Par Jocelyn Kaiser Jun. 7, 2021, 08 :10
Le reportage COVID-19 de Science est soutenu par la Fondation Heising-Simons.
Pour les personnes non encore vaccinées contre le COVID-19 ou encore nerveuses à l'idée de s'aventurer dans la foule, l'argumentaire de vente peut être séduisant : baver dans un tube pour fournir votre ADN et l'envoyer par la poste pour voir quelle est la probabilité que vous fassiez partie des 10 % à 15 % de personnes qui finiront à l'hôpital ou mourront d'une infection au SRAS-CoV-2. C'est la promesse d'un test qu'une entreprise australienne a lancé la semaine dernière aux États-Unis. Il combine des données génétiques avec l'âge, le sexe et les conditions médicales préexistantes d'une personne pour prédire son risque de devenir extrêmement malade à cause de COVID-19.
Le test de 175 $ est basé sur des marqueurs génétiques liés au COVID-19 sévère, ainsi qu'à d'autres facteurs de risque, et la société affirme avoir développé ses prédictions en utilisant des données sur des milliers de patients COVID-19 au Royaume-Uni. Cela peut être un précurseur de tests de risque similaires : une équipe universitaire a récemment détaillé un test génétique plus simple pour aider à déterminer avec quelle agressivité certaines personnes infectées par le SRAS-CoV-2 doivent être traitées.
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Pourtant, plusieurs experts en génétique disent à Science que la façon dont les gènes d'une personne influencent le cours de COVID-19 reste trop trouble pour déployer de telles évaluations des risques. "Je pense qu'il est prématuré d'utiliser un test génétique pour prédire la gravité probable du COVID-19 d'une personne. Nous ne comprenons pas exactement ce que signifient ces variantes génétiques ni comment elles affectent la maladie », explique l'épidémiologiste génétique Priya Duggal de l'Université Johns Hopkins. Elle ne pense pas que les cliniciens changeraient la façon dont ils traitent une personne infectée sur la base de ces tests. Et elle espère que les personnes non vaccinées n'adopteraient pas de comportement plus risqué si le test de l'entreprise suggérait qu'elles sont moins vulnérables au COVID-19.
Duggal et d'autres affirment également que le test de l'entreprise pourrait être inutile à un moment où la plupart des Américains peuvent obtenir un vaccin COVID-19 très efficace, voire dissuader certains de se faire vacciner. Richard Allman, directeur scientifique de la société à l'origine du test, Genetic Technologies, basée à Melbourne, a déclaré que les gens devraient tenir compte des messages publics pour se faire vacciner, mais il ajoute que le test pourrait également être utile avant que l'immunité ne se développe et plus tard après son déclin.
disons de 15 % de risque à 16 %.
Sept SNP déterrés par l'initiative forment la base du nouveau test. Pour les affiner à partir d'une plus grande liste de candidats, les développeurs de Genetic Technologies se sont tournés vers les données de la UK Biobank, une base de données de recherche de résidents britanniques pour la plupart blancs, actuellement âgés de 50 à 84 ans, qui ont fourni des informations médicales et fait analyser leur ADN pour des milliers de personnes. de SNPS connu. La société a comparé environ 2 200 participants à la biobanque britannique qui avaient été hospitalisés pour COVID-19 avec 5 400 qui avaient également le virus mais se sont retrouvés avec des symptômes légers ou aucune maladie. Il combinait des informations sur leurs SNP avec d'autres facteurs de risque de COVID-19 sévère, tels que le fait d'être âgé, de sexe masculin, obèse ou diabétique.
Le résultat a été une "amélioration substantielle" du pouvoir prédictif par rapport à l'utilisation uniquement de l'âge et du sexe, a conclu la société dans une prépublication publiée en mars. Alors que le risque moyen de maladie grave due au coronavirus pour une personne de 50 ans ou plus est de 27%, il est aussi bas que 4% pour certaines personnes de plus de 50 ans, suggère le modèle de l'entreprise. Pour d'autres, selon la biostatisticienne et première auteure de Genetic Technologies, Gillian Dite, le risque est « vraiment, vraiment élevé », jusqu'à 98%, ce qui signifie qu'une personne non vaccinée infectée par le SRAS-CoV-2 est presque garantie de développer un COVID-19 sévère.
