Pour les soutenir, de nombreuses personnes se demandent pourquoi aucun animal intermédiaire n'a encore été identifié et soulignent la proximité d'un laboratoire de pointe sur les coronavirus à l'Institut de virologie de Wuhan, qui est situé à environ une demi-heure de route du marché des fruits de mer de Huanan qui était lié à bon nombre des premiers cas de COVID-19 en décembre 2019.

WIV abrite un laboratoire dirigé par Shi Zhengli, une virologue célèbre pour son travail sur la recherche des origines des chauves-souris de la dernière épidémie de coronavirus. Son laboratoire est spécialisé dans la collecte de coronavirus sur le terrain, puis dans leur étude pour comprendre leur potentiel de création de pandémies.

Les faits – et les lacunes – sur l'origine du coronavirus

Le laboratoire a fabriqué des virus chimériques qui mélangent et associent différents éléments pour mieux comprendre ce qui est nécessaire pour infecter les cellules humaines, ce que certaines personnes considèrent comme des expériences de gain de fonction, bien que Shi ne le fasse pas. Comme nous l'avons écrit, il n'existe pas de définition unique du gain de fonction, mais dans ce contexte, il fait généralement référence à des modifications visant à rendre un virus plus dangereux ou infectieux pour étudier les voies potentielles de la maladie.

Shi a déclaré à Science que certaines de ses recherches sur les coronavirus ont été menées au niveau de biosécurité 2 (BSL-2) – un niveau de sécurité de base en laboratoire que certains disent inadéquat; ces informations sont également accessibles au public dans les sections méthodes des articles publiés.

La suppression par l'institut de sa base de données en ligne d'échantillons et de séquences de virus en septembre 2019 et l'annonce d'un rapport de renseignement américain selon lequel trois chercheurs du WIV sont tombés malades et ont demandé des soins dans un hôpital en novembre 2019.

Certaines personnes spéculent également que le SRAS-CoV-2 pourrait provenir d'une mine abandonnée où des chercheurs du laboratoire de Shi ont collecté des échantillons de chauves-souris après que des travailleurs enlevant le guano de chauve-souris soient tombés malades d'une maladie respiratoire inconnue en 2012 et que plusieurs soient décédés. C'est un effort d'échantillonnage qui a révélé le RaTG13, le virus de la chauve-souris que Shi a annoncé fin janvier 2020 qui, avec une similarité de 96,2%, est le plus proche de tous les virus connus du SRAS-CoV-2 dans sa séquence génomique globale.

Quelques partisans soutiennent en outre que la séquence génétique du SRAS-CoV-2 contient plusieurs caractéristiques inattendues qui indiquent la bio-ingénierie – et qu'il est curieux que le virus soit si bien adapté pour infecter les gens dès le départ.

À la base de toutes ces hypothèses se trouve le manque de transparence et de coopération de la Chine pour trouver l'origine du virus, que beaucoup interprètent comme incriminante.

Shi, cependant, a vigoureusement nié avoir le virus ou l'un de ses précurseurs potentiels et dit que personne dans le laboratoire n'a été testé positif pour le coronavirus, ni n'a d'anticorps contre lui. Si c'est vrai, alors il n'y a aucun moyen que le SARS-CoV-2 vienne d'elle.

Malgré plusieurs récits de fuite de laboratoire qui prétendent que RaTG13 aurait pu être modifié pour créer le SRAS-CoV-2, les scientifiques qui étudient les virus ne croient pas que ce soit possible. Comme d'autres l'ont déjà expliqué, le génome de RaTG13 diffère du SARS-CoV-2 de plus de 1 000 nucléotides, ce qui le rend trop différent pour avoir vraisemblablement servi de géniteur. "RaTG13 est trop divergent pour être ce virus ancestral", nous a dit David Robertson, responsable de la génomique virale et de la bioinformatique à l'Université de Glasgow.

De plus, Shi dit qu'il n'y a de toute façon qu'une séquence génomique pour RaTG13 - le virus vivant n'a jamais été isolé de l'échantillon - et qu'elle n'a jamais isolé que trois coronavirus de chauve-souris liés au SRAS.

La seule façon dont le SARS-CoV-2 aurait pu provenir du laboratoire, manipulé ou non, est si l'établissement était en possession d'un virus beaucoup plus similaire au SARS-CoV-2 qu'au RaTG13, nous ont dit plusieurs experts.

