Malgré un vaste réseau de soins primaires disponibles, le Brésil a profondément souffert de la pandémie du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2). En utilisant les données quotidiennes des bureaux de santé de l'État, Castro et al. a analysé le schéma de propagation des cas et des décès de COVID-19 dans le pays de février à octobre 2020. Des grappes de décès avant que les cas ne deviennent apparents indiquent une propagation non atténuée. Le SRAS-CoV-2 a circulé sans être détecté au Brésil pendant plus d'un mois alors qu'il se propageait au nord de São Paulo. À Manaus, la transmission a atteint des niveaux sans précédent après un moment de répit à la mi-2020. Faria et coll. suivi de l'évolution d'une nouvelle lignée plus agressive appelée P.1, qui comporte 17 mutations, dont trois (K417T, E484K et N501Y) dans la protéine de pointe. Après une période d'évolution accélérée, cette variante est apparue au Brésil en novembre 2020. Couplée à l'émergence de P.1, la propagation de la maladie a été accélérée par de graves inégalités locales et des bouleversements politiques, qui ont compromis une réponse fédérale rapide.

Science, abh1558 et abh2644, ce numéro p. 821 et p. 815

Schéma spatio-temporel de la propagation du COVID-19 au Brésil

Abstrait

Le Brésil a été gravement touché par le COVID-19, avec une propagation spatiale rapide des cas et des décès. Nous avons utilisé des données quotidiennes sur les cas et les décès déclarés pour comprendre, mesurer et comparer le modèle spatio-temporel de la propagation entre les municipalités. Les indicateurs de regroupement, les trajectoires, la vitesse et l'intensité du mouvement du COVID-19 vers les zones intérieures, combinés à des indices de mesures politiques, montrent que bien qu'aucun récit n'explique la diversité de la propagation, un échec global de la mise en œuvre rapide, coordonnée, et des réponses équitables dans un contexte de graves inégalités locales alimentant la propagation de la maladie. Cela a entraîné des charges d'infection et de mortalité élevées et inégales. Avec une augmentation actuelle des cas et des décès et plusieurs variantes préoccupantes en circulation, le fait de ne pas atténuer la propagation pourrait encore aggraver le fardeau.

Le Brésil est le seul pays de plus de 100 millions d'habitants à disposer d'un système de soins de santé universel, complet et gratuit. En trois décennies, ce système a contribué à réduire les inégalités d'accès aux soins de santé et aux résultats (1). Il a également facilité la gestion des précédentes urgences de santé publique telles que la pandémie de VIH / SIDA (2). Malgré de récentes coupes dans le budget de la santé (3), on s’attendait à ce que le système de santé brésilien place le pays dans une bonne position pour atténuer la pandémie du COVID-19. Avec une coordination nationale et à travers un vaste réseau d'agents de santé communautaire, des actions adaptées aux inégalités locales existantes (c.-à-d. Répartition régionale des médecins et des lits d'hôpitaux) auraient pu être mises en œuvre (4). Cependant, le Brésil est l'un des pays les plus durement touchés par le COVID-19. Au 11 mars 2021, 11 277 717 cas et 272 889 décès ont été signalés. Ces chiffres représentent respectivement 9,5% et 10,4% des cas et des décès dans le monde, alors que le Brésil ne partage que 2,7% de la population mondiale. Fin mai 2020, l'Amérique latine a été déclarée l'épicentre de la pandémie de COVID-19, principalement à cause du Brésil. Depuis le 7 juin 2020, le Brésil est au deuxième rang des décès dans le monde.

Au Brésil, la réponse fédérale a été une combinaison dangereuse d'inaction et d'actes répréhensibles, y compris la promotion de la chloroquine comme traitement malgré le manque de preuves (5, 6). Sans une stratégie nationale coordonnée, les réponses locales variaient en termes de forme, d'intensité, de durée et d'heures de début et de fin, ce qui dans une certaine mesure était associé à des alignements politiques (7, 8). Le pays a connu des taux d'attaque très élevés (9) et une charge plus élevée parmi les plus vulnérables (10, 11), ce qui met en lumière les inégalités locales (12). Après de multiples introductions du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), le Brésil a connu une phase épidémique initiale (15 février au 18 mars 2020) avec circulation restreinte (13), précédée d'une circulation virale non détectée (14). Bien que la propagation initiale ait été déterminée par les inégalités socio-économiques existantes, l'absence d'une réponse coordonnée, efficace et équitable a probablement alimenté la propagation spatiale généralisée du SRAS-CoV-2 (12). Le but de cette étude était de comprendre, mesurer et comparer le schéma de propagation des cas et des décès de COVID-19 au Brésil à de fines échelles spatiales et temporelles. Nous avons utilisé les données quotidiennes des bureaux de santé de l'État couvrant la période allant de la semaine épidémiologique 9 (23 au 29 février 2020) à la semaine 41 (4 au 10 octobre 2020).

