Un scientifique américain a déclenché une nouvelle escarmouche sur l'origine du coronavirus, signalant qu'il a récupéré des données génétiques potentiellement importantes sur le SRAS-CoV-2 qui avaient été stockées puis supprimées d'une archive numérique des National Institutes of Health.
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Jesse Bloom, biologiste informatique au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, a publié ses découvertes sur le serveur de préimpression bioRxiv, où des articles qui n'ont pas encore été évalués par des pairs ou publiés dans une revue arrivent par milliers depuis le début de la pandémie.
La signification scientifique des recherches de Bloom est restée incertaine mercredi, mais elle a suscité une réaction instantanée en ligne, favorable et défavorable, parmi les scientifiques qui ont débattu de la vague de théories sur l'épidémie initiale de coronavirus.
Bloom, qui a récupéré les données via Google Cloud, ne prétend pas avancer une théorie ou une autre, mais il soutient que cela renforce les preuves que le virus circulait à Wuhan, en Chine, avant une épidémie de covid-19 en décembre, la maladie causée par le virus, qui était lié à un marché vendant des animaux vivants.
Ce qui n'est pas contesté, c'est que les données ont été supprimées d'une base de données du NIH. Les données ont été incluses dans un article de préimpression publié en mars 2020 et publié en juin dans la revue Small.
Le NIH a publié mercredi une déclaration disant qu'un chercheur qui a initialement publié les séquences génétiques a demandé qu'elles soient supprimées de la base de données du NIH afin qu'elles puissent être incluses dans une base de données différente. Le NIH a déclaré qu'il était de pratique courante de supprimer des données si cela lui était demandé. La déclaration du NIH n'a pas identifié le scientifique qui a demandé que le matériel soit retiré des archives de lecture de séquences de l'agence, connues sous le nom de SRA.
«Ces séquences du SRAS-CoV-2 ont été soumises pour publication dans la SRA en mars 2020 et ont ensuite demandé à être retirées par l'enquêteur soumettant en juin 2020. Le demandeur a indiqué que les informations sur la séquence avaient été mises à jour, étaient soumises à une autre base de données et souhaitaient les données supprimées de SRA pour éviter les problèmes de contrôle de version », a déclaré le NIH.
Le communiqué indique que le NIH "ne peut pas spéculer sur un motif au-delà des intentions déclarées d'un auteur".
Mais le document en ligne de Bloom suggère que la suppression des données viole les normes scientifiques et le code de confiance essentiel à la science. Sur Twitter, Bloom a déclaré que les données avaient également été extraites d'une base de données chinoise.
"L'étude actuelle suggère qu'au moins dans un cas, les structures de confiance de la science ont été abusées pour obscurcir des séquences pertinentes pour la propagation précoce du SRAS-CoV-2 à Wuhan », a écrit Bloom.
Robert F. Garry, un virologue de l'Université de Tulane qui a co-écrit un article influent de mars 2020 disant que le SRAS-CoV-2 était un virus naturel et non modifié, a contesté le nouvel article de Bloom.
"Jesse Bloom n'a rien trouvé de nouveau qui ne fasse déjà partie de la littérature scientifique", a écrit Garry dans un e-mail. Il a qualifié l'article de Bloom d'"incendiaire".
Bloom n'est pas étranger au débat sur les origines du virus. Il était l'auteur principal d'une lettre à la revue Science, signée par 17 autres scientifiques éminents, qui critiquait le mois dernier une enquête de l'Organisation mondiale de la santé sur les origines du virus. La lettre appelait à une enquête plus approfondie sur l'hypothèse de la « fuite de laboratoire », qui affirme que le coronavirus – accidentellement ou intentionnellement – a potentiellement glissé hors d'un laboratoire de Wuhan.
Le microbiologiste de l'Université de Stanford, David H. Relman, un autre organisateur de cette lettre, a déclaré à propos des découvertes de Bloom : « Cela montre à quel point il est essentiel que les premières données soient recherchées, préservées et partagées en essayant de déduire les chemins et les origines de l'évolution du virus, car les premières données sont toujours clairsemée au départ, et puisque les analyses sont donc si sensibles aux données spécifiques qui se trouvent être disponibles.
Dans son article, Bloom ne prétend pas que les données qu'il a récupérées plaident en faveur d'une fuite de laboratoire ou d'une zoonose naturelle.
"Cette étude ne fournit aucune preuve de toute façon", a déclaré Bloom dans un e-mail. "Mais cela indique que nous n'avons probablement pas épuisé toutes les données pertinentes."
Il a ajouté : « Je pense qu'en tant que scientifiques, nous devons vraiment nous concentrer sur les deux questions suivantes : Comment pouvons-nous obtenir plus de données ? Comment pouvons-nous mieux analyser les données dont nous disposons ? »
Bloom a déclaré que les séquences supprimées qu'il avait récupérées renforcent une notion étayée par des analyses précédentes, y compris une conclusion de l'enquête convoquée par l'OMS sur les origines du virus menée plus tôt cette année : le virus a probablement infecté des personnes avant l'épidémie au marché des fruits de mer de Huanan en décembre 2019. Cet événement de propagation, bien qu'important, n'était pas nécessairement le premier cas de SARS-CoV-2 chez l'homme.
W. Ian Lipkin, un épidémiologiste de l'Université Columbia, a déclaré par courrier électronique que l'article de Bloom offre « des preuves de ce que beaucoup d'entre nous ont spéculé – que le virus circulait avant l'épidémie du marché. La rétraction des données de séquence est sans précédent et doit être corrigée. »
Le biologiste évolutionniste de l'Université de Californie à San Diego, Joel Wertheim, qui a étudié l'émergence du virus dans la province du Hubei, a déclaré : "Je ne pense en fait pas que cette étude ajoute beaucoup au débat sur les origines."
Les séquences analysées par Bloom montrent de plus grandes similitudes avec les parents du coronavirus chez les chauves-souris, par rapport au virus qui a infecté de nombreuses personnes sur le marché des fruits de mer. Mais les chercheurs étaient déjà au courant de deux lignées génétiques du coronavirus qui se sont propagées à Wuhan en janvier et février 2020, a déclaré Wertheim, et « ces fragments de génome démontrent davantage ce point ».
Des spéculations sont apparues sur Twitter mercredi selon lesquelles les découvertes de Bloom pourraient modifier la chronologie de l'émergence du virus, mais Wertheim a déclaré que c'était douteux : "Je ne suis pas convaincu que cet article plaide en faveur de la modification de nos estimations d'horloge moléculaire, car similaire - plus complet - les données ont été incluses dans les études précédentes.
la directrice du renseignement national Avril Haines a déclaré que la réponse ultime pourrait ne jamais être trouvée.
"Nous espérons trouver une arme fumante", a déclaré Haines, mais "c'est difficile de le faire." Elle a ajouté : "Cela peut arriver, mais peut-être pas."
Haines a déclaré que les équipes cherchaient à collecter de nouveaux renseignements, en plus de jeter un nouveau regard sur les informations déjà recueillies.
Shane Harris a contribué à ce rapport.