« J’estimerais au moins 99%, c’est le minimum. Il doit probablement être similaire à 99,9% pour effectuer ce type de changement en laboratoire », a déclaré Robert F. Garry, virologue à la faculté de médecine de l'Université de Tulane. « Il n’y a tout simplement aucune preuve qu’ils aient eu quelque chose de proche de cela. »

Dans une interview par e-mail avec le New York Times en juin, Shi a rejeté l'idée qu'elle effectuait des recherches risquées sur le gain de fonction, affirmant que son laboratoire n'avait jamais mené d'expériences "qui améliorent la virulence des virus". Elle a également déclaré qu'elle n'avait connaissance d'aucun employé malade de l'institut en novembre 2019, comme le suggère un rapport du renseignement américain.

En mai, le Wall Street Journal a rapporté quelques détails supplémentaires sur le calendrier et le nombre de travailleurs présumés malades du rapport, y compris le fait qu'ils avaient demandé des soins dans un hôpital ; sinon, c'était la même information dans une fiche d'information publiée par le département d'État le 15 janvier, qui indiquait que les symptômes des chercheurs étaient "cohérents avec le COVID-19 et les maladies saisonnières courantes".

La crédibilité et l'importance du signalement des maladies pendant la saison de la grippe restent floues. "Aucun scientifique n'a le moindre moyen de vérifier si cela est vrai ou non", a déclaré Maciej Boni, professeur agrégé de biologie au Center for Infectious Disease Dynamics de l'Université d'État de Pennsylvanie.

Dans son article, le Wall Street Journal a noté que les responsables ont des opinions divergentes sur la force du renseignement et qu'en Chine, il est courant de se rendre à l'hôpital pour des affections moins graves.

Si plusieurs personnes avaient COVID-19 et étaient très malades, Garry a déclaré que cela signifierait que des centaines d'autres personnes auraient eu COVID-19 à un autre niveau. Les travailleurs auraient également généré des anticorps. "C'est là que les données de séroconversion entrent en jeu", a-t-il déclaré, se référant aux tests d'anticorps que le WIV dit négatifs.

Étant donné que Wuhan a eu une énorme vague de grippe à l'époque, a-t-il dit, il était probable que tous les chercheurs malades aient la grippe.

Des soupçons ont également tourné autour des virus de chauve-souris que le groupe de Shi a collectés dans une mine de cuivre fermée à Mojiang, dans la province du Yunnan, certains estimant que la mystérieuse maladie respiratoire mortelle des mineurs était le COVID-19 ou une maladie causée par un coronavirus similaire et que le SRAS- Le CoV-2 pourrait provenir de la mine.

Un échantillon de chauve-souris collecté dans la mine, située dans le sud-ouest de la Chine à environ 1 000 kilomètres de Wuhan, a fini par produire en 2013 du RaTG13, dont une séquence partielle a fait l'objet d'une publication en 2016 sous un nom différent. Dans un addendum de novembre à son article de 2020 décrivant RaTG13, Shi a signalé qu'elle avait collecté huit autres coronavirus liés au SRAS de la mine, qu'elle a décrits dans une prépublication publiée le 21 mai. Tous ces virus sont presque les mêmes et ne sont qu'un 77,6 % correspond au SARS-CoV-2, tombant sur une branche distincte de l'arbre généalogique viral que le SARS-CoV-1, le virus qui a causé la première épidémie de coronavirus, et le SARS-CoV-2.

Certains prétendent qu'il est louche que Shi n'ait pas divulgué les séquences plus tôt ou n'ait pas mentionné les maladies de type pneumonie ou les miennes dans ses publications. Shi a expliqué dans son addendum que son laboratoire avait testé des échantillons de sérum des travailleurs malades pour les coronavirus liés au SRAS des chauves-souris et qu'ils étaient négatifs ; elle les a retestés plus récemment pour le SARS-CoV-2 et ils étaient également négatifs. Elle a également noté que tous les virus n'étaient que de loin liés au SRAS-CoV-1 sur la base d'une vérification initiale d'une seule séquence de gène ; RaTG13 a été séquencé presque entièrement en 2018 une fois que la technologie de séquençage dans son laboratoire s'est améliorée et a été renommé à partir de son identifiant d'échantillon de chauve-souris pour « refléter l'espèce de chauve-souris, l'emplacement et l'année d'échantillonnage ». C'est cette séquence que Shi a pu consulter suite à l'identification du SARS-CoV-2 début 2020.

Rien dans l'histoire de la mine ne semble anormal, a déclaré Garry, la qualifiant de "distraction". Il a ajouté qu'il n'y aurait eu aucune raison pour que Shi ne signale pas l'identification d'un virus plus similaire au SRAS-CoV-2 qu'au RaTG13 si elle en avait trouvé un.

"Nous n'aurions pas cette conversation parce qu'elle aurait su de quel animal ou de quelle espèce de chauve-souris elle venait. Et l'origine naturelle serait résolue », a-t-il déclaré.

