Alors que le coronavirus balayait le monde, il a détecté des altérations aléatoires de sa séquence génétique. Comme des fautes de frappe sans signification dans un script, la plupart de ces mutations n'ont fait aucune différence dans le comportement du virus.

Mais une mutation vers le début de la pandémie a fait une différence, suggèrent plusieurs nouvelles découvertes, aidant le virus à se propager plus facilement d'une personne à l'autre et rendant la pandémie plus difficile à arrêter.

La mutation précoce du coronavirus a rendu la pandémie plus difficile à arrêter, selon les preuves

La mutation, connue sous le nom de 614G, a été repérée pour la première fois dans l'est de la Chine en janvier, puis s'est rapidement propagée dans toute l'Europe et à New York. En quelques mois, la variante a envahi une grande partie du monde, remplaçant d'autres variantes.

Depuis des mois, les scientifiques se demandent avec acharnement pourquoi. Des chercheurs du laboratoire national de Los Alamos ont fait valoir en mai que la variante avait probablement développé la capacité d'infecter les gens plus efficacement. Beaucoup étaient sceptiques, affirmant que la variante avait peut-être eu de la chance, apparaissant plus souvent par hasard dans de grandes épidémies, comme celle du nord de l'Italie, qui ont provoqué des épidémies ailleurs.

Mais une foule de nouvelles recherches - y compris une analyse génétique approfondie des épidémies et des travaux de laboratoire avec des hamsters et des tissus pulmonaires humains - ont soutenu l'idée que le virus muté avait en fait un avantage distinct, infectant les gens plus facilement que la variante originale détectée à Wuhan., Chine.

Il n'y a aucune preuve qu'un coronavirus avec la mutation 614G provoque des symptômes plus graves, tue plus de personnes ou complique le développement de vaccins. Les résultats ne changent pas non plus la réalité selon laquelle les verrouillages adoptés rapidement et agressivement et les mesures encouragées telles que la distance sociale et les masques se sont bien mieux comportés que ceux qui ne l'ont pas fait.

Mais le changement subtil du génome du virus semble avoir eu un effet d'entraînement important, a déclaré David Engelthaler, généticien au Translational Genomics Research Institute en Arizona. "En fin de compte, il se pourrait que cette mutation soit à l'origine de la pandémie", a-t-il déclaré.

Les premières épidémies du virus se seraient propagées dans le monde entier même sans la mutation, estiment la plupart des chercheurs, y compris le Dr Engelthaler. La variante originale repérée à Wuhan, en Chine, fin 2019 était déjà très contagieuse, a-t-il déclaré. Mais la mutation semble avoir fait la propagation de la pandémie plus loin et plus rapidement qu'elle ne l'aurait fait sans elle.

Les scientifiques sont particulièrement prudents dans ce domaine de la virologie.

Des études en laboratoire ont montré que les mutations du virus Ebola, qui se sont propagées en Afrique de l'Ouest à partir de 2013, augmentaient l'infectivité des cultures tissulaires. Mais cette conclusion ne s'est pas traduite par une transmission accrue dans les études de laboratoire avec des animaux. Et certains experts ont déclaré que l'effet de la mutation 614G pourrait être modeste par rapport à d'autres facteurs, comme les taux de distanciation sociale.

Mais les nouvelles preuves, provenant de groupes de recherche au Royaume-Uni et aux États-Unis, ont changé les esprits de nombreux scientifiques qui étaient initialement sceptiques.

Une étude a révélé que les épidémies dans les communautés du Royaume-Uni augmentaient plus rapidement lorsqu'elles étaient semées par la variante 614G que lorsqu'elles étaient semées par son ancêtre de Wuhan. Un autre a rapporté que les hamsters s'infectaient plus rapidement lorsqu'ils étaient exposés à la variante. Et dans un troisième, la variante a infecté les tissus bronchiques et nasaux humains dans une boîte de culture cellulaire beaucoup plus efficacement que son ancêtre.

Trevor Bedford, professeur agrégé au Fred Hutchinson Cancer Research Center et à l'Université de Washington, a déclaré que la collecte de résultats provenant de différentes lignes de recherche l'avait convaincu.

"Mon être convaincu vient de voir la même chose à plusieurs reprises", a déclaré le Dr Bedford. "Je pense à ce stade que c'est réel."

Bien qu'impressionnés par les nouveaux travaux, le Dr Bedford et d'autres scientifiques ont déclaré qu'il n'était toujours pas clair si un avantage inhérent était la principale raison de la domination mondiale de la variante.

Kristian Andersen, généticien chez Scripps Research, La Jolla, a déclaré que la recherche avait montré que la variante était plus transmissible, mais il pense que la différence est subtile.

Malgré cela, le Dr Andersen a déclaré que la transmissibilité plus élevée de la variante pourrait aider à expliquer pourquoi certains pays qui avaient initialement réussi à contenir le virus y sont devenus plus tard sensibles. Le virus a peut-être été "plus difficile à contenir que la première fois", a-t-il déclaré.

"Ce que vous faisiez n'est peut-être pas tout à fait suffisant pour le contrôler", a déclaré le Dr Andersen. "Ne vous attendez pas nécessairement à ce que l'ennemi d'il y a deux mois soit l'ennemi que vous aurez la prochaine fois."

