Le voyage pour cette histoire a été soutenu par le Pulitzer Center.
Les rapports COVID-19 de Science sont soutenus par la Fondation Heising-Simons.
Une équipe de chercheurs de l'État rural du Maharashtra visite des maisons pour suivre la propagation du COVID-19 en Inde.
PHOTO : RAJA SENGUPTADans un petit hôpital rural à environ 1 heure de route au nord-est de Pune, en Inde, début avril, les travailleurs ont chargé un SUV avec des glacières, des seringues, des flacons, des thermomètres et des tablettes électroniques. Ils ont conduit 20 minutes jusqu'au village de Karandi, ralentissant pour passer des caravanes de coupeurs de canne à sucre migrants dans des charrettes à bœufs. Ils ont passé plus d'une heure à prélever des échantillons de sang dans un groupe de maisons partagées par trois générations d'une même famille. Plus tard, l'équipe fouillerait le sang à la recherche d'anticorps indiquant des affrontements passés avec le COVID-19.
Girish Dayma, qui aide à superviser ce programme de recherche géré par un satellite de l'hôpital King Edward Memorial (KEM) à Pune, affirme que les enquêtes de l'équipe montrent que jusqu'à 40% de ces villageois ont des anticorps contre le SRAS-CoV-2. «On pensait que la zone rurale n'était pas très touchée», dit Dayma. «Les données sont très importantes pour convaincre les décideurs que nous avons besoin d'interventions dans les zones rurales.»
Des études comme celles de KEM sont également cruciales pour déterminer si, comme le pensent certains chercheurs, le nombre horrible de morts en Inde est en réalité inférieur aux prévisions du taux d'infections. Les bonnes données sont rares. La semaine dernière, des centaines de chercheurs indiens ont appelé le gouvernement à divulguer ce qu'il avait et à en collecter davantage. "[O]Notre incapacité à gérer de manière adéquate la propagation des infections résulte, dans une large mesure, du fait que les données épidémiologiques ne sont pas systématiquement collectées et diffusées en temps opportun », ont-ils écrit.
La flambée actuelle des cas de COVID-19 a humilié ceux qui pensaient que le pays avait vaincu la maladie. Début février, avec des cas tombant en dessous de 10 000 par jour, les restrictions ont été abandonnées, les dirigeants politiques ont organisé des rassemblements massifs et les masques sont devenus rares dans de nombreux endroits surpeuplés. Mais la vague dévastatrice qui a commencé à la fin du mois de mars a démenti l'idée que l'Inde pourrait se rapprocher de l'immunité collective; 10 000 cas ont frappé Pune seule le jour où l'équipe du KEM s'est rendue à Karandi. Quelques semaines plus tard, l'Inde a dépassé les 400 000 cas en une seule journée.
Le débat a tourné autour de la question de savoir si de nouvelles variantes ou une immunité en déclin sont à l'œuvre, combien de personnes ont été infectées et - le plus controversé - combien sont décédées. Les chiffres officiels suggèrent que, par rapport à d'autres pays, l'Inde a enregistré relativement peu de décès compte tenu de son décompte des cas de COVID-19. «Nous essayons de trouver des explications au faible nombre de décès en Inde depuis l'année dernière», déclare un signataire de l'appel, le microbiologiste Gagandeep Kang du Christian Medical College de Vellore.
«Le« paradoxe indien »est vraiment assez déroutant», déclare Prabhat Jha, épidémiologiste à l’Université de Toronto. Les explications comprennent des sous-estimations des décès, des effets démographiques et des facteurs environnementaux tels que l'abondance de vitamine D du climat indien. Mais maintenant, alors que les hôpitaux ont du mal à trouver suffisamment d'oxygène pour leurs patients COVID-19, les crématoires débordés et les médias faisant état d'un sous-dénombrement intentionnel des décès pour rendre le déluge actuel moins désastreux, le paradoxe apparent est peut-être en train de disparaître.
Dans la première vague de l'Inde, qui s'est déroulée de juin à novembre 2020, les cas n'ont jamais dépassé 100000 par jour. Les hôpitaux ont eu des difficultés - l'unité de soins intensifs du KEM à Pune pendant un certain temps comptait sur des imperméables au lieu de blouses appropriées - mais peu ont atteint leur capacité avec des patients gravement malades.