Dans une interview avec Science en juillet, Shi avait déjà partagé les détails du changement de nom et expliqué que son laboratoire "n'avait pas prêté une attention particulière" au RaTG13 au départ car il n'était pas particulièrement proche du SARS-CoV-1.

Edward Holmes, un biologiste de l'évolution à l'Université de Sydney, a déclaré à Science que son explication avait du sens. "Bien sûr, ils auraient été principalement intéressés par les virus de chauve-souris étroitement liés au SRAS-CoV … et non par un virus de chauve-souris aléatoire plus éloigné", a-t-il déclaré.

En ce qui concerne la base de données manquante, WIV a déclaré à l'équipe de l'OMS qu'il y avait eu une feuille de calcul en ligne d'échantillons à usage interne et qu'il avait été prévu de créer un système interactif, mais en raison de plus de 3 000 cyberattaques, les données ont été conservées hors ligne.

Évasion de laboratoire possible, mais peu probable

Il est possible, bien sûr, que les Chinois mentent sur la base de données, les résultats négatifs des tests de coronavirus du personnel de WIV et que WIV ou une autre installation ait le SARS-CoV-2 ou son précurseur dans l'un de ses laboratoires.

Des évasions en laboratoire d'agents pathogènes dangereux se sont produites dans le passé, y compris plusieurs cas de SARS-CoV-1 en Chine. Il n'en demeure pas moins qu'il n'y a jamais eu d'accident de laboratoire qui a déclenché une pandémie ou conduit à l'apparition d'un nouvel agent pathogène, et qu'il n'y a jamais eu de brèche connue au WIV. (Un incident fréquemment cité comme exemple d'accident de laboratoire, l'épidémie de grippe de 1977 en Russie, a probablement été un essai de vaccin qui a mal tourné, pas une sortie de laboratoire.)

L'équipe de l'OMS n'a pas été en mesure de vérifier de manière indépendante la collecte de virus ou les dossiers de sécurité du laboratoire, bien que cela n'ait jamais été le mandat des études sur les origines de l'organisation.

Certains scientifiques souhaiteraient néanmoins une enquête plus approfondie.

Ralph Baric, épidémiologiste et chercheur sur les coronavirus à l'Université de Caroline du Nord à Chapel Hill qui a précédemment collaboré avec Shi et était signataire de la lettre Science critiquant l'OMS, nous a dit dans un communiqué que la structure génétique du SRAS-CoV-2 " pointe du doigt le virus originaire des populations naturelles d'animaux sauvages, très probablement des chauves-souris, qui sont passés des animaux aux humains », mais que « davantage d'enquêtes et de transparence sont nécessaires pour définir l'origine de la pandémie ».

« Par exemple, une enquête rigoureuse aurait examiné le niveau de biosécurité en vertu duquel la recherche sur les coronavirus de chauve-souris a été menée au WIV », a-t-il ajouté. "Il aurait inclus des informations détaillées sur les procédures de formation avec des enregistrements, les procédures de sécurité avec des enregistrements et des stratégies qui étaient en place pour empêcher les évasions accidentelles ou accidentelles."

Le Dr W. Ian Lipkin, épidémiologiste à l'Université Columbia et co-auteur d'un article influent sur Nature Medicine de mars 2020 qui a trouvé « improbable » que le SRAS-CoV-2 ait été manipulé en laboratoire, a également soulevé des inquiétudes quant à la sécurité.. Il a dit à l'ancien New York Times le journaliste scientifique Donald McNeil qu'il était troublé par le fait qu'une partie du travail de Shi sur les coronavirus avait été effectué dans les laboratoires BSL-2.

Malgré la suggestion de l'article selon laquelle Lipkin pourrait ne plus être d'accord avec la conclusion de l'article de Nature Medicine selon laquelle le virus n'était pas issu de la bio-ingénierie, il a confirmé à FactCheck.org qu'il l'avait fait.

"J'ai seulement dit que les nouveaux virus de chauves-souris ne devraient pas se propager au BSL-2 et que cela soulevait des inquiétudes concernant la biosécurité au WIV", a-t-il déclaré dans un e-mail. "Je ne désavoue pas le papier."

Possible, cependant, ne veut pas dire également probable, comme Lipkin le reconnaissait volontiers. Et en effet, même certains qui ont signé la lettre de Science, comme Baric, pensent que le scénario le plus probable est naturel.

Voyant comment la lettre a été interprétée pour étayer l'hypothèse d'une fuite de laboratoire, une signataire, la professeure de biologie et de bio-ingénierie à Caltech Pamela J. Bjorkman, s'en est retirée.

