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Affiliations aux auteurs: Malawi Liverpool Wellcome Clinical Research Program, Blantyre, Malawi (R. Nzawa Soko, RM Burke, HRA Feasey, W. Sibande, M. Nliwasa, MYR Henrion, M. Khundi, AT Choko, TH Divala, EL Corbett, P MacPherson); London School of Hygiene and Tropical Medicine, Londres, Royaume-Uni (R. Nzawa Soko, R.M. Burke, H.R.A. Feasey, M. Khundi, T.H. Divala, E.L. Corbett, P. MacPherson); Collège de médecine de l'Université du Malawi, Blantyre (M. Nliwasa); École de médecine tropicale de Liverpool, Liverpool, Royaume-Uni (M.Y.R. Henrion, P. MacPherson); Université de Sheffield, Sheffield, Royaume-Uni (P.J. Dodd, C.C. Ku); Bureau de santé du district, Blantyre (G. Kawalazira)
La tuberculose (TB) est un tueur majeur, causant ≈1,4 million de décès dans le monde chaque année (1), ce qui la place au deuxième rang après la maladie à coronavirus (COVID-19) en tant que principale cause de décès par maladie infectieuse en 2020 (2). En plus des effets directs sur la santé du COVID-19, les effets secondaires de la pandémie du COVID-19, y compris les verrouillages, la crise économique, la maladie et l'attrition des travailleurs de la santé, les établissements de santé débordés et la peur des établissements de santé, pourraient affecter la prestation des services de santé. (3). Des inquiétudes ont été exprimées quant au fait que le COVID-19 pourrait avoir un effet néfaste sur le diagnostic, le traitement et la prévention de la tuberculose, inversant les progrès récents dans l'amélioration de la détection des cas de tuberculose et la réduction des décès, bien que les mesures de protection utilisées pour le COVID-19 puissent également réduire la transmission de la tuberculose (1,3, 4). La modélisation initiale publiée en mai 2020 suggérait que l'interruption des services de santé dans le monde pourrait entraîner 6,3 millions de cas de tuberculose supplémentaires et 1,4 million de décès supplémentaires de tuberculose de 2020 à 2025 en raison du sous-diagnostic de la tuberculose et des interruptions du traitement de la tuberculose (5). Des données empiriques provenant de milieux à forte charge de tuberculose sont nécessaires de toute urgence pour examiner les effets du COVID-19 sur la tuberculose et pour déterminer des stratégies d'atténuation (4).
Selon l'Organisation mondiale de la santé, le Malawi est l'un des 30 pays où le fardeau de la tuberculose et du VIH est élevé (1). À Blantyre, dans la région sud du Malawi, un registre électronique de la tuberculose à l'échelle de la ville a été mis à jour en partenariat par le Malawi Liverpool Wellcome Trust, le Malawi National Tuberculosis Control Program et le Blantyre District Health Office (6). Nous avons utilisé ces données pour étudier les effets du COVID-19 sur les notifications de cas de tuberculose à l'échelle de la ville. Nous avons émis l'hypothèse que les effets directs et indirects de l'épidémie de COVID-19 au Malawi réduiraient les notifications de cas de tuberculose et que les effets auraient pu être ressentis de manière disproportionnée à différents niveaux du système de santé et par certains groupes de population, y compris les personnes vivant avec le VIH. Notre objectif principal était d'estimer le nombre de notifications de cas de tuberculose manqués. Notre objectif secondaire était de déterminer si les notifications manquées étaient affectées par le sexe, l'établissement de santé ou le statut VIH. Enfin, pour enquêter et expliquer les causes sous-jacentes de la sous-notification de la tuberculose, nous avons réalisé une étude qualitative avec des agents TB, le cadre d'agents de santé qui fournissent la plupart des services TB au Malawi.
Source d'information
Pour estimer les dénominateurs de population du district de Blantyre, nous avons obtenu des taux de mortalité de base et des taux de fécondité spécifiques à l'âge et au sexe à partir des données de 2008-2020 World Population Prospect (7). Nous avons utilisé la méthode des composantes de cohorte pour combiner ces données dans des estimations locales des recensements nationaux de la population du Malawi de 2008 et 2018.
