Le réseau HEROES-RECOVER comprend des cohortes prospectives issues de deux études : HEROES (l'étude de surveillance des soins de santé, des interventions d'urgence et des autres travailleurs essentiels en Arizona) et RECOVER (Research on the Epidemiology of SARS-CoV-2 in Essential Response Personnel). Le réseau a été lancé en juillet 2020 et dispose d'un protocole partagé, décrit précédemment et décrit dans la section Méthodes de l'annexe supplémentaire (disponible avec le texte intégral de cet article sur NEJM.org). Les participants étaient inscrits dans six États américains : Arizona (Phoenix, Tucson et autres régions), Floride (Miami), Minnesota (Duluth), Oregon (Portland), Texas (Temple) et Utah (Salt Lake City). Afin de minimiser les biais de sélection potentiels, le recrutement des participants a été stratifié selon le site, le sexe, le groupe d'âge et la profession. Les données pour cette analyse ont été recueillies du 14 décembre 2020 au 10 avril 2021. Tous les participants ont fourni un consentement éclairé écrit. Les protocoles individuels de l'étude RECOVER et de l'étude HEROES ont été examinés et approuvés par les comités d'examen institutionnels des sites participants ou dans le cadre d'un accord de confiance.
Mesures des résultats déclarées par les participants
Les caractéristiques sociodémographiques et de santé ont été rapportées par les participants dans les sondages électroniques remplis au moment de l'inscription. Chaque mois, les participants ont signalé leur exposition potentielle au SRAS-CoV-2 et leur utilisation de masques faciaux et d'autres équipements de protection individuelle (EPI) recommandés par l'employeur selon quatre mesures : heures de contact étroit avec (à moins de 3 pieds [1 m] des) autres personnes au travail (collègues, clients, patients ou public) au cours des 7 jours précédents ; le pourcentage de temps d'utilisation d'EPI pendant ces heures de contact étroit au travail ; heures de contact étroit avec une personne suspectée ou confirmée d'avoir Covid-19 au travail, à la maison ou dans la communauté au cours des 7 jours précédents ; et le pourcentage de temps d'utilisation d'EPI pendant ces heures de contact étroit avec le virus.
Une surveillance active des symptômes associés à Covid-19 - définis comme de la fièvre, des frissons, de la toux, un essoufflement, un mal de gorge, de la diarrhée, des douleurs musculaires ou un changement d'odeur ou de goût - a été menée par le biais de SMS hebdomadaires, d'e-mails et de rapports obtenus directement du participant ou des dossiers médicaux. Lorsqu'une maladie de type Covid-19 a été identifiée, les participants ont rempli des sondages électroniques au début et à la fin de la maladie pour indiquer la date d'apparition des symptômes, les symptômes, les températures, le nombre de jours passés malades au lit pendant au moins la moitié de la journée, la réception des soins médicaux et le dernier jour des symptômes. Les symptômes fébriles associés au Covid-19 ont été définis comme de la fièvre, de la fièvre, des frissons ou une température mesurée supérieure à 38°C.
Méthodes de laboratoire
Les participants ont fourni un écouvillon nasal moyen du cornet chaque semaine, qu'ils présentent ou non des symptômes associés à Covid-19, et ont fourni un écouvillon nasal supplémentaire et un échantillon de salive au début d'une maladie de type Covid-19. Les fournitures et les instructions pour les participants ont été standardisées sur tous les sites. Les échantillons ont été expédiés en semaine sur des compresses froides et ont été testés au moyen d'un test qualitatif de transcriptase inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) au Marshfield Clinic Research Institute (Marshfield, WI). Des dosages RT-PCR quantitatifs ont été effectués au Wisconsin State Laboratory of Hygiene (Madison, WI). Le séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 a été effectué aux Centers for Disease Control and Prevention, conformément aux protocoles publiés précédemment,4 pour les virus détectés chez 22 participants qui ont été infectés au moins 7 jours après la dose de vaccin 1 (jusqu'au 3 mars, 2021), ainsi que pour les virus détectés chez 3 ou 4 participants non vaccinés appariés à chacun de ces 22 participants en termes de site et de date de test, selon les disponibilités (71 participants appariés au total). Les lignées virales ont été classées en variantes préoccupantes, variantes d'intérêt ou autres. Nous avons comparé le pourcentage de variantes préoccupantes (à l'exclusion des variantes d'intérêt) chez les participants qui étaient au moins partiellement vaccinés (≥ 14 jours après la dose 1) avec le pourcentage de participants qui n'étaient pas vaccinés.
