partie du vaccin et plus de 2,6 millions ayant terminé la série à une ou deux doses.

Les enfants de 12 à 15 ans n'ont eu accès qu'à la mi-mai à la version Pfizer du vaccin COVID-19, et 27% d'entre eux ont déjà été vaccinés. Près de 65% des Minnesotans de 16 ans et plus ont reçu des doses, rapprochant ainsi l'État de son objectif de vacciner 70% de cette population d'ici le 1er juillet.

Les vaccins semblent maintenir leur pouvoir protecteur même avec la présence de variantes plus infectieuses, y compris la variante B.1.1.7 identifiée pour la première fois en Angleterre qui est désormais à l'origine des trois quarts des nouvelles infections au Minnesota, a déclaré Jan Malcolm, commissaire de l'État à la santé.

"Les gens peuvent se sentir très rassurés par la force des données que le CDC a publiées sur l'expérience réelle de l'efficacité des vaccins", a-t-elle déclaré. "Nous l'avons certainement vu ici au Minnesota avec la baisse spectaculaire des cas, des hospitalisations et des décès."

Cas révolutionnaires

Des infections de pointe continuent d'être trouvées chez seulement 0,1% des individus complètement vaccinés, ce qui signifie qu'il s'est écoulé au moins 14 jours depuis qu'ils ont reçu leurs derniers vaccins. Les 2 765 infections de pointe identifiées au Minnesota jusqu'à présent comprenaient 32 décès ainsi que 273 hospitalisations. Cependant, près de la moitié des personnes hospitalisées ont été admises pour d'autres raisons et ont découvert leurs infections grâce à des tests de routine.

La plupart des infections révolutionnaires soumises pour le séquençage génomique sont attribuées à B.1.1.7, ce qui n'est pas surprenant puisque la variante est à l'origine de la majorité des nouvelles infections au Minnesota. Cependant, les responsables de la santé de l'État s'inquiètent du fait que le séquençage d'échantillons de 604 infections révolutionnaires a identifié 52 liés aux variantes B.1.427/429, trouvées pour la première fois en Californie; 10 liés au variant B.1.351 trouvé en Afrique du Sud ; et 15 liés à la variante P.1 trouvée au Brésil.

Bien que ces chiffres soient trop faibles pour tirer des conclusions, ils suggèrent que « nous devons en savoir plus sur la relation entre les mutations de ces variantes et l'efficacité du vaccin », a déclaré Stephanie Meyer, coordinatrice des enquêtes sur les percées et les variantes du département de la santé de l'État.

Malcolm a déclaré qu'il serait important d'aller au-delà de l'objectif de vaccination de 70% cet été et de fournir des vaccins à autant de Minnesotans que possible – et de s'adresser aux parties de l'État où les taux restent faibles. Le taux de vaccination à la première dose des personnes de 16 ans et plus a dépassé 70 % dans la région métropolitaine de Twin Cities, mais est de 57 % dans le grand Minnesota.

"Il est important de pouvoir devancer l'émergence de variantes", a déclaré Malcolm. "Si nous avons des poches de l'État où le virus est capable de se propager plus facilement et de générer des variantes supplémentaires, potentiellement, cela préoccupe l'ensemble de la population."

Jeremy Olson - 612-673-7744

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