Lorsque la troisième vague de coronavirus a frappé les États-Unis l'automne dernier, les États du Midwest étaient parmi les plus touchés. Des milliers de personnes dans la région étaient hospitalisées chaque jour avec le virus. C'est à ce moment peu propice qu'une équipe de médecins transplanteurs de l'hôpital universitaire d'Ann Arbor, dans le Michigan, a reçu une paire de poumons d'apparence saine. Selon un rapport de cas publié, la donatrice avait été victime d'un accident d'automobile et est décédée des suites de ses blessures quelques jours plus tard. Elle n'avait montré aucun signe de maladie, selon sa famille, et n'avait pas non plus été sciemment exposée à une personne atteinte de COVID-19. Un radiologue a trouvé une anomalie dans son poumon droit, mais l'a attribuée aux dommages causés par l'accident. Pendant ce temps, un prélèvement nasal, prélevé à l'hôpital, a confirmé son statut infectieux : elle était négative.
© Adam Maida / L'Atlantique
La patiente pour qui ces poumons étaient censés sauver des vies - une femme atteinte d'une maladie pulmonaire obstructive chronique - a également été testée négative pour le COVID-19, dans un prélèvement nasal prélevé 12 heures avant sa chirurgie. Mais trois jours plus tard, la receveuse était dans une grave détresse : elle était fiévreuse, avec une tension artérielle en chute libre, et elle éprouvait une telle difficulté à respirer qu'elle a dû être placée sous respirateur. Maintenant, elle a été testée positive pour le coronavirus. (Un des chirurgiens transplanteurs finirait également malade.)
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Dans les semaines qui ont suivi, la patiente transplantée a reçu les meilleurs traitements COVID-19 disponibles, y compris le remdesivir et le plasma de convalescence, mais les médecins n'ont pas pu la sauver. Deux mois après la procédure, elle était morte. Un réexamen du liquide respiratoire prélevé sur son donneur avant la chirurgie a révélé la source de l'infection : les poumons transplantés que les médecins cousaient à l'intérieur de son corps regorgeaient de coronavirus.
Je suis un médecin spécialisé dans les diagnostics, donc une bizarrerie de mon expérience de pandémie a été de recevoir beaucoup de messages texte de mes amis au sujet de la réaction en chaîne de la polymérase. La PCR est utilisée dans les laboratoires pour tout identifier, des conditions génétiques aux infections en passant par les cancers, bien que vous la connaissiez probablement comme la méthode «de référence» pour détecter le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. Les amis qui m'ont envoyé un texto avaient subi des tests COVID-19 et ils voulaient de l'aide pour interpréter leurs résultats.
Un résultat de test COVID-19 semble simple à première vue : vous êtes soit positif, soit négatif. Mais des questions suivent souvent: que se passe-t-il si vous vous sentez un peu malade, mais que votre test est resté vide - pouvez-vous risquer de retourner au travail? Ou que se passe-t-il si votre test est positif, mais que vous vous sentez parfaitement bien - devriez-vous le répéter plus tard pour confirmer que vous avez récupéré? Combien de temps après? Dans les premiers mois de la pandémie, je me suis embrouillé en donnant des conseils à des amis sur la base de ce que l'on savait déjà sur la technologie et sur les données préliminaires en provenance de Chine. Probablement pas, ai-je dit. Peut-être. Une semaine ou deux? Je ne pourrais pas dire grand-chose avec certitude.
Un an plus tard, mes collègues et moi avons de plus en plus de faits de meilleure qualité pour nous aider à traverser cette pente diagnostique. Nous savons maintenant qu’un résultat positif à un test PCR ne vous dira pas si vous êtes actuellement contagieux, mais il peut indiquer, avec une précision de 99,9%, que vous avez été infecté par le SRAS-CoV-2. En ce qui concerne les faux négatifs, des analyses plus larges suggèrent qu'environ une infection sur huit pourrait être manquée.
Il existe une branche spécifique de la médecine où même ces modestes risques d’erreur ne peuvent tout simplement pas être respectés. Pour les plus de 107 000 Américains qui attendent maintenant une greffe d'organe - et pour ceux qui ont déjà reçu un organe - les enjeux du test COVID-19 sont amplifiés à plusieurs reprises. Il est facile de comprendre comment une infection manquée chez un donneur pourrait entraîner des complications mortelles pour le transplanté, comme lors de la tragédie de l'automne dernier. Mais un résultat faussement positif - un cas de COVID-19 qui n’est pas réel ou qui est guéri depuis longtemps - peut également être fatal, quand il retarde ou empêche un organe d’atteindre un patient désespéré. Il est déjà assez difficile pour les médecins de première ligne d’interpréter un résultat de test surprenant. Pour ceux qui travaillent en médecine de transplantation, les décisions prises dans cette incertitude pourraient être irréversibles.
«C’est mon pire cauchemar», a déclaré Joshua Lieberman, pathologiste à l’université de Washington qui travaille sur les tests de transplantation, lorsque j’ai posé des questions sur le cas au Michigan. Il a été particulièrement frappé par l'étendue de l'infection retrouvée dans les poumons donnés. «Il n’y a pas un peu de COVID là-dedans. C'est extrêmement positif », a-t-il déclaré à propos des résultats de la PCR -« comme, un million de fois plus de virus »qu'il n'en voit habituellement.
