La pandémie de coronavirus a soulevé tant de questions au fur et à mesure qu'elle poursuivait sa propagation inexorable à travers la planète, mais la première d'entre elles reste peut-être la plus controversée : d'où vient le Sars-CoV-2 ?
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Ces dernières semaines, l'attention s'est renouvelée sur la possibilité qu'il puisse s'échapper d'un laboratoire chinois. Cependant, de nouvelles découvertes renforcent les arguments en faveur d'une origine naturelle, dans ce qui est devenu un débat fortement politisé.
La résurgence de la théorie des fuites de laboratoire – promulguée au début de l'année dernière par Donald Trump et ses partisans, avant d'être rejetée – a été alimentée par la publication d'e-mails dans lesquels le conseiller médical en chef de Joe Biden, le Dr Anthony Fauci, en a discuté, et l'insatisfaction à l'égard du Les premiers efforts de l'Organisation mondiale de la santé pour enquêter sur les origines de la pandémie.
Un travailleur en tenue de protection sur le marché fermé des fruits de mer de Wuhan, le 10 janvier 2020.
La plupart des scientifiques favorisent la théorie selon laquelle le virus s'est propagé d'un animal à un humain dans la nature. « Les meilleures preuves scientifiques le montrent », a déclaré le 4 juin le directeur du Wellcome Trust, Jeremy Farrar.
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Mais s'il y a moins de preuves pour étayer la théorie des fuites de laboratoire, disent d'autres, c'est parce que personne ne l'a recherchée.
La mission en Chine
Lorsque l'OMS a envoyé une mission préliminaire en Chine en janvier, l'équipe a interrogé le personnel des laboratoires de Wuhan, la ville où Covid-19 a été signalé pour la première fois, mais elle n'a pas mené d'enquête médico-légale approfondie, car ce n'était pas son mandat.
"Ce n'était jamais un audit", explique Keith Hamilton, responsable de la préparation et de la résilience à l'Organisation mondiale de la santé animale, basée à Paris, qui accompagnait l'équipe. "C'était une collaboration avec des collègues en Chine pour examiner les preuves et concevoir des études pour une enquête plus approfondie."
Pour Filippa Lentzos, experte en menaces biologiques au King's College de Londres, la mission de l'OMS aurait dû aller plus tôt et approfondir, en échantillonnant des collections virales dans les laboratoires qui travaillaient avec des coronavirus, par exemple, et en examinant les types d'expériences menées et les procédures de sécurité suivies. « Le vrai problème était l'influence de la Chine », dit-elle. "La Chine a influencé le mandat, l'indépendance et l'accès de la mission."
Puisqu'une théorie ne peut jamais être définitivement prouvée – seulement réfutée – lorsque le directeur général de l'OMS, le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, a présenté les conclusions de la mission d'un mois le 30 mars, il a déclaré que toutes les théories restaient sur la table.
L'un des signataires d'une lettre au journal Science en mai appelant à une enquête sur une éventuelle fuite de laboratoire, David Relman, un expert en biosécurité de l'Université de Stanford, a depuis fait valoir que les preuves des deux théories sont faibles et circonstancielles.
Mais David Robertson, qui étudie l'évolution virale à l'Université de Glasgow, a déclaré que cela créait une "fausse équivalence" entre eux, car de nombreuses preuves indiquent désormais un événement naturel de débordement.
En mars 2020, les scientifiques étaient convaincus que le Sars-CoV-2 n'était pas le produit d'une manipulation délibérée.
Ils ne pouvaient pas exclure une fuite accidentelle d'un virus naturel d'un laboratoire qui l'étudiait, mais grâce en partie aux recherches de l'Institut de virologie de Wuhan (WIV), on savait également que les coronavirus qui avaient la capacité d'infecter les gens, et qui étaient liés à la fois à celui qui a provoqué l'épidémie initiale de syndrome respiratoire aigu sévère (Sras) en 2003, et au Sars-CoV-2, circulaient dans les populations de chauves-souris chinoises.
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Dans certaines parties de la Chine rurale où le guano de chauve-souris est collecté dans des grottes et utilisé comme engrais, il a été découvert que des personnes transportaient des anticorps contre ces virus, indiquant une infection antérieure. En d'autres termes, un événement de débordement aurait pu se produire sans la participation d'un laboratoire.
Pourtant, il reste possible que le virus se soit échappé d'un laboratoire. Certains théoriciens des fuites de laboratoire jugent suspect que la première épidémie de Covid-19 se soit produite à Wuhan, qui abrite plusieurs laboratoires de haute sécurité qui étudient les coronavirus.
