Jason Bae, un médecin de soins d'urgence dans le nord de la Californie, voit des patients de Covid-19 depuis près d'un mois. Lorsqu'il a commencé à commander des tests de coronavirus, vers la semaine du 9 mars, son système de santé indiquait un délai d'exécution de 48 à 72 heures auprès de son laboratoire tiers. Mais « même depuis le tout début, de nombreux tests mettraient de cinq à six à sept jours pour revenir », dit-il.

À cette époque, Bae a développé un mal de gorge après avoir été exposé à un patient qui avait été testé positif. Il s'est auto-isolé, est resté à la maison du travail et a passé son test Covid-19 par le biais du système de santé de Stanford, qui est distinct du système de santé de son employeur. Stanford avait construit une installation de test en interne et le résultat est revenu en moins de trois jours: négatif.

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Quand il est retourné au travail, Bae a constaté que les résultats des tests revenaient encore plus lentement qu'auparavant, beaucoup prenant plus d'une semaine. Ainsi, le 22 mars, il a posté dans un groupe privé de médecins sur Facebook pour demander ce que ses collègues aux États-Unis vivaient. La poste a attiré plus de 1 500 réponses. Plus de 40% ont indiqué un délai d'exécution de sept jours ou plus.<

Jason Bae

Les tests restent parmi les problèmes les plus pressants de la réponse américaine à la pandémie. Le 31 mars, le pays a annoncé qu'il avait collectivement testé un million de personnes – des semaines de retard sur le calendrier promis à plusieurs reprises par l'administration Trump.

C'est plus qu'une simple statistique: tester les gens est la clé pour comprendre à quel point le nouveau coronavirus s'est propagé et mesurer sa gravité. Les agents de santé doivent avoir accès à des tests rapides afin de pouvoir continuer à prendre soin de nous en toute sécurité. Dans un avenir proche, nous aurons également besoin de tests pour déterminer combien d'entre nous pourraient être immunisés et sortir de nos maisons et relancer l'économie.

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Mais comme de plus en plus d'Américains ont été prélevés pour tester la covid-19, le décalage entre la collecte d'échantillons et la livraison des résultats est devenu de plus en plus imprévisible certains laboratoires gèrent la hausse de la demande pire que d’autres.

Dans les réponses, Bae a trouvé deux modèles distincts. « Les tests en ambulatoire dans les laboratoires commerciaux s'allongent de plus en plus », dit-il, « alors qu'avec les tests en hospitalisation pour les patients hospitalisés, le délai d'exécution est en baisse. »

Dans un effort pour aider à comprendre la situation, Bae a rassemblé les réponses dans un tableur. L'analyse de ses données révèle un système de mosaïque qui se noie dans la demande, mais avec quelques problèmes clairs et réparables et des signes d'espoir.

Qui fait les tests ?

Il existe actuellement quatre principaux types de laboratoires effectuant des tests de coronavirus:

  • les Centers for Disease Control and Prevention gérés par le gouvernement fédéral, qui ont initialement géré tous les tests aux États-Unis (et qui ont été largement considérés comme un goulot d'étranglement au début de l'épidémie)
  • laboratoires de santé publique gérés par les États
  • laboratoires hospitaliers internes qui font partie d'un système de santé plus large
  • des laboratoires commerciaux, tels que ARUP, BioReference Laboratories, LabCorp, Mayo Clinic Laboratories, Quest Diagnostics et Sonic Healthcare, qui représentent désormais l'essentiel du volume des tests dans tout le pays

Bien qu'il n'existe actuellement aucune donnée agrégée sur le nombre de tests hospitaliers internes effectués aux États-Unis à ce jour, il s'agit probablement d'un petit pourcentage du total. Dans le Massachusetts, où il existe de nombreux grands hôpitaux universitaires, environ 19% de tous les tests covid-19 complétés ont été effectués dans des laboratoires internes, tandis que 65% ont été effectués dans un laboratoire commercial, selon les chiffres publiés par le département de la santé de l'État. . Dans la plupart des États, ce chiffre est presque certainement beaucoup plus faible, car seuls les hôpitaux les plus grands et les mieux aménagés ont généralement les ressources nécessaires pour mettre en place leurs propres installations de test.

Que se passe-t-il avec les retards dans les laboratoires commerciaux ?

Il y a trois raisons principales aux retards. Le premier est une pénurie de fournitures. Lorsqu'un laboratoire commercial effectue un test covid-19, le laboratoire fournit d'abord des matériaux tels que des tampons nasaux ou de la gorge aux sites de test. Mais selon l'American Clinical Laboratory Association (ACLA), un groupe industriel dont les membres comprennent les grandes sociétés de tests commerciaux, la fourniture de kits de test reste un problème, tout comme l'accès aux réactifs, aux équipements de protection et aux écouvillons. Une pénurie d'un seul élément arrête tout le processus de test. « Aucun laboratoire, à notre connaissance, n'a l'accès prévisible aux fournitures nécessaires à l'expansion continue des tests », a déclaré la présidente de l'ACLA, Julie Khani.

Les prestataires de soins de santé ont peu de flexibilité pour changer rapidement de prestataires de laboratoires commerciaux: les contrats obligent les cabinets de médecins à conclure des accords avec des laboratoires individuels, et les laboratoires peuvent varier dans leurs spécifications concernant la façon dont les échantillons doivent être préparés. Il est donc difficile de dériver la demande d'un laboratoire sauvegardé à un laboratoire avec une capacité disponible.

Le deuxième problème est le manque de financement. Malgré les promesses du gouvernement fédéral que les personnes testées pour covid-19 ne seront pas accusées, il reste très peu de clarté sur qui paiera la facture des ressources de test, dit Khani, ce qui rend difficile pour les laboratoires de continuer à augmenter leur capacité.