"Je pensais que la lettre aurait pour effet de susciter plus de financement pour la recherche de virus naturels dans les réservoirs animaux, que j'ai personnellement toujours supposé représenter l'origine des infections par le SRAS-CoV-2 chez l'homme", a-t-elle écrit dans une lettre au podcast. Cette semaine en virologie. "Peut-être naïvement, je n'avais pas prévu que la lettre serait utilisée pour promouvoir l'hypothèse de l'origine du laboratoire."

D'un autre côté, il y a quelques scientifiques qui ont inversé leurs opinions et pensent maintenant qu'une origine de laboratoire est plus probable qu'une origine naturelle.

Mais de nombreux scientifiques – en particulier ceux qui ont le plus d'expertise dans les coronavirus – trouvent une origine de laboratoire peu probable, même s'ils ne peuvent pas l'exclure.

« La découverte de virus de type SRAS-CoV-2 circulant chez les chauves-souris en fer à cheval en Chine et en Asie du Sud-Est, associée aux liens étroits des premiers cas avec les marchés d'animaux à Wuhan, sont des preuves très convaincantes que le SRAS-CoV-2 est le résultat de un débordement associé aux animaux un peu comme le SRAS », a déclaré Robertson, bioinformaticien du virus de l'Université de Glasgow, qui a étudié comment le SRAS-CoV-2 aurait pu évoluer. "Sur la fuite de laboratoire, il n'y a aucune preuve que le SRAS-CoV-2 se soit échappé d'un laboratoire autre que la coïncidence de la présence de l'Institut de virologie de Wuhan."

Goldstein, le virologue du coronavirus de l'Université de l'Utah, a accepté.

« Nous savons que la majorité des premiers cas détectés étaient directement liés aux marchés aux animaux de Wuhan. Nous savons que ces coronavirus liés au SRAS circulent chez les animaux ; nous savons que les gens sont infectés par ces virus », nous a-t-il dit, citant une étude du groupe de Shi qui a révélé que 2,7% des habitants d'un village rural avaient des anticorps contre les virus de type SRAS des chauves-souris, indiquant une infection passée.

En outre, a-t-il déclaré, une étude publiée dans Scientific Reports en juin a montré la présence de plusieurs espèces de mammifères illégalement vendues sur les marchés humides de Wuhan entre mai 2017 et novembre 2019, ajoutant à la plausibilité de la façon dont le transfert viral aurait pu se produire.

«Et donc, en quelque sorte tous les ingrédients sont là, les liens épidémiologiques sont là; les preuves scientifiques de la conception du virus ne tiennent pas du tout », a-t-il déclaré.

Garry, le virologue de Tulane, a également noté les exemples passés de retombées naturelles, y compris le SRAS ; le fait que les quatre premiers cas connus de COVID-19 à Wuhan avaient des liens avec différents marchés humides, comme le montre le rapport de l'OMS – et aucun signe que le laboratoire de Shi avait un virus proche du SRAS-CoV-2.

« Il n’y a aucune preuve d’une fuite de laboratoire. Rien de scientifique, c'est juste une accusation », a déclaré Garry. "Il faut penser que l'un des plus grands virologues de la planète fait partie d'un complot majeur impliquant des centaines de personnes."

Le génome viral presque certainement pas conçu

Au début de la pandémie, nous avons démystifié à plusieurs reprises les théories du complot sans fondement circulant sur les réseaux sociaux au sujet du SRAS-CoV-2 en cours de bio-ingénierie.

Par exemple, il y a eu de fausses allégations selon lesquelles le virus contient des « insertions » de VIH et de fausses allégations selon lesquelles le virus a été créé par un éminent chimiste de Harvard qui a été inculpé par le ministère de la Justice le 28 janvier 2020 pour avoir fait de fausses déclarations sur ses liens. en Chine.

De nombreux scientifiques restent ouverts à une évasion en laboratoire d'un virus naturel, mais moins entretiennent l'idée que le SRAS-CoV-2 a été conçu. Bien que cela ne puisse pas être entièrement exclu, plusieurs experts en coronavirus considèrent cela comme invraisemblable.

"Je suis totalement convaincu que le virus n'a pas été conçu", nous a dit Susan Weiss, chercheuse sur les coronavirus à l'Université de Pennsylvanie, dans un e-mail.

Goldstein de l'Université de l'Utah a déclaré que c'était "pratiquement impossible", tandis que le Dr Stanley Perlman, chercheur sur les coronavirus à l'Université de l'Iowa, est allé avec "impossible".

En mars, un groupe de scientifiques, dont Kristian Andersen de Scripps Research et Garry of Tulane, a publié un article dans Nature Medicine qui a passé au peigne fin la séquence du génome à la recherche de tout signe de bricolage en laboratoire et a conclu qu'il n'y en avait pas.

