Le coronavirus est sur un sérieux coup d’auto-amélioration. Depuis qu'il a infiltré la population humaine, le SRAS-CoV-2 s'est scindé en centaines de lignées, avec quelques nouvelles variantes à propagation rapide. Une version plus contagieuse a d'abord dépassé le coronavirus OG au printemps dernier, avant de céder la place à la variante ultra-transmissible Alpha (B.

1.1.7).

Pourquoi la date limite d'une variante est si difficile à définir

Maintenant, Delta (B.1.617.

2), potentiellement le concurrent le plus contagieux à ce jour, est sur le point d'usurper le trône mondial.
Par ordre alphabétique, chronologique, le virus s'améliore de plus en plus dans son objectif principal : nous infectant. Et les experts soupçonnent qu'il faudra peut-être encore un certain temps avant que le potentiel contagieux de l'agent pathogène n'atteigne vraiment son maximum.

"Un virus va toujours essayer d'augmenter sa transmissibilité s'il le peut", m'a dit Jemma Geoghegan, virologue évolutionniste à l'Université d'Otago.
D'autres aspects du développement du virus bildungsroman, cependant, sont beaucoup plus difficiles à prévoir, ou même à obtenir une première lecture. Les chercheurs n'ont toujours pas une bonne idée des variantes qui pourraient causer plus de cas de maladie grave ou de décès, une mesure appelée virulence.

Et tandis que le potentiel de transmission d'un virus peut parfois augmenter sa propension à tuer, les deux ne sont en aucun cas inextricablement liés : les futures souches de coronavirus pourraient avoir une tendance plus mortelle, ou moins, ou ni l'une ni l'autre. Nous continuons à essayer de classer des variantes spécifiques comme « plus dangereuses » « plus mortel » ou « plus problématique », mais l'évolution virale est un gâchis humble et désordonné – une histoire tordue que nous devons regarder se dérouler en temps réel. "Nous ne pouvons pas nous contenter de" Oh, c'est la fin des mutations "", m'a dit Akiko Iwasaki, virologue et immunologiste à Yale.

Tant que le virus a des hôtes à infecter, il continuera à changer de forme d'une manière que nous ne pouvons pas entièrement prévoir. Ce caprice biologique rend plus difficile l'anticipation des prochains obstacles pandémiques que nous devrons surmonter et évaluer les dangers encore à venir. Mais notre rôle dans cette relation compte aussi : ce que le virus peut accomplir dépend aussi beaucoup de nous, ce qui signifie que son évolution le fait aussi.

Aussi désespérément que nous voulons le purger, le principal objectif du coronavirus est de se rapprocher de nous. Son impératif biologique est de s'immiscer dans un hôte approprié, de se reproduire et de se disperser, puis de recommencer le processus. Au cours de la dernière année et demie, le SRAS-CoV-2 a trouvé sa place dans au moins 180 millions d'hôtes humains, et le virus en veut toujours plus.

"La pression évolutive pour un virus est la transmissibilité", m'a dit Iwasaki. Tout changement qui fait plus d'elle plus tôt l'aidera à s'épanouir, comme une mauvaise herbe à croissance rapide s'installant dans un nouveau jardin.
La plupart des mutations qui se produisent dans le génome du SRAS-CoV-2 sont sans conséquence, voire préjudiciables, à la campagne de propagation du virus.

Parfois, cependant, un virus a un petit avantage. Toutes choses égales par ailleurs, cette variante aura une longueur d'avance sur ses semblables et pourrait les surpasser. Les épidémiologistes échantillonnant les malades verront une forte augmentation de la proportion de personnes infectées par une version spécifique du virus – une version trop importante et trop soudaine pour être expliquée par hasard.

Un tel pic a averti les responsables de la santé publique de la présence d'Alpha peu de temps avant son éruption à travers le monde. "Cela est passé de rien à tout très rapidement", m'a dit Joseph Fauver, épidémiologiste génomique à l'Université de Yale. Delta semble maintenant suivre les traces de son prédécesseur; il a d'abord balayé l'Inde et le Royaume-Uni, dépassant des variantes plus lentes, puis a dépassé les frontières internationales.

Exactement comment Alpha et Delta ont exécuté leur ascension fulgurante est moins clair : le SARS-CoV-2 a probablement trouvé plusieurs façons de se propager plus efficacement entre les hôtes. Certaines mutations auraient pu aider Alpha plus facilement à s'étendre à l'extérieur des cellules ; d'autres pourraient augmenter la capacité de Delta à s'accumuler dans les voies respiratoires, le point de sortie naturel du virus. D'autres changements génétiques pourraient rendre des variantes spécifiques plus résistantes, leur permettant peut-être de s'attarder dans le nez, de sorte que les hôtes restent contagieux plus longtemps.