Les dirigeants ont insisté sur la théorie des fuites de laboratoire pour les origines de COVID-19
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Mais Robertson dit que le fait que Wuhan soit une ville est une explication suffisante. Contrairement aux zones rurales où le virus pourrait avoir infecté des personnes auparavant, Wuhan a la densité de population – 11 millions de personnes – pour soutenir une épidémie.
De tous les coronavirus de chauve-souris connus, le plus similaire au Sars-CoV-2, partageant 96% de son génome, est le RaTG13, un virus que les chercheurs du WIV étudiaient avant la pandémie.
Mais depuis que RaTG13 a été identifié, d'autres ont été isolés de chauves-souris en Chine et en Asie du Sud-Est qui sont également très similaires au Sars-CoV-2. Un groupe d'entre eux, originaire de la province chinoise du Yunnan, a été décrit la semaine dernière dans la revue Cell. « La connexion entre RaTG13, l'Institut de virologie de Wuhan et Sars-CoV-2 n'est plus nécessaire », explique Robertson.
« La nature est le plus grand bio-terroriste »
Les courriels de Fauci suggèrent qu'avant la publication de l'article excluant la modification délibérée d'un virus, il y avait eu une discussion de haut niveau sur la façon d'interpréter ces résultats. Cela a encouragé les spéculations quant à savoir si les caractéristiques inhabituelles du Sars-CoV-2 auraient pu être le produit d'expériences de « gain de fonction » – où un virus est rendu plus dangereux pour faire la lumière sur la façon dont les épidémies se produisent – à WIV ou à un autre Wuhan laboratoire.
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Une image publiée le 16 avril 2020 de chercheurs travaillant dans un laboratoire de l'Institut de virologie de Wuhan en février 2017. Photographie : Shepherd Hou/EPA
L'une de ces caractéristiques est le site de clivage de la furine, une structure dans la protéine qui forme les pointes à la surface du Sars-CoV-2, et qui améliore sa capacité à pénétrer dans les cellules humaines. Mais de nombreux chercheurs ont souligné qu'il n'était pas surprenant qu'un virus à potentiel pandémique – lui-même un événement rare – ait des attributs rares. Les coronavirus échangent souvent des morceaux de leurs génomes dans des expériences de gain de fonction naturel, explique Paul Bieniasz, virologue à l'Université Rockefeller de New York. "Au cours des deux dernières décennies, un tel événement a donné naissance à Sars."
Marc Van Ranst, un virologue qui aide à coordonner la réponse belge à la pandémie, déclare : « La nature est le plus grand bio-terroriste qui soit. Il a montré à maintes reprises qu'il n'avait pas besoin de beaucoup d'aide pour créer un virus et le faire sauter d'une espèce à l'autre. »
L'affirmation selon laquelle le Sars-CoV-2 était étrangement bien adapté aux humains au début de la pandémie trouve également peu de soutien. Il infecte un large éventail d'espèces – y compris les chats, les chiens, les visons, les tigres et les lions – et si quelque chose s'est mieux adapté aux humains au cours de la pandémie, en partie grâce à de nouvelles altérations de la protéine de pointe.
Cela laisse la théorie des fuites de laboratoire reposer principalement, pour l'instant, sur des rapports non vérifiés de trois cas de maladie respiratoire parmi les près de 600 employés du WIV en novembre 2019, un mois d'hiver à Wuhan, et le fait que l'institut a pris une base de données de séquences du génome viral. hors ligne deux mois plus tôt – pour le protéger des pirates informatiques, ont-ils déclaré aux enquêteurs de l'OMS.
Parmi les conclusions de la mission de l'OMS, les deux tiers des premiers cas confirmés en laboratoire de Covid-19 avaient un lien avec le marché de gros des fruits de mer de Huanan à Wuhan, faisant de l'exposition à ce marché le plus grand facteur de risque de contracter la maladie avant janvier. 2020.
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Une image au microscope électronique du virus Sars-CoV-2 qui cause Covid-19. Photographie : AP
Pendant un certain temps, les chercheurs ont été bouleversés par les premiers cas qui n'avaient aucun lien évident avec le marché, mais sachant comme ils le font maintenant que la transmission asymptomatique du Sars-CoV-2 est courante, cela semble moins surprenant. Ces personnes auraient pu attraper le virus d'autres personnes qui ont visité le marché mais qui elles-mêmes n'ont développé aucun symptôme.
Le Sars a atteint les humains depuis les chauves-souris via les civettes et les chiens viverrins, et un chemin via un hôte intermédiaire – peut-être un animal vendu sur le marché de Huanan – est également considéré comme le plus probable pour le Sars-CoV-2, bien qu'il soit possible qu'il ait sauté directement des chauves-souris.. Au moment où les enquêteurs de l'OMS ont inspecté le marché en janvier, il était déjà fermé depuis plusieurs semaines, mais un article publié la semaine dernière a confirmé des informations antérieures selon lesquelles des animaux vivants sauvages et d'élevage y étaient en vente immédiatement avant la pandémie. Cela a conduit certains à affirmer qu'il est plus urgent d'interroger les étals du marché que d'enquêter sur des laboratoires judiciaires.