Au départ, les chercheurs avaient soupçonné qu'il y avait des éléments qui avaient été conçus. Mais après un examen plus approfondi, le groupe a rejeté cette hypothèse, comme nous l'avons écrit. (Contrairement à certaines suggestions, l'article d'Andersen n'était pas seulement un article d'opinion qui n'avait pas été vérifié par d'autres scientifiques. Un porte-parole de Nature Medicine a déclaré à FactCheck.org par courrier électronique que l'article avait été évalué par des pairs.)

Même si les scientifiques utilisaient des méthodes qui ne laisseraient aucune trace de manipulation, comme l'ont suggéré certains partisans des fuites de laboratoire, cela laisserait toujours le problème insurmontable de ne pas en savoir assez pour créer le virus.

"Personne ne saurait comment le faire", a déclaré Perlman. "Si l'on n'a pas le virus en main, comment décidez-vous de faire ça ?"

Récemment, il y a eu des spéculations supplémentaires sur le site de clivage de la furine du SRAS-CoV-2, qui est une tache sur la protéine de pointe du virus qui est coupée par l'enzyme furine pour activer la pointe et préparer le virus à entrer dans les cellules. Des expériences ont montré que le site est nécessaire pour que le virus infecte les cellules pulmonaires humaines et pour la transmission virale chez les furets. À première vue, le site est potentiellement curieux, car il est absent des coronavirus étroitement liés au SARS-CoV-2.

Des sites de clivage de la furine, cependant, existent dans de nombreux autres coronavirus, tels que les coronavirus félins et le virus qui cause le MERS. Parce que des séquences similaires pour le site de clivage se trouvent dans d'autres coronavirus, "sa présence n'est pas du tout suspecte ou indicative d'une manipulation en laboratoire", a déclaré Robertson.

"La lignée dont le SARS-CoV-2 a émergé est sous-échantillonnée, il n'est donc pas surprenant qu'il y ait des propriétés uniques dans son génome", a-t-il ajouté.

Thomas Gallagher, professeur de microbiologie et d'immunologie à l'Université Loyola de Chicago qui étudie les coronavirus, a également déclaré qu'il ne pensait pas que le site de clivage de la furine était un signe d'ingénierie.

"Certains coronavirus ont naturellement des sites de clivage de la furine, d'autres pas", nous a-t-il dit dans un e-mail. « Ces sites de clivage évoluent naturellement sous diverses pressions sélectives naturelles. Les pressions sélectives sont souvent puissantes, de sorte que le site de clivage de la furine est un point chaud pour la variation des coronavirus. »

Dans une histoire auto-publiée sur Medium, publiée plus tard sur le site Web du Bulletin of the Atomic Scientists, l'ancien New York Times le journaliste Nicholas Wade s'est concentré sur un élément ostensiblement suspect du site de clivage du furin. À savoir, que la séquence génétique sous-jacente du site de clivage du virus semblait manipulée en raison de deux tronçons CGG qui codent pour l'acide aminé arginine. Parce que le CGG ne se trouve pas souvent dans les coronavirus, a-t-il soutenu, au lieu d'évoluer naturellement, il était plus probable qu'un scientifique soit entré et ait inséré le site dans le génome tout en faisant des recherches sur le gain de fonction.

À l'appui de sa théorie, Wade a cité David Baltimore, lauréat du prix Nobel et président émérite de CalTech, disant que le site de clivage de la furine avec ses codons d'arginine était le « fusil fumant de l'origine du virus » et qu'il constituait « un puissant défi pour l'idée d'une origine naturelle pour le SRAS2.

Mais sur Twitter, Andersen a repoussé, notant que bien que rares, les triplés CGG ne sont pas inconnus dans la séquence génétique du SRAS-CoV-2 et sont utilisés pour coder l'arginine 3% du temps. En effet, certains coronavirus félins y diffèrent du SARS-CoV-2 par un seul nucléotide. Et maintenant que le monde est inondé de séquences du SRAS-CoV-2, il n'y a aucun signe que le virus mute en utilisant ces triplets sur le site de clivage, ce à quoi on pourrait s'attendre si la séquence n'était pas naturelle.

Informé des arguments d'Andersen, Baltimore a déclaré à un journaliste de Nature qu'il était d'accord sur le fait que le site aurait pu évoluer naturellement. FactCheck.org a également contacté Baltimore et dans un e-mail, il a reconnu qu'il "n'aurait pas dû utiliser l'expression" smoking " parce que cela semble si définitif ", bien qu'il ait ajouté qu'il ne pensait pas qu'Andersen " accorde suffisamment de crédit au possibilité que le site de clivage de la furine ait une origine non naturelle.