Comment cette infection a-t-elle pu être manquée? Même au début de la pandémie, nous savions que les patients pouvaient être admis dans un hôpital avec de graves problèmes respiratoires mais obtenir un résultat négatif au test COVID-19. Une étude très précoce, réalisée en Chine, a révélé que les patients malades pouvaient être testés négatifs dans des échantillons prélevés sur le nez, mais positifs dans le liquide des poumons; il a depuis été confirmé qu’un échantillon de poumon peut détecter environ 13% d’infections de plus qu’un prélèvement nasopharyngé ordinaire. C’est pourquoi l’American Society of Transplantation recommande cette forme de test pour chaque don de poumon.
Pourtant, les organisations de passation des marchés d'organes ont retardé cette obligation. Tous les laboratoires ne peuvent pas traiter les fluides des poumons, m'a dit Lieberman, donc ajouter cette seule exigence pourrait finir par réduire l'accès des patients à une ressource rare. Les chirurgies de sauvetage pourraient être retardées.
Le problème est que même une très modeste infection au COVID-19 chez un patient qui a reçu un nouvel organe a des implications profondes, m'a dit Ajit Limaye, un médecin spécialiste des maladies infectieuses à l'Université de Washington. Les patients qui attrapent le coronavirus au moment de toute sorte de chirurgie courent un risque de décès triplé. Ceux qui ont reçu de nouveaux organes sont encore plus sensibles, du fait qu'ils sont suffisamment malades pour avoir besoin d'un nouvel organe et qu'ils prennent de puissants médicaments immunosuppresseurs pour empêcher le rejet de cet organe. Une revue a révélé que parmi les receveurs de transplantation qui ont été infectés par le coronavirus, 81% ont dû être hospitalisés. (Ce taux d'hospitalisation pour la population générale des États-Unis est estimé à environ 5%.) Même la règle de base habituelle pour savoir combien de temps une personne pourrait rester activement infectée est rejetée pour les patients transplantés. Alors qu'un cas de COVID-19 dure généralement environ deux semaines, le virus vivant a été récupéré chez des personnes immunodéprimées plus de deux mois après leur infection initiale.
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Mais être trop prudent à l'égard des donneurs potentiellement infectés peut également être mortel. Il n'y a pas d'option sûre pour les patients en état médicalement fragile de défaillance d'organe : une étude récente a révélé que les personnes en attente d'un rein pendant la pandémie couraient un risque 37% plus élevé de mourir que les personnes qui figuraient auparavant sur la liste. Parce que la file d'attente pour les reins est si longue - environ 90 000 personnes - cette constatation pourrait signifier «un nombre substantiel de décès supplémentaires», ont écrit les auteurs. C'est le catch-22 du COVID-19. Les personnes les plus malades, comme celles en insuffisance organique, courent un risque, qu'elles choisissent d'éviter le système de santé ou d'interagir avec lui.
Les décisions médicales impliquant un don d'organes sont rendues d'autant plus difficiles par les contraintes de temps. Dans les heures qu'il faut pour trier le véritable statut infectieux d'un receveur de greffe prévu après un premier résultat positif - en répétant le test sur un autre appareil de PCR, par exemple, ou en examinant la quantité de matériel viral détecté - un organe peut devoir être détourné vers quelqu'un d'autre ou entièrement rejeté. Limaye connaît des greffes qui ont été annulées parce que les médecins n’avaient pas de moyen (assez) rapide de déterminer si l’infection d’un patient détectée par PCR posait réellement un risque pour lui ou pour d’autres. Le test aurait-il pu détecter un cas de COVID-19 déjà résolu? Les médecins étaient-ils prêts à parier la vie de quelqu'un sur cette présomption?
Les experts de laboratoire ont développé des moyens utiles pour détecter les faux positifs et les faux négatifs sur les tests COVID-19, auprès de patients transplantés et d'autres également. Une chose qu'ils recherchent est un résultat incongru. Les machines de PCR vérifient un échantillon pour les correspondances avec plusieurs éléments du code génétique du virus. Lorsqu'un seul de ces éléments est détecté, les médecins peuvent répéter le test pour s’assurer qu’il est exact. Un microbiologiste du nom d’April Abbott a également souligné que, dans de rares cas, la charge virale d’un échantillon est si élevée qu’elle est littéralement hors du commun - et donc invisible pour les logiciels de laboratoire. Ce problème peut être résolu, a-t-elle déclaré, en examinant les données brutes de l’analyseur, et pas seulement son résultat automatisé.