Partout dans le monde, l'émergence du 614G a généré à la fois un débat scientifique sérieux et une esquive largement politique. Les responsables gouvernementaux du Vietnam et de Thaïlande, qui ont bien réussi à contenir la souche ancestrale malgré un afflux de visiteurs chinois au début de l'année, ont suggéré que les dernières épidémies pourraient avoir été en partie le résultat du virus 614G.

La Thaïlande a gardé les deux variantes du virus sous contrôle au cours de l'année écoulée grâce à la mise en quarantaine stricte des rapatriés, une interdiction des touristes étrangers, des masques et d'autres mesures, a déclaré Thira Woratanarat, professeur agrégé à la faculté de médecine de l'Université Chulalongkorn de Bangkok. Pourtant, dit-il, les résurgences dans la région sont préoccupantes.

"Nous avons vu plusieurs pays, comme le Vietnam, la Corée du Sud et le Japon, qui semblaient l'avoir sous contrôle", a déclaré le Dr Thira. "Mais ensuite, il y a eu une deuxième vague."

Au Vietnam, a-t-il déclaré, le virus avec la mutation 614G a été confirmé pour la première fois dans la ville côtière centrale de Danang après environ 100 jours sans aucun cas de transmission locale signalé. Une épidémie s'est rapidement propagée à 10 villes et provinces. À Singapour, a-t-il déclaré, le virus muté s'est propagé dans des dortoirs bondés pour les travailleurs migrants.

"Lorsque le virus muté vit en grands groupes, il se propage plus rapidement et le rend beaucoup plus difficile à contrôler", a-t-il déclaré.

Mais d'autres chercheurs ont déclaré que l'absence de mesures de confinement appropriées, et non la mutation, est en grande partie à blâmer pour la résurgence des épidémies.

"La raison pour laquelle cela se propage est que les gens n'ont pas suffisamment de mesures en place", a déclaré Kari Stefansson, fondateur et directeur général de deCODE Genetics, une société leader d'analyse du génome basée en Islande. "Cela semble être une politique extrêmement médiocre de blâmer les insuffisances du virus. Ils devraient s'en prendre à quelqu'un de leur taille, pas à ce petit virus. "

Dans l'une des nouvelles études, une équipe britannique de chercheurs n'avait un avantage partagé par personne d'autre: elle a pu s'appuyer sur la plus grande base de données nationale de séquences de génome de coronavirus au monde. Les chercheurs ont recueilli de nouvelles preuves que, du moins au Royaume-Uni, la variante a pris le relais car elle se propage en effet plus rapidement.

"Lorsque nous examinons les grappes, la variante G se développe plus rapidement", a déclaré Erik M. Volz, chercheur au Medical Research Council Center for Global Infectious Disease Analysis à l'Imperial College de Londres et responsable de l'étude.

Les données collectées par le Covid-19 Genomics U.K. Consortium ont permis à l'équipe d'observer la croissance des grappes infectées comme une sorte de course de chevaux. Côte à côte, les grappes d'infections 614G se sont-elles développées plus rapidement que les infections impliquant la variante ancestrale ?

La variante 614G a clairement remporté la course, selon l'analyse. Le taux précis reste incertain, mais la valeur la plus probable donne à 614G un avantage d'environ 20% dans son taux de croissance exponentiel.

"C'est exactement le genre d'analyse qu'il fallait faire, et cela apporte plus de soutien pour que G soit plus transmissible" que le virus ancestral, a déclaré l'une des chercheurs, Katharina V. Koelle, professeur agrégé de biologie à l'Université Emory.

Dans une série d'études distincte, une équipe dirigée par Ralph Baric de l'Université de Caroline du Nord a testé des virus vivants, comparant la variante 614G à la version ancestrale. Dans l'un d'eux, l'équipe a découvert que les virus 614G étaient plus infectieux dans des échantillons de tissus bronchiques et nasaux humains, la source la plus probable de virus à transmettre à d'autres.

Une autre étude, publiée dans Science, a révélé que la variante était plus facilement transmissible chez les hamsters lorsque les animaux infectés se trouvaient à quelques centimètres l'un de l'autre. Les scientifiques considèrent les expérimentations animales comme une étape critique pour tester si une mutation qui rend les virus plus infectieux dans une boîte de laboratoire le fait également dans une population vivante.

L’équipe du Dr Baric a placé un hamster infecté dans une cage, à côté de la cage d’un hamster non infecté; les cages étaient espacées de plusieurs centimètres, de sorte que les animaux ne pouvaient pas se toucher. Toute transmission ne peut se faire que par l'air, sous forme de gouttelettes ou d'aérosols.

Après deux jours, cinq des huit hamsters avec la variante 614G avaient infecté sa paire. Aucun de ceux qui avaient le virus ancestral ne l'avait fait.

"Lorsque vous prenez toutes les données ensemble, tout est compatible avec un système qui augmente l'infectiosité et la transmissibilité", a déclaré le Dr Baric.

Le virus continuera à changer. et alors que la plupart de ces changements seront de simples fautes de frappe, certains peuvent être plus significatifs, a déclaré le Dr Engelthaler. "Il y aura la possibilité de modifications supplémentaires qui changeront la nature de la pandémie", a-t-il déclaré.

Déjà, a déclaré le Dr Engelthaler, il a vu de fortes indications de telles altérations dans ses propres données inédites de suivi de la propagation de différentes variantes en Arizona.

"Nous devons écouter ce que le virus nous dit", a-t-il déclaré.