Les virologues, cependant, disent qu'il y a beaucoup d'autres raisons pour lesquelles il est incroyablement peu probable que le site de clivage de la furine ait été conçu, à commencer par le fait que le site n'est pas un très bon site de clivage.

«C'est un assez mauvais; il n'est pas clivé très efficacement par la furine », a déclaré Goldstein.

En fait, il a déclaré que sur la base d'autres coronavirus avec des sites de clivage similaires, il est connu que les mutations qui rapprochent la séquence protéique de la séquence du SRAS-CoV-2 finissent par perdre la capacité d'être coupées.

"Si vous essayez d'insérer un site de clivage de la furine", a déclaré Goldstein, "pourquoi choisiriez-vous un site de clivage de la furine qui n'est pas en fait un site de clivage fonctionnel de la furine dans d'autres virus?"

De plus, le site de clivage existe sous la forme d'une insertion dans le génome qui brise étrangement les triplets dans ce qu'on appelle une insertion « hors cadre ». Tout scientifique souhaitant ajouter un site de clivage de la furine "le ferait simplement tomber bien et proprement", a déclaré Goldstein. « Je ne sais pas comment expliquer d'un point de vue scientifique à quel point c'est ridicule, l'idée que vous feriez une insertion hors cadre. Cela n'a tout simplement aucun sens.

Garry, le virologue de Tulane, a également été déconcerté par la suggestion selon laquelle la séquence du site de clivage montrait que le virus avait été conçu. « Quel étudiant diplômé ou post-doctorant penserait à le mettre hors cadre ? Cette partie, je ne comprends tout simplement pas », a-t-il déclaré. « Ceci, pour le monde entier, ressemble à un virus naturel. »

Une autre spéculation est qu'au lieu qu'un scientifique choisisse délibérément ce qu'il faut modifier, le virus a été passé en série à travers des cellules humaines ou un animal. Cela, en théorie, éliminerait l'exigence pour un scientifique de savoir quoi insérer ou modifier. Les partisans des fuites de laboratoire citent souvent des expériences avec des cellules humaines ou des souris humanisées comme moyen potentiel pour que cela se produise.

Mais Perlman, qui a fait des expériences sur les coronavirus chez la souris, a déclaré que cela ne fonctionnerait pas. « La plupart du temps, lorsque vous prenez des virus et que vous les transmettez dans des cellules de culture tissulaire, vous obtenez des cellules qui se développent très bien dans des cellules de culture tissulaire et nulle part ailleurs », a-t-il déclaré. Et les souris humanisées sont encore pour la plupart des souris, a-t-il dit, donc le virus s'adapterait pour mieux se développer chez les souris, pas chez les humains.

"Ce devrait être quelque chose de plus proche d'un chat civette de palmier, qui est un animal étrange pour le croiser [the virus]", a expliqué Perlman.

Vous auriez également besoin d'un virus de départ beaucoup plus proche du SRAS-CoV-2 que n'importe quel virus connu, a-t-il dit, et même alors, le virus avec lequel vous vous retrouveriez ne serait presque certainement pas le SARS-CoV-2.

En conséquence, a déclaré Perlman, un tel scénario pourrait être techniquement possible mais est extrêmement improbable. Dans son esprit, le scénario d'ingénierie peut être exclu, bien qu'il considérait toujours la libération accidentelle d'un virus naturel comme une voie improbable, mais possible.

Pour compliquer davantage les scénarios de fuite en laboratoire, lorsque le SRAS-CoV-2 est cultivé dans les cellules standard utilisées pour isoler et propager les virus en laboratoire, le site de clivage de la furine est fréquemment perdu, comme le documentent plusieurs rapports. Le laboratoire Shi, notamment, a utilisé ces cellules avec chacun des trois coronavirus de chauve-souris liés au SRAS qu'il a isolés avec succès dans le passé.

Certains ont également fait valoir que le SRAS-CoV-2 était trop bien adapté pour infecter les humains au début de la pandémie – et que cela pourrait indiquer une conception humaine.

Mais Boni de Penn State a déclaré que c'était une ligne de pensée erronée.

"Il n'y a aucune garantie que quelque chose qui traverse doive être parfaitement adapté ou à moitié adapté ou un troisième adapté. Quoi qu'il arrive, arrive", a-t-il déclaré.

La pandémie de grippe porcine H1N1 en 2009, par exemple, a-t-il dit, était très bien adaptée à l'homme et a décollé très facilement et très rapidement. "Ce n'est pas un signe qu'ils étaient issus de la bio-ingénierie", a déclaré Boni.

