Souche de coronavirus associée à des chiens trouvée dans des écouvillons prélevés sur des patients atteints de pneumonie en Malaisie.

Selon une étude, plusieurs patients atteints de pneumonie dans l'État malaisien de Sarawak ont ​​été testés positifs pour une souche de coronavirus associée aux chiens.

Souche de coronavirus associée aux chiens trouvée chez l'homme

Le séquençage du génome du coronavirus l'a identifié comme un nouvel alphacoronavirus recombinant canin-félin, nommé CCoV-HuPn-2018. L'étude, publiée en mai dans Clinical Infectious Diseases, indique qu'elle est la première à signaler ce type de coronavirus détecté chez un patient atteint de pneumonie humaine.

Le CCoV-HuPn-2018, s'il est confirmé en tant qu'agent pathogène, pourrait être le huitième coronavirus unique qui peut rendre les humains malades.

Les coronavirus déjà connus pour infecter les humains comprennent le SRAS-CoV-1, connu pour provoquer le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), dont une épidémie s'est produite en 2002-2004 ; Le MERS-CoV, qui cause le syndrome respiratoire du Moyen-Orient, détecté pour la première fois en 2012, et le SARS-CoV-2, qui cause le COVID-19.

Toutes ces maladies sont zoonotiques, ce qui signifie qu'elles peuvent passer des animaux aux humains. Le SARS-CoV-1 est soupçonné d'avoir sauté sur l'homme à partir de chauves-souris ou de civettes, le MERS-CoV à partir de chameaux et le SARS-CoV-2 à partir de chauves-souris ou de visons.

Des échantillons prélevés en 2017-2018 sur huit des 301 patients hospitalisés ont été testés positifs pour la souche de coronavirus CCoV-HuPn-2018. Sur ces huit patients, sept étaient âgés de moins de cinq ans, vivaient en zone rurale et étaient fréquemment exposés à des animaux, à la fois sauvages et domestiqués. La plupart appartenaient à l'un des nombreux groupes ethniques autochtones du Sarawak. Tous les patients se sont rétablis après quatre à six jours d'hospitalisation.

Il existe diverses inconnues sur le virus à ce stade, explique Gregory Gray, auteur de l'étude et professeur de maladies infectieuses au Global Health Institute, Duke University, États-Unis. Il s'agit notamment de la façon dont les animaux domestiques tels que les chiens et les chats peuvent être infectés par une souche de coronavirus, comment ils peuvent infecter les humains et si la transmission interhumaine est possible.

Selon Gray, ce qui est important, c'est que ces coronavirus peuvent se propager aux humains à partir d'animaux beaucoup plus fréquemment qu'on ne le sait. "Nous proposons de futures études épidémiologiques pour répondre à de telles questions", a déclaré Gray à SciDev.Net.

"Nos résultats soulignent la menace pour la santé publique des coronavirus animaux et la nécessité de mieux les surveiller", ont écrit les chercheurs dans l'étude. Les coronavirus sont un groupe de virus qui ont des pointes en forme de couronne à leur surface.

Dans un communiqué de presse publié par l'Université Duke, Gray a souligné l'importance d'utiliser des outils de diagnostic pour permettre une détection précoce afin d'arrêter la propagation des infections. "Ces agents pathogènes ne provoquent pas seulement une pandémie du jour au lendemain. Il leur faut de nombreuses années pour s'adapter au système immunitaire humain et provoquer une infection, puis devenir efficaces dans la transmission interhumaine. Nous devons rechercher ces agents pathogènes et les détecter tôt."

L'équipe de recherche a utilisé un puissant outil de diagnostic moléculaire, capable de détecter la plupart des coronavirus, y compris ceux actuellement inconnus. Gray a déclaré à SciDev.Net qu'ils avaient déjà "publié les méthodes et que les sociétés de diagnostic pourraient développer des kits commerciaux".

Keith Hamilton, chef du département de préparation et de résilience à l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE), convient que les innovations ont permis aux scientifiques de détecter plus facilement les virus. « Les avancées majeures dans les technologies de détection et d'analyse au cours des deux dernières décennies permettent aux scientifiques de détecter, caractériser et suivre les virus beaucoup plus facilement », dit-il.

Cependant, Hamilton note que l'étude n'est pas concluante. "La découverte de matériel génétique appartenant à ce virus dans les écouvillonnages nasopharyngés des patients ne prouve pas en soi que l'infection par ce virus a causé la pneumonie. De plus, l'article ne présente aucune preuve de transmission interhumaine."

Il dit également à SciDev.Net qu'il existe une différence entre CCoV-HuPn-2018 et les coronavirus qui ont causé le SRAS, le MERS et le COVID-19. "Le SARS-CoV-2, le MERS et le SRAS appartiennent aux genres de bêtacoronavirus, tandis que le virus discuté dans l'étude semble être membre des genres alphacoronavirus, il n'est donc pas étroitement lié au MERS, au SRAS ou au SARS-CoV-2."

Néanmoins, Hamilton dit que des études comme celle-ci peuvent aider à fournir une image plus claire de la relation entre les coronavirus et les hôtes, ainsi que les facteurs environnementaux qui peuvent affecter cette interaction. "Ces résultats mettent en évidence la valeur potentielle de la surveillance et de la recherche pour mieux comprendre le comportement des coronavirus à l'interface homme-animal-environnement."

Cette recherche ne peut pas montrer de manière concluante la source des infections humaines, mais il s'agit probablement de chiens."

Sarah Caddy, vétérinaire et immunologiste virale, Université de Cambridge

Caddy dit qu'il n'y a aucune preuve de la propagation du coronavirus canin. "Il existe plusieurs infections qui peuvent se transmettre entre les chiens et les humains, mais généralement elles sont rares", dit-elle. « Suivre une bonne hygiène autour de nos animaux de compagnie, par exemple se laver les mains après avoir caressé, est toujours une bonne idée malgré tout. »