Malgré des limitations financières, son laboratoire et d'autres ont démontré l'importance du séquençage. Par exemple, chez Scripps, l'équipe d'Andersen a identifié la première variante de coronavirus à apparaître en Californie début janvier - la variante B.1.

1.7, qui a émergé au Royaume-Uni. «San Diego est maintenant à 50% B.

Pourquoi le suivi des coronavirus aux États-Unis ne peut pas suivre les variantes concernées

1.1.7, et très bientôt tout ce que nous aurons sera B.

1.1.7», dit-il, ajoutant que cette variante a été montrée3 pour corréler avec un risque plus élevé de décès par COVID- 19.

Le CDC a tenté d'aider à la surveillance au printemps dernier en lançant un programme, appelé Séquençage pour les interventions d'urgence en santé publique, l'épidémiologie et la surveillance (SPHERES), pour connecter les chercheurs des universités, des entreprises et des laboratoires gouvernementaux. Bien qu’elle ait réussi à créer un flux d’informations entre ces entités, SPHERES n’a pas distribué de financement et n’a donc pas augmenté de manière significative les taux de séquençage.
Le CDC accordant désormais des fonds aux laboratoires des universités, des départements de santé et des entreprises, le séquençage du pays s’accélérera bientôt, déclare Duncan MacCannell, directeur scientifique du Bureau de détection moléculaire avancée du CDC.

En mars, près de 29000 séquences de coronavirus des États-Unis ont été téléchargées sur GISAID, qui contient le plus de séquences de SRAS-CoV-2 au monde, même s'il ne contient pas tous les génomes séquencés. Mais au rythme actuel des infections au COVID-19 aux États-Unis, le pays doit atteindre environ 23000 séquences par semaine pour séquencer 5% de tous les cas, un repère jugé suffisant pour détecter les variantes émergentes. (Ce chiffre provient d'une étude de modélisation4 publiée sur le serveur de pré-impression medRxiv sans examen par les pairs et financée par la société de biotechnologie Illumina, basée à San Diego, Californie.

)

Sauvegarde d'échantillons

Mais les chercheurs de plusieurs laboratoires affirment que le manque d'échantillons est un problème aussi grave qu'un manque de financement. «Nous pourrions facilement analyser 1 500 échantillons chaque semaine, mais nous en utilisons environ 380», explique Lea Starita, génomiciste au UW Northwest Genomics Center à Seattle. "Quelqu'un doit être prêt à envoyer des échantillons."

Le problème est que la plupart des tests COVID-19 sont effectués dans des laboratoires de diagnostic d'entreprises qui ne font pas régulièrement de séquençage génomique. Ces laboratoires jettent fréquemment les échantillons après les tests, car leur sauvegarde nécessite une main-d'œuvre et un stockage supplémentaires.
Mais si un département de la santé souhaite une enquête plus approfondie sur un cas individuel, les responsables peuvent demander aux chercheurs d'une université voisine de séquencer l'échantillon.

«Nous devons donc nous démener pour revenir à la [testing] laboratoire, et dites, avez-vous toujours le spécimen pour M. Jones? Sauvegarde le ! Sauvegarde le ! Et c’est un défi de taille », explique William Schaffner, spécialiste des maladies infectieuses à l’université Vanderbilt de Nashville, Tennessee, qui travaille avec le département de la santé du Tennessee dans le cadre du programme des infections émergentes du CDC. Certains sites de test n'ont pas enregistré l'échantillon.

D'autres ne le partageront pas pour des raisons de confidentialité ou de propriété, explique Reingold.
Le CDC n'est que trop conscient des problèmes. «Nous avons un système de test très distribué et des laboratoires de test privés qui ne sont pas incités à s'accrocher aux échantillons», déclare MacCannell.

Lui et ses collègues aident les laboratoires de diagnostic à accélérer leur propre séquençage ou à se connecter avec des laboratoires qui le peuvent. L'agence a également fourni des conseils sur la manière dont les laboratoires de santé publique peuvent s'associer avec des établissements universitaires pour la surveillance des coronavirus. «L'un de nos objectifs de longue date», dit MacCannell, «est de trouver de meilleures façons de collaborer avec les universitaires de tout le système de santé publique.

»

Flux de données

Certains laboratoires universitaires, tels que le Broad Institute of MIT et Harvard à Cambridge, Massachusetts, n’ont pas de problème pour obtenir des échantillons, car ils ont servi de centres de test majeurs tout au long de la pandémie. Les services de santé et les hôpitaux de leurs États expédiaient déjà des échantillons à ces laboratoires. Mais chaque chercheur interrogé par Nature - y compris MacCannell au CDC - s'est plaint d'un manque d'informations liées aux échantillons.

De telles données sont nécessaires pour découvrir où les variantes se propagent, si les variantes rendent le coronavirus plus contagieux et si les variantes aident le coronavirus à échapper aux vaccins ou à l'immunité naturelle d'une infection antérieure. Ces informations sont dispersées comme des miettes le long du chemin parcouru par un échantillon, mais les hôpitaux, les services de santé et les laboratoires sont souvent réticents à divulguer des données pour des raisons de confidentialité ou de propriété. Stacia Wyman, génomicienne informatique à l’Innovative Genomics Institute de l’Université de Californie à Berkeley, déclare: «Il est difficile de savoir ce qui est autorisé et les services de santé publique n’ont pas une bande passante énorme pour cela.

»
MacCannell dit que les données cloisonnées sont un problème pour le CDC depuis de nombreuses années. «Historiquement, la surveillance des maladies a été très difficile car de nombreux États ne sont pas à l'aise avec les détails fournis dans les bases de données publiques.» Mais il est encouragé par le fait que la nécessité de garder un œil sur les variantes de coronavirus a rehaussé le profil de ce problème et espère que cela aidera les chercheurs d'institutions déconnectées à trouver des moyens de partager des informations susceptibles de sauver des vies.

Dans cet esprit, une plateforme de partage de données anonymisées sur des cas individuels de COVID-19 a été lancée le mois dernier. Et une organisation philanthropique finançant la plate-forme, la Fondation Rockefeller, a annoncé son intention de créer une version encore plus grande, dans le but d'inclure des données issues du séquençage génomique et des analyses présentées de manière à contribuer à éclairer les politiques.
Cependant, MacCannell et d'autres chercheurs affirment qu'une agence gouvernementale, telle que le CDC, est la mieux placée pour réduire les formalités administratives qui empêchent les échantillons de se déplacer vers les laboratoires de séquençage ou les données de circuler.

«Je suis convaincu que nous pouvons le faire et que nous pouvons être agiles», déclare MacCannell. «Mais, vous savez, c'est difficile en cas de pandémie.»