Il existe actuellement plus de 1200 lignées variantes du coronavirus COVID-19 identifiées dans le monde. Les virus sont en constante mutation, donc toute mutation de la souche d'origine identifiée à Wuhan, en Chine, est considérée comme une variante. Plus le COVID-19 est transmis d'une personne à l'autre, plus le risque de mutations est élevé.
Mais toutes les variantes ne sont pas aussi préoccupantes pour les experts de la santé publique, qui se concentrent sur celles qui pourraient rendre le COVID-19 plus transmissible, plus grave ou qui pourraient interférer avec l'efficacité du vaccin ou la précision des tests.
Sur ces 1 200 lignées, le CDC signale cinq variantes préoccupantes circulant aux États-Unis. B.1.1.7 - le plus répandu aux États-Unis, avec 53 819 cas - a été signalé pour la première fois dans le Kent, dans le sud-est de l'Angleterre, en décembre 2020. Il s'est répandu rapidement à travers le Royaume-Uni, puis dans plus de 100 pays. P.1, la deuxième variante la plus courante aux États-Unis avec 2598 cas, a été signalée pour la première fois le 10 janvier 2021 chez des voyageurs japonais revenant à Tokyo de Manaus, au Brésil.
Abritant 2 millions de personnes, les cimetières de fortune de Manaus apparaissent dans le nouveau documentaire FRONTLINE The Virus That Shook the World. Le Brésil est le deuxième derrière les États-Unis pour le nombre total de décès dus au COVID-19, avec P.1 - identifié pour la première fois aux États-Unis le 26 janvier, lorsqu'un patient du Minnesota est tombé malade après un voyage au Brésil - causant la plupart des nouvelles infections au Brésil en Mars et avril. P.1 est également responsable d'environ 30% des près de 400 000 décès dans le pays à ce jour, selon Brasil.io, un tableau de bord collaboratif.
Pour comprendre comment P.1 a augmenté et s'est propagé dans 40 pays et compte, FRONTLINE s'est entretenu en portugais avec Ester Sabino, immunologiste et professeur à l'Institut de médecine tropicale de l'Université de Sao Paulo, et le coordinateur local d'une initiative de recherche sur les virus entre Brésil et Royaume-Uni. Son équipe a été la première à séquencer le génome du COVID-19 au Brésil et a été l'une des premières à détecter le variant P.1.
Quand la variante P.1 a-t-elle été identifiée pour la première fois au Brésil?
La semaine du 4 janvier 2021, nous avons reçu les échantillons d'un laboratoire de Manaus. Nous avons présenté les résultats au secrétaire à la santé de Manaus le 10 janvier, le même jour où le rapport du Japon a été diffusé.
Quand nous avons vu la première séquence, nous avons été alarmés, car c'était très différent. Il y avait plusieurs mutations dans la séquence, y compris celles associées à une transmission plus élevée dans B.1.1.7, la variante britannique. Nous avons eu une réunion avec d'autres équipes et les avons informées de ce que nous avons trouvé. Fiocruz [another Brazilian public health institute] également trouvé.
Nous avions publié un article disant que de nombreuses personnes [up to 76% of Manaus’ population, as of October 2020] avait été exposé au virus. Donc, tout ce qui pourrait déclencher une nouvelle épidémie à Manaus nécessiterait une compréhension différente.
Une variante expliquerait le problème : soit les gens ont perdu leur immunité contre le virus trop rapidement, soit quelque chose de très différent se passait. Aucune des deux alternatives n'était une bonne nouvelle.
D'où vient une variante?
C’est quelque chose que nous ne comprenons toujours pas, même pour la variante détectée dans le Kent. Il a de nombreuses mutations, est apparu soudainement et s'est répandu rapidement. P.1 est aussi comme ça. Le calcul que nous avons fait est qu'il a commencé à un moment donné en novembre à Manaus, ou dans un endroit de l'Amazonie près de Manaus. Il y a une hypothèse selon laquelle les variants avec beaucoup de mutations en même temps proviennent de patients immunodéprimés, mais cela reste une hypothèse.
Parlez-nous de la chronologie, alors que P.1 se répandait.
En novembre et décembre, la variante a commencé à se répandre à Manaus. Ainsi, tous les vols au départ de Manaus transportaient peut-être des passagers infectés vers de nombreux endroits au Brésil et dans le monde. Même après que les scientifiques ont détecté le problème, le gouvernement brésilien n’a pas annulé les vols. De nombreux patients et membres de leur famille ont été transférés vers d'autres villes du Brésil pour y être soignés, et les vols se sont poursuivis. La variante se répandait petit à petit et prenait le dessus.
Nous avons eu une augmentation des rassemblements à la fin de l'année. En janvier et février, P.1 s'était répandu dans tout le Brésil. En mars, [the variant spread] de manière synchronisée : Tous [Brazilian] les états avaient en même temps des taux de transmission élevés. P.1 est jusqu'à 2,4 fois plus transmissible, par rapport à la première vague d'infections. Il n’est pas encore possible de comparer P.1 et les deux autres variantes [from Kent and South Africa].
P.1 s'est-il transformé en d'autres variantes?
Pas encore. Il faut continuer à séquencer P.1 pour comprendre comment il va évoluer. Premièrement, nous devions comprendre à quel point il s'était répandu dans tout le Brésil et à quelle vitesse. Cette semaine, les données de l'État de Rio de Janeiro montrent que près de 100% des nouvelles infections sont attribuées à P.1.
Combien d'autres variantes circulent actuellement au Brésil?
Nous avons détecté trois variantes au Brésil, principalement récemment la variante sud-africaine. Il existe des milliers de lignées, mais ce qui compte vraiment, ce sont les variantes préoccupantes: lorsqu'une variante commence à prendre le dessus ou qu'il y a un quelconque changement dans son comportement.
Qu'a fait le Brésil pour contenir la variante?
C’est très difficile au Brésil, car nous avons un président qui dit aux gens de sortir tout le temps. [President Jair Bolsonaro has called complaints from critics plots against him.]
Le ministère brésilien de la Santé est très désorganisé. [Brazil has had four different health ministers since the pandemic began, and the Bolsonaro administration stopped making COVID data publicly available online from June 5 to June 9, 2020, when a supreme court judge ordered it to resume.]
Il est très difficile pour des individus, des groupes ou même des États d’agir sans coordination fédérale.
Ce qui a été fait ici ne résoudra pas le problème. … Vous avez besoin d'un plan, d'une communication claire que les gens peuvent comprendre, et que si nous voulons protéger la population, tout le monde devra travailler dur. Distanciation sociale, porter un masque : il n’ya pas d’autre choix.
Y a-t-il des leçons pour d'autres pays?
La bonne nouvelle est que P.1 semble être sensible au vaccin.
Des variantes apparaîtront dans de nombreux endroits dans le monde, il est donc très important que le monde entier se fasse vacciner. Si la population américaine est vaccinée, bien sûr, les États-Unis seront plus en sécurité. Mais ce ne sera jamais totalement sûr si des variantes continuent d'apparaître partout dans le monde.
Regardez la partie 1 du virus qui a secoué le monde dans son intégralité ci-dessous.
Paula Moura, Tow Journalism Fellow, Bourse de recherche FRONTLINE / Newmark Journalism School, FRONTLINE
