Alors que l'Inde sombrait dans une tragédie du COVID-19 qui éclipsait tout ce que le pays avait connu dans la pandémie jusqu'à présent, avec des hôpitaux inondés, des réserves d'oxygène manquantes et des vaccins auraient été volés dans des entrepôts, des politiciens américains à des milliers de kilomètres réclamaient de mettre fin aux restrictions de la pandémie.
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et nous devons simplement aller de l'avant. Les mandats gouvernementaux sans fin ne sont pas la réponse."
De nombreux Américains sont impatients d'inviter des amis pour un barbecue, de se mettre dans un bar bondé, d'assister à des concerts et de dîner dans des restaurants populaires. Le Texas et la Floride ont ouvert des plages et des bars début mai. Le maire de New York, un an après son épidémie catastrophique, a annoncé que la levée des restrictions sur les entreprises commencerait le 1er juillet, seulement pour être augmentée par les gouverneurs de New York, du New Jersey et du Connecticut, qui ont repoussé la date. au 19 mai. Comme les vaccinations réduisent la capacité du virus à se propager, on s'attend à ce que les nouveaux cas commencent à baisser de façon exponentielle. L'été de l'amour est proche.
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Mais la pandémie n'est pas terminée. Aux États-Unis, la nation est toujours divisée dans sa volonté d'accepter les vaccins ou de prendre des précautions contre l'infection. Les taux de vaccination ont atteint un sommet et l'immunité des troupeaux semble maintenant improbable avant l'hiver prochain, garantissant presque que des poches de personnes resteront vulnérables au coronavirus à l'automne, alors que le froid se rapproche. Il en sera de même pour des millions de personnes dans le monde, qui sont toujours vulnérables. à l'infection et ont peu de chances de se faire vacciner de sitôt.
Le coronavirus continuera à circuler largement pendant des mois, ce qui lui donnera de nombreuses opportunités de muter en de nouvelles formes gênantes qui réduisent l'efficacité des vaccins. La perspective que de nouvelles variantes dangereuses déclencheront de nouvelles épidémies - avec les verrouillages, les restrictions de voyage et les appels à la distanciation sociale et au port de masque qui l'accompagnent - est un nuage sombre sur les espoirs d'un retour à la normale prépandémique en 2021 et 2022.
Si la première phase de la pandémie a été caractérisée par le danger clair et actuel d'un virus pandémique pour plus de 7 milliards de personnes dont le système immunitaire n'était absolument pas préparé au nouveau pathogène, la deuxième phase dans laquelle nous entrons maintenant est pleine d'ambiguïté, d'incertitude. et la division.
Les messages de santé publique aux États-Unis prêtent parfois à confusion. Les directives révisées des Centers for Disease Control pour le masquage et la distanciation sont accompagnées d'un tableau à code couleur. Les scientifiques et les responsables de la santé publique célèbrent les progrès considérables réalisés par les États-Unis dans leur bataille contre le COVID-19, mais insistent sur le fait que les États-Unis ne sont pas encore sortis du bois de la pandémie. «Nous ne sommes en aucun cas dans une phase post-pandémique que certaines sections d'Amérique souhaiteraient être», déclare John Moore, virologue au Cornell's Weill Medical College, faisant écho à un sentiment commun.
© Avec l'aimable autorisation de IHME
Ali Mokdad et sa collègue Catherine Wetmore. Gracieuseté de IHME
© Michael Pierce
Dr Bette Korber du Laboratoire national de Los Alamos. Michael Pierce
Le jeu des nombres
Lorsque le Dr Fauci a annoncé à la fin de 2020 que les vaccins seraient distribués au printemps, il était optimiste que les États-Unis parviendraient à l'immunité collective - un niveau de résistance immunitaire dans une population qui élimine ou réduit fortement la capacité du virus à se propager - à l’automne. «Si nous le faisons correctement, nous pourrions avoir de 70 à 85% de la population vaccinée. Lorsque cela se produira, il y aura un parapluie de protection sur tout le pays que le niveau de virus sera si bas que vous le serez. essentiellement ont pu établir l'immunité du troupeau », a déclaré Fauci à WebMD en décembre.
Il est maintenant clair que cela ne se produira probablement pas.
En février, l'épidémiologiste Ali Mokdad et ses collègues de l'Institute for Health Metrics and Evaluation, un groupe de recherche à but non lucratif de Seattle, passaient au crible les données que son groupe recueille dans le monde entier et utilise pour faire des simulations mathématiques de la façon dont les choses comme les saisons. le port de masques et les vaccinations affecteront le cours de la pandémie. «Nous regardions ces chiffres et nous disions:« Oh, non. Non »», se souvient-il.