Le troisième facteur est la mauvaise priorisation des échantillons à tester. Les laboratoires commerciaux ont tenté de faire face à la demande croissante de tests en priorisant les cas les plus urgents, mais ils comptent sur les cliniques et les hôpitaux pour trier les tests des patients conformément aux directives du CDC. Si les tests de files d'attente ne sont pas bien gérés, cela ralentit les opérations globales. Dans une lettre envoyée au CDC le 2 avril, l'ACLA a exhorté l'agence à éduquer les médecins et les hôpitaux sur la priorisation des tests.

Les installations internes ont des délais d’exécution rapides mais un volume beaucoup plus petit

La Californie a été l'un des États les plus durement touchés en termes de délais de test. Au 2 avril, plus de 59 000 tests étaient attendus, sur un total d'environ 95 000. (Cependant, deux jours plus tard, il avait réduit cet arriéré à 13 000 personnes.)

Les tests internes offrent plusieurs avantages par rapport aux laboratoires commerciaux, le plus évident étant que les échantillons de test n'ont pas à être emballés et envoyés dans les deux sens entre les différentes installations et les différents systèmes. Le traitement, la hiérarchisation et le suivi des tests se déroulent dans un seul système, ce qui réduit les formalités administratives et améliore l'efficacité. Ils ont également plus de flexibilité dans leurs workflows de test que les grands laboratoires automatisés (Stanford a quatre façons différentes de traiter un test, par exemple), ce qui les aide à réagir aux fluctuations de l'offre.

Peut-être le plus important, les laboratoires internes ne traitent actuellement qu'une fraction des tests effectués par les laboratoires commerciaux. « Il n'est pas surprenant que si vous essayez de tester essentiellement tout le pays qui n'est pas affilié à un système médical, vos délais d'exécution peuvent être plus lents », explique Ben Pinsky, directeur médical du laboratoire de virologie clinique de Stanford, qui peut traitent désormais jusqu'à 2 000 tests par jour avec un délai moyen de moins de 24 heures. Au 1er avril, le laboratoire avait effectué environ 10 000 des 30 000 tests environ effectués en Californie.

Les grandes entreprises manufacturières, comme Roche, commencent à améliorer encore les choses. Ils ont récemment commencé à vendre des appareils de test que les hôpitaux régionaux peuvent utiliser pour tester le covid-19 sans avoir à envoyer des échantillons à un laboratoire extérieur. Avec plus d'hôpitaux et d'autres installations capables de traiter les tests sur place, les laboratoires commerciaux pourraient obtenir un certain soulagement et commencer à réduire les temps d'attente.

Pinsky est optimiste quant au début d'une tendance: « À mesure que tous ces différents tests seront disponibles, la disponibilité des tests pour les patients augmentera. »

Ce qui vient

La capacité accrue ne peut pas arriver assez tôt. Bae dit que ses quelques jours d'isolement ont été assez indolores – bien que difficiles pour sa femme, qui a dû s'occuper de leur enfant de 10 mois, et au détriment de sa clinique. Mais pour d'autres, c'est beaucoup plus risqué: envoyer une personne âgée ou pauvre jusqu'à 14 jours d'isolement pour attendre un résultat peut ne pas être faisable ou sûr. Les tests lents signifient également que les travailleurs de la santé qui pensent qu'ils pourraient avoir covid-19 sont exclus plus longtemps.

Pour Bae, ce sont les changements sur le terrain qui importent – et jusqu'à présent, il dit qu'il n'en a pas vu beaucoup. « Nous entendons des choses comme » Ce test rapide arrive « ou » Toutes ces choses sont approuvées par la FDA et accélérées « , dit-il. Mais « à l'exception des tests commerciaux disponibles, je n'ai vraiment vu aucune de ces choses se réaliser. »

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Si et quand les solutions arrivent, elles sont susceptibles d'être un mélange de différents types d'options de test dans différentes installations. Les laboratoires hospitaliers internes, par exemple, sont bien placés pour effectuer des tests rapides pour les personnes les plus prioritaires: les travailleurs de la santé et les patients gravement malades. Mais ils doivent être financés et dotés en personnel pour évoluer, et les petits hôpitaux communautaires ont besoin du soutien et de la formation pour mettre en œuvre des systèmes de test nouvellement fabriqués.

Les laboratoires commerciaux ont le potentiel d'évoluer encore plus loin qu'ils ne l'ont déjà fait, mais ils ont besoin de voies claires pour un financement du Congrès, ainsi que des redondances qui protègeront des hoquets dans la chaîne d'approvisionnement. Et comme de plus en plus de laboratoires commerciaux commencent les tests, la prise en compte de leur capacité lors du routage et de la hiérarchisation des tests pourrait également aider à réduire l'arriéré.

Si les États-Unis peuvent apporter les modifications nécessaires au réseau de laboratoires impliqués dans les tests de coronavirus, cela pourrait rendre ces six prochains mois un peu moins douloureux. Pour introduire de véritables tests de masse de la population, nous avons besoin de tests rapides et moins chers, comme celui proposé par Abbott Labs qui prétend fournir un résultat en cinq minutes. Les tests à domicile aideraient encore plus. Ces avancées pourraient fournir le volume de tests nécessaires pour effectuer la recherche des contacts et identifier les points chauds d'infection au fur et à mesure de leur apparition, tout en permettant aux personnes qui ne présentent aucun symptôme de confirmer qu'elles sont indemnes de maladie. Tout cela est essentiel pour remettre les gens au travail. Que cela signifie s'appuyer sur de grands laboratoires commerciaux ou des systèmes de santé, ou mettre en place une nouvelle gamme de matériel de test dans les hôpitaux du pays, chaque effort est une contribution significative. « Nous sommes tous dans le même bateau », déclare Khani.