Même alors, il était difficile de déterminer l'ampleur des infections et des décès. «Nous comptons sur la notification des cas positifs, ce qui laisse évidemment de grandes lacunes car un grand pourcentage de personnes sont asymptomatiques et beaucoup de gens n'ont pas accès aux tests», explique Soumya Swaminathan, scientifique en chef à l'Organisation mondiale de la santé et un originaire d'Inde. Pour la mortalité, elle note que seulement 20% des certificats de décès énumèrent une cause.
La notion de paradoxe indien est apparue dès avril 2020 et reste largement spéculative malgré les fréquentes références du ministre de la Santé. Une étude convaincante a porté sur 450000 personnes qui ont demandé des tests COVID-19 entre juin et fin 2020 dans 12 des villes indiennes les plus peuplées, notamment New Delhi, Mumbai, Pune, Kolkata et Chennai. Dirigé par Jha, il a constaté que la séropositivité au fil du temps est passée d'environ 17,8% à 41,4%, ce qui implique une énorme augmentation des cas. Pourtant, même après avoir pris en compte 30% de sous-déclaration des décès dus au COVID-19 - la moyenne mondiale - l'équipe a calculé environ 41 décès dus au COVID-19 pour 100 000 habitants, ont-ils rapporté en mars sur medRxiv. Ce taux de mortalité est inférieur à la moitié du chiffre américain correspondant.
Cependant, d'autres études suggèrent que les données démographiques de l'épidémie pourraient expliquer l'anomalie. Une étude approfondie a examiné les cas et les décès de COVID-19 signalés au printemps et à l'été derniers dans deux États du sud de l'Inde, l'Andhra Pradesh et le Tamil Nadu, qui abritent environ 10% de la population du pays. Les chercheurs ont signalé que les adultes plus âgés - le groupe le plus à risque de mourir - représentaient relativement peu d'infections en Inde (Science, 6 novembre 2020, p. 691). Seulement 17,9% des décès dans l'étude concernaient des personnes âgées de 75 ans ou plus, contre 58,1% dans cette tranche d'âge aux États-Unis.
L'une des raisons est que la population indienne est jeune. En 2011, l'année de recensement la plus récente, 45% de la population était âgée de 19 ans ou moins, et seulement 4,8% avait 65 ans ou plus. Et les taux d'infection chez les personnes âgées étaient inhabituellement bas, peut-être parce que ceux qui survivent jusqu'à la vieillesse en Inde sont souvent plus riches et mieux à même de se distancer socialement, affirment les chercheurs.
Les résultats ne signifient pas que le COVID-19 est moins mortel en Inde, note le premier auteur de l'article, Ramanan Laxminarayan, économiste et épidémiologiste qui a fondé le Center for Disease Dynamics, Economics & Policy à Washington, DC et à New Delhi. Sans surprise, l'augmentation de l'âge s'est accompagnée d'une augmentation constante du taux de mortalité lié au COVID-19, atteignant 16,6% chez les 85 ans et plus. «Si vous avez 65% de votre population dans un groupe d'âge où les taux de mortalité sont extrêmement bas, alors évidemment, vous allez voir un taux global de létalité extrêmement faible», dit-il. Il qualifie les affirmations d'un paradoxe indien de «non-sens».
D'autres facteurs contribuent également à expliquer les taux de mortalité apparemment bas de l'Inde, dit Laxminarayan. Au cours de la première vague, les infections se sont propagées de manière disproportionnée parmi les pauvres des villes, dont beaucoup ont dû se présenter au travail même pendant les périodes de confinement, dit-il. Comparés aux citadins plus riches et à ceux des villages ruraux, les citadins pauvres sont plus jeunes et souffrent moins d'obésité - caractéristiques liées à une probabilité plus faible de COVID-19 grave.
