IMAGE : Nicola Crosetto, chercheur principal au Département de biochimie médicale et de biophysique, Karolinska Institutet, Suède.
Voir plus
Crédit : Stefan Zimmerman
Des chercheurs du Karolinska Institutet en Suède ont développé une technologie de surveillance rentable de la propagation mondiale des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2. La technique est présentée dans la revue scientifique Nature Communications.
Depuis le début de la pandémie, des milliers de génomes viraux ont été séquencés pour reconstituer l'évolution et la propagation mondiale du coronavirus. Ceci est important pour l'identification de variants particulièrement préoccupants qui sont plus contagieux, pathogènes ou résistants aux vaccins existants.
Pour la surveillance mondiale du génome du SRAS-CoV-2, il est crucial de séquencer et d'analyser de nombreux échantillons de manière rentable. Par conséquent, les chercheurs du laboratoire Bienko-Crosetto du Karolinska Institutet et du Science for Life Laboratory (SciLifeLab) en Suède ont développé une nouvelle méthode, nommée COVseq, qui peut être utilisée pour la surveillance du génome viral à grande échelle et à faible coût.
Premièrement, de nombreuses copies du génome viral sont créées à l'aide d'une PCR multiplex (réaction en chaîne par polymérase). Les échantillons sont ensuite étiquetés et regroupés dans la même bibliothèque de séquençage, en utilisant une méthode précédente développée dans le laboratoire Bienko-Crosetto et maintenant adaptée pour l'analyse du SRAS-CoV-2.
"En effectuant des réactions dans de très petits volumes et en regroupant des centaines d'échantillons dans la même bibliothèque de séquençage, nous pouvons séquencer potentiellement des milliers de génomes viraux par semaine à un coût inférieur à 15 dollars par échantillon", explique Ning Zhang, chercheur postdoctoral au Département de biochimie médicale et de biophysique, Karolinska Institutet et co-premier auteur avec les doctorants Michele Simonetti et Luuk Harbers du même département.
Des analyses comparatives de 29 échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 ont révélé que COVseq avait une capacité similaire à celle de la méthode standard pour identifier de petits changements dans le génome. Les analyses de 245 échantillons supplémentaires ont montré que COVseq avait également une grande capacité à détecter les variantes émergentes de coronavirus potentiellement préoccupantes. Le principal avantage de COVseq par rapport aux méthodes existantes est la rentabilité.
"Notre méthode peu coûteuse pourrait être immédiatement utilisée pour la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 par les agences de santé publique et pourrait également être facilement adaptée à d'autres virus à ARN, tels que les virus de la grippe et de la dengue", explique Nicola Crosetto, chercheur principal au Département de médecine. Biochimie et biophysique, Karolinska Institutet, et dernier auteur de l'article.
###
L'étude a été réalisée en collaboration avec des chercheurs de l'hôpital « Amedeo di Savoia » et de l'Institut du cancer Candiolo à Turin, en Italie. La recherche a été soutenue par des subventions du programme national de recherche COVID-19 de SciLifeLab, financé par la Fondation Knut et Alice Wallenberg, et des subventions de la Fondation suédoise pour la recherche stratégique, ainsi que par des dons privés de Chiesi Pharma AB et Tetra Pak AB. Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.
Publication : "COVseq est un flux de travail rentable pour la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 à grande échelle". Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti et Nicola Crosetto. Nature Communications, en ligne le 23 juin 2021, doi : 10.1038/s41467-021-24078-9.
Avertissement: AAAS et EurekAlert ! ne sont pas responsables de l'exactitude des communiqués de presse publiés sur EurekAlert ! par les institutions contributrices ou pour l'utilisation de toute information via le système EurekAlert.