Statut de vaccination
Le statut de vaccination contre le Covid-19 a été signalé par les participants lors d'enquêtes électroniques et téléphoniques et par téléchargement direct d'images de cartes de vaccination. De plus, les données des dossiers médicaux électroniques, des dossiers de santé au travail ou des registres de vaccination des États ont été examinées sur les sites du Minnesota, de l'Oregon, du Texas et de l'Utah. Au moment du prélèvement de l'échantillon, les participants étaient considérés comme complètement vaccinés (≥ 14 jours après la dose 2), partiellement vaccinés (≥ 14 jours après la dose 1 et < 14 jours après la dose 2), ou non vaccinés ou avec un statut vaccinal indéterminé ( < 14 jours après la dose 1).
Analyses statistiques
Le critère de jugement principal était le délai d'infection par le SRAS-CoV-2 confirmé par RT-PCR chez les participants vaccinés par rapport aux participants non vaccinés. Les résultats secondaires comprenaient la charge d'ARN viral, la fréquence des symptômes fébriles et la durée de la maladie chez les participants infectés par le SRAS-CoV-2.
Tableau 1. Tableau 1. Caractéristiques des participants selon les résultats du test SARS-CoV-2 et le statut vaccinal. L'efficacité des vaccins à ARNm a été estimée pour la vaccination complète et la vaccination partielle. Les participants au statut vaccinal indéterminé ont été exclus de l'analyse. Les rapports de risque d'infection par le SRAS-CoV-2 chez les participants vaccinés par rapport aux participants non vaccinés ont été estimés avec l'extension Andersen-Gill du modèle de risques proportionnels de Cox, qui tenait compte du statut vaccinal variant dans le temps. L'efficacité du vaccin non ajustée a été calculée à l'aide de la formule suivante : 100 % × (1 rapport de risque). Un modèle ajusté d'efficacité du vaccin a pris en compte la confusion potentielle du statut vaccinal avec l'utilisation d'une approche de pondération par probabilité inverse de traitement.5 Des arbres de régression généralisés renforcés ont été utilisés pour estimer les propensions individuelles à être au moins partiellement vaccinés au cours de chaque semaine d'étude, sur la base de les caractéristiques sociodémographiques et de santé de base et les rapports les plus récents sur l'exposition potentielle au virus et l'utilisation d'EPI (tableau 1 et tableau S2 dans l'annexe supplémentaire)6. Les propensions prévues ont ensuite été utilisées pour calculer les poids stabilisés. Les modèles de risques proportionnels de Cox ont incorporé ces poids stabilisés, ainsi que des covariables pour le site, l'occupation et un indicateur quotidien de la circulation virale locale, qui était le pourcentage de positifs de tous les tests SARS-CoV-2 effectués dans le comté local (Fig. S1). Une analyse de sensibilité a supprimé les jours-personnes lorsque les participants avaient une classification erronée possible du statut vaccinal ou de l'infection ou lorsque la circulation virale locale tombait en dessous de 3 %.
Parce qu'il y avait un nombre relativement faible d'infections révolutionnaires, pour l'évaluation des effets d'atténuation possibles de la vaccination, les participants atteints d'une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par RT-PCR qui étaient partiellement vaccinés et ceux qui étaient complètement vaccinés ont été combinés en un seul vacciné. groupe, et les résultats de ce groupe ont été comparés aux résultats des participants infectés par le SRAS-CoV-2 qui n'étaient pas vaccinés. Les moyennes de la charge d'ARN viral la plus élevée mesurée pendant l'infection ont été comparées à l'utilisation d'un modèle de Poisson ajusté pour les jours entre l'apparition des symptômes et le prélèvement de l'échantillon et pour les jours avec l'échantillon en transit vers le laboratoire. Les résultats dichotomiques ont été comparés à l'utilisation d'une régression log-logistique binaire pour le calcul des risques relatifs. Les moyennes pour la durée de la maladie ont été comparées à l'utilisation du test t de Student sous l'hypothèse de variances inégales. Toutes les analyses ont été réalisées avec le logiciel SAS, version 9.4 (SAS Institute) et le logiciel R, version 4.0.2 (R Foundation for Statistical Computing).