Les États où l'équipe a travaillé ont des chiffres fiables sur les décès car ils ont commencé tôt la surveillance de la maladie, écrivent les chercheurs. Mais ailleurs dans le pays, Laxminarayan soupçonne que beaucoup plus de personnes sont décédées que rapporté, notant que les cas ont été largement sous-estimés. Une étude du Conseil indien de la recherche médicale a trouvé des anticorps chez 7,1% de près de 29 000 personnes dans 21 des 36 États et territoires de l'union de l'Inde. Publiés le 27 janvier dans The Lancet Global Health, les résultats impliquent que lorsque l'étude a fini de collecter des données à la mi-août 2020, l'Inde comptait près de 75 millions de cas - environ 30 fois plus que le nombre de cas à l'époque. «De ce fait, est-il vraiment déraisonnable de penser que les décès sont sous-déclarés par un facteur de quatre ou cinq?» Demande Laxminarayan.
CRÉDITS : (GRAPHIQUE) K. FRANKLIN / SCIENCE; (DONNÉES) NOTRE MONDE DANS LE RÉPERTOIRE DE DONNÉES COVID-19 VIA JOHNS HOPKINS CENTER FOR SYSTEMS SCIENCE AND ENGINEERING; CENTRE DE RESSOURCES JOHNS HOPKINS CORONAVIRUS
Pourtant, ceux qui pensent que le taux de mortalité en Inde est anormalement bas mettent en évidence plusieurs facteurs. L'un, dit Jha, est la structure du ménage. Comme pour la famille à Karandi, trois générations dans une maison sont une norme dans de nombreux endroits. La population âgée relativement petite de l'Inde signifie que les jeunes sont les plus susceptibles d'introduire le COVID-19 dans un ménage, et ils ont tendance à avoir des niveaux de virus plus faibles et des infections plus asymptomatiques. Jha note que les rapports suggèrent qu'entre 70% et 90% des personnes infectées en Inde ne développent pas de symptômes. En conséquence, les personnes âgées ont tendance à être exposées à des doses plus faibles de virus, que leur système immunitaire est plus susceptible de contrôler.
Certains scientifiques ont suggéré que la génétique pourrait également jouer un rôle. Anurag Agrawal, qui dirige l'Institut de génomique et de biologie intégrative du Conseil de la recherche scientifique et industrielle, le principal contributeur d'un consortium qui séquence le SRAS-CoV-2 en Inde, a déclaré que les facteurs génétiques et environnementaux pourraient être liés. Les Indiens qui vivent aux États-Unis ou au Royaume-Uni, dit-il, souffrent tout autant du COVID-19 sévère que les autres personnes là-bas. Son équipe a sa propre théorie «très controversée», qu'elle n'a pas encore publiée car l'auteur principal est tombé malade du COVID-19. Certaines études très controversées ont trouvé des taux plus faibles d'hospitalisation au COVID-19 chez les fumeurs, note Agrawal. Il souligne que les taux de mortalité élevés liés au COVID-19 ont tendance à se produire dans les pays où la qualité de l'air est la meilleure. Son équipe soutient que les fumeurs et les nombreux Indiens qui vivent avec une mauvaise pollution de l'air pourraient surexprimer une variante d'une enzyme, CY1P1A1, qui «détoxifie» les poumons et détruit le virus grâce à un phénomène décrit précédemment, le «métabolisme xénobiotique».
Jha et d'autres sont sceptiques. «Il y a très peu d'association avec les particules et les cas d'infection par le COVID ou les décès dans notre analyse», dit-il.
Le modèle de mortalité peut changer pendant la montée subite actuelle. Cette fois, le virus semble être à l'origine de maladies graves chez les jeunes plus fréquemment et chez les populations plus riches.
Et Swaminathan note que contrairement à la première vague de l'Inde, lorsque les hôpitaux ne se remplissaient jamais à pleine capacité, «les gens meurent inutilement parce que les systèmes de santé ne peuvent pas faire face.» Mais Jha dit que ces tendances ne dissipent pas le paradoxe. Des données récentes du Maharashtra suggèrent que les taux de mortalité des cas confirmés n'ont pas beaucoup changé - les décès ont grimpé de façon catastrophique, tout comme les cas en général.
Seules des données plus nombreuses et de meilleure qualité permettront de déterminer si l’Inde bénéficie d’un paradoxe et, dans l’affirmative, s’il le tiendra. Agrawal, qui est à New Delhi, dit que l'Inde est en mode attentiste. «C'est juste fou ici ces jours-ci», dit-il. Si des tendances d'autres pays se manifestent en Inde, il prédit que la vague commencera à s'éteindre à la mi-mai. «Jusque-là, nous devons tenir bon.»
