Les scientifiques ont identifié une nouvelle souche du coronavirus qui est devenue dominante dans le monde et semble être plus contagieuse que les versions qui se sont propagées aux premiers jours de la pandémie de COVID-19, selon une nouvelle étude menée par des scientifiques du Los Alamos National Laboratory.

La nouvelle souche est apparue en février en Europe, a migré rapidement vers la côte est des États-Unis et est la souche dominante à travers le monde depuis la mi-mars, ont écrit les scientifiques.

Une étude signale un coronavirus mutant, qui est plus contagieux

En plus de se propager plus rapidement, il peut rendre les personnes vulnérables à une deuxième infection après un premier accès à la maladie, a averti le rapport.

Le rapport de 33 pages a été publié jeudi sur BioRxiv, un site Web que les chercheurs utilisent pour partager leurs travaux avant leur examen par les pairs, un effort pour accélérer les collaborations avec les scientifiques travaillant sur les vaccins ou traitements COVID-19. Cette recherche a été largement basée sur la séquence génétique des souches antérieures et pourrait ne pas être efficace contre la nouvelle.

La mutation identifiée dans le nouveau rapport affecte les pointes désormais infâmes à l'extérieur du coronavirus, qui lui permettent d'entrer dans les cellules respiratoires humaines. Les auteurs du rapport ont déclaré ressentir un « besoin urgent d’alerte rapide » afin que les vaccins et médicaments en cours de développement dans le monde soient efficaces contre la souche mutée.

Partout où la nouvelle souche est apparue, elle a rapidement infecté beaucoup plus de personnes que les souches antérieures issues de Wuhan, en Chine, et en quelques semaines, c'était la seule souche qui était répandue dans certains pays, selon le rapport. La prédominance de la nouvelle souche sur ses prédécesseurs montre qu’elle est plus contagieuse, selon le rapport, bien que la raison exacte ne soit pas encore connue.

Le coronavirus, connu des scientifiques sous le nom de SARS-CoV-2, a infecté plus de 3,5 millions de personnes dans le monde et a causé plus de 250 000 décès par COVID-19 depuis sa découverte à la fin de l'année dernière.

Le rapport était basé sur une analyse informatique de plus de 6 000 séquences de coronavirus du monde entier, collectées par la Global Initiative for Sharing All Influenza Data, une organisation publique-privée en Allemagne. Maintes et maintes fois, l’analyse a trouvéla nouvelle version était en transition pour devenir dominante.

L'équipe de Los Alamos, assistée de scientifiques de l'Université Duke et de l'Université de Sheffield en Angleterre, a identifié 14 mutations. Ces mutations se sont produites parmi les près de 30 000 paires de bases d'ARN qui, selon d'autres scientifiques, constituent le génome du coronavirus. Les auteurs du rapport se sont concentrés sur une mutation appelée D614G, qui est responsable du changement des pointes du virus.

« L'histoire est inquiétante, car nous voyons une forme mutée du virus émerger très rapidement et devenir au cours du mois de mars la forme pandémique dominante », a écrit la responsable de l'étude Bette Korber, biologiste informatique à Los Alamos, sur sa page Facebook. « Lorsque des virus porteurs de cette mutation entrent dans une population, ils commencent rapidement à prendre le dessus sur l'épidémie locale, ils sont donc plus transmissibles. »

Bien que le rapport de Los Alamos soit très technique et impartial

« Ce sont des nouvelles difficiles », a écrit Korber, « mais s'il vous plaît, ne vous découragez pas seulement. Notre équipe LANL n'a pu documenter cette mutation et son impact sur la transmission que grâce à un effort mondial massif de cliniciens et de groupes expérimentaux, qui mettent à disposition aussi rapidement que possible de nouvelles séquences du virus (SARS-CoV-2) dans leurs communautés locales. comme ils le peuvent. « 

Bette Korber, biologiste informatique au Los Alamos National Laboratory, dirige une équipe qui examine les mutations du nouveau coronavirus.

(Laboratoire national de Los Alamos)

Korber, diplômée de Cal State Long Beach qui a ensuite obtenu un doctorat en chimie à Caltech, a rejoint le laboratoire en 1990 et a concentré une grande partie de son travail sur un vaccin contre le VIH. En 2004, elle a remporté le prix Ernest Orlando Lawrence, la plus haute reconnaissance du département américain de l'Énergie pour ses réalisations scientifiques. Elle a contribué une partie du prix financier pour aider à créer un orphelinat pour les jeunes victimes du SIDA en Afrique du Sud.

Le rapport contient des ventilations régionales du moment où la nouvelle souche de virus est apparue pour la première fois et combien de temps il a fallu pour devenir dominant.