Dans tous les États, il a fallu moins d'un mois entre le premier cas et le premier décès; seulement 11 jours en Amazonie et 21 à São Paulo (tableau S1). Les courbes épidémiologiques du Brésil (fig. S1) cachent des modèles distincts de notification initiale, de propagation et de confinement du SRAS-CoV-2 dans les unités administratives. Alors que les États et les villes imposaient et assouplissaient les mesures restrictives à des moments différents, la mobilité de la population a facilité la circulation du virus et a agi comme un déclencheur de la propagation de la maladie (15). Les figures 1, A et B, montrent que les cas et les décès cumulés, respectivement, pour 100 000 habitants n'étaient pas uniformément répartis entre les municipalités. Nous avons utilisé la statistique de balayage spatio-temporel (16) pour identifier les zones qui ont enregistré un nombre significativement élevé de cas (Fig. 1C et tableau S2) ou de décès (Fig. 1D et tableau S3) sur une période définie.

Fig. 1 Distribution spatiale et regroupement des cas et des décès de COVID-19 signalés.(UNE et B) Nombre cumulé de cas de COVID-19 (A) et de décès (B) pour 100 000 habitants par commune. Les lignes sombres sur les cartes indiquent les limites des états. Les acronymes des États par région sont indiqués ci-dessous. Nord : AC, Acre; AP, Amapá; AM, Amazonas; PA, Pará; RO, Rondônia; RR, Roraima; À, Tocantins. Nord-est: AL, Alagoas; BA, Bahia; CE, Ceará; MA, Maranhão; PB, Paraíba; PE, Pernambuco; PI, Piauí; RN, Rio Grande do Norte; SE, Sergipe. Centre ouest: DF, Distrito Federal; GO, Goiás; MT, Mato Grosso; MS, Mato Grosso do Sul. Sud-est: ES, Espírito Santo; MG, Minas Gerais; RJ, Rio de Janeiro; SP, São Paulo. Sud : PR, Paraná; RS, Rio Grande do Sul; SC, Santa Catarina. (C et ré) Regroupement spatio-temporel des cas (C) et des décès (D) dans les municipalités brésiliennes. Les codes de couleur et de nombre dans les grappes et le tableau de gauche sont les mêmes, et le tableau indique l'intervalle pendant lequel chaque grappe était statistiquement significative. Le dégradé de couleur (rouge foncé à bleu foncé) indique le changement temporel basé sur la date initiale du cluster, et le numéro de cluster indique le rang du risque relatif pour chaque cluster (tableaux S2 et S3). Les grappes ont été évaluées à l'aide de la statistique d'analyse spatio-temporelle (voir les documents supplémentaires).

Les décès se sont regroupés ~ 1 mois avant les cas. Cela reflète probablement des problèmes de surveillance, de communication des données et une faible capacité de test. Le premier groupe significatif de décès dus au COVID-19 a commencé le 18 mai 2020 (Fig.1D, # 5) et était centré autour de Recife (la capitale de Pernambuco). Cinq autres groupes de décès sont survenus avant que le premier groupe de cas ne soit observé le 16 juin 2020 (figure 1C, n ° 7). Parmi ceux-ci figuraient des grappes autour de Fortaleza et de Rio de Janeiro (les capitales du Ceará et de Rio de Janeiro, respectivement) et dans une grande région comprenant Amazonas, Pará et Amapá, des États qui ont une capacité hospitalière inférieure. Amazonas (dont la capitale est Manaus) a le taux de mortalité le plus élevé pour 100 000 habitants du pays, soit plus du double du taux du Brésil. En octobre 2020, environ 76% de sa population aurait été infectée (9, 17). À l'exception d'une grappe en août 2020 (figure 1D, n ° 1), la durée des grappes de décès n'a pas diminué au fil du temps, allant de 10 à 13 jours. Ceci est différent de ce qui a été observé en Corée du Sud, où un confinement réussi a réduit la durée et l'étendue géographique des grappes au fil du temps (18). Un schéma similaire a été observé pour les cas de COVID-19 (Fig. 1C). Dans les régions du centre et du sud, des grappes se sont produites plus tard (août et septembre 2020), corroborant un schéma régional de propagation du SRAS-CoV-2 (19).

