Le virus qui cause le COVID-19 n'est pas originaire du marché des fruits de mer de Wuhan, confirme une nouvelle étude sur les séquences génétiques supprimées dès les premiers jours du virus.
Conseiller WH : Doit «aller au fond» des origines du virus
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Les séquences avaient été publiées sur un site Web géré par les National Institutes of Health, mais ont été supprimées pour des raisons inconnues.
Trouver des séquences antérieures comme celles-ci pourrait aider à révéler de nouvelles informations sur les premiers jours du virus SARS-CoV-2, a déclaré Jesse Bloom, l'auteur de l'article, qui étudie l'évolution virale au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle.
Des techniciens de laboratoire portant des équipements de protection travaillent sur le séquençage du génome du virus SARS-CoV-2, responsable du COVID-19, et de ses variantes au Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires à l'Institut Pasteur de Paris le jeudi 1 janvier. 21, 2021.
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Son nouveau rapport, qui n'a pas encore été examiné par des pairs, ne suggère pas de réponse à la question de savoir si le virus du SRAS-CoV-2 est passé directement des animaux aux humains ou a été accidentellement divulgué d'un laboratoire de recherche à Wuhan, en Chine.
"J'espère que scientifiquement, nous pourrons aller au-delà de la simple discussion à ce sujet", a déclaré Bloom, qui a rejoint en mai un appel mondial pour plus d'informations sur les premiers jours de l'épidémie.
Mais en étudiant comment les gènes viraux mutent au fil du temps, des chercheurs comme Bloom peuvent reconstruire leur histoire, déterminer quels cas sont apparus en premier et comment le virus a changé au fur et à mesure qu'il se déplaçait dans la population.
"Ces séquences sont instructives pour comprendre la propagation précoce du SRAS-CoV-2 à Wuhan", a déclaré Bloom. "Ils ne sont pas transformateurs, mais ils comblent des lacunes vraiment importantes."
Bloom a commencé à essayer de trouver les premières séquences génétiques du virus publiées par d'autres chercheurs afin de pouvoir les analyser lui-même.
En regardant un article de mars 2020, il a vu des preuves d'un groupe de 45 séquences qu'il n'avait pas vues ailleurs. Lorsqu'il a recherché ces séquences, il s'est rendu compte qu'elles avaient été supprimées d'un référentiel des National Institutes of Health.
Bloom sait que la suppression suscitera des soupçons dans le public, mais il dit qu'il y a de nombreuses raisons pour lesquelles un chercheur pourrait demander que du matériel soit mis hors ligne, y compris le fait que la semaine où l'étude a été publiée, le gouvernement chinois a institué une exigence de révision. toutes les informations scientifiques liées au SARS-CoV-2 avant publication.
Bloom a contacté deux chercheurs chinois pour leur demander pourquoi ils voulaient que les informations soient retirées, mais n'a pas eu de réponse.
Dans un communiqué, le NIH a déclaré que l'agence était au courant de la décision et avait examiné la demande. Les données ont été soumises en mars 2020 et leur retrait a été demandé en juin de la même année.
"Le demandeur a indiqué que les informations de séquence avaient été mises à jour, étaient soumises à une autre base de données et souhaitait que les données soient supprimées de SRA (Sequence Read Archive) pour éviter les problèmes de contrôle de version", a déclaré le NIH dans un communiqué. « Les enquêteurs soumettants détiennent les droits sur leurs données et peuvent demander le retrait des données. »
Mais Bloom savait également que bien que les séquences aient pu être supprimées de la base de données du NIH, elles avaient probablement été téléchargées dans le cloud et pouvaient toujours y être trouvées. Et ils l'étaient.
Il a pu analyser 13 des 45 séquences et a noté leurs différences avec celles qui avaient déjà été examinées. En regardant les changements, il a pu confirmer que les séquences prises sur des personnes infectées sur le marché des fruits de mer de Wuhan, où l'on pensait autrefois que les infections au COVID-19 avaient commencé, ne pouvaient pas être les premiers cas.
