Une variante potentiellement inquiétante du coronavirus détectée en Inde pourrait se propager plus facilement. Mais le pays est en retard dans la réalisation du type de tests nécessaires pour le suivre et mieux le comprendre.
Lundi, l'Organisation mondiale de la santé a désigné la nouvelle version du virus comme une «variante préoccupante» basée sur des recherches préliminaires, aux côtés de celles qui ont été détectées pour la première fois en Grande-Bretagne, en Afrique du Sud et au Brésil mais qui se sont propagées à d'autres pays.
«Nous avons besoin de beaucoup plus d’informations sur cette variante du virus», a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique de l’OMS pour le COVID-19. «Nous avons besoin de plus de séquençage, de séquençage ciblé à faire et à partager en Inde et ailleurs pour que nous sachions quelle quantité de ce virus circule.»
Les virus mutent constamment, et la flambée des infections ici a donné lieu à plus d'opportunités pour l'émergence de nouvelles versions.
Mais l'Inde a mis du temps à démarrer la surveillance génétique nécessaire pour voir si ces changements se produisaient et s'ils rendaient le coronavirus plus infectieux ou mortel.
De telles variantes doivent également être surveillées pour voir si des mutations aident le coronavirus à échapper au système immunitaire, ce qui pourrait conduire à des réinfections ou rendre les vaccins moins efficaces. Pour l'instant, l'OMS a souligné que les vaccins COVID-19 sont efficaces pour prévenir la maladie et la mort chez les personnes infectées par le variant.
Les scientifiques indiens affirment que leur travail a été entravé par des obstacles bureaucratiques et la réticence du gouvernement à partager des données vitales. L'Inde séquençait environ 1% de ses cas totaux, et tous les résultats ne sont pas téléchargés dans la base de données mondiale des génomes de coronavirus.
Lorsqu'il n'y a pas assez de séquençage, il y aura des angles morts et des mutations plus inquiétantes pourraient ne pas être détectées jusqu'à ce qu'elles soient généralisées, a déclaré Alina Chan, chercheuse postdoctorale au Broad Institute of MIT et à Harvard qui suit les efforts de séquençage mondiaux.
Ravindra Gupta, professeur de microbiologie clinique à l'Université de Cambridge, a déclaré : "Il a toutes les caractéristiques du virus dont nous devrions nous inquiéter."
Détectée pour la première fois dans l'État côtier du Maharashtra l'année dernière, la nouvelle variante a maintenant été trouvée dans des échantillons de 19 des 27 États étudiés. Pendant ce temps, une variante détectée pour la première fois en Grande-Bretagne a décliné en Inde au cours des 45 derniers jours.
Les responsables de la santé indiens ont averti qu’il était trop tôt pour attribuer la flambée de la nation uniquement à de telles variantes. Les experts soulignent que la propagation a été catalysée par les décisions du gouvernement de ne pas interrompre les rassemblements religieux et les rassemblements électoraux bondés.
Le Dr Gagandeep Kang, qui étudie les micro-organismes au Christian Medical College de Vellore, dans le sud de l'Inde, a déclaré que les chercheurs devaient déterminer si la variante était capable d'infecter ceux qui avaient précédemment le COVID-19 et, le cas échéant, si cela pouvait entraîner une maladie grave..
«Je ne comprends pas pourquoi les gens ne voient pas cela comme important», a-t-elle déclaré.
Les efforts de séquençage en Inde ont été aléatoires. Le pays télécharge 0,49 séquence pour 1000 cas sur GISAID, un effort mondial de partage de données, a déclaré Chan. Les États-Unis, qui avaient leurs propres problèmes de surveillance génétique, en téléchargent environ 10 sur 1000, tandis que le Royaume-Uni le fait pour environ 82 cas sur 1000.
À la fin de l’année dernière, les institutions gouvernementales indiennes ont reçu l’ordre d’acheter des matières premières nationales dans la mesure du possible, conformément à l’objectif du Premier ministre Narendra Modi de rendre l’Inde «autonome».
Cela s'est avéré impossible, car tous les matériaux de séquençage ont été importés, ce qui a entraîné davantage de paperasse, a déclaré Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative. Les obstacles ont été les plus prononcés entre septembre et décembre, a-t-il déclaré, mais son laboratoire a été en mesure de trouver des solutions de contournement et de poursuivre le séquençage.
D'autres laboratoires ne l'ont pas fait, et les scientifiques ont déclaré que cela aurait dû être lorsque l'Inde a accéléré son séquençage, car les cas étaient en baisse à l'époque.
Même après le début d'un effort fédéral le 18 janvier, rassemblant 10 laboratoires capables de séquencer 7500 échantillons par semaine, le travail n'a commencé qu'à la mi-février en raison d'autres problèmes logistiques, a déclaré le Dr Shahid Jameel, virologue qui préside le scientifique. groupe consultatif qui conseille le consortium.
À ce moment-là, les cas en Inde avaient commencé à grimper.
Jameel a déclaré que l'Inde avait séquencé environ 20 000 échantillons, mais seulement 15 000 ont été signalés publiquement parce que certains manquaient de données vitales. Jusqu'à la fin du mois dernier, un tiers des échantillons envoyés par les États étaient inutilisables, a-t-il déclaré.
Et maintenant, le virus qui fait rage a infecté de nombreux membres du personnel des laboratoires effectuant le travail.
«Beaucoup de nos laboratoires sont confrontés à ce problème», a-t-il déclaré.
