De septembre 2012 à juin 2020, un total de 2562 cas de MERS confirmés en laboratoire ont été signalés. Après avoir exclu 112 cas avec des données incomplètes, 2450 cas confirmés de MERS, ainsi que 150 grappes de cas dérivées, ont été inclus dans les analyses ultérieures (tableau 1). L'âge médian était de 53 ans (IQR : 38‒65) et 69,4% des cas étaient des hommes. Les agents de santé représentaient 13,7% (335/2450) du total des patients. Le délai médian entre l'apparition de la maladie et le diagnostic était de 5 jours (IQR : 3 à 8). La mort est survenue chez 802 patients, entraînant un taux de létalité (CRF) de 32,7% (95% CI : 30,9 à 34,6%). Parmi les 1453 patients ayant des antécédents d'exposition connus, 356 (24,0%) ont signalé un contact avec des animaux. Les infections zoonotiques (c'est-à-dire les pays des catégories de transmission i et ii) ne se sont produites qu'au Moyen-Orient, bien que des cas de contact avec des animaux aient également été importés en Europe et en Asie du Sud-Est (Fig.1). Parmi les pays avec des patients infectés localement, la proportion de cas de contact avec des animaux dépassait 50% au Qatar, suivie de 15 à 29% à Oman, aux Émirats arabes unis (EAU) et en Arabie saoudite (Fig.1).
Tableau 1 Caractéristiques démographiques et cliniques de base des cas confirmés de syndrome respiratoire du Moyen-Orient notifiés entre septembre 2012 et juin 2020Phylogénie de 489 séquences du génome entier du MERS-CoV et association potentielle de sous-clades avec la mortalité des cas. une Phylogénie résolue dans le temps. Les couleurs indiquent les états d'hôte des extrémités d'arbre ou les états d'hôte déduits des nœuds internes. Taux de létalité b et taux d'incidence c ont été associés aux séquences en fonction de leur date et lieu d'échantillonnage. Film 1. Dynamique de migration spatio-temporelle du clade C du MERS-CoV en utilisant Nextstrain. https://nextstrain.org/community/wqshi/merse
Dynamique phylogéographiqueLe modèle de transmission spatio-temporelle du clade C était caractérisé par une migration locale intense au Moyen-Orient et une exportation occasionnelle sur de longues distances (film 1; fichier supplémentaire 1 : figure S6). Les trois emplacements les plus probables de l'ancêtre racine inféré étaient Riyad en Arabie saoudite, la région du delta du Nil et la Jordanie avec des probabilités postérieures de 31%, 17% et 12%, respectivement. Riyad semble être la principale source d’exportation d’infections, tant au niveau local qu’international. Il a été estimé avec une probabilité postérieure de 99% comme emplacement du nœud ancestral commun pour les sous-clades C3, C4 et C5 qui couvrent 97,5% des séquences collectées. L'exportation précoce du virus vers l'Égypte et la Jordanie a probablement eu lieu avant 2010. La circulation du MERS-CoV parmi les dromadaires en Afrique de l'Est a peut-être commencé avant 2010. Le modèle a déduit la migration du virus de l'Égypte vers l'Éthiopie entre 2011 et 2013 et ensuite vers le Kenya en 2014-2017, en partie étayée par une étude sérologique menée en Égypte en 2013 qui a révélé que les dromadaires domestiques et ceux importés d'Éthiopie étaient séropositifs [29]. La migration intense du virus de Riyad vers les villes locales d'Arabie saoudite, d'Abou Dhabi aux Émirats arabes unis et en Europe a commencé en 2011-2012. Abu Dhabi a rapidement rejoint Riyad en tant que deuxième hub exportant le virus vers d'autres villes du Moyen-Orient ainsi que vers l'Europe. Les événements d'exportation opportunistes du Moyen-Orient vers les États-Unis en 2014 et vers l'Asie de l'Est en 2015 ont été correctement capturés par le modèle.
Sélection positivePour identifier les sites génétiques clés affectant la transmissibilité du MERS-CoV des animaux à l'homme, nous avons effectué une analyse de sélection positive sur les séquences collectées. Sur la base de l'arbre phylogénétique, nous nous sommes concentrés sur deux branches avec une pression de sélection potentiellement élevée (Fichier supplémentaire 1 : Figure S5a), la branche séparant le clade lié au hérisson des clades entre chauve-souris, chameau et humain (branche A), et celle séparer les séquences liées aux chauves-souris du clade C chez le chameau et l'homme (branche B). Nous avons testé si des sites spécifiques avaient subi une sélection positive le long des branches A ou B en utilisant le modèle de test de site de branche implémenté dans le programme codeML du package PAML. Pour la branche A, nous avons identifié trois protéines (NS3, polyprotéine 1AB et nucléoprotéine) et 59 sites dans la polyprotéine 1AB sous sélection positive (fichier supplémentaire 1 : tableau S8). Pour la branche B, nous avons identifié deux protéines différentes (ORF8b et glycoprotéine de pointe) et huit sites dans la glycoprotéine de pointe sous sélection positive. Trois des huit sites de glycoprotéine de pointe, 77 : Y, 486 : H et 636 : Q n'ont pas été signalés auparavant. Aucune sélection positive n'a été détectée dans la glycoprotéine de pointe pour la branche A.
