Une étude du NIH suggère que le coronavirus pourrait avoir été aux États-Unis dès décembre 2019

Une étude menée par les National Institutes of Health a mis en évidence des infections possibles à coronavirus aux États-Unis dès décembre 2019, des semaines avant la première infection documentée dans ce pays.

© Jeenah Moon pour The Washington Post/Une étude publiée mardi et d'autres analyses pourraient faire reculer le temps...

Le nouveau rapport, publié dans la revue Clinical Infectious Diseases, renforce des études antérieures indiquant que le virus est entré dans le pays sous le radar et pourrait s'être propagé au cours des deux premiers mois de 2020, bien avant les avertissements à cet effet des Centers for Disease Contrôle et Prévention.

Un volontaire de l'Illinois qui a donné du sang le 7 janvier 2020 – dans une étude sans rapport avec le virus émergent – ​​a été testé positif aux anticorps anti-SRAS-CoV-2, selon le rapport du NIH. Il a noté que les anticorps prennent généralement 14 jours, en moyenne, pour se développer, et cela "suggère que le virus peut avoir été présent dans l'Illinois dès le 24 décembre 2019".
Cette étude et d'autres pourraient repousser la chronologie des effets de la pandémie sur les États-Unis à des dates antérieures. Le premier cas d'infection à coronavirus aux États-Unis a été confirmé le 20 janvier 2020, chez un patient à Everett, Washington, qui avait voyagé de Wuhan, en Chine, et était devenu symptomatique le 14 janvier.
Mais le CDC n'a pas identifié la propagation communautaire du virus – c'est-à-dire des infections non liées aux voyages en provenance de Chine – avant le 26 février. Le rapport du NIH indique que les directives de test du CDC au début de la pandémie avaient un objectif étroit : seules les personnes qui avaient été en en cas de contact avec une personne dont l'infection a été confirmée ou qui avait voyagé dans une zone connue pour la transmission du coronavirus, il a été conseillé de se faire tester.
Des éléments de ces directives « ont peut-être été en place trop longtemps, masquant la propagation géographique du SRAS-CoV-2 trouvée dans nos résultats ».
Les volontaires avaient donné des échantillons de sang dans le cadre du programme de recherche « All of Us » du NIH, un effort pluriannuel visant à faire progresser la « médecine de précision » en recueillant des données de santé détaillées auprès d'un groupe de personnes vaste et diversifié. Le programme a inscrit et collecté des échantillons d'environ 280 000 personnes jusqu'à présent et a pour objectif d'au moins 1 million de participants. La médecine de précision adapte les soins de santé aux individus et à leur situation, plutôt qu'une approche unique.
En conséquence, le NIH dispose d'une vaste réserve d'échantillons de sang pouvant être examinés – dans ce cas pour rechercher des preuves d'infections à coronavirus. Les chercheurs ont utilisé deux tests d'anticorps distincts sur 24 000 sujets qui ont donné du sang entre le 2 janvier et le 18 mars 2020.
Neuf de ces personnes se sont révélées positives aux deux tests pour les anticorps anti-SRAS-CoV-2. Sept d'entre eux ont donné du sang dans cinq États – Illinois, Massachusetts, Mississippi, Pennsylvanie et Wisconsin – avant les premiers cas officiels dans ces États.
Le rapport notait brièvement que, sur les neuf personnes testées positives, sept appartenaient à des minorités raciales ou ethniques : cinq étaient noires, deux « hispaniques, latinos ou espagnoles ». La pandémie a révélé la vulnérabilité accrue des personnes de couleur aux États-Unis à l'exposition au coronavirus en partie à cause de leur surreprésentation en tant que travailleurs essentiels, et bien que l'ensemble de données dans cette étude soit petit, il portait une signature possible de cette disparité.
Le rapport déclare : « Bien que les nombres soient limités, ces résultats renforcent les hypothèses scientifiques sur l'impact des facteurs sociaux sur la circulation virale, y compris la discrimination structurelle contre les groupes raciaux et ethniques minoritaires.
Une autre conclusion frappante est qu'aucun résultat de test positif n'a été trouvé dans les États de Californie, de New York ou de Washington, qui étaient connus comme les premiers points d'entrée dans le pays pour le virus.