Cette nuit-là, Mokdad ne pouvait pas dormir. Il a appelé sa mère au Liban, qui est en mauvaise santé et qu'il n'a pas vue depuis un an et demi; il a décidé ce soir-là d'acheter un billet et d'aller lui rendre visite, car il pense maintenant que c'est peut-être sa dernière chance de la voir pendant un moment. «Il y aura des verrouillages l'hiver prochain», dit-il. "Les voyages seront limités. Nous sommes en mauvaise posture."
Les calculs qui ont bouleversé Mokdad suggéraient que l'immunité des troupeaux n'était pas en vue aux États-Unis. «Nous n'allons pas atteindre l'immunité des troupeaux d'ici l'hiver», dit-il. "Le calcul ne s'additionne pas."
D'une part, les enfants de moins de 12 ans ne seront pas éligibles car les vaccins pour eux ne recevront pas d'autorisations d'utilisation d'urgence de la FDA à temps pour être administrés avant la fin de l'année. Et bien sûr, tous les adultes éligibles ne retrousseront pas leurs manches. Les enquêtes suggèrent que le nombre d'adultes qui prévoient de refuser un vaccin reste obstinément à environ 30 pour cent. Le modèle de l'IHME suppose que les enfants de 12 à 15 ans seront vaccinés à temps avec des taux de refus de 30%, mais pourraient être plus réticents au risque avec leurs enfants qu'eux-mêmes.
L'adoption du vaccin a déjà ralenti. La moyenne sur 7 jours a culminé le 11 avril à 3,3 millions de doses par jour et diminue rapidement, selon le CDC. Les enquêtes et les entretiens montrent diverses raisons: les gens sont occupés, manquent de sentiment d'urgence à propos du COVID-19, ont des préoccupations en matière de sécurité concernant les vaccins, se méfient des responsables de la santé, souscrivent à des théories du complot qui exagèrent les risques des vaccins et minimisent les risques de COVID- 19, pour n'en nommer que quelques-uns. IHME s'attend à ce que 200 à 225 millions d'Américains soient vaccinés d'ici l'automne.
Le fait de ne pas bénéficier de l'immunité du troupeau ne posera probablement pas de problème cet été, lorsque les gens se déplacent naturellement à l'extérieur, où les brises ont tendance à éloigner le coronavirus aéroporté de manière inoffensive; de nouveaux cas continueront probablement de baisser, et une nation de citoyens cloîtrés se familiarisera avec les joies de la socialisation sans masques ni distance sociale.
L'inquiétude est ce qui se passe lorsque le temps frais pousse tout le monde dans des pièces surpeuplées, où les particules virales ont tendance à s'accumuler comme la fumée de cigarette, augmentant ainsi l'exposition au virus. C'est pourquoi, pour maintenir la quantité de virus en circulation à de faibles niveaux, les niveaux de vaccination doivent être plus élevés en hiver qu'en été - 85 pour cent seraient à peu près correct, dit Mokdad.
«Ce que beaucoup de gens ne comprennent pas, c'est que l'immunité du troupeau requise pour contenir un virus comme le COVID-19 est beaucoup plus faible en été», dit-il. «Cela nécessite une couverture vaccinale plus élevée en hiver, simplement parce que le virus circule [at] bien plus haut [levels]. C'est le plus gros problème auquel nous serons confrontés. "
L'hiver venu, des poches de personnes hésitantes à la vaccination aux États-Unis n'auront toujours aucune protection immunitaire contre le SRAS-CoV-2 (également appelé SRAS2), le virus qui cause le COVID-19. Ils pourraient involontairement servir de fête de bienvenue pour les variantes qui proviennent des États-Unis ou de l'étranger, y compris celles qui peuvent échapper à la protection que plus de 100 millions d'Américains ont déjà acquise grâce à la vaccination. Alors que les programmes de vaccination ne font que commencer dans de nombreux pays, les variantes poseront probablement des problèmes pendant de nombreux mois, voire des années.
Garder une longueur d'avance sur l'évolution
Attribuer l'incertitude sur l'année ou les deux prochaines de la pandémie à telle ou telle variante, c'est passer à côté de la nature complexe et dynamique de notre bataille contre le virus. Les variantes ne sont qu'un instantané d'une histoire continue de SRAS2 s'adaptant à des circonstances changeantes.