Pour comprendre et comparer la propagation des cas et des décès de COVID-19 à travers le Brésil, nous avons calculé le centre géographique de l'épidémie. Les trajectoires du centre par semaine épidémiologique montrent qu'après l'introduction à São Paulo, les deux cas (Fig.2A et film S1) et les décès (Fig.2B et film S2) se sont progressivement déplacés vers le nord jusqu'à la semaine 20 (à partir du 10 mai 2020), lorsque l'épidémie a commencé à reculer en Amazonie et au Ceará mais a pris de l'ampleur à Rio de Janeiro et à São Paulo. En comparant les trajectoires dans chaque état (fig. S2), nous avons calculé un rapport entre la distance parcourue par le centre chaque semaine et la distance entre la capitale et la commune la plus éloignée (tableaux S4 et S5). Dans huit États, le ratio hebdomadaire médian des décès était plus élevé que celui des cas (figure 2C), ce qui suggère un mouvement plus rapide du foyer des décès.

Fig. 2 Propagation spatiale et temporelle des cas et des décès de COVD-19.(UNE et B) Centres géographiques COVID-19 pondérés par cas (A) et par décès (B) par semaine épidémiologique. Les lignes épaisses indiquent le centre géographique du Brésil, les lignes fines montrent la trajectoire du centre dans chaque État et le point noir indique la capitale de l'État (voir les documents supplémentaires). Le premier cas dans chaque État a été enregistré dans la capitale, à l'exception de Rio de Janeiro, Rondônia, Bahia, Minas Gerais et Rio Grande do Sul, et ainsi la trajectoire du centre commence à l'intérieur. C'était plus courant pour les décès (14 États n'ont pas signalé le premier décès dans la capitale : Rio de Janeiro, Amazonas, Pará, Piauí, Rio Grande do Norte, Paraíba, Espírito Santo, Paraná, Santa Catarina, Mato Grosso do Sul, Mato Grosso et Goiás). La figure S2 montre des cartes détaillées pour chaque état. (C) Nuage de points de la distance médiane à laquelle le centre géographique des cas (axe des x) et des décès (axe des y) se déplaçait chaque semaine dans chaque état (mesurée comme le rapport de la distance à laquelle le centre géographique des cas se déplaçait chaque semaine dans chaque état par rapport au distance entre la capitale et la commune la plus éloignée de l’État). (ré) Nuage de points du nombre de jours qu'il a fallu à un état pour atteindre 50 cas de COVID-19 (axe des abscisses) après que le premier cas a été signalé et 50 décès après le premier décès confirmé de COVID-19 (axe des y). (E) Nuage de points du nombre standardisé de cas pour 100 000 personnes (axe des x) et de décès pour 100 000 personnes (axe des y) par état. Les lignes à 45 ° dans (C), (D) et (E) décrivent des valeurs égales pour les variables du nuage de points.

En moyenne, il a fallu 17,3 et 32,3 jours pour atteindre 50 cas et décès, respectivement. Cependant, dans quatre États, les décès se sont accumulés à 50 en premier (Fig. 2D), et en Amazonie, Ceará et Rio de Janeiro, la différence entre le temps nécessaire aux cas et aux décès pour atteindre un nombre de 50 était de 6, 1, et 3 jours, respectivement (tableau S1). Ce court intervalle suggère une introduction et une propagation non détectées (et donc non atténuées) du virus pendant un certain temps. Cela a été confirmé au Ceará (20), où une enquête épidémiologique rétrospective a révélé que le virus circulait déjà en janvier. De plus, si les premiers cas sont survenus dans des zones à revenu élevé, il est possible que les consultations en cabinet privé n'aient pas été signalées dans les systèmes nationaux du ministère de la Santé (20) et soient restées silencieuses devant le système de surveillance. En outre, la capacité de test au Brésil était limitée et les premiers kits de test de réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse de diagnostic n'ont commencé à être produits dans le pays qu'en mars. Bien que les efforts d'enquête rétrospective n'aient pas été intensifiés dans le pays, une comparaison des taux standardisés de cas et de décès pour 100000 habitants (figure 2E) montre que dans 11 États, dont Amazonas, Ceará et Rio de Janeiro, le nombre de morts était plus grand que l’incidence.

Pour mesurer quantitativement l'intensité de la propagation des cas de COVID-19 et des décès au fil du temps, nous avons utilisé l'indice Hoover de localisation (HI) (21, 22). Des valeurs d'IH plus proches de 100 indiquent une concentration dans quelques municipalités, tandis que celles proches de zéro suggèrent une répartition plus homogène. Si les mesures de confinement étaient efficaces, alors nous nous attendrions à ce que l'indice HI diminue lentement, restant relativement élevé au fil du temps. De plus, si les mesures étaient efficaces pour éviter un effondrement du système hospitalier, alors on s'attendrait à un HI plus élevé pour les décès par rapport aux cas. La figure 3A montre l'IH pour le Brésil et une tendance claire vers une propagation étendue pour les cas et les décès jusqu'à environ la semaine 30 (du 19 au 25 juillet 2020). Le schéma, cependant, variait d'un État à l'autre. Au cours de la première semaine avec les événements signalés, Amazonas, Roraima et Amapá avaient un HI