Référence: Dong E, Du H, Gardner L. Un tableau de bord Web interactif pour suivre COVID-19 en temps réel. Lancet Infect Dis; publié en ligne le 19 février. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30120-1.

Contexte

Le 31 décembre 2019, l'Organisation mondiale de la santé (QUI) a été informée d'une flambée de "pneumonie de cause inconnue" détectée dans la ville de Wuhan, province du Hubei, Chine - la septième plus grande ville de Chine avec 11 millions d'habitants. Au 23 janvier, il y avait plus de 800 cas de la nCoV 2019 confirmée dans le monde, y compris des cas dans au moins 20 régions de Chine et neuf pays / territoires. Les premiers individus infectés signalés, dont certains présentaient des symptômes dès 8 décembre, ont été découverts parmi les marchands du marché des fruits de mer de Wuhan en Chine du Sud. Par la suite, le marché humide a été fermé le 1er janvier. Le virus à l'origine de l'épidémie a rapidement été coronavirus nouveau. Le 10 janvier, le séquençage des gènes a déterminé qu'il s'agissait du nouveau coronavirus de Wuhan, à savoir 2019-nCoV, un bétacoronavirus, apparenté au virus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et au virus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARSCoV). Cependant, la mortalité et la transmissibilité du 2019-nCoV sont encore inconnues et susceptibles de différer de celles des coronavirus précédemment référencés.

Les voyageurs infectés (principalement par avion) ​​sont connus pour être responsables de l'introduction du virus en dehors de Wuhan. Le 13 janv. Thaïlande signalé le premier cas international hors de Chine, tandis que le premiers cas en Chine, mais en dehors de Wuhan ont été signalés le 19 janvier à Guangdong et à Pékin. Le 20 janvier, la Commission nationale chinoise de la santé (NHC) a confirmé que le coronavirus peut être transmis entre humains. Le même jour, des infections humaines par le 2019-nCoV avaient également été confirmées Japon et Corée du Sudet les cas du lendemain dans le NOUS. et Taïwan ont été détectés chez des voyageurs revenant de Wuhan. Le 21 janvier, plusieurs provinces chinoises ont également signalé de nouveaux cas et une infection a été confirmée en 15 agents de santé, avec six morts signalées. D'autres cas de voyage ont été confirmés à Hong Kong, Macao, Singapour et Vietnam. Le 22 janvier, un comité d’urgence de l’OMS s’est réuni pour examiner si l’épidémie devait être>urgence de santé publique de portée internationale (PHEIC) en dessous de Règlement sanitaire international, mais étaient initialement indécis en raison du manque d'informations, avant de décider contre la déclaration.

Le risque d'une nouvelle transmission résultant des volumes de voyages élevés et des rassemblements de masse pour célébrer le nouvel an chinois le 24 janvier. Dans le but d'atténuer la transmission locale en Chine, des stratégies sans précédent de lutte contre les flambées ont été mises en œuvre dans (initialement) trois villes. Le 23 janvier 2020, Wuhan a suspendu tous les transports publics et les voyages en avion (à l'intérieur et à l'extérieur de la ville), plaçant les 11 millions d'habitants de la ville sous quarantaine. Le 24 janvier, Huanggang et Ezhou, les villes adjacentes à Wuhan, seront également placées sous une quarantaine similaire, avec plus de villes en Chine emboîtant le pas. De plus, de nombreuses villes ont annulé les célébrations du Nouvel An chinois.

Wuhan étant une plaque tournante du transport aérien dans le centre de la Chine, diverses mesures ont été prises à l'échelle mondiale pour atténuer la propagation internationale. Un contrôle ciblé à l'aéroport des passagers en provenance de Wuhan a été lancé dès le 1er janvier à Hong Kong et Macao. Taïwan, Singapour et la Thaïlande commencent à filtrer les passagers arrivant le 3 janvier. Aux États-Unis, le CDC a commencé le contrôle d'entrée des passagers sur des vols directs et des correspondances de Wuhan vers les trois principaux points d'entrée le 17 janvier 2020, avec Atlanta et Chicago qui seront bientôt ajoutés. Le 23 janvier, le CDC américain a relevé son avis de voyage pour Wuhan, en Chine, au plus haut de trois niveaux. D'autres pays du Pacifique et d'Asie, dont la Malaisie, le Sri Lanka, le Bangladesh et l'Inde, effectuent désormais également un contrôle ciblé des passagers dans les aéroports.

Tableau de bord SIG (Mis à jour le 27 avril 2020)

En réponse à cette urgence de santé publique en cours, nous avons élaboré un tableau de bord Web interactif (instantané statique illustré ci-dessus) hébergé par le Center for Systems Science and Engineering (CSSE) de l'Université Johns Hopkins, pour visualiser et suivre les cas signalés en temps réel. Le tableau de bord, rendu public pour la première fois le 22 janvier, illustre l'emplacement et le nombre de cas confirmés de COVID-19, de décès et de récupérations pour tous les pays touchés. Il a été développé pour fournir aux chercheurs, aux autorités de santé publique et au grand public un outil convivial pour suivre l'épidémie au fur et à mesure de son évolution. De plus, toutes les données collectées et affichées sont mises à disposition gratuitement, initialement sous forme de feuilles google, Dépôt GitHub, ainsi que les couches d'entités du tableau de bord, qui sont désormais incluses dans l'ESRI Living Atlas.

Le tableau de bord signale les cas au niveau des provinces en Chine, au niveau des comtés aux États-Unis, au niveau des États en Australie et au Canada, et au niveau des pays dans le cas contraire. Du 22 au 31 janvier, l'ensemble de la collecte et du traitement des données a été géré manuellement. Au cours de cette période, le nombre de mises à jour était généralement effectué deux fois par jour, matin et soir (heure de l'Est). À mesure que l'épidémie a évolué, le processus de déclaration manuelle est devenu insoutenable et, le 1er février, nous avons adopté une stratégie semi-automatisée de flux de données vivantes. Notre principale source de données était initialement DXY, une plate-forme en ligne gérée par des membres de la communauté médicale chinoise, qui regroupe les médias locaux et les rapports gouvernementaux pour fournir des totaux cumulatifs de cas COVID-19 en temps quasi réel au niveau de la province en Chine et au niveau des pays sinon. Alors que l'épidémie s'est propagée à l'extérieur de la Chine, l'ensemble des sources de données fournissant les données de cas les plus fiables et les plus opportunes a évolué. Nous mettons donc régulièrement à jour, remplaçons et complétons l'ensemble des sources de données sur lesquelles nous nous appuyons. Actuellement, DXY, reste la principale source de données sur les cas pour toutes les provinces de Chine continentale, ainsi que Hong Kong, Macao et Taïwan. Des sources de données supplémentaires sont utilisées pour les rapports sur les régions en dehors de la Chine. Ceux-ci inclus Services de santé des comtés et des États américains, plusieurs départements nationaux de la santé publique, ainsi que des sites d'agrégation de données, y compris 1point3acres, Worldomètres.info, BNO,et le projet de suivi COVID (tests et hospitalisations), qui reposent sur une combinaison de rapports des services de santé locaux et rapports des médias locaux. La liste complète des sources est conservée sur notre Référentiel CSSE COVID19 GitHub. Toutes les curations et mises à jour des données du tableau de bord sont coordonnées par une équipe de JHU.

Remerciements

Nous sommes reconnaissants pour le soutien financier de JHU et NSFet pour l'assistance technique de L'équipe Esri Living Atlas et JHU APL.