À Blantyre, les agents de lutte contre la tuberculose travaillant dans tous les centres de santé primaires et dans le principal hôpital de la ville, l’Hôpital central Queen Elizabeth (QECH), enregistrent les caractéristiques démographiques et cliniques de tous les patients tuberculeux qui s’inscrivent pour un traitement à l’aide d’un formulaire électronique. Les données collectées comprennent la date et la clinique d'enregistrement, l'âge, le sexe, le statut VIH, l'adresse du domicile et les caractéristiques de la tuberculose, telles que la tuberculose pulmonaire ou extra-pulmonaire et la classification microbiologique. Les registres sont rapprochés tous les trimestres des registres de traitement du Programme national de lutte contre la tuberculose du Ministère de la santé. Chaque mois, un échantillon de 5% des cas de tuberculose enregistrés sélectionnés au hasard fait l'objet d'un dépistage à domicile à des fins de validation des données.
Modélisation statistique
Pour étudier les effets du COVID-19 sur la notification des cas de tuberculose à Blantyre, nous avons effectué une analyse de séries chronologiques interrompues (8). Le gouvernement du Malawi a déclaré l'état d'urgence en raison du COVID-19 le 23 mars 2020, et les premiers cas de COVID-19 ont été diagnostiqués le 2 avril 2020. Nous avons supposé que les restrictions du COVID-19 et la réponse du gouvernement et du public à la Une épidémie émergente entraînerait à la fois un changement progressif immédiat dans les notifications de cas de tuberculose et un changement de pente conduisant à des tendances mois par mois différentes de celles observées avant le COVID-19 (8). En utilisant une distribution binomiale négative pour tenir compte de la surdispersion, nous avons modélisé le nombre mensuel de cas de tuberculose en fonction du mois, COVID-19 et mois donné-COVID-19, avec un terme de décalage pour tenir compte de la population sous-jacente (Annexe). Nous avons utilisé les données de notification de la tuberculose de juin 2016, lorsque le pays a lancé un programme universel de test et de traitement pour fournir un traitement antirétroviral aux personnes vivant avec le VIH et a commencé à utiliser le test Xpert MTB / RIF (9), qui diagnostique rapidement Mycobacterium tuberculosis, la bactérie. qui provoque la tuberculose et la résistance à la rifampicine en moins de 2 heures (10).
Nous avons estimé les tendances des taux de notification des cas de tuberculose (CNR) en utilisant les dénominateurs estimés de la population du recensement de Blantyre pour convertir les nombres mensuels ajustés par modèle de cas notifiés en cas équivalents annualisés pour 100 000 habitants. Nous avons utilisé le modèle pour prédire les CNR de la tuberculose à partir d'avril 2020 dans une situation contrefactuelle dans laquelle le COVID-19 ne s'était pas produit et les tendances de fond d'avril 2016 à mars 2020 se sont poursuivies de manière linéaire. Nous avons défini le nombre de cas de tuberculose manqués comme la différence entre les nombres observés de cas notifiés et les nombres attendus dans la situation contrefactuelle sans COVID-19, reconnaissant que certains des cas manqués pourraient être diagnostiqués plus tard et donc être retardés plutôt qu'entièrement manqués. Nous avons estimé l'IC à 95% du nombre total de cas de tuberculose manqués à travers 1 000 réplications bootstrap paramétriques. Nous avons pris les cas observés tels quels et les cas prédits dans le scénario contrefactuel à partir d'une distribution normale sur l'échelle de lien avec la moyenne égale à la prédiction du modèle pour un mois donné sous le contrefactuel et l'écart-type égal au modèle SE pour les prédictions pour le mois donné sous le contrefactuel scénario.
Pour l'objectif secondaire, nous avons modélisé l'effet différentiel du COVID-19 sur les notifications de cas de tuberculose par sexe, statut VIH et si la tuberculose a été diagnostiquée au niveau de l'EQEC ou des soins primaires (Annexe). Comme il manquait une petite quantité de données sur le statut VIH et le sexe, nous avons effectué plusieurs imputations à l'aide d'équations chaînées avec appariement de la moyenne prédictive en utilisant le package souris du logiciel R (11).