© Nick Otto pour le Washington Post
Brittany Clary était étudiante à l'Université de Californie à Davis au début de 2020 lorsqu'un autre étudiant a présenté des symptômes d'une infection à coronavirus.

Une étude antérieure, publiée fin 2020, a également trouvé des signes de réponses anticorps au nouveau coronavirus chez les donneurs de sang à la mi-décembre 2019. Les auteurs du rapport se sont demandé s'il s'agissait d'un véritable signal du SRAS-CoV-2 ou d'un artefact. de l'immunité à d'autres coronavirus.
Josh Denny, PDG du programme All of Us, a déclaré que le nouveau rapport « soulève le spectre, essentiellement, qu'il y a eu une propagation communautaire » du virus plus tôt que précédemment documenté. Mais il a dit que les données ne le confirment pas. Lorsque la pandémie a commencé, de nombreuses personnes à travers le pays ont déclaré avoir été malades au début de 2020 et ont supposé qu'elles avaient souffert d'un cas non diagnostiqué de covid-19, la maladie causée par le virus.
Denny a déclaré que le nouveau rapport renforce potentiellement le cas que certaines de ces personnes avaient covid, mais il doutait qu'il s'agisse d'un grand nombre.
"Je soupçonnerais que la plupart des gens qui ont eu un rhume au début de 2020, ce n'était pas du covid", a-t-il déclaré. « Nous avons trouvé neuf personnes sur 24 000. »
Il manque dans le rapport les récits de voyage des personnes impliquées. On ne sait pas si les personnes atteintes de ces premiers cas potentiels ont été initialement infectées en Chine ou ont eu un contact étroit avec une personne infectée là-bas. Le NIH prévoit de suivre les individus pour tenter de déterminer où ils ont été infectés.
« Nous ne savons pas qu'ils ne sont pas allés à Wuhan. Nous ne savons pas qu'ils n'ont pas interagi avec quelqu'un qui venait de Wuhan », a déclaré Denny.
"Ce serait bien s'ils pouvaient déterrer l'historique de voyage des individus positifs, car cela fournirait une image plus complète", a déclaré Jeffrey Shaman, épidémiologiste à l'Université Columbia, qui ne faisait pas partie du projet de recherche du NIH. Il a déclaré que le rapport faisait écho à ce que lui et ses collègues avaient déjà conclu grâce à la modélisation : le virus était présent avant les premiers cas documentés.
Une limitation de la nouvelle étude est qu'elle ne peut pas exclure que certains des résultats de test positifs soient des faux positifs.
Le premier résultat de l'Illinois, alors que les cas de coronavirus commençaient seulement à se propager à Wuhan, en Chine, est le candidat le plus probable pour un faux positif, a déclaré Michael Worobey, professeur d'écologie et de biologie évolutive à l'Université d'Arizona, qui ne faisait pas partie de l'équipe de recherche du NIH.
Dans un e-mail, il a noté que l'étude portait sur un type d'anticorps, l'immunoglobuline G, qui met du temps à se développer après une infection. Il s'est dit "très douteux" qu'il y ait eu une transmission communautaire aux États-Unis début janvier 2020.
Mais les chercheurs du NIH ont pris des mesures pour limiter les faux positifs. L'utilisation de deux tests différents a réduit la probabilité. Ils ont également étudié des échantillons de sang du début de 2019, bien avant le début de la pandémie. Aucun positif n'a alors été trouvé.
L'équipe a également utilisé une analyse statistique pour déterminer la probabilité que les neuf positifs soient des faux positifs. La probabilité de cela était extrêmement faible, environ 1 sur 100 000. Cependant, l'analyse a montré qu'il est probable qu'au moins un, peut-être deux, résultats étaient un faux positif.
Denny a déclaré qu'il pensait que le nombre de faux positifs était probablement "assez faible".

© Jeenah Moon pour le Washington Post
New York et ses quartiers, comme l'East Village à Manhattan, ont été l'épicentre de la crise du coronavirus au printemps 2020.

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