Jesse Bloom, PhD, biologiste informatique au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, a publié mardi sur le serveur de préimpression bioRxiv sa récupération des « données de séquençage en profondeur supprimées ». L'article n'a pas encore été évalué par des pairs ou publié dans une revue.
Bloom a déclaré que les données « jettent plus de lumière sur la première épidémie de SRAS-CoV-2 à Wuhan », bien que la signification scientifique de son rapport reste incertaine. Les scientifiques ont exprimé mercredi des opinions à la fois favorables et défavorables, ainsi que ce que les données pourraient signifier pour l'épidémie initiale en Chine.
"Ce n'est pas une étude scientifique très traditionnelle, mais au moins elle contient de nouvelles données et de nouvelles informations."
Bloom a récupéré les fichiers supprimés de Google Cloud qui avaient été stockés dans les archives de lecture de séquences de la National Library of Medicine. Il a ensuite reconstruit des séquences partielles de 13 virus épidémiques précoces. Sur la base d'une analyse des séquences, Bloom a déclaré que les séquences du marché des fruits de mer de Huanan qui font l'objet du rapport conjoint Organisation mondiale de la santé-Chine sur l'origine de l'épidémie ne représentent pas pleinement les virus qui se trouvaient à Wuhan au début de la épidémie.
Au lieu de cela, a écrit Bloom, les séquences initiales avaient probablement trois mutations clés similaires aux parents du coronavirus chez les chauves-souris. Il ne pense pas que les données récupérées expliquent les origines du coronavirus, mais il pense que le virus circulait à Wuhan avant décembre.
"Cette étude ne fournit aucune preuve de toute façon", a-t-il déclaré au journal. "Mais cela indique que nous n'avons probablement pas épuisé toutes les données pertinentes."
quelques brèves notes : - Oui, cela est très cohérent avec de multiples événements d'introduction distincts liés, exactement comme le SRAS-1. Difficile pour une fuite de laboratoire d'expliquer cette diversité génétique initiale. - Les séquences ne sont pas nouvelles, ont été publiées dans un article et datent de janvier, ne sont pas les plus anciennes.
Les informations ont été incluses dans un article pré-imprimé que des scientifiques chinois ont publié en mars 2020 et publié plus tard dans la revue Small en juin.
Dans un communiqué publié mercredi, le NIH a déclaré qu'un chercheur qui avait initialement publié les données avait demandé que les informations soient supprimées de la base de données du NIH afin qu'elles puissent être incluses dans une base de données différente. Le NIH a également déclaré qu'il était de pratique courante de supprimer des données sur demande.
«Ces séquences du SRAS-CoV-2 ont été soumises pour publication dans [the Sequence Read Archive] en mars 2020 et a ensuite demandé à être retiré par l'enquêteur soumettant en juin 2020 », a écrit le NIH dans un communiqué.
"Le demandeur a indiqué que les informations de séquence avaient été mises à jour, étaient soumises à une autre base de données et souhaitait que les données soient supprimées de SRA pour éviter les problèmes de contrôle de version", a écrit le NIH.
D'autres soumissions ont été supprimées des bases de données depuis le début de la pandémie. Le NIH a rapporté que la National Library of Medicine avait identifié huit cas où les chercheurs avaient retiré des soumissions à la bibliothèque. Cela inclut les données récupérées par Bloom et « le reste des expéditeurs principalement aux États-Unis », a rapporté le journal.
Les scientifiques qui ont étudié les origines du coronavirus ont partagé des opinions divergentes en ligne mercredi et avec de nombreux organes de presse, y compris des articles dans le New York Times et Science. Certains ont déclaré que les données n'étaient «rien de nouveau» et qu'elles pouvaient encore être trouvées dans la littérature scientifique. D'autres ont déclaré que les premières données devaient être mieux conservées et partagées.
Avril Haines, la directrice du renseignement national, a déclaré qu'il était possible que la réponse ne soit jamais connue.
"La meilleure chose que je puisse faire est de présenter les faits tels que nous les connaissons et de présenter l'analyse que nous avons faite de la manière la plus impartiale possible", a-t-elle déclaré.
Sources
ajoutant du carburant au débat sur l’origine de Covid. »
bioRxiv : « La récupération des données de séquençage en profondeur supprimées jette plus de lumière sur la première épidémie de Wuhan SARS-CoV-2. »
Small : « Séquençage ciblé par Nanopore pour la détection précise et complète du SRAS-CoV-2 et d'autres virus respiratoires. »
The New York Times : « Un scientifique découvre les premières séquences de virus qui ont été mystérieusement supprimées. »
Science : "L'affirmation selon laquelle l'équipe chinoise a caché les premières séquences du SRAS-CoV-2 pour contrecarrer la chasse à l'origine suscite la fureur."
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