Au-delà de quelques améliorations simples, cependant, il n'y a pas de réponses faciles pour les médecins qui supervisent les greffes. Dans ces situations, un résultat de test peut servir de base à une décision de vie ou de mort. La prise d'antécédents médicaux minutieux peut aider à atténuer le risque d'erreur de diagnostic, lorsqu'elle est combinée à un examen physique et aux résultats d'autres études de laboratoire ou d'imagerie qui ont déjà été effectuées. Les médecins rassemblent ensuite toutes ces informations pour estimer la «probabilité pré-test» d'infection d'un patient - quelle est la probabilité qu'il ait eu le COVID-19 avant que ses écouvillons ne soient envoyés pour le test. Cependant, une probabilité n’est pas une certitude. Les médecins du Michigan avaient utilisé cette logique lorsqu'ils ont décidé de renoncer à tout autre test sur le donneur de poumon : comme son prélèvement initial était négatif et qu'elle ne présentait aucun symptôme ou exposition connus, ils ont déterminé que le risque de manquer une infection réelle était très faible..
Les organes de donneurs décédés, qui constituent la majorité des greffes aux États-Unis, présentent un défi unique pour cette interprétation clinique minutieuse. Les médecins ne peuvent pas prendre les antécédents médicaux d'un patient qui a subi une mort cérébrale après un accident de voiture ou une surdose de drogue. (Dans le cas du donneur du Michigan, les antécédents médicaux ont été fournis par la famille.) Beaucoup de ces donneurs potentiels sont jeunes et relativement en bonne santé, donc s'ils avaient été atteints du COVID-19, ils sont plus susceptibles d'avoir eu un cas bénin - et donc de ne pas en avoir eu connaissance. «Ils n'ont peut-être jamais été testés ou ont présenté des symptômes», a déclaré Limaye. "Il ne nous reste donc que des informations limitées."
Pendant ce temps, tout résultat de test positif d'un donneur décédé signifiera probablement que ses organes sont retirés du système pour de bon. Limaye craint que cette approche «COVID Zéro» ne soit pas la bonne pour la médecine de transplantation. Il y a des circonstances, soutient-il, dans lesquelles il vaudrait la peine d'autoriser un don d'organe, même de la part d'une personne atteinte d'une infection connue. (Les règles sont plus souples pour les donneurs vivants, qui sont généralement autorisés à partager leurs organes trois semaines après les premiers signes de COVID-19, même si les tests de suivi sont toujours enregistrés comme positifs.) Par exemple, un patient qui peut ne pas survivre sans une greffe rapide pourrait bénéficier de la réception d'un organe d'un donneur décédé qui n'avait subi qu'une infection légère ou asymptomatique. Une série de cas publiée a examiné des greffes provenant de six donneurs décédés qui avaient été testés positifs au COVID-19 à un moment donné avant leur décès; aucun n'a fini par transmettre le virus.
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La complexité de ces jugements cliniques est susceptible de persister, même si de plus en plus d'Américains sont vaccinés. Plus de la moitié de tous les adultes américains ont maintenant reçu au moins une dose d'un vaccin COVID-19, mais les patients transplantés font partie d'un groupe spécial, laissé pour naviguer dans la pandémie avec une incertitude supplémentaire. Les études sur les vaccins Pfizer et Moderna ont exclu les personnes qui prennent des médicaments immunosuppresseurs, nous ne savons donc pas encore dans quelle mesure les vaccins pourraient être efficaces pour prévenir la maladie chez un receveur d'organe. Johnson & Johnson a inclus certains receveurs de greffe dans son essai clinique, mais seulement une poignée. Une étude a examiné 658 receveurs de transplantation d'organes qui avaient été entièrement vaccinés avec le vaccin Pfizer ou Moderna, et a constaté que seulement environ la moitié d'entre eux produisaient des niveaux détectables des anticorps pertinents, contrairement à près de 100% des personnes en bonne santé.
Ce n’est pas le seul «vide de données», comme le décrit Limaye, pour les médecins spécialistes de la transplantation. Ils ne savent pas exactement quand il est sûr de transplanter un organe après le test COVID-19 positif d'un donneur, et ils ne savent pas si certains organes de donneurs infectés pourraient être plus sûrs à transplanter que d'autres (un poumon d'une personne avec un virus respiratoire peut être plus dangereux, par exemple, qu'un rein ou un foie). Tant que ces lacunes de connaissances ne pourront pas être comblées par une recherche rigoureuse et impartiale, les médecins ne pourront garder qu'une vision large des enjeux. Quelles seraient les conséquences de l'approche d'un résultat de test avec trop de prudence ou avec trop de chutzpah? Décider s'il est plus important de se prémunir contre les faux négatifs ou les faux positifs, comme l'a dit un spécialiste de la transplantation, peut être une question de décider «ce qui vous fait le plus peur».
Un diagnostic de COVID-19 est puissant et les conséquences en aval ne peuvent pas toujours être prédites. Les étiquettes diagnostiques, comme les interventions médicales, peuvent sauver la vie ou mettre la vie en danger en elles-mêmes. Il est probable qu'un dépistage plus intensif des patients transplantés a évité d'autres tragédies comme le cas du Michigan, mais cela peut aussi avoir coûté à certaines personnes un nouvel organe. Pratiquer la médecine signifie des réponses imparfaites et des compromis inévitables. "Il n'y a rien de sacré dans les tests COVID", a déclaré Limaye. "Nous apprenons qu'ils ont des problèmes d'interprétation, comme pratiquement tous les tests que nous effectuons."