Infinity BiologiX (IBX), le partenaire américain de Genetic Technologies, propose désormais le test aux adultes de 18 ans et plus. "En comprenant qui parmi nous est le plus à risque de développer une maladie grave, nous pouvons être plus attentifs aux protocoles de sécurité et aux risques personnels que nous sommes prêts à prendre pour nous-mêmes et nos proches", explique la société sur le site Web d'IBX. Même avec le déploiement des vaccins, "les entreprises trouveraient qu'il s'agit d'un outil précieux" pour donner la priorité aux personnes non encore vaccinées qui pourraient revenir sur le lieu de travail, explique Allman.
Le test débute cependant dans une zone grise réglementaire. Les deux sociétés n'ont pas demandé l'approbation de la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis pour la validité du test car, selon Allman, ce n'est pas un produit destiné directement au consommateur qui relève de son examen. Une fois qu'un client a reçu les résultats des laboratoires approuvés par le gouvernement fédéral d'IBX, il peut consulter un médecin de « télésanté ». Mais la FDA a parfois exercé son autorité sur les tests de risque génétique commandés par les consommateurs, tels que plusieurs de la société de génomique personnelle 23&Me. (La FDA n'a pas répondu à une demande de commentaire.)
Plusieurs généticiens qui ont examiné la prépublication de la société ont déclaré à Science que le test devait être validé dans d'autres populations plus diverses que celles détaillées dans la UK Biobank. Ils se demandent également si ses prédictions sont fiables pour les personnes infectées par de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2. "C'est un bon début, mais il n'est en aucun cas suffisamment calibré ou validé pour dire que c'est un test que je passerais ou que ma femme devrait passer", déclare le généticien du cancer Stephen Chanock du US National Cancer Institute, qui connaît d'autres entreprises travaillant sur un test similaire.
Dite dit qu'il a été difficile de trouver de grands ensembles de données avec des informations cliniques sur les patients COVID-19. Son entreprise a décidé d'aller de l'avant, ajoute-t-elle, "parce que nous ne savons pas quand une validation supplémentaire sera possible, et en raison de l'importance d'une réponse rapide à la pandémie en cours". Le test demande si quelqu'un est d'ascendance non européenne, ce qui suggère que les données augmentent le risque de COVID-19 sévère, donc Dite pense que cela est pertinent pour les minorités américaines.
Certains membres de la COVID-19 Host Genetics Initiative ont proposé d'utiliser un seul SNP sur le chromosome 3 pour prédire le risque de maladie grave chez les personnes infectées de moins de 60 ans qui demandent des soins médicaux ; une version de ce SNP augmente le risque d'une personne de 2,6 fois, rapportent-ils dans une préimpression publiée en mars. (Les auteurs ont refusé de discuter de l'étude jusqu'à ce qu'elle soit publiée dans un journal.)
L'étude est «bien conçue», explique le médecin-chercheur du Massachusetts General Hospital, Amit Khera, qui combine les SNP en scores de risque polygénique qui tentent d'évaluer les chances d'une personne de développer des maladies courantes. Pourtant, cela ne signifie pas qu'un test SNP du chromosome 3 trouvera rapidement une utilisation médicale, ajoute Khera. "Il n'y a presque aucun exemple" de médecins ou de personnel des urgences donnant aux patients un test génétique rapide pour guider le traitement, note-t-il. « Je ne pense pas que cela soit très susceptible d’être mis en œuvre dans la pratique. »
Pourtant, de nombreux généticiens, dont Chanock, qui recherche lui-même des facteurs de risque génétiques pour COVID-19, pensent que de tels outils méritent d'être développés. Mais, note Chanock : "Comment et de quelle manière un test comme celui-ci va être utile est toujours une question ouverte."