Ces différentes possibilités peuvent être dissociées lors d'expériences sur des cellules et des animaux de laboratoire, mais elles convergent toutes vers un même principe, m'a dit Angela Rasmussen, virologue à la Vaccine and Infectious Disease Organization en Saskatchewan, au Canada : « Ce que nous voyons est un virus qui devient de plus en plus efficace pour créer plus de virus. Avec suffisamment de temps avec un nouvel hôte, on peut s'attendre à ce que la plupart des virus tendent à devenir plus transmissibles ; le coronavirus ne fait probablement pas exception.
Un virus plus contagieux pourrait, au premier passage, sembler être un virus plus mortel : ses capacités d'invasion améliorées pourraient lui permettre de s'accrocher plus étroitement à son hôte, atteignant des niveaux suffisamment élevés pour submerger le corps.

"Dans ce cas, la transmissibilité et la virulence pourraient augmenter en parallèle", m'a dit Paul Turner, biologiste de l'évolution et virologue à Yale, une histoire simple et soignée. Certains chercheurs ont émis l'hypothèse que cela pourrait être le récit derrière les variantes Alpha et Delta, qui ont toutes deux été liées à des bosses d'hospitalisation. Mais ces schémas n'ont pas encore été identifiés de manière concluante, a déclaré Turner, et aucune preuve à ce jour ne suggère que le coronavirus évolue systématiquement pour devenir plus malveillant.

Les virus sont des entités microscopiques avides de diffuser, pas de carnage ; la souffrance de leur hôte n'est pas un impératif pour qu'ils persistent. Si une poussée de virulence se produit, elle est souvent fortuite – des dommages collatéraux dus à une augmentation de la contagiosité.
La marche vers la transmissibilité n'entraîne pas toujours la virulence.

On a découvert que de nombreuses personnes transportaient silencieusement des tonnes du SRAS-CoV-2 dans leurs voies respiratoires sans effet néfaste. À l'occasion, les deux traits peuvent même se heurter, forçant les virus à devenir dompteur au fil du temps au service d'une propagation plus rapide. Le virus du myxome hypervirulent, un agent pathogène délibérément introduit chez les lapins australiens dans les années 1950 comme forme de lutte biologique, par exemple, semble être devenu moins mortel avec le temps.

Au lieu de tuer des lapins instantanément, il a commencé à prolonger la maladie de ses hôtes et, par extension, sa propre fenêtre infectieuse.
Mais le myxome est plus une exception qu'une règle. Les virus super mortels ou débilitants tels qu'Ebola et la dengue, a souligné Fauver, ne semblent pas s'adoucir ; ils se propagent déjà très bien.

Le SRAS-CoV-2 peut avoir particulièrement peu de raisons de se domestiquer, car une grande partie de sa transmission se produit avant l'apparition de symptômes graves : "Il ne tue pas les gens avant qu'ils ne puissent le transmettre à quelqu'un d'autre", a déclaré Rasmussen. Si les destins de la virulence et de la transmission du SRAS-CoV-2 ne sont pas étroitement liés, "il n'y a aucun moyen responsable de faire des prédictions sur la façon dont la virulence va changer en ce moment", déclare Brandon Ogbunu, biologiste évolutionniste et computationnel à Yale.
Alpha et Delta peuvent encore être, particule pour particule, des ennemis plus redoutables que les autres variantes ; s'ils sont constamment à l'origine de plus de maladies, d'hospitalisations et de décès, ces tendances méritent certainement d'être prises en compte.

Mais les lier définitivement à des traits viraux ou à des mutations spécifiques est difficile, en partie parce que virulence lui-même est un concept trouble. "C'est un peu un mot désastreux", m'a dit Ogbunu. Il est destiné à transmettre les dommages causés à un hôte par un agent pathogène.

Mais endommager est subjective et dépend au moins autant de l'hôte que du virus. Alors que mesurer la transmissibilité peut signifier simplement se demander si une variante est présente et dans quelle mesure, la détection de la virulence est une interrogation plus qualitative, de la façon dont le virus et le corps interagir, à travers une multitude d'environnements différents. Si les variantes sont des mauvaises herbes, la virulence demande à quel point elles sont pernicieuses, et la réponse peut être fortement influencée par la délicatesse des plantes de jardin qu'elles étranglent.

Les hospitalisations et les décès, certains des meilleurs relevés de virulence dans le monde réel, peuvent en eux-mêmes être des mesures lourdes à utiliser, explique Müge Çevik, virologue et expert en maladies infectieuses à l'Université de St. Andrews, au Royaume-Uni. Tous les endroits n'ont pas les mêmes normes de soins ou le même accès aux traitements.

Les personnes malades peuvent être admises à l'hôpital à cause d'une forme plus méchante du virus ou à cause de facteurs de risque qui les ont rendus plus vulnérables au départ. L'immunité contre le SRAS-CoV-2 s'est également renforcée au fil du temps, ce qui embrouille davantage la susceptibilité. Et une grande partie des difficultés causées par le coronavirus reste en dehors des murs de l'hôpital.