Toutes les décisions concernant le modèle d'effet attendu (c.-à-d. Un changement d'échelon et de pente), la date du changement (c.-à-d. Avril 2020) et les covariables du modèle 2 (c.-à-d. L'âge, le sexe et les soins primaires par rapport à l'ÉQUQ) ont été prises. a priori sur la base des connaissances sur les effets probables du COVID-19 et des covariables connues pour affecter de manière différentielle l'accès aux soins antituberculeux (12). Pour évaluer la signification statistique du changement dans les notifications de tuberculose concomitamment à l'épidémie de COVID-19 au Malawi, nous avons extrait les résidus d'une régression qui ne modélisait pas les changements dus au COVID-19. Nous avons comparé la somme des résidus pour les 9 mois de l'épidémie de COVID-19 au Malawi, d'avril à décembre 2020, avec la distribution de cette statistique à partir de 1 million de résidus permutés aléatoirement. Nous avons également calculé cette statistique pour toutes les fenêtres de 9 mois, à l'exclusion du COVID-19 dans les données.
Analyse de sensibilité
La tuberculose présente une saisonnalité liée au climat et aux conditions météorologiques (13). Par conséquent, nous avons effectué une analyse de sensibilité en ajoutant des effets saisonniers au modèle de série chronologique interrompue en utilisant un terme harmonique avec 2 pics tous les 12 mois.
Analyse qualitative
Du 21 octobre au 14 décembre 2020, nous avons mené des entretiens approfondis avec 12 agents TB des établissements de santé de Blantyre, 2 de QECH et 10 des centres de soins de santé primaires, afin de déterminer les principales raisons des changements dans les notifications de cas de TB pendant le COVID. 19 pandémie. Un spécialiste des sciences sociales local ayant l'expérience des entretiens qualitatifs a mené des entretiens en chichewa, la langue locale. Les données ont été enregistrées et simultanément transcrites et traduites en anglais. Nous avons développé un cadre thématique à partir des 4 entretiens initiaux, que nous avons appliqué à tous les entretiens ultérieurs. Le codage et l'analyse des données ont été effectués à l'aide de NVIVO (QSR International, https://www.qsrinternational.com). Les entretiens se sont poursuivis jusqu'à ce que la saturation des thèmes soit atteinte. Nous n'avons pas interrogé les personnes fréquentant les cliniques pour recevoir des soins de santé.
Approbation éthique
Les participants ont donné leur consentement oral pour que leurs données soient enregistrées dans l'ensemble de données de surveillance renforcée. Une dérogation à l'obligation d'obtenir un consentement écrit a été approuvée par la London School of Hygiene and Tropical Medicine et le College of Medicine de l'Université du Malawi, qui ont tous deux fourni une approbation éthique pour le système de surveillance améliorée de la tuberculose Blantyre et des entretiens qualitatifs. Les agents TB participant aux entretiens approfondis ont fourni un consentement écrit éclairé.
Série chronologique interrompue
Entre juin 2016 et décembre 2020, un total de 10 274 cas de tuberculose ont été notifiés à Blantyre. Entre juin 2016 et mars 2020 (c'est-à-dire avant le COVID-19), les CNR annualisés de la tuberculose de Blantyre ont chuté de ≈1% par mois, atteignant un pic de 405 cas / 100000 personnes en novembre 2016 et diminuant à 137 cas / 100000 personnes en octobre 2019 Au total, 9 199 cas de tuberculose ont été notifiés à Blantyre pendant la période pré-COVID-19 (juin 2016 à décembre 2020), 3 561 chez les femmes et les filles et 5 611 chez les hommes et les garçons; 27 cas manquaient de données sur le sexe. Les personnes vivant avec le VIH représentaient 5 820 (63,3%) notifications de TB et 3 279 (35,6%) personnes séronégatives figuraient parmi les cas de TB notifiés; 100 cas de tuberculose avaient des données manquantes ou un statut VIH inconnu. Les notifications de tuberculose ont été réparties presque également entre QECH (4 889 notifications; 53,1%) et les établissements de santé primaires (4 310 notifications; 46,9%). Les enfants de moins de 14 ans représentaient 920 notifications (10%). L'âge médian des adultes atteints de tuberculose diagnostiquée était de 35 ans (intervalle interquartile [IQR] 28–44 ans pour les femmes et 37 ans (IQR 30–45) pour les hommes.
