À l'échelle mondiale, les obstacles à la surveillance systématique sont de taille. Les séquenceurs ultramodernes coûtent 335 000 dollars et les scientifiques locaux doivent être formés à leur utilisation. De nombreuses zones ne disposent pas des routes et de la réfrigération nécessaires pour transporter rapidement les échantillons. En Inde, «le problème est l'échantillonnage : quelqu'un doit collecter et expédier les échantillons et fournir les données cliniques. Cela prend du temps », déclare Anurag Agrawal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative du Conseil de la recherche scientifique et industrielle à New Delhi. Et les réactifs de séquençage coûteux doivent être importés en permanence.
«Nous avons commandé… des réactifs [from a U.S. company] en novembre [2020]. Ils arrivent maintenant ! dit Senjuti Saha, microbiologiste à la Child Health Research Foundation à Dhaka, au Bangladesh. «Ce n’est pas une exception, c’est plutôt la règle.»
Saha est néanmoins satisfait d'un effort multi-laboratoires qui a permis au pays d'étendre le séquençage à 0,2% des 777 000 cas identifiés. «Je ne pense pas [that number is] super », dit-elle. «Mais c'était zéro avant. Et nous n’avons jamais fait cela auparavant. »
L'effort porte déjà ses fruits, le 8 mai dernier, lorsque deux patients bangladais récemment revenus d'Inde se sont avérés porteurs du B.1.617. Deux jours plus tard, après une longue réunion avec des scientifiques, les autorités bangladaises ont renforcé la quarantaine à la frontière.
D'autres pays sont confrontés à des défis géographiques. En décembre 2020, des scientifiques brésiliens ont identifié P.1, désormais une variante préoccupante au niveau mondial, lors d'une épidémie massive à Manaus, la capitale de l'État d'Amazonas. Mais la couverture du séquençage est médiocre dans des endroits comme l’état voisin de la forêt tropicale d’Acre et dans le nord-est du Brésil, déclare Ana Vasconcelos, biologiste informatique au Laboratoire national de calcul scientifique de Petrópolis, au Brésil. Elle dit que seulement 25 génomes ont été téléchargés d'Acre. Elle a enrôlé des collègues là-bas pour fournir 100 échantillons, puis a constaté qu'il n'y avait pas de glace sèche, nécessaire pour le transport. Elle a finalement reçu les échantillons hier, avec l'aide d'une organisation non gouvernementale française, la Fondation Mérieux.
Certains experts ont suggéré que les pays visent à séquencer le virus à partir de 5% des cas, mais d'autres disent que de tels objectifs sont mal dirigés. «Le monde devient trop obsédé par les chiffres», déclare Tulio de Oliveira, biologiste informatique et directeur de KRISP, la plate-forme de séquençage de recherche et d'innovation du KwaZulu-Natal à l'Université du KwaZulu-Natal, Durban. Par exemple, lui et ses collègues sud-africains ont identifié la variante de préoccupation qui est née en Afrique du Sud peu de temps après son apparition, en échantillonnant stratégiquement les régions combattant les épidémies plutôt qu'en augmentant uniformément l'échantillonnage dans tout le pays.
De Oliveria et une énorme équipe d'autres scientifiques africains ont maintenant transformé les données de séquence rares en Afrique en une vue d'ensemble de la façon dont le virus a évolué sur le continent. Dans une pré-impression publiée hier, basée sur près de 9000 séquences collectées dans 33 pays africains, ils ont constaté que le SRAS-CoV-2 est probablement arrivé dans plusieurs pays africains avec des voyageurs, principalement d'Europe. Les restrictions de voyage ont initialement permis de contrôler le nombre de cas. Mais ensuite, le virus a évolué en plusieurs variantes inquiétantes. «Bien que déformée par de faibles nombres d'échantillons et des angles morts», écrivent les auteurs, «les résultats soulignent que l'Afrique ne doit pas être laissée pour compte dans la riposte mondiale à la pandémie, sinon elle pourrait devenir un terreau fertile pour de nouvelles variantes.»
C’est vrai dans le monde entier, dit Calvignac-Spencer. «Il n’est pas vraiment possible que nous continuions à être aussi égoïstes avec la surveillance génomique, avec les vaccins», dit-il. "Il ne comprend pas nos propres intérêts."