L'Italie a été l'un des premiers pays à voir le nouveau virus au cours de la dernière semaine de février, presque au même moment où la souche d'origine est apparue. Washington a été parmi les premiers États à avoir été touché par la souche d'origine fin février, mais le 15 mars, la souche mutée dominait. New York a été frappée par le virus d'origine vers le 15 mars, mais en quelques jours, la souche mutante a pris le relais. L'équipe n'a pas communiqué de résultats pour la Californie.

Les scientifiques des principales organisations travaillant sur un vaccin ou des médicaments ont déclaré au Times qu'ils placent leurs espoirs dans les preuves initiales que le virus est stable et ne risque pas de muter comme le virus de la grippe, nécessitant un nouveau vaccin chaque année. Le rapport Los Alamos pourrait renverser cette hypothèse.

Si la pandémie ne diminue pas de façon saisonnière à mesure que le temps se réchauffe, prévient l'étude, le virus pourrait subir d'autres mutations alors même que les organismes de recherche préparent les premiers traitements médicaux et vaccins. Sans maîtriser le risque maintenant, l'efficacité des vaccins pourrait être limitée. Certains des composés en développement sont censés s'accrocher au pic ou interrompre son action. S'ils ont été conçus sur la base de la version originale de la pointe, ils pourraient ne pas être efficaces contre la nouvelle souche de coronavirus, ont averti les auteurs de l'étude.

« Nous ne pouvons pas nous permettre d'être aveugles alors que nous passons les vaccins et les anticorps aux tests cliniques », a écrit Korber sur Facebook. « Veuillez être encouragés en sachant que la communauté scientifique mondiale est à ce sujet, et nous coopérons les uns avec les autres d'une manière que je n'ai jamais vue … au cours de mes 30 années en tant que scientifique. »

David Montefiori, un scientifique de l'Université Duke qui a travaillé sur le rapport, a déclaré qu'il était le premier à documenter une mutation du coronavirus qui semble le rendre plus infectieux.

Bien que les chercheurs ne connaissent pas encore les détails du comportement du pic muté à l'intérieur du corps, il fait clairement quelque chose qui lui donne un avantage évolutif par rapport à son prédécesseur et alimente sa propagation rapide. Un scientifique l'a qualifié de « cas>

« La fréquence du D614G augmente à un rythme alarmant, indiquant un avantage de fitness par rapport à la souche d'origine de Wuhan qui permet une propagation plus rapide », a indiqué l'étude.

On ne sait toujours pas si ce virus mutant pourrait expliquer les variations régionales dans la façon dont le COVID-19 frappe durement différentes parties du monde.

Aux États-Unis, les médecins ont commencé à se demander de manière indépendante si de nouvelles souches du virus pouvaient expliquer les différences dans la façon dont il avait infecté, rendu malade et tué des personnes, a déclaré Alan Wu, professeur à l'Université de San Francisco de l'Université de Californie qui dirige les laboratoires de chimie clinique et de toxicologie. à l'hôpital général de San Francisco.

Les experts médicaux ont spéculé ces dernières semaines qu'ils voyaient au moins deux souches du virus aux États-Unis, l'une répandue sur la côte est et l'autre sur la côte ouest, selon Wu.

« Nous cherchons à identifier la mutation », a-t-il dit, notant que son hôpital n'a fait que quelques morts sur les centaines de cas qu'il a traités, ce qui est « une histoire très différente de celle que nous entendons de New York ».

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L'étude de Los Alamos n'indique pas que la nouvelle version du virus est plus meurtrière que l'original. Les personnes infectées par la souche mutée semblent avoir des charges virales plus élevées. Mais les auteurs de l'étude de l'Université de Sheffield ont constaté que parmi un échantillon local de 447 patients, les taux d'hospitalisation étaient à peu près les mêmes pour les personnes infectées par l'une ou l'autre version du virus.

Même si la nouvelle souche n'est pas plus dangereuse que les autres, elle pourrait tout de même compliquer les efforts pour maîtriser la pandémie. Ce serait un problème si la mutation rend le virus si différent des souches antérieures que les personnes immunisées ne seraient pas immunisées contre la nouvelle version.

Si tel est effectivement le cas, cela pourrait rendre « des individus sensibles à une seconde infection », ont écrit les auteurs de l'étude.

Il est possible que la mutation modifie le pic d'une manière qui aide le virus à échapper au système immunitaire, a déclaré Montefiori, qui travaille sur un vaccin contre le VIH depuis 30 ans. « C'est hypothétique. Nous l'examinons très attentivement. «