Figure 1
Figure 1. Effets de la pandémie de maladie à coronavirus (COVID-19) sur les taux mensuels de notification des cas de tuberculose à Blantyre, Malawi. Les cercles représentent le nombre de cas observés chaque mois. La ligne bleue continue représente le modèle ajusté..
La déclaration d'une catastrophe nationale due au COVID-19 a entraîné une baisse brutale de 35,9% (IC à 95% 22,1% -47,3%) des notifications de tuberculose en avril 2020 (Figure 1). Cependant, les notifications de TB ultérieures ont augmenté à un taux de 4,40% (IC à 95% 0,59% –8,36%) par mois. L'effet du déclin initial au début de la pandémie de COVID-19 était que les CNR annualisés de la tuberculose de Blantyre observés avant le COVID-19, en mars 2020, étaient de 240 cas / 100000 personnes et les taux après la déclaration de catastrophe du COVID-19 étaient de 152 cas. / 100 000 personnes en avril 2020. En comparaison, le CNR d'avril prévu dans le scénario contrefactuel sans COVID-19 était de 230 cas / 100 000 personnes-années. Cependant, en novembre 2020, les CNR de TB de Blantyre observés étaient de 205 cas / 100000 personnes-années et les taux de décembre 2020 étaient de 156 cas / 100000 personnes-années, contre un CNR prévu de 213 cas / 100000 personnes-années en novembre et 211 cas / 100 000 années-personnes en décembre dans le scénario contrefactuel.
Entre avril et décembre 2020, 1 075 cas de tuberculose au total ont été notifiés à Blantyre, ce qui équivaut à 196 cas / 100 000 personnes-années (tableau 1). Dans la situation contrefactuelle d'absence d'épidémie de COVID-19, on s'attendrait à ce que 1 408 cas de tuberculose (IC à 95% 1 366-1 451) aient été notifiés, ce qui équivaut à un taux annualisé de notification de cas de 221 cas / 100 000 personnes-années. Par conséquent, nous estimons que l'épidémie de COVID-19 a conduit directement et indirectement à 333 (IC à 95% 291–376) moins de notifications de TB, soit une réduction de 23,7% (IC à 95% 21,4% –26,0%) des notifications de TB.
Figure 2
Figure 2. Effets de la maladie à coronavirus (COVID-19) sur les notifications mensuelles de cas de tuberculose à Blantyre, Malawi, par statut VIH, site d'enregistrement et sexe. A) Notifications de tuberculose dans les centres de soins de santé primaires. B) Notifications TB..
Comme objectif secondaire, nous avons modélisé les groupes de population les plus touchés par l'interruption des services antituberculeux (Figure 2). Ce modèle intégrait le sexe, le statut sérologique VIH et l'établissement de santé (QECH vs cliniques de soins primaires) et estimait que 352 (IC à 95% 319-385) cas de tuberculose ont été manqués d'avril à décembre 2020. Les hommes et les garçons représentaient un nombre légèrement plus élevé des diagnostics de tuberculose manqués avec 183 (IC à 95% 158–209) cas manqués par rapport à 170 (IC à 95% 151–188) cas manqués chez les femmes et les filles. Cependant, les femmes et les filles ont connu une baisse proportionnelle plus importante, 30,7% (IC à 95% 28,4% –33,0%) que les hommes et les garçons, 20,9% (IC à 95% 18,5% –23,3%). Les notifications dans les centres de soins de santé primaires ont également été réduites de manière disproportionnée par rapport aux notifications dans les hôpitaux, tout comme les notifications pour les personnes séronégatives par rapport à celles vivant avec le VIH (tableau 2). Les intervalles de confiance non chevauchants pour ces groupes ont indiqué des différences statistiquement significatives dans les effets du COVID-19 selon le sexe, le statut VIH et le milieu de soins.
La baisse des notifications de tuberculose entre avril et décembre 2020 a été supérieure à celle de toute autre période de 9 mois observée, et la somme des résidus au cours de cette période était plus négative que prévu par hasard (p = 0,004). La somme des résidus dans les autres périodes de 9 mois était significativement plus négative que prévu à partir du rééchantillonnage aléatoire (p