Un article qu'il a co-écrit avec Robertson dans PLOS Biology a reconstitué l'histoire évolutive du SRAS-CoV-2 et suggère que la capacité du virus à infecter un large éventail de mammifères a évolué il y a des centaines d'années.

"Cela indiquerait que le géniteur du SRAS-CoV-2 n'a pas eu à s'adapter beaucoup, voire pas du tout", a déclaré Robertson, car il était déjà devenu un "virus généraliste" il y a longtemps, bien qu'il ait dit qu'un animal intermédiaire pourrait très bien encore être impliqué dans le transfert à un humain.

Pourquoi Wuhan ?

Pour certains, c'est plus qu'une coïncidence qu'une nouvelle épidémie de coronavirus ait commencé au même endroit que le premier laboratoire de recherche sur les coronavirus de Chine.

Mais Wuhan est aussi une ville de 11 millions d'habitants et une plaque tournante du commerce, y compris le commerce des espèces sauvages.

"Il y a des milliers et des milliers de grands et petits marchés dans une ville comme Wuhan où il y a des contacts humains-animaux tous les jours", a déclaré Boni, qui a passé huit ans à faire de l'épidémiologie de terrain au Vietnam. « Ces contacts humains-animaux ne sont pas rares. Les gens ne font pas leurs courses chez Whole Foods, les gens font leurs courses sur ces marchés.

Ainsi, bien que des accidents de laboratoire se produisent - et Boni a déclaré que la possibilité devrait être étudiée - cela "ne se compare pas vraiment à l'ampleur des contacts humains-animaux que vous avez dans une province comme le Hubei où il y a 60 millions de personnes et en moyenne une journée 5 millions de ces personnes auraient pu être en contact avec un animal sur un marché. »

Manquant de plus d'informations, Boni a déclaré qu'il pensait qu'un débordement naturel pour le SRAS-CoV-2 était « mille fois, un million de fois plus probable » qu'une fuite de laboratoire.

Absence d'une connexion animale claire

Pourtant, il est vrai qu'il n'y a aucune preuve d'un débordement naturel, et à environ 18 mois des premiers cas identifiés de COVID-19, l'absence d'un animal qui a transmis le virus à l'homme a conduit certaines personnes à se demander s'il y en avait un.

Après tout, avec la première épidémie de SRAS en 2003, les mammifères félins connus sous le nom de civettes palmistes ont été identifiés comme hôtes intermédiaires possibles en quelques mois et identifiés de manière plus définitive en un an. Et avec le MERS en 2012, il a fallu environ un an pour découvrir que les gens avaient probablement attrapé le virus des chameaux.

Mais les experts nous ont dit que le retard n'est pas inattendu.

"Ce n'est pas vraiment surprenant", a déclaré Goldstein. D'une part, contrairement au premier SRAS, le marché lié à bon nombre des premiers cas de COVID-19 a été rapidement fermé, ce qui a rendu beaucoup plus difficile la recherche d'animaux intermédiaires potentiels.

« Il faut avoir de la chance, dit-il. « Il faut partir au bon moment. Si tu y vas plus tard, ça va être dur.

Et, comme Perlman l'a souligné : « Si je faisais du commerce illégal d'animaux exotiques et que j'entendais [a] La pandémie de SRAS-CoV-2 était sur le point de commencer, la première chose que je ferais serait de prendre mes animaux exotiques et de les rattraper. »

« En Chine, il n'est pas surprenant que les scientifiques n'aient pas trouvé le SRAS-CoV-2 dans des sources animales potentielles immédiatement après l'épidémie humaine à Wuhan. Ce résultat n'indique pas non plus qu'il y a un problème avec la théorie des retombées sur la faune », a écrit Christine K. Johnson, directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics au One Health Institute de l'Université de Californie, Davis' School of Veterinary Medicine, dans un éditorial. dans Scientifique américain. "C'est une recherche difficile qui prend du temps."

Il y a eu quelques efforts pour chercher un intermédiaire. L'OMS a signalé que 80 000 échantillons d'animaux sauvages et d'animaux de ferme en provenance de Chine avaient été testés, qui se sont tous révélés négatifs pour le SRAS-CoV-2. Mais Garry a déclaré que le chiffre n'est pas aussi impressionnant qu'il y paraît.

« 80 000 animaux semblent beaucoup, mais beaucoup d'entre eux étaient des bovins domestiques, des poulets et des oiseaux et des choses comme ça qui ne devraient pas avoir le SRAS-CoV-2 », a-t-il déclaré. « Lorsque vous vous concentrez sur les espèces qui pourraient l’avoir, il s’agit peut-être de quelques centaines d’échantillons au maximum. »

Et il n'y a peut-être pas d'intermédiaire. Quoi qu'il en soit, l'identification d'un virus plus proche chez les chauves-souris, que l'on pense être la source d'origine du virus, pourrait également prendre du temps.

