NEW YORK – Une équipe de l'Université de Zurich et de la Bat Foundation Switzerland a utilisé une stratégie de dépistage basée sur le séquençage métagénomique pour identifier des dizaines de virus à ADN et à ARN chez des espèces de chauves-souris stationnaires et migratrices en Suisse, y compris un coronavirus lié au MERS-CoV derrière Syndrome respiratoire du Moyen-Orient.
Pour un article publié mercredi dans PLOS One, les chercheurs ont effectué un séquençage d'ADN et un séquençage d'ARN sur des échantillons de tissus fécaux, de selles ou d'organes de quelque 7 000 chauves-souris couvrant 18 espèces trouvées sur des sites en Suisse sur plusieurs années. En comparant les séquences de ces échantillons à celles des bases de données disponibles, ils ont retrouvé des représentants de plus de trois douzaines de familles virales – un ensemble qui contenait des virus dans 16 familles virales liées à des infections chez d'autres espèces de vertébrés.
En particulier, l'équipe a noté que le séquençage métagénomique sur des échantillons de selles prélevés dans l'une des colonies de chauves-souris Vespertilio murinus considérées a conduit à une séquence du génome presque complète pour un coronavirus qui était le plus étroitement lié au MERS-CoV. Néanmoins, il reste à voir si ce virus peut sauter à d'autres espèces, ainsi que les conséquences possibles d'une telle infection.
« Il sera intéressant d'étudier le potentiel zoonotique de ce bêtacoronavirus de chauve-souris et de suivre la colonie dans laquelle il a été détecté au fil du temps car cela permettrait [us] pour évaluer l'accumulation de mutations dans le génome du COV chez un hôte réservoir naturel », ont écrit le co-auteur principal et co-correspondant Jakub Kubacki, chercheur à l'Institut de virologie de l'Université de Zurich, et ses collègues.
À l'aide du séquençage de l'ADN métagénomique et de l'ARN-seq, les chercheurs ont recherché des séquences virales reconnaissables dans des échantillons de tissus fécaux ou d'organes frais prélevés sur des chauves-souris saines, malades ou décédées dans des colonies à travers la Suisse de 2015 à 2020. Les chauves-souris considérées provenaient de 14 espèces. originaire de Suisse et quatre espèces migratrices.
Avec ces séquences, l'équipe a examiné les virus trouvés chez les chauves-souris suisses, en général, ainsi que les caractéristiques du virome qui différaient entre les chauves-souris de différents sites, espèces, types d'échantillons, etc. Alors que la majorité des séquences virales liées aux vertébrés provenaient de la famille des Circoviridae, par exemple, les chauves-souris testées portaient également des virus des familles Genomoviridae, Coronaviridae et Adenoviridae, ainsi que des familles virales précédemment signalées chez des insectes, des plantes ou des hôtes fongiques.
Dans un e-mail, Kubacki a qualifié le séquençage de nouvelle génération, ou NGS, « idéal pour étudier le soi-disant virome, l'intégralité des virus présents dans un environnement spécifique » et a noté que l'Université de Zurich « est le premier laboratoire de diagnostic vétérinaire suisse à offrir NGS à des fins de diagnostic, en particulier pour les causes inconnues de maladies, le dépistage du troupeau et la surveillance ou la découverte de nouveaux virus dans des échantillons environnementaux."
"L'analyse métagénomique d'échantillons de selles broyées de colonies de chauves-souris représente une méthode non invasive idéale à haut débit pour surveiller la complexité de la diversité du génome viral", ont expliqué ses co-auteurs et lui. « Il permet également de détecter des virus à potentiel zoonotique et d'évaluer le risque potentiel de leur transmission à d'autres espèces dont l'homme.
Les analyses de l'équipe ont mis en évidence des séquences correspondant à 39 familles virales, dont les coronavirus, les adénovirus, les hepevirus, les rotavirus et les parvovirus. La collection comprenait des séquences alignées sur 16 familles virales précédemment trouvées chez d'autres hôtes vertébrés, faisant allusion au potentiel zoonotique des virus transmis par les chauves-souris.
"L'interaction humaine avec la faune est l'un des principaux contributeurs aux retombées zoonotiques et cet impact devrait être réévalué", ont écrit les auteurs, notant que "la première évaluation du virome des chauves-souris suisses constitue une plate-forme pour de futures études approfondies visant à étudier les changements dans la prévalence du virus, la biologie du virus, l'interaction virus-hôte et l'émergence du virus."