Lorsque la pandémie a éclaté il y a plus d'un an, les scientifiques ont commencé à suivre l'évolution du virus. Ils ont prélevé des échantillons de virus, séquencé leurs codes génétiques et les ont partagés entre eux dans des bases de données. Le plus important, appelé GISAID, contient les séquences génomiques de plus de 1,4 million de virus SARS2 échantillonnés dans 172 pays. La question importante est de savoir lesquels devrions-nous nous inquiéter?
La réponse à cette question incombe en partie à Bette Korber, biologiste informatique au Los Alamos National Laboratories au Nouveau-Mexique. Avant la pandémie, elle a travaillé pendant des décennies sur le sida, la maladie causée par le VIH, un virus qui mute beaucoup plus facilement que le SRAS2; un résultat de ces efforts est un vaccin contre le SIDA actuellement en essais cliniques. Lorsque la pandémie a frappé, Korber a suspendu ses projets de retraite et travaille maintenant de longues journées à passer au crible l'afflux de génomes du SRAS2.
Les responsables de la santé publique ont rassuré le public dès les premiers jours de la pandémie que le SRAS ne mute pas rapidement, ce qui est techniquement vrai. Le virus a un mécanisme génétique qui "lit la preuve" des copies de lui-même faites pendant la réplication, ce qui réduit considérablement la vitesse à laquelle il muterait autrement. Mais le SRAS2, comme le VIH et la grippe, est un virus à ARN, ce qui signifie qu'il n'est pas en reste dans le département du changement. SARS2 a compensé sa lenteur à muter avec un volume considérable : les plus de 100 millions de personnes infectées lui donnent une grande piste évolutive pour évoluer vers de nouvelles formes.
À partir de mars 2020, Korber a commencé à créer des outils pour suivre l'évolution du virus à mesure qu'il se propage, permettant aux scientifiques de construire un gigantesque arbre généalogique de la progéniture virale et d'identifier les variantes qui prospèrent. L'étape suivante consiste à découvrir les caractéristiques qu'ils possèdent qui les font gagner contre d'autres variantes dans la bataille quotidienne pour la survie.
L'effort a porté ses fruits tôt. Au printemps 2020, elle et ses collègues ont utilisé ces outils pour identifier une «variante préoccupante» connue sous le nom de D614G, surnommée «Doug», dont la fréquence relative augmentait par rapport à la forme ancestrale d'origine apparue pour la première fois à Wuhan. Trois mois plus tard, elle était devenue la variété dominante au monde. Des études en laboratoire ont révélé des mutations qui l'ont rendu plus infectieux.
En novembre 2020, le rôle des variantes dans la pandémie était de plus en plus apprécié des responsables de la santé publique et du public. «Plus vous regardez, plus vous en trouvez et plus vous vous rendez compte des implications», dit Moore de Cornell.
Maintenant qu'un an s'est écoulé depuis que Doug a été identifié pour la première fois, un nombre croissant de personnes, soit par la vaccination, soit par une infection antérieure, peuvent maintenant invoquer des réponses immunitaires efficaces contre cette variante. Il en va de même pour d'autres variantes, telles que la B117, la soi-disant variante britannique, qui a récemment puni le Michigan, est devenue la souche dominante aux États-Unis et ailleurs et joue également un rôle important dans l'épidémie en Inde.
La montée de la résistance immunitaire dans la population est un obstacle au coronavirus, mais c'est aussi un défi que de nouvelles variantes pourraient potentiellement surmonter. Une variante capable d'infecter les personnes vaccinées aura un gros avantage évolutif sur ses rivaux. La variante sud-africaine, B1351, et la variante brésilienne, P1, ont une certaine capacité à échapper à la protection immunitaire des vaccins actuels; Le B1351, par exemple, est connu pour souffler au-delà des défenses d'AstraZeneca. Alors que le coronavirus se heurte à des populations de personnes pleinement vaxxées, il continuera à chercher un moyen d'entrer.
Des variantes résistantes aux vaccins ont déjà pris pied aux États-Unis. Les souches du virus trouvées en Californie et en Oregon présentent certaines des mêmes mutations que P1. Des variantes dans le sud-est des États-Unis ont des mutations également trouvées dans B1351. Au fur et à mesure que de plus en plus de personnes sont vaccinées efficacement contre B117 et d'autres, les souches qui peuvent résister aux vaccins gagneront un avantage évolutif relatif et pourraient devenir prédominantes. De nouvelles variantes continueront également d'émerger.