Avec le SRAS, il a fallu jusqu'en 2017 pour trouver une population de chauves-souris en fer à cheval hébergeant des virus avec toutes les caractéristiques spécifiques du SRAS-CoV-1 dans une grotte du Yunnan, démontrant que le virus provenait probablement de ces animaux et a ensuite probablement traversé les civettes pour infecter humains. Ce travail de détective, bien sûr, a été effectué par Shi.

"Il a fallu beaucoup de temps pour comprendre beaucoup de ces infections zoonotiques et je soupçonne que cela prendra quelques années de plus", a déclaré Perlman à propos du SRAS-CoV-2.

Déjà, les scientifiques ont identifié plusieurs virus de chauve-souris étroitement liés au SRAS-CoV-2, y compris RaTG13, bien qu'aucun virus précurseur n'ait été trouvé.

Notamment, des groupes autres que Shi ont également trouvé trois autres virus de chauve-souris, tous du Yunnan, qui sont jusqu'à 94,5% identiques au SRAS-CoV-2. Lorsque l'on tient compte de la recombinaison virale ou de l'habitude virale d'échanger des morceaux de matériel génétique, ceux-ci sont encore plus étroitement liés au SRAS-CoV-2 qu'au RaTG13.

L'existence de ces séquences dans la nature, disent de nombreux scientifiques, renforce le cas d'une origine naturelle, même si elle ne le prouve pas.

"Une spéculation raisonnable est qu'un échantillonnage animal supplémentaire pourrait identifier des sarbécovirus [SARS-related coronaviruses] qui sont encore plus proches du SRAS-CoV-2, même certains qui ont le site de clivage de la furine », a déclaré Gallagher, ajoutant que ces découvertes jusqu'à présent offrent « une raison basée sur les données pour laquelle le scénario de débordement naturel est favorisé ».

Il est également possible qu'une connexion animale concluante s'avère insaisissable.

"Nous n'obtiendrons peut-être pas de réponse définitive", a déclaré Goldstein. « Ce qui n'est malheureusement pas inhabituel en science. Je veux dire, nous ne connaissons toujours pas avec certitude l'hôte du virus Ebola, que nous recherchons depuis 1976. »

Obtenir une réponse

En effet, alors que plusieurs experts sont optimistes quant au fait qu'un plus grand échantillonnage apportera plus de preuves, le cheminement complet de la façon dont le SRAS-CoV-2 est devenu humain pourrait encore présenter des lacunes.

« Au fur et à mesure que l'échantillonnage est [done] sur les chauves-souris en fer à cheval, il y a de très bonnes chances que nous trouvions des virus animaux plus proches du SRAS-CoV-2 », a déclaré Robertson. "Bien que nous ne sachions peut-être jamais la voie exacte de transmission, nous devrions être en mesure de comprendre le processus qui s'est produit."

Si un réservoir animal est trouvé, a déclaré Boni, ce sera une preuve assez solide que le SRAS-CoV-2 provient de ce réservoir animal. « Mais aurons-nous un jour la preuve définitive et catégorique qu'il n'a pas été échantillonné par un chercheur, puis mal géré et accidentellement divulgué ? Nous n'aurons peut-être jamais cette preuve directe à 100% », a-t-il déclaré.

Dans le cas le plus clair, les chercheurs seraient en mesure d'identifier des animaux intermédiaires à proximité d'une population de chauves-souris porteuses de virus similaires au SRAS-CoV-2 et une minorité de personnes vivant dans la région auraient également des anticorps contre le virus, a déclaré Boni.

Pour certains, cela n'est peut-être pas encore une preuve définitive que le virus n'a pas fui d'un laboratoire, mais il serait très difficile de discuter avec.

in tissue culture or in animals, or epidemiological evidence of very early confirmed Covid-19 cases associated with the institute,” he said.

Gallagher also said that while release of a natural virus “seems very unlikely,” he wasn’t familiar enough with the operations of the Shi lab to comment further.

“I remain open to new findings as they arise,” he said. “There are still many unknowns and quite obviously, new discoveries can influence my positions.”

“If we’re going to get the answer, we have to do it with some degree of diplomacy,” Dr. Anthony Fauci, the director of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, said in a podcast with the New York Times. “Because if we want to be part of the team that goes out there and finds out is there a connection with an animal that might have been brought in for many, many, many miles away into the Wuhan markets, we’re going to have to do that in collaboration with the Chinese.”

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