Au cours du siècle dernier, de nombreux virus notables ont émergé d'animaux pour provoquer des maladies généralisées et la mort chez les humains. La liste comprend les agents pathogènes à l'origine de la grippe pandémique, Ebola, Zika, la fièvre du Nil occidental, le SRAS et maintenant le COVID, provoqué par le virus SARS-CoV-2. Pour tous ces microbes, l'espèce animale qui a servi de source initiale de débordement était difficile à trouver. Et pour beaucoup, cette source n'a toujours pas été identifiée de manière concluante. Confirmer les circonstances et les principaux acteurs impliqués dans l'émergence précoce d'une maladie infectieuse est le Saint Graal de ce type d'enquête scientifique : difficile à suivre et encore plus difficile à prouver.

Dans des conditions idéales, les premiers cas humains impliqués dans un débordement de maladie zoonotique (lorsqu'un agent pathogène passe de l'animal à l'homme) sont signalés en lien avec des animaux présents au moment de l'événement. Cela se produit lorsque le groupe de cas est suffisamment important pour faire l'objet d'une enquête et d'un rapport. Mais ce n'est pas nécessairement la première fois qu'un débordement se produit. La plupart des retombées se limitent à des cas plus étroits d'animal à humain. Une fois que les agents pathogènes commencent à se propager par transmission interhumaine, les pistes remontant à la source animale initiale s'estompent et deviennent presque impossibles à suivre.

Trouver des origines animales concluantes du coronavirus prendra du temps

Ainsi, les sources animales de virus qui provoquent des pandémies restent souvent entourées de mystère. Pour certains virus, des sources animales ont été impliquées après des années ou des décennies d'enquêtes internationales à grande échelle. Pour d'autres virus, les sources animales sont fortement suspectées, mais suffisamment de preuves doivent encore être produites pour identifier une espèce ou une gamme exacte d'espèces. En règle générale, les sources de données sont tirées au fil du temps à travers une mine de publications évaluées par des pairs, chacune s'appuyant sur la recherche qui l'a précédée, en utilisant des méthodes plus précises pour rétrécir le champ des sources possibles. Le processus scientifique est naturellement autocorrecteur. Souvent, des hypothèses apparemment contradictoires peuvent initialement inonder le terrain, en particulier pour les épidémies à fort impact. Mais finalement, certains d'entre eux sont écartés et les pistes d'investigation sont restreintes.

Fréquemment, cette recherche d'investigation ne désigne qu'un groupe d'espèces suspectées, peut-être quelques genres les plus probables ou, plus souvent, un ordre taxonomique entier. C'est parce que le virus n'a pas été réellement trouvé dans la source animale suspectée dans de tels cas. Les preuves tournent plutôt autour de virus étroitement apparentés ou de leurs ancêtres communs les plus récents, sur la base d'une histoire évolutive déduite. Si un virus a été trouvé dans des échantillons d'animaux après que le même agent pathogène ait provoqué une transmission généralisée parmi les humains, il est possible que le virus se soit propagé des humains aux animaux. Cela arrive assez souvent avec des virus qui peuvent infecter une gamme d'espèces animales que la possibilité doit être présumée jusqu'à ce qu'elle soit exclue.

La meilleure façon d'exclure un tel débordement est d'examiner les archives des spécimens qui ont été collectés et stockés avant l'épidémie initiale. Pour que ces études rétrospectives fonctionnent bien, les spécimens doivent être le type d'échantillon idéal, et ils doivent provenir de la bonne espèce et être stockés de manière à permettre aux scientifiques de récupérer le virus d'intérêt.

La plupart des virus d'intérêt infectent généralement les hôtes animaux pendant seulement quelques jours. La détection des virus à l'origine de pandémies nécessite donc des tailles d'échantillons d'ordres de grandeur supérieurs à ce qui est nécessaire pour détecter des maladies endémiques ou des virus à longue durée de vie chez leur hôte. On peut avoir de la chance, mais la rigueur dans l'enquête scientifique exige de grandes tailles d'échantillons pour alimenter ces types d'analyses.

Les enquêtes sur une source animale qui suivent immédiatement un événement d'émergence virale présentent un défi supplémentaire. Parce qu'une épidémie chez les animaux aurait probablement précédé l'épidémie chez l'homme, les infections chez les animaux auraient déjà atteint un pic. Peu ou pas d'entre eux seraient encore infectés. Immédiatement après l'épidémie, la probabilité d'identifier l'infection chez les animaux vivants pourrait être particulièrement faible, nécessitant ainsi des échantillons encore plus grands. En Chine, il n'est pas surprenant que les scientifiques n'aient pas trouvé le SRAS-CoV-2 dans des sources animales potentielles immédiatement après l'épidémie humaine à Wuhan. Ce résultat n'indique pas non plus qu'il y a un problème avec la théorie des retombées sur la faune. C'est une recherche difficile qui prend du temps.

Des preuves immunologiques d'une infection antérieure peuvent être détectées chez un animal hôte possible sous la forme d'anticorps, mais de nouveaux tests sérologiques doivent être développés pour un nouveau virus. Au mieux, ce type de preuve n'est pas définitif et au pire, il nous mène dans la mauvaise direction dans la chasse. Les réponses des anticorps aux virus sont notoirement croisées : les tests sérologiques réagiront de la même manière aux virus apparentés, connus et non encore reconnus. Ces tests doivent être évalués et validés dans chaque espèce, et il n'existe pas de test de référence pour un nouveau virus chez un nouvel animal. Tout effort pour appliquer de nouveaux tests aux animaux devrait être vérifié par des tests répétés et des données à l'appui.

À mesure que la portée des enquêtes s'élargit, d'autres défis doivent être relevés. Quelles espèces faut-il privilégier ? Quels endroits faut-il enquêter ? Prendre le mauvais chemin ne mène nulle part et fait perdre un temps précieux. Les infections virales dans les populations animales sont notoirement imprévisibles, régies par une dynamique qui ne peut être découverte qu'avec des études longitudinales approfondies après la découverte d'un virus.

Cela nous amène à la vitesse à laquelle la science fonctionne. La recherche collaborative transdisciplinaire pour enquêter sur un nouveau virus prend plus de temps : les techniques de détection doivent être adaptées au nouveau pathogène et personnalisées pour répondre à un éventail de questions de recherche. Les scientifiques se méfient de la surinterprétation des données et des hypothèses injustifiées. Et au milieu d'une pandémie, comprendre les origines n'est peut-être pas le problème le plus urgent. Pendant COVID, de nombreux scientifiques se sont tournés vers des recherches qui pourraient aider à sauver des vies cette année – en modélisant la trajectoire de propagation, en caractérisant les variantes du SRAS-CoV-2 et en étudiant les chances que le virus puisse se propager dans différents animaux qui servent de nouveau virus réservoir, menaçant à nouveau les gens.

L'exploration en temps opportun de la source du SRAS-CoV-2 est importante, mais la préparation future à une pandémie nécessite une compréhension approfondie des mécanismes impliqués dans l'émergence d'un éventail beaucoup plus large de virus à potentiel pandémique. Avec de telles connaissances, nous aurons mieux que quelques indices vagues et épars la prochaine fois qu'une nouvelle maladie apparaîtra.