Pour l'instant, l'identité d'un hôte intermédiaire putatif reste un mystère, et un virus suffisamment proche du Sars-CoV-2 pour indiquer quel chemin un virus ancestral a emprunté aux chauves-souris n'a pas été trouvé.
Ce ne sera peut-être jamais. L'hôte intermédiaire peut avoir hébergé ce virus pendant des décennies ou seulement de manière transitoire – pendant quelques semaines, disons – et dans ce dernier cas, les animaux infectés peuvent être morts depuis longtemps. Plus le temps passe, plus il devient difficile d'identifier cette espèce, car le virus a maintenant eu la possibilité de se propager à d'autres animaux à partir de l'homme – comme cela s'est produit dans les élevages de visons danois l'année dernière.
Naturel ou fabriqué en laboratoire ? Ce n'est peut-être pas un choix binaire
L'un des problèmes avec le différend sur les origines de Covid est qu'il suggère qu'il existe un choix binaire entre les théories, alors que la réalité est beaucoup plus complexe. L'origine était-elle « naturelle » si le virus se répandait dans un ouvrier agricole à partir d'un animal d'élevage plutôt que sauvage ? Et si l'événement de débordement impliquait un chercheur effectuant un travail de terrain dans une grotte de chauves-souris, qui a involontairement ramené le virus en ville sur sa chaussure éclaboussée de guano ?
Pendant ce temps, d'autres théories ne reçoivent peut-être pas l'attention qu'elles méritent. Dans des recherches qui n'ont pas encore été évaluées par des pairs, par exemple, Xiaowei Jiang, biologiste de l'évolution virale à l'Université Xi'an Jiaotong-Liverpool à Suzhou, en Chine, et d'autres soulignent qu'après que la peste porcine africaine a décimé les populations de porcs en Chine en 2018, la demande a augmenté pour des sources de viande plus exotiques, y compris des animaux sauvages, qui pourraient potentiellement avoir été infectés par Sars-CoV-2. Cela pourrait avoir augmenté la pression écologique pour l'émergence de Covid-19.
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Travailleurs en tenue de protection au marché de fruits de mer de Huanan, le 27 janvier 2020. Photographie : AP
L'OMS n'a pas encore annoncé les détails des études supplémentaires qu'elle prévoit, mais Hamilton, comme beaucoup d'autres, estime que les attentes de la mission préliminaire étaient trop élevées. Il a souvent fallu des années pour déterminer d'où venaient les nouvelles maladies. Les origines du Sars chez les chauves-souris n'ont été identifiées qu'en 2017, tandis que les chercheurs enquêtant sur les origines de la pandémie de grippe de 2009 – dont les premiers cas ont été signalés en Amérique du Nord – se sont d'abord concentrés sur les porcs asiatiques, puis, en 2016, sur les porcs mexicains.
Le 28 mai, Mike Ryan, directeur exécutif du programme d'urgence sanitaire de l'OMS, a déclaré que l'OMS – qui n'est aussi forte que ce que ses membres lui permettent d'être – avait été placée dans une « position impossible pour fournir les réponses que le monde veut. », et a demandé que les scientifiques soient autorisés à suivre les preuves dans un environnement sans politique.
Cependant, il n'est pas clair si cela sera possible. Relman, par exemple, s'est longtemps opposé à la recherche sur le gain de fonction avec des agents pathogènes potentiellement dangereux, car des accidents de laboratoire se sont produits dans le passé et pourraient se reproduire. Pour Robertson, c'est un débat valable, mais cela ne rend pas une origine de laboratoire de Covid-19 plus probable que les preuves ne l'indiquent.
Certains, comme la biologiste française Virginie Courtier, estiment que même discuter de la théorie des fuites de laboratoire dans les forums scientifiques est devenu trop lourd et ont porté leurs inquiétudes sur des points de vente plus traditionnels, tandis que d'autres craignent que le doigté ne fasse une future collaboration avec la Chine - et, par conséquent, trouver des réponses – plus difficile. Robertson souhaite que ses pairs s'inspirent du livre des météorologues : "Vous ne blâmez pas le pays où la tempête a commencé."
Pour Van Ranst, qui vit sous protection policière depuis qu'il a reçu des menaces de mort dans le cadre de son travail de réponse à la pandémie l'été dernier, identifier les origines de Covid est important - en vue d'atténuer le risque de futurs débordements - mais ce n'est pas une priorité. « Concentrons-nous sur la pandémie actuelle et arrêtons ce virus », dit-il.