«Nous, êtres humains, devons être assez intelligents pour rester en avance sur cette adaptation», déclare Korber. «Jusqu'à présent, nous avons ces vaccins incroyables qui sont efficaces alors même que le virus commence à explorer certaines mutations immunologiquement résistantes. Cela doit être résolu en laboratoire. Il faut le comprendre. Au cours des deux prochaines années, nous allons Nous devons essayer des vaccins qui traitent les variantes et peut-être des rappels, et nous devons faire évoluer notre réponse. "
Il est peu probable qu'une future variante du SRAS2 atteigne le jackpot génétique et ramène le temps à janvier 2020, lorsque les 7 milliards de personnes dans le monde étaient immunologiquement naïves au coronavirus; les chances sont, les vaccins fourniraient une certaine protection contre même une variante sérieusement difficile. Bette Korber et d'autres regarderont, juste au cas où l'improbable se produirait.
Le scénario le plus probable est que les variantes font brûler les braises de la pandémie plus longtemps que quiconque ne le souhaiterait. Le cas récent du Chili offre un cas qui donne à réfléchir. Malgré un effort de vaccination vigoureux qui a atteint plus de 40 pour cent de la population, le Chili a connu sa pire épidémie à ce jour. On pense que la crise est en partie due à la complaisance des personnes qui ne sont que partiellement vaccinées, qui se relâchent sur des précautions telles que la distanciation sociale et le port de masque. Mais la présence du variant P1, qui a une certaine capacité à échapper aux vaccins, peut également jouer un rôle. La situation au Chili est un avertissement: une population partiellement vaccinée est moins sûre contre des variantes potentiellement dangereuses.
Pire cas
La suppression de la quantité de virus en circulation générale est le meilleur moyen de se protéger contre les variantes - elle facilite l'identification et la maîtrise rapides des épidémies, et réduit les possibilités de mutation du virus. Une variante peut encore entrer dans le pays depuis l'étranger, mais elle donne aux autorités de santé publique une meilleure chance de réagir.
Moore pose la question de cette façon : «Si une fraction significative de l'Amérique refuse simplement d'être vaccinée parce qu'elle a bu le Kool-Aid et a obtenu ses informations de QAnon et de politiciens républicains fous, alors cela compromet la capacité de la nation entière à revenir à la normale.. "
En fin de compte, cependant, la sécurité des États-Unis est liée au statut de la population mondiale. Plus le coronavirus infecte de personnes, plus il a d'espace pour muter en de nouvelles formes dangereuses. «Plus nous pouvons limiter la propagation du virus, moins il a d'espace évolutif», déclare Korber. "Ainsi, la vaccination et le maintien d'un bon comportement avec des masques et une distanciation sociale sont la façon dont nous pouvons limiter le terrain de jeu pour le virus en termes de son potentiel évolutif."
Il est dans l'intérêt des États-Unis et de toutes les nations de faire vacciner le reste du monde aussi rapidement et complètement que possible. Ces efforts sont cependant en retard. COVAX, l'organisation internationale qui vise à vacciner 20 pour cent des pays les plus pauvres d'ici la fin de l'année, a connu des revers dans la fabrication et la distribution liés à l'épidémie en Inde.
Les problèmes de COVAX ont cependant commencé plus tôt. Lorsque les pays riches ont conclu des accords avec les fabricants de vaccins l'année dernière, COVAX était toujours en train d'organiser le financement. Si l'organisation avait obtenu plus de soutien à l'avance, elle aurait économisé un temps précieux. «J'espère que lorsque nous en sortirons, nous garderons à l'esprit qu'avec le réchauffement climatique, la désertification, l'urbanisation intense et la croissance démographique, nous sommes certains d'avoir plus d'épidémies», déclare le Dr Seth Berkley, PDG de Gavi, une organisation qui fait vaccins disponibles pour les pays en développement, et un chef de file de COVAX. "Et si nous savons que c'est vrai, alors préparons-nous."
Une autre mesure importante consisterait à établir des mécanismes formels pour surveiller les nouveaux virus et variantes et soutenir les virologues qui suivent les virus. Les 1,7 milliard de dollars que l'administration Biden a mis de côté pour trouver et suivre des variantes aux États-Unis aideront, mais contenir le virus et se préparer à de futures épidémies nécessitera un vaste effort international.
L'épidémie en Inde, pour ne prendre qu'un exemple parmi tant d'autres, n'est qu'à 15 heures d'avion de Washington, D.C.