La difficulté de comparer les populations peut expliquer en partie pourquoi différentes études portant sur la gravité des variantes ont parfois donné des résultats discordants. Les taux de cas en ballon ont également un moyen de se renforcer : lorsque de nombreuses personnes tombent soudainement malades, peut-être parce qu'une variante plus transmissible est apparue, l'infrastructure médicale est submergée et davantage de personnes peuvent mourir, même si le virus lui-même n'est plus nocif. "L'épidémiologie est si bruyante, c'est si difficile à dire", m'a dit Vineet Menachery, coronavirologue à la branche médicale de l'Université du Texas.

(Les chercheurs s'accordent désormais généralement à dire que l'Alpha est plus meurtrière que les autres variantes ; les nouvelles sur Delta sont moins certaines.)
Cela oblige les chercheurs à cataloguer méticuleusement non seulement les variantes qui nous infectent, mais aussi les caractéristiques des personnes qu'elles affectent le plus, explique Rebekah Honce, virologue au St. Jude Children's Research Hospital.

« C'est un trio d'hôte, d'agent et d'environnement, vous ne pouvez ignorer aucune branche. »
COVID-19 sera, inévitablement, différent à l'avenir. Mais notre relation avec le virus ne dépendra pas uniquement de ses dérives génétiques : nous pouvons nous attendre à ce que les défenses immunitaires que nous élevons contre le SRAS-CoV-2 façonnent son chemin évolutif.

Avec la multiplication des vaccins dans de nombreuses régions du monde et la diminution du nombre d'hôtes à infecter, le virus commence à se heurter à des barrages routiers et à s'évaporer lentement. "En vaccinant, nous rendons moins probable l'émergence de nouvelles variantes", m'a dit Çevik. Finalement, au fur et à mesure que nos défenses collectives se renforcent, le SRAS-CoV-2 pourrait ne pas devenir plus une nuisance qu'un simple coronavirus, ne provoquant que des symptômes éphémères et sans conséquence chez la plupart des gens, dont le corps a déjà vu une version de l'agent pathogène, Jennie Lavine, un épidémiologiste et virologue à l'Université Emory, m'a dit.

Cela, bien sûr, rend l'accès équitable aux vaccins d'autant plus important, afin que les points chauds mutationnels ne surviennent pas dans des endroits non protégés.
Livré à lui-même, le virus pourrait hypothétiquement brider lui-même. Mais il n'y a peut-être aucune incitation à le faire.

"Compter sur le virus pour devenir moins virulent à lui seul est un mauvais pari", comme attendre qu'un ennemi ralentisse son attaque, m'a dit Iwasaki de Yale. Le mieux est de doubler notre défense, les outils que nous connaissons déjà le mieux.
Il y a une curieuse mise en garde au déploiement de vaccins.

Alors que les inoculations ne sont pas elles-mêmes la cause des mutations du SRAS-CoV-2, l'immunité qu'elles procurent peut pousser le virus vers de nouvelles trajectoires que nous devrons continuer à surveiller. Un vaccin moins que stellaire développé pour bloquer la maladie de Marek chez les poulets a aiguillonné un virus vers une transmissibilité et une virulence plus élevées, rendant l'agent pathogène plus dangereux pour non vacciné des oiseaux. (Il n'y a aucune preuve de ce qui se passe avec le SRAS-CoV-2 et notre gamme actuelle d'excellents vaccins, mais le virus continuera de représenter une menace particulièrement importante pour ceux qui ne sont pas immunisés.

) La pression exercée par les vaccins pourrait également favoriser la propagation de des variantes qui sont mieux à même d'échapper à nos défenses et, peut-être, de bloquer certains de nos tirs. Une poignée de variantes, dont Delta, ont déjà démontré leur capacité à esquiver certains anticorps – un autre trait, a déclaré Çevik, qui permet au virus d'entrer plus facilement dans son hôte.
Dans les années à venir, nous devrons probablement modifier nos recettes de vaccins pour suivre le rythme de l'évolution rapide du virus.

Mais chaque vaccin que nous lançons a le potentiel de bloquer une route que le virus aurait autrement empruntée. Les génomes viraux ne sont pas infiniment mutables - ils ne peuvent modifier que le matériel de départ qui leur a été donné, et ils ne peuvent pas apporter certains changements sans entraver leur précieuse capacité de propagation. Avec le temps, nous pourrons peut-être utiliser les tirs de manière stratégique, pour forcer le SARS-CoV-2 sur des voies évolutives plus prévisibles, Turner m'a dit : "C'est ainsi que nous prenons le contrôle."

Si nous voulons vivre avec ce virus à long terme – comme nous le devons absolument – ​​alors les vaccins sont la clé pour construire une relation durable, dans laquelle nous renversons la vapeur. Nous pouvons faire réagir l'évolution du virus contre nous, et non l'inverse.