Les séquences manquantes aident également à expliquer pourquoi il a été si difficile de savoir quand et où le virus a commencé pour la première fois, a déclaré Bloom.
"Cela suggère que nous devons être vraiment critiques en retournant et en analysant autant que possible les données primaires", a-t-il déclaré.
On ne sait pas pourquoi les premières séquences manquent, a déclaré Bloom, bien qu'il soit possible que le gouvernement n'aime tout simplement pas publier des informations. Il espère que d'autres premières séquences pourront être trouvées quelque part, sans compter sur le gouvernement chinois.
D'autres chercheurs ont convenu qu'il est important de retrouver d'autres séquences précoces.
"Cette ligne d'enquête peut nous aider à déterminer l'origine du virus et à reconstruire comment il s'est propagé dans les premiers jours de la pandémie", a déclaré le Dr W. Ian Lipkin, épidémiologiste et expert en maladies infectieuses à la Mailman School of Public Health de Université Columbia.
« Nous devons également savoir comment et pourquoi les séquences ont été supprimées. Était-ce une décision locale, régionale ou nationale ? Lipkin a ajouté.
Sergei Pond, un expert en analyse de séquences à l'Université Temple de Philadelphie, a fait l'éloge des recherches de Bloom, affirmant qu'elles confirmaient certains de ses propres travaux et offraient des idées pour trouver des séquences plus anciennes.
Les séquences génétiques prélevées sur des personnes qui ont attrapé le virus sur le marché des fruits de mer de Wuhan avaient probablement trois mutations qui différaient de la séquence virale d'origine, estiment Pond et Bloom. "Pour le SRAS-CoV-2, 3 mutations se traduisent par environ 4 à 6 semaines d'évolution (environ). Par conséquent, le marché de Wuhan n'est pas une source d'origine unique plausible", a déclaré Pond.
Pond convient qu'il n'y avait rien de néfaste dans la décision de supprimer les données stockées sur un site géré par le gouvernement américain.
"Ils reçoivent souvent des demandes de suppression d'enregistrements pour toutes sortes de raisons (par exemple, données erronées soumises, contamination d'échantillons, erreurs techniques, soumissions en double) et les honorent. C'est une routine", a déclaré Pond par e-mail. "En fait, ils doivent supprimer les données si le demandeur le demande."
Mais le Dr Eric Topol, fondateur et directeur du Scripps Research Translational Institute à La Jolla, en Californie, s'est dit préoccupé par la façon dont les gens réagiraient aux découvertes de Bloom.
"Il n'a aucune preuve pour prouver que cela a été fait de manière délibérée, mais cela soulève des soupçons dans la façon dont cela est communiqué", a déclaré Topol.
Il doute également que le mystère soit résolu. "Il est peu probable que nous allions jamais au fond de cela", a déclaré Topol. "Trouver la véritable source zoonotique n'est jamais facile. Cela peut prendre un certain temps ou nous n'y arriverons peut-être jamais."
Si le virus était transféré directement des chauves-souris ou d'un autre animal à l'homme, comme le pensent de nombreux virologues, ce devrait être une question simple à prouver : le gouvernement chinois pourrait mettre à disposition des séquences génétiques du virus SARS-CoV-2 des personnes infectées le plus tôt en la pandémie.
Ces séquences existent presque certainement en Chine, ou pourraient être facilement créées à l'aide d'échantillons de sang stockés de personnes qui sont tombées malades au début de la pandémie, selon les experts.
"Il leur serait facile de réfuter cela", a déclaré Topol, faisant référence aux Chinois. "Bloom leur a donné une ouverture, mais nous ne pouvons pas savoir s'ils sortiront un jour."
"Jusqu'à ce qu'ils deviennent transparents", a ajouté Topol, "cela va rester en suspens".
com et Elizabeth Weise à [email protected].
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Cet article a été initialement publié sur USA TODAY : des séquences de gènes supprimées confirment la circulation du coronavirus avant le marché des fruits de mer de Wuhan
